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万見
- EMDB-15072: Structure of murine perforin-2 (Mpeg1) pore in ring form -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15072
タイトルStructure of murine perforin-2 (Mpeg1) pore in ring form
マップデータFinal map, local resolution filtered
試料
  • 複合体: murine perforin-2 ectodomain in flat ring pore form
    • タンパク質・ペプチド: Macrophage-expressed gene 1 protein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CYCLOHEXYL-HEXYL-BETA-D-MALTOSIDE
機能・相同性
機能・相同性情報


dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen / phagolysosome membrane / endolysosome / pore-forming activity / antibacterial innate immune response / wide pore channel activity / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / phagocytic vesicle / phagocytic vesicle membrane ...dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen / phagolysosome membrane / endolysosome / pore-forming activity / antibacterial innate immune response / wide pore channel activity / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / phagocytic vesicle / phagocytic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle / defense response to Gram-negative bacterium / adaptive immune response / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能
Macrophage-expressed gene 1 protein / membrane-attack complex / perforin / MAC/Perforin domain / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain profile. / Membrane attack complex component/perforin (MACPF) domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Macrophage-expressed gene 1 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Yu X / Ni T / Zhang P / Gilbert R
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust 英国
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structures of perforin-2 in isolation and assembled on a membrane suggest a mechanism for pore formation.
著者: Xiulian Yu / Tao Ni / George Munson / Peijun Zhang / Robert J C Gilbert /
要旨: Perforin-2 (PFN2, MPEG1) is a key pore-forming protein in mammalian innate immunity restricting intracellular bacteria proliferation. It forms a membrane-bound pre-pore complex that converts to a ...Perforin-2 (PFN2, MPEG1) is a key pore-forming protein in mammalian innate immunity restricting intracellular bacteria proliferation. It forms a membrane-bound pre-pore complex that converts to a pore-forming structure upon acidification; but its mechanism of conformational transition has been debated. Here we used cryo-electron microscopy, tomography and subtomogram averaging to determine structures of PFN2 in pre-pore and pore conformations in isolation and bound to liposomes. In isolation and upon acidification, the pre-assembled complete pre-pore rings convert to pores in both flat ring and twisted conformations. On membranes, in situ assembled PFN2 pre-pores display various degrees of completeness; whereas PFN2 pores are mainly incomplete arc structures that follow the same subunit packing arrangements as found in isolation. Both assemblies on membranes use their P2 β-hairpin for binding to the lipid membrane surface. Overall, these structural snapshots suggest a molecular mechanism for PFN2 pre-pore to pore transition on a targeted membrane, potentially using the twisted pore as an intermediate or alternative state to the flat conformation, with the capacity to cause bilayer distortion during membrane insertion.
履歴
登録2022年6月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年7月20日-
マップ公開2022年7月20日-
更新2022年12月14日-
現状2022年12月14日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15072.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15072.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Final map, local resolution filtered
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 360 pix.
= 376.92 Å		1.05 Å/pix.
x 360 pix.
= 376.92 Å		1.05 Å/pix.
x 360 pix.
= 376.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.047 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0225
最小 - 最大-0.17784402 - 0.3156616
平均 (標準偏差)0.00015892243 (±0.0071583525)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 376.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_15072_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map2 from relion

ファイルemd_15072_half_map_1.map
注釈half map2 from relion
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map1 from relion

ファイルemd_15072_half_map_2.map
注釈half map1 from relion
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : murine perforin-2 ectodomain in flat ring pore form

全体名称: murine perforin-2 ectodomain in flat ring pore form
要素
  • 複合体: murine perforin-2 ectodomain in flat ring pore form
    • タンパク質・ペプチド: Macrophage-expressed gene 1 protein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CYCLOHEXYL-HEXYL-BETA-D-MALTOSIDE

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超分子 #1: murine perforin-2 ectodomain in flat ring pore form

超分子名称: murine perforin-2 ectodomain in flat ring pore form / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: Macrophage-expressed gene 1 protein

分子名称: Macrophage-expressed gene 1 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 16 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 71.359812 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: ETGDKPLGET GTTGFQICKN ALKLPVLEVL PGGGWDNLRN VDMGRVMDLT YTNCKTTEDG QYIIPDEVYT IPQKESNLEM NSEVLESWM NYQSTTSLSI NTELALFSRV NGKFSTEFQR MKTLQVKDQA VTTRVQVRNR IYTVKTTPTS ELSLGFTKAL M DICDQLEK ...文字列:
ETGDKPLGET GTTGFQICKN ALKLPVLEVL PGGGWDNLRN VDMGRVMDLT YTNCKTTEDG QYIIPDEVYT IPQKESNLEM NSEVLESWM NYQSTTSLSI NTELALFSRV NGKFSTEFQR MKTLQVKDQA VTTRVQVRNR IYTVKTTPTS ELSLGFTKAL M DICDQLEK NQTKMATYLA ELLILNYGTH VITSVDAGAA LVQEDHVRSS FLLDNQNSQN TVTASAGIAF LNIVNFKVET DY ISQTSLT KDYLSNRTNS RVQSFGGVPF YPGITLETWQ KGITNHLVAI DRAGLPLHFF IKPDKLPGLP GPLVKKLSKT VET AVRHYY TFNTHPGCTN VDSPNFNFQA NMDDDSCDAK VTNFTFGGVY QECTELSGDV LCQNLEQKNL LTGDFSCPPG YSPV HLLSQ THEEGYSRLE CKKKCTLKIF CKTVCEDVFR VAKAEFRAYW CVAAGQVPDN SGLLFGGVFT DKTINPMTNA QSCPA GYIP LNLFESLKVC VSLDYELGFK FSVPFGGFFS CIMGNPLVNS DTAKDVRAPS LKKCPGGFSQ HLAVISDGCQ VSYCVK AGI FTGGSLLPVR LPPYTKPPLM SQVATNTVIV TNSETARSWI KDPQTNQWKL GEPLELRRAM TVIHGDSNGM SGGGTKT ET SQVAPA

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分子 #2: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 16 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #3: CYCLOHEXYL-HEXYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: CYCLOHEXYL-HEXYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 16 / 式: MA4
分子量理論値: 508.6 Da
Chemical component information

ChemComp-MA4:
CYCLOHEXYL-HEXYL-BETA-D-MALTOSIDE / 6-シクロヘキシルヘキシルβ-マルトシド

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 3.8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

10135

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 519614
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-8a1d:
Structure of murine perforin-2 (Mpeg1) pore in ring form

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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