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万見
- EMDB-1512: CryoEM structure of Blackcurrant Reversion Virus -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1512
タイトルCryoEM structure of Blackcurrant Reversion Virus
マップデータThis is a reconstruction of blackcurrant reversion virus at 17 angstrom resolution.
試料
  • 試料: Purified blackcurrant reversion virus in 0.05 M Na-citrate buffer (pH 7.0)
  • ウイルス: Blackcurrant reversion virus (ウイルス)
キーワードCryo / electron / microscopy / structure / blackcurrant / reversion / virus
生物種Blackcurrant reversion virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 17.0 Å
データ登録者Seitsonen JJT / Susi P / Lemmetty A / Butcher SJ
引用ジャーナル: Virology / 年: 2008
タイトル: Structure of the mite-transmitted Blackcurrant reversion nepovirus using electron cryo-microscopy.
著者: Jani J T Seitsonen / Petri Susi / Anne Lemmetty / Sarah J Butcher /
要旨: Blackcurrant reversion nepovirus (BRV; genus Nepovirus) has a single-stranded, bipartite RNA genome surrounded by 60 copies of a single capsid protein (CP). BRV is the most important mite-transmitted ...Blackcurrant reversion nepovirus (BRV; genus Nepovirus) has a single-stranded, bipartite RNA genome surrounded by 60 copies of a single capsid protein (CP). BRV is the most important mite-transmitted viral pathogen of the Ribes species. It is the causal agent of blackcurrant reversion disease. We determined the structure of BRV to 1.7 nm resolution using electron cryo- microscopy (cryoEM) and image reconstruction. The reconstruction reveals a pseudo T=3 viral capsid similar to that of tobacco ringspot virus (TRSV). We modelled the BRV capsid protein to that of TRSV and fitted it into the cryoEM reconstruction. The fit indicated that the extended C-terminus of BRV-CP is located on the capsid surface and the N-terminus on the interior. We generated peptide antibodies to two putatively exposed C-terminal sequences and these reacted with the virus. Hence homology modelling may be useful for defining epitopes for antibody generation for diagnostic testing of BRV in commercial crops.
履歴
登録2008年6月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2008年6月3日-
マップ公開2009年3月31日-
更新2012年11月7日-
現状2012年11月7日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2541.092691638
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2541.092691638
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1512.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1512.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is a reconstruction of blackcurrant reversion virus at 17 angstrom resolution.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.26 Å/pix.
x 201 pix.
= 201.32 Å		2.26 Å/pix.
x 201 pix.
= 201.32 Å		2.26 Å/pix.
x 201 pix.
= 201.32 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.26203 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 2480.0 / ムービー #1: 2541.0926916
最小 - 最大0.0 - 4100.979999999999563
平均 (標準偏差)304.451000000000022 (±815.909999999999968)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-100-100-100
サイズ201201201
Spacing201201201
セルA=B=C: 201.32 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.26202247191012.26202247191012.2620224719101
M x/y/z898989
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z201.320201.320201.320
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ494949
NX/NY/NZ969696
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-100-100-100
NC/NR/NS201201201
D min/max/mean0.0004100.983304.451

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Purified blackcurrant reversion virus in 0.05 M Na-citrate buffer...

全体名称: Purified blackcurrant reversion virus in 0.05 M Na-citrate buffer (pH 7.0)
要素
  • 試料: Purified blackcurrant reversion virus in 0.05 M Na-citrate buffer (pH 7.0)
  • ウイルス: Blackcurrant reversion virus (ウイルス)

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超分子 #1000: Purified blackcurrant reversion virus in 0.05 M Na-citrate buffer...

超分子名称: Purified blackcurrant reversion virus in 0.05 M Na-citrate buffer (pH 7.0)
タイプ: sample / ID: 1000
詳細: The sample was stored at -80 degrees celcius and thawed before loading onto grids
集合状態: Complete particle, (60-mer) with the RNA genome inside
Number unique components: 1
分子量実験値: 3.30 MDa / 理論値: 3.45 MDa
手法: SDS-PAGE (55 kDa per capsid protein, 60 capsid proteins per capsid) (Lemmetty et al. 1997, The American Phytopathology Society)

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超分子 #1: Blackcurrant reversion virus

超分子名称: Blackcurrant reversion virus / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: BRV / NCBI-ID: 65743 / 生物種: Blackcurrant reversion virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: BRV
宿主生物種: Chenopodium quinoa (植物) / 別称: PLANTAE(HIGHER PLANTS)
分子量実験値: 3.30 MDa / 理論値: 3.45 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Coat protein / 直径: 290 Å / T番号(三角分割数): 1

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7 / 詳細: 0.05 M Na-citrate buffer
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Vitrified. Grids were blotted for roughly one second before being plunged into liquid ethane.
グリッド詳細: C-Flat 224 grids
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: Guillotine / 手法: Blot for 1 second before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
アライメント法Legacy - 非点収差: astigmatism was corrected at 62000x magnification
詳細Part of the data was recorded on Kodak SO163 film at nominal magnification of 50000.
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 65 / 平均電子線量: 17 e/Å2
詳細: 65 images total, 10 images were scanned from film using Zeiss Photoscan TD scanner with a stepsize of 7 micrometers.
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 66400 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 倍率（公称値）: 68000
試料ステージ試料ホルダー: Gatan 626 / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: each micrograph
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 17.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: PFT, POR, EM3DR, P3DR
詳細: Particles from CCD data and film data were combined for the final reconstruction.
使用した粒子像数: 831

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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