[日本語] English
万見
- EMDB-15135: Human RNA polymerase I -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15135
タイトルHuman RNA polymerase I
マップデータ
試料
  • 複合体: RNA polymerase I
    • タンパク質・ペプチド: x 12種
キーワードRNA polymerase I / human rDNA transcription / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase I transcription regulator complex / negative regulation of protein localization to nucleolus / nucleologenesis / neural crest formation / RNA Polymerase III Chain Elongation / RNA Polymerase III Transcription Termination / DNA/RNA hybrid binding / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / regulation of transcription by RNA polymerase I / RPAP3/R2TP/prefoldin-like complex ...RNA polymerase I transcription regulator complex / negative regulation of protein localization to nucleolus / nucleologenesis / neural crest formation / RNA Polymerase III Chain Elongation / RNA Polymerase III Transcription Termination / DNA/RNA hybrid binding / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / regulation of transcription by RNA polymerase I / RPAP3/R2TP/prefoldin-like complex / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / Cytosolic sensors of pathogen-associated DNA / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / nucleobase-containing compound metabolic process / Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / RNA Polymerase I Transcription Termination / FGFR2 alternative splicing / MicroRNA (miRNA) biogenesis / Viral Messenger RNA Synthesis / Signaling by FGFR2 IIIa TM / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / mRNA Capping / termination of RNA polymerase I transcription / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / mRNA Splicing - Minor Pathway / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / PIWI-interacting RNA (piRNA) biogenesis / RNA Polymerase I Transcription Initiation / rRNA transcription / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / transcription by RNA polymerase III / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / RNA polymerase I complex / transcription elongation by RNA polymerase I / RNA polymerase III complex / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / transcription by RNA polymerase I / RNA polymerase II, core complex / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / embryo implantation / Inhibition of DNA recombination at telomere / mRNA Splicing - Major Pathway / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / protein-DNA complex / NoRC negatively regulates rRNA expression / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / ribonucleoside binding / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / fibrillar center / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / single-stranded DNA binding / chromosome / Estrogen-dependent gene expression / nucleic acid binding / transcription by RNA polymerase II / protein dimerization activity / protein stabilization / chromatin binding / chromatin / nucleolus / magnesium ion binding / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA-directed RNA polymerase I, subunit RPA34.5 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34.5 / RNA polymerase I associated factor, A49-like / A49-like RNA polymerase I associated factor / Pol I subunit A12, C-terminal zinc ribbon / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA2, domain 4 / DNA-directed RNA pol I, largest subunit / : / RNA polymerase I, Rpa2 specific domain / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit AC19 ...DNA-directed RNA polymerase I, subunit RPA34.5 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34.5 / RNA polymerase I associated factor, A49-like / A49-like RNA polymerase I associated factor / Pol I subunit A12, C-terminal zinc ribbon / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA2, domain 4 / DNA-directed RNA pol I, largest subunit / : / RNA polymerase I, Rpa2 specific domain / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit AC19 / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit AC40 / Zinc finger TFIIS-type signature. / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / : / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / Zinc finger, TFIIS-type / Transcription factor S-II (TFIIS) / Zinc finger TFIIS-type profile. / C2C2 Zinc finger / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Archaeal Rpo6/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerases K / 14 to 18 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA1 / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49 ...DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA1 / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA2 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA12
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.09 Å
データ登録者Daiss JL / Pilsl M / Straub K / Bleckmann A / Hoecherl M / Heiss FB / Abascal-Palacios G / Ramsay E / Tluckova K / Mars JC ...Daiss JL / Pilsl M / Straub K / Bleckmann A / Hoecherl M / Heiss FB / Abascal-Palacios G / Ramsay E / Tluckova K / Mars JC / Fuertges T / Bruckmann A / Rudack T / Bernecky C / Lamour V / Panov K / Vannini A / Moss T / Engel C
資金援助 ドイツ, 2件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)EN 1204/1-1 ドイツ
German Research Foundation (DFG)CRC 960 ドイツ
引用ジャーナル: Life Sci Alliance / 年: 2022
タイトル: The human RNA polymerase I structure reveals an HMG-like docking domain specific to metazoans.
著者: Julia L Daiß / Michael Pilsl / Kristina Straub / Andrea Bleckmann / Mona Höcherl / Florian B Heiss / Guillermo Abascal-Palacios / Ewan P Ramsay / Katarina Tlučková / Jean-Clement Mars / ...著者: Julia L Daiß / Michael Pilsl / Kristina Straub / Andrea Bleckmann / Mona Höcherl / Florian B Heiss / Guillermo Abascal-Palacios / Ewan P Ramsay / Katarina Tlučková / Jean-Clement Mars / Torben Fürtges / Astrid Bruckmann / Till Rudack / Carrie Bernecky / Valérie Lamour / Konstantin Panov / Alessandro Vannini / Tom Moss / Christoph Engel /
要旨: Transcription of the ribosomal RNA precursor by RNA polymerase (Pol) I is a major determinant of cellular growth, and dysregulation is observed in many cancer types. Here, we present the purification ...Transcription of the ribosomal RNA precursor by RNA polymerase (Pol) I is a major determinant of cellular growth, and dysregulation is observed in many cancer types. Here, we present the purification of human Pol I from cells carrying a genomic GFP fusion on the largest subunit allowing the structural and functional analysis of the enzyme across species. In contrast to yeast, human Pol I carries a single-subunit stalk, and in vitro transcription indicates a reduced proofreading activity. Determination of the human Pol I cryo-EM reconstruction in a close-to-native state rationalizes the effects of disease-associated mutations and uncovers an additional domain that is built into the sequence of Pol I subunit RPA1. This "dock II" domain resembles a truncated HMG box incapable of DNA binding which may serve as a downstream transcription factor-binding platform in metazoans. Biochemical analysis, in situ modelling, and ChIP data indicate that Topoisomerase 2a can be recruited to Pol I via the domain and cooperates with the HMG box domain-containing factor UBF. These adaptations of the metazoan Pol I transcription system may allow efficient release of positive DNA supercoils accumulating downstream of the transcription bubble.
履歴
登録2022年6月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月31日-
マップ公開2022年8月31日-
更新2024年11月20日-
現状2024年11月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_15135.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15135.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 26.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.51 Å/pix.
x 190 pix.
= 286.607 Å		1.51 Å/pix.
x 190 pix.
= 286.607 Å		1.51 Å/pix.
x 190 pix.
= 286.607 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.50846 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0154
最小 - 最大-0.0588106 - 0.11714794
平均 (標準偏差)0.00056057016 (±0.0036750168)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ190190190
Spacing190190190
セルA=B=C: 286.60742 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_15135_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_15135_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

+
全体 : RNA polymerase I

全体名称: RNA polymerase I
要素
  • 複合体: RNA polymerase I
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA1
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA2
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA12
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34

+
超分子 #1: RNA polymerase I

超分子名称: RNA polymerase I / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA1

分子名称: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 195.069047 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MLISKNMPWR RLQGISFGMY SAEELKKLSV KSITNPRYLD SLGNPSANGL YDLALGPADS KEVCSTCVQD FSNCSGHLGH IELPLTVYN PLLFDKLYLL LRGSCLNCHM LTCPRAVIHL LLCQLRVLEV GALQAVYELE RILNRFLEEN PDPSASEIRE E LEQYTTEI ...文字列:
MLISKNMPWR RLQGISFGMY SAEELKKLSV KSITNPRYLD SLGNPSANGL YDLALGPADS KEVCSTCVQD FSNCSGHLGH IELPLTVYN PLLFDKLYLL LRGSCLNCHM LTCPRAVIHL LLCQLRVLEV GALQAVYELE RILNRFLEEN PDPSASEIRE E LEQYTTEI VQNNLLGSQG AHVKNVCESK SKLIALFWKA HMNAKRCPHC KTGRSVVRKE HNSKLTITFP AMVHRTAGQK DS EPLGIEE AQIGKRGYLT PTSAREHLSA LWKNEGFFLN YLFSGMDDDG MESRFNPSVF FLDFLVVPPS RYRPVSRLGD QMF TNGQTV NLQAVMKDVV LIRKLLALMA QEQKLPEEVA TPTTDEEKDS LIAIDRSFLS TLPGQSLIDK LYNIWIRLQS HVNI VFDSE MDKLMMDKYP GIRQILEKKE GLFRKHMMGK RVDYAARSVI CPDMYINTNE IGIPMVFATK LTYPQPVTPW NVQEL RQAV INGPNVHPGA SMVINEDGSR TALSAVDMTQ REAVAKQLLT PATGAPKPQG TKIVCRHVKN GDILLLNRQP TLHRPS IQA HRARILPEEK VLRLHYANCK AYNADFDGDE MNAHFPQSEL GRAEAYVLAC TDQQYLVPKD GQPLAGLIQD HMVSGAS MT TRGCFFTREH YMELVYRGLT DKVGRVKLLS PSILKPFPLW TGKQVVSTLL INIIPEDHIP LNLSGKAKIT GKAWVKET P RSVPGFNPDS MCESQVIIRE GELLCGVLDK AHYGSSAYGL VHCCYEIYGG ETSGKVLTCL ARLFTAYLQL YRGFTLGVE DILVKPKADV KRQRIIEEST HCGPQAVRAA LNLPEAASYD EVRGKWQDAH LGKDQRDFNM IDLKFKEEVN HYSNEINKAC MPFGLHRQF PENSLQMMVQ SGAKGSTVNT MQISCLLGQI ELEGRRPPLM ASGKSLPCFE PYEFTPRAGG FVTGRFLTGI K PPEFFFHC MAGREGLVDT AVKTSRSGYL QRCIIKHLEG LVVQYDLTVR DSDGSVVQFL YGEDGLDIPK TQFLQPKQFP FL ASNYEVI MKSQHLHEVL SRADPKKALH HFRAIKKWQS KHPNTLLRRG AFLSYSQKIQ EAVKALKLES ENRNGRSPGT QEM LRMWYE LDEESRRKYQ KKAAACPDPS LSVWRPDIYF ASVSETFETK VDDYSQEWAA QTEKSYEKSE LSLDRLRTLL QLKW QRSLC EPGEAVGLLA AQSIGEPSTQ MTLNTFHFAG RGEMNVTLGI PRLREILMVA SANIKTPMMS VPVLNTKKAL KRVKS LKKQ LTRVCLGEVL QKIDVQESFC MEEKQNKFQV YQLRFQFLPH AYYQQEKCLR PEDILRFMET RFFKLLMESI KKKNNK ASA FRNVNTRRAT QRDLDNAGEL GRSRGEQEGD EEEEGHIVDA EAEEGDADAS DAKRKEKQEE EVDYESEEEE EREGEEN DD EDMQEERNPH REGARKTQEQ DEEVGLGTEE DPSLPALLTQ PRKPTHSQEP QGPEAMERRV QAVREIHPFI DDYQYDTE E SLWCQVTVKL PLMKINFDMS SLVVSLAHGA VIYATKGITR CLLNETTNNK NEKELVLNTE GINLPELFKY AEVLDLRRL YSNDIHAIAN TYGIEAALRV IEKEIKDVFA VYGIAVDPRH LSLVADYMCF EGVYKPLNRF GIRSNSSPLQ QMTFETSFQF LKQATMLGS HDELRSPSAC LVVGKVVRGG TGLFELKQPL R

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA1

+
分子 #2: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA2

分子名称: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 128.379219 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDPGSRWRNL PSGPSLKHLT DPSYGIPREQ QKAALQELTR AHVESFNYAV HEGLGLAVQA IPPFEFAFKD ERISFTILDA VISPPTVPK GTICKEANVY PAECRGRRST YRGKLTADIN WAVNGISKGI IKQFLGYVPI MVKSKLCNLR NLPPQALIEH H EEAEEMGG ...文字列:
MDPGSRWRNL PSGPSLKHLT DPSYGIPREQ QKAALQELTR AHVESFNYAV HEGLGLAVQA IPPFEFAFKD ERISFTILDA VISPPTVPK GTICKEANVY PAECRGRRST YRGKLTADIN WAVNGISKGI IKQFLGYVPI MVKSKLCNLR NLPPQALIEH H EEAEEMGG YFIINGIEKV IRMLIMPRRN FPIAMIRPKW KTRGPGYTQY GVSMHCVREE HSAVNMNLHY LENGTVMLNF IY RKELFFL PLGFALKALV SFSDYQIFQE LIKGKEDDSF LRNSVSQMLR IVMEEGCSTQ KQVLNYLGEC FRVKLNVPDW YPN EQAAEF LFNQCICIHL KSNTEKFYML CLMTRKLFAL AKGECMEDNP DSLVNQEVLT PGQLFLMFLK EKLEGWLVSI KIAF DKKAQ KTSVSMNTDN LMRIFTMGID LTKPFEYLFA TGNLRSKTGL GLLQDSGLCV VADKLNFIRY LSHFRCVHRG ADFAK MRTT TVRRLLPESW GFLCPVHTPD GEPCGLMNHL TAVCEVVTQF VYTASIPALL CNLGVTPIDG APHRSYSECY PVLLDG VMV GWVDKDLAPG IADSLRHFKV LREKRIPPWM EVVLIPMTGK PSLYPGLFLF TTPCRLVRPV QNLALGKEEL IGTMEQI FM NVAIFEDEVF AGVTTHQELF PHSLLSVIAN FIPFSDHNQS PRNMYQCQMG KQTMGFPLLT YQDRSDNKLY RLQTPQSP L VRPSMYDYYD MDNYPIGTNA IVAVISYTGY DMEDAMIVNK ASWERGFAHG SVYKSEFIDL SEKIKQGDSS LVFGIKPGD PRVLQKLDDD GLPFIGAKLQ YGDPYYSYLN LNTGESFVMY YKSKENCVVD NIKVCSNDTG SGKFKCVCIT MRVPRNPTIG DKFASRHGQ KGILSRLWPA EDMPFTESGM VPDILFNPHG FPSRMTIGML IESMAGKSAA LHGLCHDATP FIFSEENSAL E YFGEMLKA AGYNFYGTER LYSGISGLEL EADIFIGVVY YQRLRHMVSD KFQVRTTGAR DRVTNQPIGG RNVQGGIRFG EM ERDALLA HGTSFLLHDR LFNCSDRSVA HVCVKCGSLL SPLLEKPPPS WSAMRNRKYN CTLCSRSDTI DTVSVPYVFR YFV AELAAM NIKVKLDVV

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA2

+
分子 #3: DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 39.301672 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAASQAVEEM RSRVVLGEFG VRNVHTTDFP GNYSGYDDAW DQDRFEKNFR VDVVHMDENS LEFDMVGIDA AIANAFRRIL LAEVPTMAV EKVLVYNNTS IVQDEILAHR LGLIPIHADP RLFEYRNQGD EEGTEIDTLQ FRLQVRCTRN PHAAKDSSDP N ELYVNHKV ...文字列:
MAASQAVEEM RSRVVLGEFG VRNVHTTDFP GNYSGYDDAW DQDRFEKNFR VDVVHMDENS LEFDMVGIDA AIANAFRRIL LAEVPTMAV EKVLVYNNTS IVQDEILAHR LGLIPIHADP RLFEYRNQGD EEGTEIDTLQ FRLQVRCTRN PHAAKDSSDP N ELYVNHKV YTRHMTWIPL GNQADLFPEG TIRPVHDDIL IAQLRPGQEI DLLMHCVKGI GKDHAKFSPV ATASYRLLPD IT LLEPVEG EAAEELSRCF SPGVIEVQEV QGKKVARVAN PRLDTFSREI FRNEKLKKVV RLARVRDHYI FSVESTGVLP PDV LVSEAI KVLMGKCRRF LDELDAVQMD

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1

+
分子 #4: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.584223 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDDEEETYRL WKIRKTIMQL CHDRGYLVTQ DELDQTLEEF KAQSGDKPSE GRPRRTDLTV LVAHNDDPTD QMFVFFPEEP KVGIKTIKV YCQRMQEENI TRALIVVQQG MTPSAKQSLV DMAPKYILEQ FLQQELLINI TEHELVPEHV VMTKEEVTEL L ARYKLREN ...文字列:
MDDEEETYRL WKIRKTIMQL CHDRGYLVTQ DELDQTLEEF KAQSGDKPSE GRPRRTDLTV LVAHNDDPTD QMFVFFPEEP KVGIKTIKV YCQRMQEENI TRALIVVQQG MTPSAKQSLV DMAPKYILEQ FLQQELLINI TEHELVPEHV VMTKEEVTEL L ARYKLREN QLPRIQAGDP VARYFGIKRG QVVKIIRPSE TAGRYITYRL VQ

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1

+
分子 #5: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.491026 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MSDNEDNFDG DDFDDVEEDE GLDDLENAEE EGQENVEILP SGERPQANQK RITTPYMTKY ERARVLGTRA LQIAMCAPVM VELEGETDP LLIAMKELKA RKIPIIIRRY LPDGSYEDWG VDELIITD

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2

+
分子 #6: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 17.162273 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MAGILFEDIF DVKDIDPEGK KFDRVSRLHC ESESFKMDLI LDVNIQIYPV DLGDKFRLVI ASTLYEDGTL DDGEYNPTDD RPSRADQFE YVMYGKVYRI EGDETSTEAA TRLSAYVSYG GLLMRLQGDA NNLHGFEVDS RVYLLMKKLA F

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

+
分子 #7: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA12

分子名称: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.917695 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MSVMDLANTC SSFQSDLDFC SDCGSVLPLP GAQDTVTCIR CGFNINVRDF EGKVVKTSVV FHQLGTAMPM SVEEGPECQG PVVDRRCPR CGHEGMAYHT RQMRSADEGQ TVFYTCTNCK FQEKEDS

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA12

+
分子 #8: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.655123 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MIIPVRCFTC GKIVGNKWEA YLGLLQAEYT EGDALDALGL KRYCCRRMLL AHVDLIEKLL NYAPLEK

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5

+
分子 #9: DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.259222 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MEEDQELERK ISGLKTSMAE GERKTALEMV QAAGTDRHCV TFVLHEEDHT LGNSLRYMIM KNPEVEFCGY TTTHPSESKI NLRIQTRGT LPAVEPFQRG LNELMNVCQH VLDKFEASIK DYKDQKASRN ESTF

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2

+
分子 #10: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4
タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.018244 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MDTQKDVQPP KQQPMIYICG ECHTENEIKS RDPIRCRECG YRIMYKKRTK RLVVFDAR

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4

+
分子 #11: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49

分子名称: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 47.330234 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAAEVLPSAR WQYCGAPDGS QRAVLVQFSN GKLQSPGNMR FTLYENKDST NPRKRNQRIL AAETDRLSYV GNNFGTGALK CNTLCRHFV GILNKTSGQM EVYDAELFNM QPLFSDVSVE SELALESQTK TYREKMDSCI EAFGTTKQKR ALNTRRMNRV G NESLNRAV ...文字列:
MAAEVLPSAR WQYCGAPDGS QRAVLVQFSN GKLQSPGNMR FTLYENKDST NPRKRNQRIL AAETDRLSYV GNNFGTGALK CNTLCRHFV GILNKTSGQM EVYDAELFNM QPLFSDVSVE SELALESQTK TYREKMDSCI EAFGTTKQKR ALNTRRMNRV G NESLNRAV AKAAETIIDT KGVTALVSDA IHNDLQDDSL YLPPCYDDAA KPEDVYKFED LLSPAEYEAL QSPSEAFRNV TS EEILKMI EENSHCTFVI EALKSLPSDV ESRDRQARCI WFLDTLIKFR AHRVVKRKSA LGPGVPHIIN TKLLKHFTCL TYN NGRLRN LISDSMKAKI TAYVIILALH IHDFQIDLTV LQRDLKLSEK RMMEIAKAMR LKISKRRVSV AAGSEEDHKL GTLS LPLPP AQTSDRLAKR RKIT

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49

+
分子 #12: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34

分子名称: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 55.065523 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MEEPQAGDAA RFSCPPNFTA KPPASESPRF SLEALTGPDT ELWLIQAPAD FAPECFNGRH VPLSGSQIVK GKLAGKRHRY RVLSSCPQA GEATLLAPST EAGGGLTCAS APQGTLRILE GPQQSLSGSP LQPIPASPPP QIPPGLRPRF CAFGGNPPVT G PRSALAPN ...文字列:
MEEPQAGDAA RFSCPPNFTA KPPASESPRF SLEALTGPDT ELWLIQAPAD FAPECFNGRH VPLSGSQIVK GKLAGKRHRY RVLSSCPQA GEATLLAPST EAGGGLTCAS APQGTLRILE GPQQSLSGSP LQPIPASPPP QIPPGLRPRF CAFGGNPPVT G PRSALAPN LLTSGKKKKE MQVTEAPVTQ EAVNGHGALE VDMALGSPEM DVRKKKKKKN QQLKEPEAAG PVGTEPTVET LE PLGVLFP STTKKRKKPK GKETFEPEDK TVKQEQINTE PLEDTVLSPT KKRKRQKGTE GMEPEEGVTV ESQPQVKVEP LEE AIPLPP TKKRKKEKGQ MAMMEPGTEA MEPVEPEMKP LESPGGTMAP QQPEGAKPQA QAALAAPKKK TKKEKQQDAT VEPE TEVVG PELPDDLEPQ AAPTSTKKKK KKKERGHTVT EPIQPLEPEL PGEGQPEARA TPGSTKKRKK QSQESRMPET VPQEE MPGP PLNSESGEEA PTGRDKKRKQ QQQQPV

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.8
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 200
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4c2m

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.09 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 108012
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る