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万見
- EMDB-15057: Fibroblast nucleus sub-volume. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15057
タイトルFibroblast nucleus sub-volume.
マップデータsub-volume of EMD-14924. corresponds to Supplementary Movie S2.
試料
  • 細胞: WI-38 fibroblast cell
キーワードnucleus / chromatin / STEM / DNA
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Sedat J / McDonald A / Elbaum M
資金援助 イスラエル, 1件
OrganizationGrant number国
Israel Science Foundation1696/18 イスラエル
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022
タイトル: A proposed unified interphase nucleus chromosome structure: Preliminary preponderance of evidence.
著者: John Sedat / Angus McDonald / Hu Cang / Joseph Lucas / Muthuvel Arigovindan / Zvi Kam / Cornelis Murre / Michael Elbaum /
要旨: Cryoelectron tomography of the cell nucleus using scanning transmission electron microscopy and deconvolution processing technology has highlighted a large-scale, 100- to 300-nm interphase chromosome ...Cryoelectron tomography of the cell nucleus using scanning transmission electron microscopy and deconvolution processing technology has highlighted a large-scale, 100- to 300-nm interphase chromosome structure, which is present throughout the nucleus. This study further documents and analyzes these chromosome structures. The paper is divided into four parts: 1) evidence (preliminary) for a unified interphase chromosome structure; 2) a proposed unified interphase chromosome architecture; 3) organization as chromosome territories (e.g., fitting the 46 human chromosomes into a 10-μm-diameter nucleus); and 4) structure unification into a polytene chromosome architecture and lampbrush chromosomes. Finally, the paper concludes with a living light microscopy cell study showing that the G1 nucleus contains very similar structures throughout. The main finding is that this chromosome structure appears to coil the 11-nm nucleosome fiber into a defined hollow structure, analogous to a Slinky helical spring [https://en.wikipedia.org/wiki/Slinky; motif used in Bowerman , 10, e65587 (2021)]. This Slinky architecture can be used to build chromosome territories, extended to the polytene chromosome structure, as well as to the structure of lampbrush chromosomes.
履歴
登録2022年5月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年7月6日-
マップ公開2022年7月6日-
更新2023年12月13日-
現状2023年12月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15057.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15057.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 81.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sub-volume of EMD-14924. corresponds to Supplementary Movie S2.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 33.5 Å
密度
最小 - 最大1500.0 - 3367.148200000000088
平均 (標準偏差)1613.101699999999937 (±130.039950000000005)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin650396261
サイズ374570100
Spacing570374100
セルA: 19095.0 Å / B: 12529.0 Å / C: 3350.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : WI-38 fibroblast cell

全体名称: WI-38 fibroblast cell
要素
  • 細胞: WI-38 fibroblast cell

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超分子 #1: WI-38 fibroblast cell

超分子名称: WI-38 fibroblast cell / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: cells cultured directly on gold EM grid
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: lung / 組織: cell culture

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
詳細: Minimal Essential Medium (Gibco) supplemented with 15% fetal calf serum, L-glutamine, and penicillin/streptomycin.
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA EM GP
詳細WI-38 embryonic lung fibroblast cells (obtained from Coriell Institute) were cultured directly on gold EM grids and imaged intact by cryo-STEM tomography (CSTET).
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: obtained from L Duchesne (https://doi.org/10.1021/la802876u )
直径: 10 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
特殊光学系詳細: STEM data collection in BF mode.
詳細NanoProbe STEM acquisition.
撮影フィルム・検出器のモデル: OTHER / デジタル化 - サイズ - 横: 2048 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 2048 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 61 / 平均露光時間: 12.6 sec. / 平均電子線量: 3.8 e/Å2 / 詳細: Cryo-STEM tilt series
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 20.0 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Gatan STEM BF/ADF detector
最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア: (名称: TOMO3D, PRIISM/IVE)
詳細: The original alignment was done using etomo (IMOD), and then optimized using tomoalign as a "thin" specimen. A new aligned stack (.ali) was produced using tomowarpalign (tomoalign) and ...詳細: The original alignment was done using etomo (IMOD), and then optimized using tomoalign as a "thin" specimen. A new aligned stack (.ali) was produced using tomowarpalign (tomoalign) and reconstructed by SIRT using tomo3d. The reconstruction was then binned (by 2) and processed by 3D deconvolution as described in Waugh et al (doi:10.1073/pnas.2000700117) with smoothing parameter 0.1.
使用した粒子像数: 56

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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