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万見
- EMDB-1537: 2D Arrays of F-actin Cross-linked by Villin -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1537
タイトル2D Arrays of F-actin Cross-linked by Villin
マップデータtomogram of F-actin crosslinked with villin on a 2D lipid monolayer
試料
  • 試料: Rabbit F-actin cross-linked with chicken villin
  • 細胞器官・細胞要素: Cytoskeleton
  • 細胞器官・細胞要素: Cytoskeleton
キーワードCytoskeleton / actin / electron tomography / microvilli / image processing / lipid monolayer
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Gallus gallus (ニワトリ)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 30.0 Å
データ登録者Hampton CM / Liu J / Taylor DW / DeRosier DJ / Taylor KA
引用ジャーナル: Structure / 年: 2008
タイトル: The 3D structure of villin as an unusual F-Actin crosslinker.
著者: Cheri M Hampton / Jun Liu / Dianne W Taylor / David J DeRosier / Kenneth A Taylor /
要旨: Villin is an F-actin nucleating, crosslinking, severing, and capping protein within the gelsolin superfamily. We have used electron tomography of 2D arrays of villin-crosslinked F-actin to generate ...Villin is an F-actin nucleating, crosslinking, severing, and capping protein within the gelsolin superfamily. We have used electron tomography of 2D arrays of villin-crosslinked F-actin to generate 3D images revealing villin's crosslinking structure. In these polar arrays, neighboring filaments are spaced 125.9 +/- 7.1 A apart, offset axially by 17 A, with one villin crosslink per actin crossover. More than 6500 subvolumes containing a single villin crosslink and the neighboring actin filaments were aligned and classified to produce 3D subvolume averages. Placement of a complete villin homology model into the average density reveals that full-length villin binds to different sites on F-actin from those used by other actin-binding proteins and villin's close homolog gelsolin.
履歴
登録2008年7月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2008年7月23日-
マップ公開2009年8月26日-
更新2013年3月27日-
現状2013年3月27日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • ソリッド表示（ボリュームレンダリング）
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_1537.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1537.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 547.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈tomogram of F-actin crosslinked with villin on a 2D lipid monolayer
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
5.76 Å/pix.
x 40 pix.
= 230.4 Å		5.76 Å/pix.
x 1820 pix.
= 11635.2 Å		5.76 Å/pix.
x 2020 pix.
= 10483.2 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.76 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-439.15300000000002 - 397.435000000000002
平均 (標準偏差)-0.0133232 (±58.302)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-1010-910-20
サイズ1820202040
Spacing1820202040
セルA: 10483.2 Å / B: 11635.2 Å / C: 230.4 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z5.765.765.76
M x/y/z1820202040
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z10483.20011635.200230.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-120-120-120
NX/NY/NZ240240240
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-910-1010-20
NC/NR/NS2020182040
D min/max/mean-439.153397.435-0.013

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Rabbit F-actin cross-linked with chicken villin

全体名称: Rabbit F-actin cross-linked with chicken villin
要素
  • 試料: Rabbit F-actin cross-linked with chicken villin
  • 細胞器官・細胞要素: Cytoskeleton
  • 細胞器官・細胞要素: Cytoskeleton

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超分子 #1000: Rabbit F-actin cross-linked with chicken villin

超分子名称: Rabbit F-actin cross-linked with chicken villin / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: 2D rafts are formed on a lipid monolayer / Number unique components: 2

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超分子 #1: Cytoskeleton

超分子名称: Cytoskeleton / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / Name.synonym: Actin / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 別称: Rabbit / 組織: Psoas muscle
分子量実験値: 42 MDa

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超分子 #2: Cytoskeleton

超分子名称: Cytoskeleton / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 2 / Name.synonym: Villin / 集合状態: Monomer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Gallus gallus (ニワトリ) / 別称: Chicken / 組織: Intestinal epithelium / Organelle: Microvillus
分子量実験値: 95 MDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態2D array

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試料調製

染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: Uranyl acetate
グリッド詳細: 200 mesh holey carbon film
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: Plunge freeze
詳細Crystals grown on a lipid-monolayer

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM300FEG/T
日付2005年5月19日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC CCD (2k x 2k)
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 倍率（公称値）: 24000
試料ステージ試料ホルダー: High tilt / 試料ホルダーモデル: OTHER

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 30.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Protomo / 詳細: Tomogram is from a single tilt series / 使用した粒子像数: 60
結晶パラメータ面群: P 2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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