[日本語] English
万見
- EMDB-15344: Type V-K CAST TnsB bound to LTR-SR -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15344
タイトルType V-K CAST TnsB bound to LTR-SR
マップデータ
試料
  • 複合体: Type V-K CAST TnsB bound to LTR-SR
    • タンパク質・ペプチド: TnsB
    • DNA: RightElement
    • DNA: LeftElement
生物種Scytonema hofmannii (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.2 Å
データ登録者Tenjo-Castano F / Sofos N / Lopez-Mendez B / Stutzke LS / Fuglsang A / Stella S / Montoya G
資金援助 デンマーク, 4件
OrganizationGrant number国
Novo Nordisk FoundationNNF0024386 デンマーク
Novo Nordisk FoundationNNF14CC0001 デンマーク
Novo Nordisk FoundationNNF17SA0030214 デンマーク
Novo Nordisk FoundationNNF18OC0055061 デンマーク
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structure of the TnsB transposase-DNA complex of type V-K CRISPR-associated transposon.
著者: Francisco Tenjo-Castaño / Nicholas Sofos / Blanca López-Méndez / Luisa S Stutzke / Anders Fuglsang / Stefano Stella / Guillermo Montoya /
要旨: CRISPR-associated transposons (CASTs) are mobile genetic elements that co-opted CRISPR-Cas systems for RNA-guided transposition. Here we present the 2.4 Å cryo-EM structure of the Scytonema ...CRISPR-associated transposons (CASTs) are mobile genetic elements that co-opted CRISPR-Cas systems for RNA-guided transposition. Here we present the 2.4 Å cryo-EM structure of the Scytonema hofmannii (sh) TnsB transposase from Type V-K CAST, bound to the strand transfer DNA. The strand transfer complex displays an intertwined pseudo-symmetrical architecture. Two protomers involved in strand transfer display a catalytically competent active site composed by DDE residues, while other two, which play a key structural role, show active sites where the catalytic residues are not properly positioned for phosphodiester hydrolysis. Transposon end recognition is accomplished by the NTD1/2 helical domains. A singular in trans association of NTD1 domains of the catalytically competent subunits with the inactive DDE domains reinforces the assembly. Collectively, the structural features suggest that catalysis is coupled to protein-DNA assembly to secure proper DNA integration. DNA binding residue mutants reveal that lack of specificity decreases activity, but it could increase transposition in some cases. Our structure sheds light on the strand transfer reaction of DDE transposases and offers new insights into CAST transposition.
履歴
登録2022年7月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年10月19日-
マップ公開2022年10月19日-
更新2022年10月19日-
現状2022年10月19日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_15344.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15344.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.98 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0504
最小 - 最大-0.13324593 - 0.46563247
平均 (標準偏差)-1.9994433e-05 (±0.013075983)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 392.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_15344_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_15344_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Type V-K CAST TnsB bound to LTR-SR

全体名称: Type V-K CAST TnsB bound to LTR-SR
要素
  • 複合体: Type V-K CAST TnsB bound to LTR-SR
    • タンパク質・ペプチド: TnsB
    • DNA: RightElement
    • DNA: LeftElement

-
超分子 #1: Type V-K CAST TnsB bound to LTR-SR

超分子名称: Type V-K CAST TnsB bound to LTR-SR / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Scytonema hofmannii (バクテリア)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量実験値: 359 KDa

-
分子 #1: TnsB

分子名称: TnsB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Scytonema hofmannii (バクテリア)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MNSQQNPDLA VHPLAIPMEG LLGESATTLE KNVIATQLSE EAQVKLEVIQ SLLEPCDRTT YGQKLREAAE KLNVSLRTVQ RLVKNWEQDG LVGLTQTSRA DKGKHRIGEF WEN FITKTY KEGNKGSKRM TPKQVALRVE AKARELKDSK PPNYKTVLRV LAPILEKQQK ...文字列:
MNSQQNPDLA VHPLAIPMEG LLGESATTLE KNVIATQLSE EAQVKLEVIQ SLLEPCDRTT YGQKLREAAE KLNVSLRTVQ RLVKNWEQDG LVGLTQTSRA DKGKHRIGEF WEN FITKTY KEGNKGSKRM TPKQVALRVE AKARELKDSK PPNYKTVLRV LAPILEKQQK AKSIRSPGWR GTTLSVKTRE GKDLSVDYSN HVWQCDHTRV DVLLVDQHGE ILSRPWLT T VIDTYSRCIM GINLGFDAPS SGVVALALRH AILPKRYGSE YKLHCEWGTY GKPEHFYTDG GKDFRSNHLS QIGAQLGFVC HLRDRPSEGG VVERPFKTLN DQLFSTLPGY TGSN VQERP EDAEKDARLT LRELEQLLVR YIVDRYNQSI DARMGDQTRF ERWEAGLPTV PVPIPERDLD ICLMKQSRRT VQRGGCLQFQ NLMYRGEYLA GYAGETVNLR FDPRDITTI LVYRQENNQE VFLTRAHAQG LETEQLALDE AEAASRRLRT AGKTISNQSL LQEVVDRDAL VATKKSRKER QKLEQTVLRS AAVDESNRES LPSQIVEPDE VESTETVHSQ YEDIEVWDYE QLREEYGFGS EFELENLYFQ

-
分子 #2: RightElement

分子名称: RightElement / タイプ: dna / ID: 2 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Scytonema hofmannii (バクテリア)
配列文字列: TGCTACGTCT CTACGTGTAC AGTGACTAAT TATATGTCGT TGTGACAAAT TATTGTCATC AGTAAAATCC TTATACAGTA TAGATTATAG CGCTTTGGCA GTTTTAGCAT AACCTCTTTG CAGTGACAAA ATAGATGTCG TTGTCCGTGA TTGTGACAAA TTAGCTGTCG ...文字列:
TGCTACGTCT CTACGTGTAC AGTGACTAAT TATATGTCGT TGTGACAAAT TATTGTCATC AGTAAAATCC TTATACAGTA TAGATTATAG CGCTTTGGCA GTTTTAGCAT AACCTCTTTG CAGTGACAAA ATAGATGTCG TTGTCCGTGA TTGTGACAAA TTAGCTGTCG CTTTGCAAGA TAGGAAAAAG CTTTTGTGTA TTTTCATAAT GACAAATTGA CTGTCGCAGG AGGTAA

-
分子 #3: LeftElement

分子名称: LeftElement / タイプ: dna / ID: 3 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Scytonema hofmannii (バクテリア)
配列文字列:
ATTATATTGA TGACATTTAA TTTGTCATCA ATTAATTAAG CAACGCTGAT GGGTCACGAC GACAATTAAA TAGTCACAAT GACATTAATC TGTCACCGAC GACAGATAAT TTGTCACTGT ACACTACGCC TTTTGTGG

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
300.0 mMNaClsodium chloride
50.0 mMHEPES2-[4-(2-hydroxyethyl)piperazin-1-yl]ethanesulfonic acid
5.0 mMMgCl2magnesium chloride
1.0 mMTCEPTris(2-carboxyethyl)phosphine
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 738 / 平均露光時間: 40.0 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm / 倍率（公称値）: 150000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 38871
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
初期モデルモデルのタイプ: NONE
詳細: Ab initio reconstruction in cryoSPARC from the same data.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 11.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2) / 使用した粒子像数: 5554
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)

-
原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る