[日本語] English
万見
- EMDB-15233: Structure of the MAPK p38alpha in complex with its activating MAP... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15233
タイトルStructure of the MAPK p38alpha in complex with its activating MAP2K MKK6
マップデータunsharpened map
試料
  • 複合体: Complex between the MAP2K MKK6 and its substrate MAPK p38alpha
    • 複合体: Mitogen-activated protein kinase 14 (MAPK p38alpha)
      • タンパク質・ペプチド: Mitogen-activated protein kinase 14
    • 複合体: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 6 (MAP2K MKK6)
      • タンパク質・ペプチド: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 6
  • リガンド: PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードKinase / Signalling / MAP kinase / phosphoryl transfer / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / mitogen-activated protein kinase kinase / stress-activated protein kinase signaling cascade / positive regulation of cyclase activity / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / negative regulation of cold-induced thermogenesis / regulation of synaptic membrane adhesion / stress-induced premature senescence / CD163 mediating an anti-inflammatory response / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway ...nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / mitogen-activated protein kinase kinase / stress-activated protein kinase signaling cascade / positive regulation of cyclase activity / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / negative regulation of cold-induced thermogenesis / regulation of synaptic membrane adhesion / stress-induced premature senescence / CD163 mediating an anti-inflammatory response / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / positive regulation of myoblast fusion / cellular response to UV-B / cartilage condensation / Platelet sensitization by LDL / mitogen-activated protein kinase p38 binding / positive regulation of muscle cell differentiation / Myogenesis / positive regulation of myotube differentiation / NFAT protein binding / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / Activation of the AP-1 family of transcription factors / D-glucose import / PI5P Regulates TP53 Acetylation / p38MAPK cascade / ERK/MAPK targets / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / response to dietary excess / fatty acid oxidation / cellular response to lipoteichoic acid / response to muramyl dipeptide / MAP kinase kinase activity / Uptake and function of anthrax toxins / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / regulation of ossification / signal transduction in response to DNA damage / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / MAP kinase activity / mitogen-activated protein kinase / chondrocyte differentiation / negative regulation of hippo signaling / positive regulation of myoblast differentiation / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / stress-activated MAPK cascade / skeletal muscle tissue development / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / cardiac muscle contraction / p38MAPK events / striated muscle cell differentiation / positive regulation of brown fat cell differentiation / response to muscle stretch / positive regulation of interleukin-12 production / cellular response to ionizing radiation / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / osteoclast differentiation / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of erythrocyte differentiation / DNA damage checkpoint signaling / placenta development / regulation of signal transduction by p53 class mediator / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of D-glucose import / NOD1/2 Signaling Pathway / stem cell differentiation / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / response to insulin / bone development / PKR-mediated signaling / Interleukin-1 signaling / cellular response to virus / platelet activation / positive regulation of protein import into nucleus / VEGFA-VEGFR2 Pathway / glucose metabolic process / cell morphogenesis / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / chemotaxis / spindle pole / osteoblast differentiation / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / cellular senescence / MAPK cascade / cellular response to lipopolysaccharide / Oxidative Stress Induced Senescence / protein tyrosine kinase activity / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / angiogenesis / protein phosphatase binding / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / transcription by RNA polymerase II / cytoskeleton / cell surface receptor signaling pathway / regulation of cell cycle / positive regulation of MAPK cascade / nuclear speck / intracellular signal transduction / protein serine kinase activity
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 6 / Mitogen-activated protein kinase 14
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者Bowler MW / Juyoux P / Pellegrini E
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用
ジャーナル: Science / 年: 2023
タイトル: Architecture of the MKK6-p38α complex defines the basis of MAPK specificity and activation.
著者: Pauline Juyoux / Ioannis Galdadas / Dorothea Gobbo / Jill von Velsen / Martin Pelosse / Mark Tully / Oscar Vadas / Francesco Luigi Gervasio / Erika Pellegrini / Matthew W Bowler /
要旨: The mitogen-activated protein kinase (MAPK) p38α is a central component of signaling in inflammation and the immune response and is, therefore, an important drug target. Little is known about the ...The mitogen-activated protein kinase (MAPK) p38α is a central component of signaling in inflammation and the immune response and is, therefore, an important drug target. Little is known about the molecular mechanism of its activation by double phosphorylation from MAPK kinases (MAP2Ks), because of the challenge of trapping a transient and dynamic heterokinase complex. We applied a multidisciplinary approach to generate a structural model of p38α in complex with its MAP2K, MKK6, and to understand the activation mechanism. Integrating cryo-electron microscopy with molecular dynamics simulations, hydrogen-deuterium exchange mass spectrometry, and experiments in cells, we demonstrate a dynamic, multistep phosphorylation mechanism, identify catalytically relevant interactions, and show that MAP2K-disordered amino termini determine pathway specificity. Our work captures a fundamental step of cell signaling: a kinase phosphorylating its downstream target kinase.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022
タイトル: Architecture of the MKK6-p38 alpha complex defines the basis of MAPK specificity and activation
著者: Juyoux P / Galdadas I / Gobbo D / Tully M / Gervasio FL / Pellegrini E / Bowler MW
履歴
登録2022年6月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年7月13日-
マップ公開2022年7月13日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_15233.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15233.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈unsharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.64 Å/pix.
x 400 pix.
= 255.2 Å		0.64 Å/pix.
x 400 pix.
= 255.2 Å		0.64 Å/pix.
x 400 pix.
= 255.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.638 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.018
最小 - 最大-0.104980186 - 0.21220645
平均 (標準偏差)-0.00024204231 (±0.004240711)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 255.20001 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_15233_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map A

ファイルemd_15233_half_map_1.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map B

ファイルemd_15233_half_map_2.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Complex between the MAP2K MKK6 and its substrate MAPK p38alpha

全体名称: Complex between the MAP2K MKK6 and its substrate MAPK p38alpha
要素
  • 複合体: Complex between the MAP2K MKK6 and its substrate MAPK p38alpha
    • 複合体: Mitogen-activated protein kinase 14 (MAPK p38alpha)
      • タンパク質・ペプチド: Mitogen-activated protein kinase 14
    • 複合体: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 6 (MAP2K MKK6)
      • タンパク質・ペプチド: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 6
  • リガンド: PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION

-
超分子 #1: Complex between the MAP2K MKK6 and its substrate MAPK p38alpha

超分子名称: Complex between the MAP2K MKK6 and its substrate MAPK p38alpha
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
分子量理論値: 80.2 KDa

-
超分子 #2: Mitogen-activated protein kinase 14 (MAPK p38alpha)

超分子名称: Mitogen-activated protein kinase 14 (MAPK p38alpha) / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
超分子 #3: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 6 (MAP2K...

超分子名称: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 6 (MAP2K MKK6)
タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
分子 #1: Mitogen-activated protein kinase 14

分子名称: Mitogen-activated protein kinase 14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: mitogen-activated protein kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 43.647727 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SSGLEVLFQG PMSQERPTFY RQELNKTIWE VPERYQNLSP VGSGAYGSVC AAFDTKTGLR VAVKKLSRPF QSIIHAKRT YRELRLLKHM KHENVIGLLD VFTPARSLEE FNDVYLVTHL MGADLNNIVK CQKLTDDHVQ FLIYQILRGL K YIHSADII ...文字列:
MGSSHHHHHH SSGLEVLFQG PMSQERPTFY RQELNKTIWE VPERYQNLSP VGSGAYGSVC AAFDTKTGLR VAVKKLSRPF QSIIHAKRT YRELRLLKHM KHENVIGLLD VFTPARSLEE FNDVYLVTHL MGADLNNIVK CQKLTDDHVQ FLIYQILRGL K YIHSADII HRDLKPSNLA VNEDCELKIL DFGLARHTDD EMVGYVATRW YRAPEIMLNW MHYNQTVDIW SVGCIMAELL TG RTLFPGT DHIDQLKLIL RLVGTPGAEL LKKISSESAR NYIQSLTQMP KMNFANVFIG ANPLAVDLLE KMLVLDSDKR ITA AQALAH AYFAQYHDPD DEPVADPYDQ SFESRDLLID EWKSLTYDEV ISFVPPPLDQ EEMES

UniProtKB: Mitogen-activated protein kinase 14

-
分子 #2: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 6

分子名称: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 6
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: mitogen-activated protein kinase kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 41.822844 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGSQLLERRG VSELPPLYIP KEAFEQPQTS STPPRDLDSK ACISIGNQNF EVKADDLEPI MELGRGAYGV VEKMRHVPSG QIMAVKRIR ATVNSQEQKR LLMDLDISMR TVDCPFTVTF YGALFREGDV WICMELMDTS LDKFYKQVID KGQTIPEDIL G KIAVSIVK ...文字列:
MGSQLLERRG VSELPPLYIP KEAFEQPQTS STPPRDLDSK ACISIGNQNF EVKADDLEPI MELGRGAYGV VEKMRHVPSG QIMAVKRIR ATVNSQEQKR LLMDLDISMR TVDCPFTVTF YGALFREGDV WICMELMDTS LDKFYKQVID KGQTIPEDIL G KIAVSIVK ALEHLHSKLS VIHRDVKPSN VLINALGQVK MCDFGISGYL VDDVAKDIDA GCKPYMAPER INPELNQKGY SV KSDIWSL GITMIELAIL RFPYDSWGTP FQQLKQVVEE PSPQLPADKF SAEFVDFTSQ CLKKNSKERP TYPELMQHPF FTL HESKGT DVASFVKLIL GDLEVLFQGP WSHPQFEKGG GSGGGSGGSA WSHPQFEK

UniProtKB: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 6

-
分子 #3: PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER

分子名称: PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: AP2
分子量理論値: 425.228 Da
Chemical component information

ChemComp-A12:
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / α,β-メチレンADP

-
分子 #4: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.48 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
200.0 mMNaClsodium chloride
10.0 mMMgCl2magnesium chloride
50.0 mMHEPESHEPES
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 101.325 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot for 3.5 seconds.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 70.0 K / 最高: 70.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 28633 / 平均電子線量: 62.77 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 215000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2) / 使用した粒子像数: 35123
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.2)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

5etc

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5eta

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6yg1

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8a8m:
Structure of the MAPK p38alpha in complex with its activating MAP2K MKK6

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る