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万見
- EMDB-15299: Mouse endoribonuclease Dicer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15299
タイトルMouse endoribonuclease Dicer
マップデータLocally refined electron density map of Dicer helicase domain
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Free form of mouse somatic dicer
キーワードendoribonuclease / gene silencing / post-transcriptional / catalytic enzyme / cytoplasm / RNA BINDING PROTEIN
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.18 Å
データ登録者Zanova M / Zapletal D / Kubicek K / Stefl R / Pinkas M / Novacek J
資金援助 チェコ, 2件
OrganizationGrant number国
Czech Science FoundationGA22-19896S チェコ
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicLM2018127 チェコ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Mammalian Dicer uses its helicase domain to control RNA processing
著者: Zapletal D / Kubicek K / Zanova M / Sebesta M / Pinkas M / Malik R / Joseph DF / Novacek J / Svoboda P / Stefl R
履歴
登録2022年7月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年7月12日-
マップ公開2023年7月12日-
更新2023年7月12日-
現状2023年7月12日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15299.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15299.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Locally refined electron density map of Dicer helicase domain
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 317.952 Å		0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 317.952 Å		0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 317.952 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.828 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0991
最小 - 最大-0.14186405 - 3.9037466
平均 (標準偏差)0.000424258 (±0.014920531)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 317.952 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_15299_half_map_1.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_15299_half_map_2.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Free form of mouse somatic dicer

全体名称: Free form of mouse somatic dicer
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Free form of mouse somatic dicer

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超分子 #1: Free form of mouse somatic dicer

超分子名称: Free form of mouse somatic dicer / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.20 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称
50.0 mMTris
100.0 mMSodium Chloride
1.0 mMDithiotreitol
2.0 mMMagensium Chloride

詳細: The buffer was always prepared fresh
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Described in STAR methods.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 実像数: 6354 / 平均電子線量: 55.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 862842
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 81 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.18 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v3.3.1)
詳細: Locally refined electron density map of Dicer helicase domain
使用した粒子像数: 92906
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 3次元分類クラス数: 100 / 平均メンバー数/クラス: 1377 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v3.3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

詳細Endoribonuclease mouse Dicer from AlphaFold database was used as initial model. Initial local fitting into combined map from locally refined protein parts was done using Chimera and then Coot's Real Space Refine Zone.
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 87.8
当てはまり具合の基準: Ramachandran Plot, Rotamer Analysis, Density Analysis

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原子モデル構築 2

詳細PHENIX Real-space refinement was used for flexible fitting.
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 87.8 / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient

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原子モデル構築 3

詳細ISOLDE was used for flexible fitting with defined torsion restraints
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 87.8
当てはまり具合の基準: Ramachandran Plot, Rotamer Analysis, Clash Score

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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