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- EMDB-15364: Cryo-EM structure of the SEA complex (consensus map) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15364
タイトルCryo-EM structure of the SEA complex (consensus map)
マップデータDeepEMhancer sharpened map (wide mask)
試料
  • 複合体: Seh1-associated complex (SEAC)
    • タンパク質・ペプチド: Maintenance of telomere capping protein 5
    • タンパク質・ペプチド: Nucleoporin SEH1
    • タンパク質・ペプチド: SEH-associated protein 4
    • タンパク質・ペプチド: Protein transport protein SEC13
    • タンパク質・ペプチド: Restriction of telomere capping protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Nitrogen permease regulator 3
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar membrane-associated protein IML1
    • タンパク質・ペプチド: Nitrogen permease regulator 2
  • リガンド: ZINC ION
キーワードGTPase activating protein / coatomer / TOR signaling / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


urea transport / GATOR1 complex / negative regulation of small GTPase mediated signal transduction / pseudohyphal growth / GATOR2 complex / Seh1-associated complex / positive regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport / protein exit from endoplasmic reticulum / COPII-coated vesicle budding / proline transport ...urea transport / GATOR1 complex / negative regulation of small GTPase mediated signal transduction / pseudohyphal growth / GATOR2 complex / Seh1-associated complex / positive regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport / protein exit from endoplasmic reticulum / COPII-coated vesicle budding / proline transport / COPII-mediated vesicle transport / nuclear pore localization / regulation of TORC1 signaling / nuclear pore outer ring / COPII vesicle coat / positive regulation of protein exit from endoplasmic reticulum / TORC1 signaling / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / fungal-type vacuole / regulation of autophagosome assembly / SUMOylation of SUMOylation proteins / SUMOylation of RNA binding proteins / structural constituent of nuclear pore / SUMOylation of chromatin organization proteins / fungal-type vacuole membrane / negative regulation of TOR signaling / cellular response to nitrogen starvation / nucleocytoplasmic transport / vacuolar membrane / positive regulation of macroautophagy / positive regulation of TOR signaling / mRNA transport / nuclear pore / positive regulation of autophagy / signaling adaptor activity / ERAD pathway / negative regulation of TORC1 signaling / positive regulation of TORC1 signaling / cellular response to amino acid starvation / GTPase activator activity / meiotic cell cycle / cell periphery / protein import into nucleus / protein transport / nuclear envelope / cellular response to oxidative stress / nuclear membrane / intracellular signal transduction / response to xenobiotic stimulus / endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of DNA-templated transcription / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
WD repeat protein mio, zinc-ribbon like domain / GATOR complex protein WDR24 / MIOS/Sea4 / : / Zinc-ribbon like family / MIOS, alpha-solenoid / : / : / RING/Ubox like zinc-binding domain / Nitrogen permease regulator 3 ...WD repeat protein mio, zinc-ribbon like domain / GATOR complex protein WDR24 / MIOS/Sea4 / : / Zinc-ribbon like family / MIOS, alpha-solenoid / : / : / RING/Ubox like zinc-binding domain / Nitrogen permease regulator 3 / Nitrogen permease regulator 2 / Vacuolar membrane-associated protein Iml1 / DEPDC5 protein, C-terminal / : / Nitrogen Permease regulator of amino acid transport activity 3 / Nitrogen permease regulator 2 / Vacuolar membrane-associated protein Iml1, N-terminal domain / DEPDC5 protein C-terminal region / RWD domain / RWD domain profile. / RWD / RWD domain / Sec13/Seh1 family / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin (DEP) / DEP domain profile. / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin / DEP domain / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Winged helix DNA-binding domain superfamily / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
SEH-associated protein 4 / Nitrogen permease regulator 3 / Nitrogen permease regulator 2 / Vacuolar membrane-associated protein IML1 / Nucleoporin SEH1 / Maintenance of telomere capping protein 5 / Protein transport protein SEC13 / Restriction of telomere capping protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Tafur L / Loewith R
資金援助European Union, 2件
OrganizationGrant number国
European Molecular Biology Organization (EMBO)ALTF 79-2019European Union
European Research Council (ERC)TENDOEuropean Union
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structure of the SEA complex.
著者: Lucas Tafur / Kerstin Hinterndorfer / Caroline Gabus / Chiara Lamanna / Ariane Bergmann / Yashar Sadian / Farzad Hamdi / Fotis L Kyrilis / Panagiotis L Kastritis / Robbie Loewith /
要旨: The SEA complex (SEAC) is a growth regulator that acts as a GTPase-activating protein (GAP) towards Gtr1, a Rag GTPase that relays nutrient status to the Target of Rapamycin Complex 1 (TORC1) in ...The SEA complex (SEAC) is a growth regulator that acts as a GTPase-activating protein (GAP) towards Gtr1, a Rag GTPase that relays nutrient status to the Target of Rapamycin Complex 1 (TORC1) in yeast. Functionally, the SEAC has been divided into two subcomplexes: SEACIT, which has GAP activity and inhibits TORC1, and SEACAT, which regulates SEACIT. This system is conserved in mammals: the GATOR complex, consisting of GATOR1 (SEACIT) and GATOR2 (SEACAT), transmits amino acid and glucose signals to mTORC1. Despite its importance, the structure of SEAC/GATOR, and thus molecular understanding of its function, is lacking. Here, we solve the cryo-EM structure of the native eight-subunit SEAC. The SEAC has a modular structure in which a COPII-like cage corresponding to SEACAT binds two flexible wings, which correspond to SEACIT. The wings are tethered to the core via Sea3, which forms part of both modules. The GAP mechanism of GATOR1 is conserved in SEACIT, and GAP activity is unaffected by SEACAT in vitro. In vivo, the wings are essential for recruitment of the SEAC to the vacuole, primarily via the EGO complex. Our results indicate that rather than being a direct inhibitor of SEACIT, SEACAT acts as a scaffold for the binding of TORC1 regulators.
履歴
登録2022年7月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月2日-
マップ公開2022年11月2日-
更新2024年7月24日-
現状2024年7月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15364.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15364.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1000 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈DeepEMhancer sharpened map (wide mask)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.73 Å/pix.
x 640 pix.
= 464.64 Å		0.73 Å/pix.
x 640 pix.
= 464.64 Å		0.73 Å/pix.
x 640 pix.
= 464.64 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.726 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05
最小 - 最大-0.0039863624 - 2.4169307
平均 (標準偏差)0.0031031012 (±0.036953777)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ640640640
Spacing640640640
セルA=B=C: 464.64 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

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マスク #1

ファイルemd_15364_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Unsharpened map

ファイルemd_15364_additional_1.map
注釈Unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: DeepEMhancer sharpened map (tight mask)

ファイルemd_15364_additional_2.map
注釈DeepEMhancer sharpened map (tight mask)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_15364_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_15364_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Seh1-associated complex (SEAC)

全体名称: Seh1-associated complex (SEAC)
要素
  • 複合体: Seh1-associated complex (SEAC)
    • タンパク質・ペプチド: Maintenance of telomere capping protein 5
    • タンパク質・ペプチド: Nucleoporin SEH1
    • タンパク質・ペプチド: SEH-associated protein 4
    • タンパク質・ペプチド: Protein transport protein SEC13
    • タンパク質・ペプチド: Restriction of telomere capping protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Nitrogen permease regulator 3
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar membrane-associated protein IML1
    • タンパク質・ペプチド: Nitrogen permease regulator 2
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: Seh1-associated complex (SEAC)

超分子名称: Seh1-associated complex (SEAC) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 2.09 MDa

+
分子 #1: Maintenance of telomere capping protein 5

分子名称: Maintenance of telomere capping protein 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 131.104062 KDa
配列文字列: MCSSINEGPY NSPTFGKSLS LKVDGGFNAV SINPSGRDIV LASRQGLYII DLDDPFTPPR WLHHITPWQV ADVQWSPHPA KPYWIVSTS NQKAIIWNLA KSSSNAIEFV LHGHSRAITD INFNPQHPDV LATCSVDTYV HAWDMRSPHR PFYSTSSWRS A ASQVKWNY ...文字列:
MCSSINEGPY NSPTFGKSLS LKVDGGFNAV SINPSGRDIV LASRQGLYII DLDDPFTPPR WLHHITPWQV ADVQWSPHPA KPYWIVSTS NQKAIIWNLA KSSSNAIEFV LHGHSRAITD INFNPQHPDV LATCSVDTYV HAWDMRSPHR PFYSTSSWRS A ASQVKWNY KDPNVLASSH GNDIFVWDLR KGSTPLCSLK GHVSSVNSID FNRFKYSEIM SSSNDGTVKF WDYSKSTTES KR TVTTNFP IWRGRYLPFG EGYCIMPMVG GNNAVYLINL CDDDDSEQNK KTKLQPIYAF KGHSDRVIDF LWRSRHTCDG DYD DREFQL VTWSKDCDLK LWPISDSIYG KVNFDRGKRL EEKLPDYDYC SYNKEPENRE NVQKNEFRRL RENFVTTSGL KKNK TNHIT WLSGIRMNSA TSQEDLFNET KIQNLGEEVS AIGHKFPKVV FEKISVSTRE LCLTLNGPWS EENPDDYIFL RISIN FPLN YPNKGDPPKF TIEENSNLTM SKRQEILSNL ATIGQKYTDS NLYCLEPCIR FVLGEKVSLE DIEEGQEPLL NFDIAD HID FEELSSLDSS YSDSQNPENL SSQSDIESYK EALVFPDTSN QGLDFGRNLA LDTTPVPNGC GSCWTATGEL FCFFANE KK PEKKQNAIIK LSQKEAGVEK HPFKIEPQVL YDKEVDSSVI TAADELKARP KRYVDTLGLG GGTNGDSRTY FDDETSSD D SFDSVADDWD DILRNDIIVR TKIPILRGNF KAFSSVHSES GKTVESTKKN KNLVISKNFS SLLSDRKELA LEYLFMDAT PEGFARNNAL VAEKFDLDEI SHCWQILSDM LIDQSDYDPY TTIWNNHPMG IKWFIKEAIV YFERQQNLQM LAMLCCVILS ARRKKIPAR YYGQELENME GTIVFNDNES QNTSFWKGSD AFSTRSRSST VTPNFYGNHL RGKNIHGGDN SSIRSDDHHA R LRTHNTLN GSSKFTEPAQ KQGSRAISSS PFHSRMPDIK VELLHDDIIE AYEQEDLLHL EVSDIPKFQT YIYQYSKLLF RW GLPLERV KILKVSTDFR SSYSSQGIPP NNNKKSPYNG VLTHWIENNE FGEEKFLARN CNYCDLRVTR SSFICGNCQH VLH SSCARI WWEIGDECPS GCGCNCPEMF DA

UniProtKB: Maintenance of telomere capping protein 5

+
分子 #2: Nucleoporin SEH1

分子名称: Nucleoporin SEH1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 39.170758 KDa
配列文字列: MQPFDSGHDD LVHDVVYDFY GRHVATCSSD QHIKVFKLDK DTSNWELSDS WRAHDSSIVA IDWASPEYGR IIASASYDKT VKLWEEDPD QEECSGRRWN KLCTLNDSKG SLYSVKFAPA HLGLKLACLG NDGILRLYDA LEPSDLRSWT LTSEMKVLSI P PANHLQSD ...文字列:
MQPFDSGHDD LVHDVVYDFY GRHVATCSSD QHIKVFKLDK DTSNWELSDS WRAHDSSIVA IDWASPEYGR IIASASYDKT VKLWEEDPD QEECSGRRWN KLCTLNDSKG SLYSVKFAPA HLGLKLACLG NDGILRLYDA LEPSDLRSWT LTSEMKVLSI P PANHLQSD FCLSWCPSRF SPEKLAVSAL EQAIIYQRGK DGKLHVAAKL PGHKSLIRSI SWAPSIGRWY QLIATGCKDG RI RIFKITE KLSPLASEES LTNSNMFDNS ADVDMDAQGR SDSNTEEKAE LQSNLQVELL SEHDDHNGEV WSVSWNLTGT ILS SAGDDG KVRLWKATYS NEFKCMSVIT AQQ

UniProtKB: Nucleoporin SEH1

+
分子 #3: SEH-associated protein 4

分子名称: SEH-associated protein 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 117.77575 KDa
配列文字列: MGLIKKVTHW SYDNLIDYLS VNPTRDEVTH YKVDPENESD ESIIKLHTVK DFGSITCLDY SESEIGMIGV GEKNGYLRIF NISGQNSSS PASHAPVGLN ANNETSMTNA SGGKAAQAEN IVGSVSNLKD TQGYPVSETN YDIRVRAKKQ RCINSLGINT N GLIAMGLD ...文字列:
MGLIKKVTHW SYDNLIDYLS VNPTRDEVTH YKVDPENESD ESIIKLHTVK DFGSITCLDY SESEIGMIGV GEKNGYLRIF NISGQNSSS PASHAPVGLN ANNETSMTNA SGGKAAQAEN IVGSVSNLKD TQGYPVSETN YDIRVRAKKQ RCINSLGINT N GLIAMGLD RNKHDSSLQI WDMNYHDDSH ETINPMFSYC TNESIVSLKF LNDTSVLAAS TKFLKEIDVR SPNPIYQHPT RL TYDIKLN PFNDWQFSTY GDDGTLAIWD RRKLSDQASL GDLNVASPLL TFEKLVGSGA ASRKYMNSCF RWSCVRNNEF ATL HRGDTI KRWRLGYYCD SNRDIAADDD NEMNIENLFV SSVHDTNTMY DRVATFDYIP RSNNGTSLIC MRQSGTIYRM PISE VCSKA ILNNRNSLLL SNFENTEIDE IRVNNEHEKS NLENVKTILK NLSFEDLDVS EDYFPSGHDE PNNEIEYSEL SEEEN EGSN DVLDSKRGFE LFWKPEKLLE KDISVIMRTR ASLGYGLDPM NTVEMIDSSK NLQNNAYIRN TWRWIAIAKA SVDDGT MVS GDLDLGYEGV IGIWNGINGI SNQDRYRQET ILSDKQLNKE MEKIIKLRRK NRDRNSPIAN AAGSPKYVQR RLCLIIS GW DLSRSDYEDK YNIIMKNGHY EKAAAWAVFF GDIPKAVEIL GSAKKERLRL IATAIAGYLA YKDLPGNNAW RQQCRKMS S ELDDPYLRVI FAFIADNDWW DILYEPAISL RERLGVALRF LNDTDLTTFL DRTSSTVIEN GELEGLILTG ITPNGIDLL QSYVNKTSDV QSAALISIFG SPRYFRDQRV DEWIQTYRDM LKSWELFSMR ARFDVLRSKL SRTKTGVLTA DIKPRQIYIQ CQNCKQNIN TPRTSSPSSA VSTSAGNYKN GEAYRRNNAD YKKFNTGSSE AQAADEKPRH KYCCPHCGSS FPRCAICLMP L GTSNLPFV INGTQSRDPM QTEDSQDGAN RELVSRKLKL NEWFSFCLSC NHGMHAGHAE EWFDRHNVCP TPGCTCQCNK

UniProtKB: SEH-associated protein 4

+
分子 #4: Protein transport protein SEC13

分子名称: Protein transport protein SEC13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 33.082965 KDa
配列文字列: MVVIANAHNE LIHDAVLDYY GKRLATCSSD KTIKIFEVEG ETHKLIDTLT GHEGPVWRVD WAHPKFGTIL ASCSYDGKVL IWKEENGRW SQIAVHAVHS ASVNSVQWAP HEYGPLLLVA SSDGKVSVVE FKENGTTSPI IIDAHAIGVN SASWAPATIE E DGEHNGTK ...文字列:
MVVIANAHNE LIHDAVLDYY GKRLATCSSD KTIKIFEVEG ETHKLIDTLT GHEGPVWRVD WAHPKFGTIL ASCSYDGKVL IWKEENGRW SQIAVHAVHS ASVNSVQWAP HEYGPLLLVA SSDGKVSVVE FKENGTTSPI IIDAHAIGVN SASWAPATIE E DGEHNGTK ESRKFVTGGA DNLVKIWKYN SDAQTYVLES TLEGHSDWVR DVAWSPTVLL RSYLASVSQD RTCIIWTQDN EQ GPWKKTL LKEEKFPDVL WRASWSLSGN VLALSGGDNK VTLWKENLEG KWEPAGEVHQ

UniProtKB: Protein transport protein SEC13

+
分子 #5: Restriction of telomere capping protein 1

分子名称: Restriction of telomere capping protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 149.533297 KDa
配列文字列: MSLSPHVENA SIPKGSTPIP KNRNVSSIGK GEFLGSSSSN NSSFRMNHYS NSGQPSVLDS IRRPNLTPTF SYSNGVYMPE SHRTSSFND SYLPYDKNPY AKTTGSMSNK SNMKIKTKKN AINTNTRKSS GLIYTTKVDK ELSSIDKVND PNINGLVCAG K THLGLYKF ...文字列:
MSLSPHVENA SIPKGSTPIP KNRNVSSIGK GEFLGSSSSN NSSFRMNHYS NSGQPSVLDS IRRPNLTPTF SYSNGVYMPE SHRTSSFND SYLPYDKNPY AKTTGSMSNK SNMKIKTKKN AINTNTRKSS GLIYTTKVDK ELSSIDKVND PNINGLVCAG K THLGLYKF SPSDRSIKCV HDFITPNSNT STRGTTSLLP KLSKRTRQNK FSTIADVKTG FNNYKNCIAV CNNSTAISIY DL NKSSSID NPLITSLCEH TRSINSFDFN MVESNLIISG GQDSCVKIWD LRSNKSKSSN RSDISINTAS DSIRDVKWMP GYN FASKND QGSSTYGNLK SGYKFASIHD SGYLLKFDLR QPAQYEKKLN AHTGPGLCLN WHPNQEYIAT GGRDGKCCLW FVGD NANAA ENTVLNYGNS PSLHAPNTSL NNSGSLAFPK LTINTGYPVT KLKFKPAYSS NIYNSLLGIS SMGDEAEVRI YSLAR KYIP KHVLLSETPS LGLVWWDENL IFNIDKGTRI NGWDINKEPT VLENLSKNTT TWRDLDGNGL LSVDQEIGSY EVVEPE LQP TSSTTCKKHP GTIKNPKNGN PENQGIIGGI KKGFSHTGLT SFTPERPPTL KAGPTFSTKS LTLASGASSF NSSSASL TS LTPQTENREE IAIEPPCIIT LDIPQIFNNI RLTKIAHSRK KNVISESSSM KNSPVEKFKY LARQLKFSYI REHNVSDS A DTAYKNDIEN IDVVKNATET HGDNTTTTNN NDDGDDDDDD DDDDKIIESH LLKKYNFPEN NTWATLMNEK VNNKKSKRN SSSSREFDEK DVRSSISSIS ASRQSHDRAR KIDKNVEAEL QEKIQTLVDL ISIATHNASV YLSIDDLTNF KIWILIRDSL LWDLKWMTS SQISSDNASN MDANESSDFE AGENLKTGKE FPEEDGAGTS GAESLVEERP QAFRANSDEP SDAEKKPVSK L KEQLKNTE IIPYAQPNED SDEVLTKLKE LQNQRLESRT KMGETVSDDV IIEEDEHEHQ EEEQPHDSPT KSAQFHASPI AK SIPILQK REHRKSFIDT FMLHSPNGYN GDTDIGNEDD NISPRFTYNS VSPRSKVSSL QSYATTTSQL ETFKKLSSHT API IGSPRH APSRPDSIGR EQLSSSLTKK LAKCKKIIAD PPWDTKKLIK QLYNQATETG NVVLTVNILF LFQTIYQITE IDIA KDAIA HFLLLLHRYE LFGIAADVLK YCPFEDIMGS EGDQSSIRLF CERCGELITN ESSKEKLRAE AQQTGNKKIM DKFGY WYCD SCKKKNTSCV LCERPLKKLT MVILPCGHEG HFQCIQEWFL DENEQECPGG CPGVAFI

UniProtKB: Restriction of telomere capping protein 1

+
分子 #6: Nitrogen permease regulator 3

分子名称: Nitrogen permease regulator 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 130.141094 KDa
配列文字列: MDECLPNSCL LGVHLVISTH SGPQIVYHYP PSNTAFLTNN PTKHQHLYGN HANLNKNTST NKEEKLFNSG STKTASQIAL NESAKSYNT AITPSMTNTN TNNVTLPPTR SHANTVGSQS SIPAATNGVG YRKTDIEDTS RTFQYQETES ETSSSGLSDS E LSTDYLDI ...文字列:
MDECLPNSCL LGVHLVISTH SGPQIVYHYP PSNTAFLTNN PTKHQHLYGN HANLNKNTST NKEEKLFNSG STKTASQIAL NESAKSYNT AITPSMTNTN TNNVTLPPTR SHANTVGSQS SIPAATNGVG YRKTDIEDTS RTFQYQETES ETSSSGLSDS E LSTDYLDI SSDSFSISSS LSSSSLSSSP SSSSSSSPPQ DGLSRTNSSF QSTDSMSPTS PQMIMENDSI SVAESYLDSG TN NKSRAAS KRSQNFFHKL STKKSTDSKT HSPVRKLKSK PSQSTKKGNK LLKNTSNETD GNAFTGSCSI SSKKSLSSTG EHN QELRNS SLNDTPGQSP HHYHHRYHHY HKNAATSQRN SHTQYDVEEE DMEVSAMLQD GKISMNEIFF EEENFQDINK ILEF DNDFV AEFCSPEREM CNTRFEFTVD NFCFLGLPIH VDSQGRWRKS KHKNKTRSKR SSSTTTNISR KKSIASKISS LSENT LKKV NSGEADTVYD SNIGHEASTD TPNLRINTDV SGNEFEREKE DLGKNMNMFH VCFVMNPHLI EYNKRIDDMY QFVVTR LSL LLRYVQSKTS YISSECHIIL KEKERVLKHS KTYQSIRGAG NKGKYLYQRI LAKSSLARAL TECVDKIQRN EIACLEI ND DKVISLQIPI QNEFEKMPNF KLQPVLRGSY LTSILNMKFL EKSSLRIESQ NRQNDQAQFS DTNNNIYRFG NNINSTGH C GAANVDDGDD NESNYYCDDN DDLLNYALLL LDEPNNIISS LETFSYQDDI GTIILKHLVR NIQPNIPLRS YRYLITDLL DNPSSLDDLT TETNSLESSI LRSCALHLMY WRHARIVIPL SSKYTYIVSP LAPIQGYTID DYKSTSQNDG NVKKMDDREN NKSGSDRVP LIYQNSMLFR SKFPSLPSLP IFLSLLSTDK PQAYSNIIPS REHKPVYLNA LAWLIQYGYV TQLLTFINIR V DKHIKMAV DEDLEKEGFR KTNTARRPSM DYKKTDKKLD DEDGQSRDAN ASEACSGKNE GMQSNDNNKD VDEKDNENDS RV DDRDDNE IAIADEEEIL HFEYDDPEMQ HDYTIILEPE RATAIEKRWL YRCIYGQPSD IQILFNKLLK YFNGKVPMEL VII KEEISR HDLKKLLNAL DKYLIEIHHW

UniProtKB: Nitrogen permease regulator 3

+
分子 #7: Vacuolar membrane-associated protein IML1

分子名称: Vacuolar membrane-associated protein IML1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 182.203359 KDa
配列文字列: MFAKLHGKKQ RPISSINSQT PRTSNTTHAN SISLSSGNLI VGSNRNLRQK KEQFGSQQRA SGRKLISNKE NDDNVNNGGD NNYDNGERV HRHHIPGLKI KAYQAELGYH ESRFSENLVM LNLVEFPDIK PGDLVELKTY HKNPSASNGD KKIYFIAKDF D GETKRRAK ...文字列:
MFAKLHGKKQ RPISSINSQT PRTSNTTHAN SISLSSGNLI VGSNRNLRQK KEQFGSQQRA SGRKLISNKE NDDNVNNGGD NNYDNGERV HRHHIPGLKI KAYQAELGYH ESRFSENLVM LNLVEFPDIK PGDLVELKTY HKNPSASNGD KKIYFIAKDF D GETKRRAK TSNVSILSGQ LQTLLDLPSR SRIWIKLKPN KFDLQADVVE FNIKDCLLNR GDMWVLSSKL VDTCVFMDQR LA FLDSIRG TIKGIYRNGK KIVSGYIGEQ TRIIFRSESA RLIFLIQITD EMWNFEETGE QLFQKMVNSF FPKIFKKWKD VDT HHTITI AFAISMDLSD TSFKDLTPGE SLKNSQDYFR IVVDQVSIIH WVDIMETLRE EFMEIRKDLL NKQTDKGYSV ANGR FSPVI KSNFLELVNF ATTILTDPFK QLDLRHTTTH VMIISPGSGL FDVDYSLLRL TGKKLLSLEM TMDLICLSKA PLHIV PLFR YRDFENKLHH CVPLWLSVFF WNDHDKKSNS EWTPRCKIYD LQMMGITENE LIREVDVEYL QLNKKVKSLS EFMNDY DKN AFEVKILCAG SNTKQSKKLN SKFDTVFEND VVVKARKIPA TATTTHGNTK FIWRGPKVAL PAIKDIQKPN VIPDLSI KT IEASFYDDCN TTNDKISTPT TSNNDNLEMN DSLVSVRSAD NQNTSLALDS LKGLSKRNSL KDFTQRVITK FISNIDTS K NKKIKSTLLR DDVDNSPLGS NTPLPSSESK ISGLKLQQKG LADENVISKR GNLIIKKNLS IFGLPSNEIM SGSPSSYLG SSHTRTSSKL SNMSDKAAFI TEGQKSKHDD SNTYSLTQQL KHRISETWVD IKSPSIPVSS EFANELLPIR WKDVWPKYVA RKYSKWRSF TTPAELPITI SDFPSKDDFD RNFIFRNHSV TLNTDQEQYN QTYKDLLRDM IYMRLLTGFQ ICVGRQVEKI E LSRESGES ETVVNKYLDF NQNDAFKLYL MIDSEIHRIT CSSSGIIDVE RYLRKDEANL FDQVPSYIPL VKTRYESSFR DA MIDPLHV KRESLNWNQI DQVLAGYGDN LIDRKWHGFR AKYVVLPTDI PPNTYSMVIN GKSETLNPEE IRVEGLRRLI GSI TRSRLR TEKEKKGRKT KREEIQPEVM FYTGPLYNFI NEQQTSLESS AINFKDSIFV NDNNLLNRNV ELSKLAYQIQ RGED RITLV NRKWHWKKHE KCFVGSEMVN WLIRNFSDID TREDAIKYGQ KVMKEGLFVH VLNKHNFLDG HYFYQFSPEY VMDTN KLEK TNSHRSTLSD PKQMLRKAST GSSNDPSAMT PFSSVVPAIS ASNASVADAK EPSRPILMLS NSLVIDVDPA GKSSKQ ESC TVHYDRVHNP DHCFHIRLEW LTTTPKLIDD LVGNWSRLCE RYGLKMIEIP WEELCTIPSV NPFHSFVEIK LAINPWE DP EFKDRELFAK SKFYYHVYLL KASGFLLDNR ASKFLQNQDI EFDIMYSWGK PQFKYVQYIH HTGAYVAELR ENGCLFLA P NNIYISRVNP GNIIGKIHSA SSSSLDAQKV ILNFKSTCLD YQKLRSIFLD AKEMWITGKI VED

UniProtKB: Vacuolar membrane-associated protein IML1

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分子 #8: Nitrogen permease regulator 2

分子名称: Nitrogen permease regulator 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 69.937547 KDa
配列文字列: MLSYFQGFVP IHTIFYSVFH PTEGSKIKYE FPPNNLKNHG INFNTFKNYI IPKPILCHKL ITFKYGTYRI VCYPVTINSP IYARNFFSF NFVFVFPYDC ETSPYEPAIT RLGKMFKVLE EQNQLLSKSE RDPVFFDLKV LENSTTTPST AGPSSTPNPS S NTTPTHPT ...文字列:
MLSYFQGFVP IHTIFYSVFH PTEGSKIKYE FPPNNLKNHG INFNTFKNYI IPKPILCHKL ITFKYGTYRI VCYPVTINSP IYARNFFSF NFVFVFPYDC ETSPYEPAIT RLGKMFKVLE EQNQLLSKSE RDPVFFDLKV LENSTTTPST AGPSSTPNPS S NTTPTHPT SEKDTKDMRS SRYSDLIKDL GLPQSAFSIQ DLLMRIFQDL NNYSECLIPI DEGNAVDIKI FPLLRPPTTC VS LEDVPLS SVNLKKIIDV NWDPTMMSIV PYIDGLNSIA KISKLSNSDP GLVIECIRHL IYYKCVTLSD IFQFSNIYAP SSL IRNFLT DPLMASDCQS YVTFPEVSKI SNLPLNKSLG SGDQDSPSFS VRRKSKSSSI PSNPDSRTTS FSSTSRVSQN SSLN SSFSS IYKDWRQSQT SCSSSNIHVI NNRNRFLPTR SCLFDLYRSL SQGQTLKTWY ESKYMILKEN NIDIRRFITF GLEKR IIYR CYSFPVMINA GSREPKEMTP IITKDLVNND KLLEKRNHNH LLSATGSRNT AQSGNLKPER PSKVSFEMQR VSSLAT GKS TMPKLSDEEE GILEESIRNA ETFDKICVLL SKPKLEVESY LNELGEFKVI NS

UniProtKB: Nitrogen permease regulator 2

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分子 #9: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 28 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio map
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.95 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2) / 使用した粒子像数: 208379
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2) / ソフトウェア - 詳細: Ab initio job / 詳細: Ab initio map
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2) / ソフトウェア - 詳細: Non-uniform refinement / 詳細: Non-uniform refinement
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

3f3f

chain_id: A, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

3mzk

chain_id: A, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
詳細AlphaFold predictions were used as starting models for Sea1, Sea2, Sea3, Sea4, Npr2 and Npr3. Rigid body fit was performed in Chimera, and manual building in Coot.
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-8adl:
Cryo-EM structure of the SEA complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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