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- EMDB-1533: Three-dimensional structure of the Grass carp reovirus virion. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1533
タイトルThree-dimensional structure of the Grass carp reovirus virion.
マップデータThree-dimensional structure of the grass carp reovirus virion.
試料
  • 試料: Grass carp reovirus virion
  • ウイルス: Grass carp reovirus (ウイルス)
キーワードGrass carp reovirus / aquareovirus / dsRNA virus / 3D structure / reoviridae / cryo-electron microscopy
生物種Grass carp reovirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.0 Å
データ登録者Cheng L / Fang Q / Shah S / Atanasov IC / Zhou ZH
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2008
タイトル: Subnanometer-resolution structures of the grass carp reovirus core and virion.
著者: Lingpeng Cheng / Qin Fang / Sanket Shah / Ivo C Atanasov / Z Hong Zhou /
要旨: Grass carp reovirus (GCRV) is a member of the Aquareovirus genus of the family Reoviridae, a large family of double-stranded RNA (dsRNA) viruses infecting plants, insects, fishes and mammals. We ...Grass carp reovirus (GCRV) is a member of the Aquareovirus genus of the family Reoviridae, a large family of double-stranded RNA (dsRNA) viruses infecting plants, insects, fishes and mammals. We report the first subnanometer-resolution three-dimensional structures of both GCRV core and virion by cryoelectron microscopy. These structures have allowed the delineation of interactions among the over 1000 molecules in this enormous macromolecular machine and a detailed comparison with other dsRNA viruses at the secondary-structure level. The GCRV core structure shows that the inner proteins have strong structural similarities with those of orthoreoviruses even at the level of secondary-structure elements, indicating that the structures involved in viral dsRNA interaction and transcription are highly conserved. In contrast, the level of similarity in structures decreases in the proteins situated in the outer layers of the virion. The proteins involved in host recognition and attachment exhibit the least similarities to other members of Reoviridae. Furthermore, in GCRV, the RNA-translocating turrets are in an open state and lack a counterpart for the sigma1 protein situated on top of the close turrets observed in mammalian orthoreovirus. Interestingly, the distribution and the organization of GCRV core proteins resemble those of the cytoplasmic polyhedrosis virus, a cypovirus and the structurally simplest member of the Reoviridae family. Our results suggest that GCRV occupies a unique structure niche between the simpler cypoviruses and the considerably more complex mammalian orthoreovirus, thus providing an important model for understanding the structural and functional conservation and diversity of this enormous family of dsRNA viruses.
履歴
登録2008年7月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2008年7月3日-
マップ公開2009年4月30日-
更新2013年8月28日-
現状2013年8月28日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

virion2f.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1533.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 187.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Three-dimensional structure of the grass carp reovirus virion.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.12 Å/pix.
x 233 pix.
= 259.84 Å		1.12 Å/pix.
x 465 pix.
= 519.68 Å		1.12 Å/pix.
x 465 pix.
= 519.68 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズ
XYZ
EMDB情報1.121.121.12
CCP4マップ ヘッダ情報1.121.121.12
EM Navigator ムービー #11.94321.94321.9432
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.5 / ムービー #1: 2
最小 - 最大-9.1707 - 11.256
平均 (標準偏差)0.0666267 (±1.39446)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ465465233
Spacing465465233
セルA: 519.68 Å / B: 519.68 Å / C: 259.84 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.121.121.12
M x/y/z464464232
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z519.680519.680259.840
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-75-75-74
NX/NY/NZ150150150
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS465465233
D min/max/mean-9.17111.2560.067

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Grass carp reovirus virion

全体名称: Grass carp reovirus virion
要素
  • 試料: Grass carp reovirus virion
  • ウイルス: Grass carp reovirus (ウイルス)

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超分子 #1000: Grass carp reovirus virion

超分子名称: Grass carp reovirus virion / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 5

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超分子 #1: Grass carp reovirus

超分子名称: Grass carp reovirus / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: aquareovirus / NCBI-ID: 128987 / 生物種: Grass carp reovirus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: aquareovirus
宿主生物種: Ctenopharyngodon idella (ソウギョ) / 別称: VERTEBRATES
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: GCRV virion / 直径: 880 Å / T番号(三角分割数): 13

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
詳細: PBS, 137mM NaCL, 2.7mM KCl, 8.1mM Na2HP04, 1.5mM KH2PO4
グリッド詳細: 400 mesh
凍結凍結剤: NITROGEN / 装置: OTHER
手法: Blot for 1 seconds before plunging. The sample was quickly plunged into a bath of liquid ethane cooled by liquid nitrogen.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GENERIC TVIPS (4k x 4k)
平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 32
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 161020 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: DIFFRACTION / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 93000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The particles were selected using an automatic selection program and verified manually.
CTF補正詳細: Each micrograph
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMIRS / 使用した粒子像数: 2755

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1jmu

ソフトウェア名称: UCSF Chimera
詳細Protocol: Rigid Body. Automatically done by UCSF Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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