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- EMDB-15110: Cryo-EM structure of mouse Pannexin 1 purified in Salipro nanopar... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15110
タイトルCryo-EM structure of mouse Pannexin 1 purified in Salipro nanoparticles
マップデータDeepEMhancer sharpened map
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Salipro-mPANX1
    • タンパク質・ペプチド: Pannexin-1
キーワードMembrane transporter / ATP-release channel / inflammation / immune function / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Electric Transmission Across Gap Junctions / The NLRP3 inflammasome / ATP transmembrane transporter activity / ATP transport / leak channel activity / positive regulation of interleukin-1 alpha production / bleb / monoatomic anion transmembrane transport / gap junction / monoatomic anion channel activity ...Electric Transmission Across Gap Junctions / The NLRP3 inflammasome / ATP transmembrane transporter activity / ATP transport / leak channel activity / positive regulation of interleukin-1 alpha production / bleb / monoatomic anion transmembrane transport / gap junction / monoatomic anion channel activity / gap junction channel activity / positive regulation of macrophage cytokine production / response to ATP / response to ischemia / positive regulation of interleukin-1 beta production / calcium channel activity / actin filament binding / calcium ion transport / cell-cell signaling / actin binding / protease binding / scaffold protein binding / transmembrane transporter binding / signaling receptor binding / endoplasmic reticulum membrane / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Pannexin / Innexin / Innexin / Pannexin family profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Drulyte I
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2023
タイトル: Direct cell extraction of membrane proteins for structure-function analysis.
著者: Ieva Drulyte / Aspen Rene Gutgsell / Pilar Lloris-Garcerá / Michael Liss / Stefan Geschwindner / Mazdak Radjainia / Jens Frauenfeld / Robin Löving /
要旨: Membrane proteins are the largest group of therapeutic targets in a variety of disease areas and yet, they remain particularly difficult to investigate. We have developed a novel one-step approach ...Membrane proteins are the largest group of therapeutic targets in a variety of disease areas and yet, they remain particularly difficult to investigate. We have developed a novel one-step approach for the incorporation of membrane proteins directly from cells into lipid Salipro nanoparticles. Here, with the pannexin1 channel as a case study, we demonstrate the applicability of this method for structure-function analysis using SPR and cryo-EM.
履歴
登録2022年6月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月8日-
マップ公開2023年2月8日-
更新2024年7月24日-
現状2024年7月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15110.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15110.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈DeepEMhancer sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 256 pix.
= 279.168 Å		1.09 Å/pix.
x 256 pix.
= 279.168 Å		1.09 Å/pix.
x 256 pix.
= 279.168 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0905 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.07
最小 - 最大-0.0026665519 - 1.6870908
平均 (標準偏差)0.001648256 (±0.029222734)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 279.168 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Unsharpened map

ファイルemd_15110_additional_1.map
注釈Unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2

ファイルemd_15110_half_map_1.map
注釈Half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1

ファイルemd_15110_half_map_2.map
注釈Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Salipro-mPANX1

全体名称: Salipro-mPANX1
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Salipro-mPANX1
    • タンパク質・ペプチド: Pannexin-1

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超分子 #1: Salipro-mPANX1

超分子名称: Salipro-mPANX1 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 353 KDa

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分子 #1: Pannexin-1

分子名称: Pannexin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 50.475434 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSDYKDDDDK GGGGSMAIAH LATEYVFSDF LLKEPTEPKF KGLRLELAVD KMVTCIAVGL PLLLISLAFA QEISIGTQIS CFSPSSFSW RQAAFVDSYC WAAVQQKSSL QSESGNLPLW LHKFFPYILL LFAILLYLPA LFWRFSAAPH LCSDLKFIME E LDKVYNRA ...文字列:
MSDYKDDDDK GGGGSMAIAH LATEYVFSDF LLKEPTEPKF KGLRLELAVD KMVTCIAVGL PLLLISLAFA QEISIGTQIS CFSPSSFSW RQAAFVDSYC WAAVQQKSSL QSESGNLPLW LHKFFPYILL LFAILLYLPA LFWRFSAAPH LCSDLKFIME E LDKVYNRA IKAAKSARDL DLRDGPGPPG VTENVGQSLW EISESHFKYP IVEQYLKTKK NSSHLIMKYI SCRLVTFVVI LL ACIYLSY YFSLSSLSDE FLCSIKSGVL KNDSTIPDRF QCKLIAVGIF QLLSLINLIV YALLIPVVVY TFFIPFRQKT DIL KVYEIL PTFDVLHFKS EGYNDLSLYN LFLEENISEL KSYKCLKVLE NIKSNGQGID PMLLLTNLGM IKMDIIDGKI PTSL QTKGE DQGSQRVEFK DLDLSSEAAA NNGEKNSRQR LLNPSCLEVL FQ

UniProtKB: Pannexin-1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 50 mM HEPES at pH 7.5, 150 mM NaCl
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
詳細: Grids were glow-discharged using 20 mAmp current for 45 sec and charge set to positive.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: To overcome preferred orientation, 0.5 mM fluorinated Fos-Choline 8 was added to the sample just before the grid freezing. Blot parameter: blot force +20, blot time 10 s, waiting time 30s.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
詳細Titan Krios G4 was used with fringe-free imaging and aberration-free image shifts. Nominal pixel size for 165kx 0.75 A, calibrated pixel size 0.727 A.
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7955 / 平均露光時間: 4.16 sec. / 平均電子線量: 40.24 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 165000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1314251
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
詳細: Ab Initio starting model was generated using cryoSPARC.
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C7 (7回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: REFMAC (ver. 5.8) / 使用した粒子像数: 268823
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
詳細: 3D classification with no particle alignment was used to select the best subset of particles.
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8a3b:
Cryo-EM structure of mouse Pannexin 1 purified in Salipro nanoparticles

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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