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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1527
タイトルThe structure of phosphorylase kinase holoenzyme at 9.9 A resolution and location of the catalytic subunit and the substrate glycogen phosphorylase
マップデータ3D map of PhK
試料
  • 試料: Phosphorylase kinase holoenzyme purified from rabbit muscle
  • タンパク質・ペプチド: Phosphorylase kinase
キーワードPhosphorylase kinase
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.9 Å
データ登録者Venien-Bryan C / Jonic S / Skamnaki V / Brown N / Bishler N / Oikonomakos NG / Boisset N / Johnson LN
引用ジャーナル: Structure / 年: 2009
タイトル: The structure of phosphorylase kinase holoenzyme at 9.9 angstroms resolution and location of the catalytic subunit and the substrate glycogen phosphorylase.
著者: Catherine Vénien-Bryan / Slavica Jonic / Vasiliki Skamnaki / Nick Brown / Nicolas Bischler / Nikos G Oikonomakos / Nicolas Boisset / Louise N Johnson /
要旨: Phosphorylase kinase (PhK) coordinates hormonal and neuronal signals to initiate the breakdown of glycogen. The enzyme catalyzes the phosphorylation of inactive glycogen phosphorylase b (GPb), ...Phosphorylase kinase (PhK) coordinates hormonal and neuronal signals to initiate the breakdown of glycogen. The enzyme catalyzes the phosphorylation of inactive glycogen phosphorylase b (GPb), resulting in the formation of active glycogen phosphorylase a. We present a 9.9 angstroms resolution structure of PhK heterotetramer (alphabetagammadelta)4 determined by cryo-electron microscopy single-particle reconstruction. The enzyme has a butterfly-like shape comprising two lobes with 222 symmetry. This three-dimensional structure has allowed us to dock the catalytic gamma subunit to the PhK holoenzyme at a location that is toward the ends of the lobes. We have also determined the structure of PhK decorated with GPb at 18 angstroms resolution, which shows the location of the substrate near the kinase subunit. The PhK preparation contained a number of smaller particles whose structure at 9.8 angstroms resolution was consistent with a proteolysed activated form of PhK that had lost the alpha subunits and possibly the gamma subunits.
履歴
登録2008年6月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2008年6月24日-
マップ公開2009年4月2日-
更新2012年10月24日-
現状2012年10月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.001
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.001
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1527.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1527.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 21.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3D map of PhK
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.07 Å
密度
表面レベル1: 0.000757 / ムービー #1: 0.001
最小 - 最大-0.0273353 - 0.0300857
平均 (標準偏差)0.0000545086 (±0.00140281)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ180180180
Spacing180180180
セルA=B=C: 372.6 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.072.072.07
M x/y/z180180180
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z372.600372.600372.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-75-75-74
NX/NY/NZ150150150
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS180180180
D min/max/mean-0.0270.0300.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Phosphorylase kinase holoenzyme purified from rabbit muscle

全体名称: Phosphorylase kinase holoenzyme purified from rabbit muscle
要素
  • 試料: Phosphorylase kinase holoenzyme purified from rabbit muscle
  • タンパク質・ペプチド: Phosphorylase kinase

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超分子 #1000: Phosphorylase kinase holoenzyme purified from rabbit muscle

超分子名称: Phosphorylase kinase holoenzyme purified from rabbit muscle
タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: hexadecamer assembly of four different subunits arranged as an (abgd)4 tetramer
Number unique components: 4
分子量実験値: 1.3 MDa / 理論値: 1.3 MDa

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分子 #1: Phosphorylase kinase

分子名称: Phosphorylase kinase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: PhK / コピー数: 4 / 集合状態: hexadecamer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 別称: Rabbit / 組織: muscle
分子量実験値: 1.3 MDa / 理論値: 1.3 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.0 mg/mL
緩衝液pH: 8.2
詳細: 100mM NaCl, 0.3 mM CaCl2, 5mM MgCl2, 50 mM Hepes, pH 8.2
グリッド詳細: 400-mesh copper grid coated with a thin holey-carbon film
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: Vitrification instrument: Manual. 5 microL were applied on a 200 mesh copper grid, coated with a thin holey carbon film. After blotting the excess of solution with Whatman paper, the grid was ...詳細: Vitrification instrument: Manual. 5 microL were applied on a 200 mesh copper grid, coated with a thin holey carbon film. After blotting the excess of solution with Whatman paper, the grid was rapidly plunged into liquid ethane
手法: Single-sided blotting

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2010UHR
温度最低: 91.15 K / 最高: 93.15 K / 平均: 93.15 K
詳細low dose illumination
日付2005年4月13日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000
デジタル化 - サンプリング間隔: 2.07 µm / 実像数: 98 / 平均電子線量: 10 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.5 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.8 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Gatan / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

詳細The particles were selected using an automatic selection program
CTF補正詳細: Wiener filtration of volumes from focal series
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D2 (2回x2回 2面回転対称)
アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER
詳細: Final map was calculated using five groups of defocus
使用した粒子像数: 18123

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2phk

ソフトウェア名称: Situs
詳細Protocol: rigid body
精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
当てはまり具合の基準: cross correlation coefficient

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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