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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-15351 | |||||||||
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タイトル | Pol alpha local refinement. Human replisome bound by Pol Alpha, engaged on a fork DNA substrate containing a 60 nt lagging strand. | |||||||||
マップデータ | Local refinement of Pol Alpha. Human replisome bound by Pol Alpha, engaged on a fork DNA substrate containing a 60 nt lagging strand. | |||||||||
試料 |
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キーワード | Replication (DNA複製) / helicase (ヘリカーゼ) / polymerase (ポリメラーゼ) / pol alpha / priming | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Jones ML / Yeeles JTP | |||||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2023 タイトル: How Pol a-primase is targeted to replisomes to prime eukaryotic DNA replication 著者: Jones ML / Aria V / Baris Y / Yeeles JTP | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_15351.map.gz | 62.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-15351-v30.xml emd-15351.xml | 11.5 KB 11.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_15351_fsc.xml | 10.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_15351.png | 57.3 KB | ||
その他 | emd_15351_half_map_1.map.gz emd_15351_half_map_2.map.gz | 115.9 MB 115.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15351 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15351 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ |
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-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_15351.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Local refinement of Pol Alpha. Human replisome bound by Pol Alpha, engaged on a fork DNA substrate containing a 60 nt lagging strand. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.2363 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half map B
ファイル | emd_15351_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map A
ファイル | emd_15351_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Replisome - pol alpha complex
全体 | 名称: Replisome - pol alpha complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Replisome - pol alpha complex
超分子 | 名称: Replisome - pol alpha complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 詳細: S. cerevisiae pol alpha bound to the core replisome engaged with a fork DNA substrate containing a 60 nucleotide lagging strand. |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.184 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |