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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | BcsH-BcsD 'beads-on-a-string' filament, local refine | |||||||||
![]() | BcsHD 'beads-on-a-string' filaments : Unsharpened locally refined map of a BcsH-bound dimer of BcsD octamers | |||||||||
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![]() | Bacterial cytoskeleton / cellulose secretion / STRUCTURAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | Cellulose-complementing protein / Cellulose-complementing protein A / Cellulose synthase operon protein D, bacterial / Cellulose synthase subunit D superfamily / Cellulose synthase subunit D / cellulose biosynthetic process / Cellulose-complementing protein / Cellulose biosynthesis protein![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å | |||||||||
![]() | Krasteva PV / Abidi W / Decossas M | |||||||||
資金援助 | European Union, ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Bacterial crystalline cellulose secretion via a supramolecular BcsHD scaffold. 著者: Wiem Abidi / Marion Decossas / Lucía Torres-Sánchez / Lucie Puygrenier / Sylvie Létoffé / Jean-Marc Ghigo / Petya V Krasteva / ![]() 要旨: Cellulose, the most abundant biopolymer on Earth, is not only the predominant constituent of plants but also a key extracellular polysaccharide in the biofilms of many bacterial species. Depending on ...Cellulose, the most abundant biopolymer on Earth, is not only the predominant constituent of plants but also a key extracellular polysaccharide in the biofilms of many bacterial species. Depending on the producers, chemical modifications, and three-dimensional assemblies, bacterial cellulose (BC) can present diverse degrees of crystallinity. Highly ordered, or crystalline, cellulose presents great economical relevance due to its ever-growing number of biotechnological applications. Even if some acetic acid bacteria have long been identified as BC superproducers, the molecular mechanisms determining the secretion of crystalline versus amorphous cellulose remain largely unknown. Here, we present structural and mechanistic insights into the role of the accessory subunits BcsH (CcpAx) and BcsD (CesD) that determine crystalline BC secretion in the lineage. We show that oligomeric BcsH drives the assembly of BcsD into a supramolecular cytoskeletal scaffold that likely stabilizes the cellulose-extruding synthase nanoarrays through an unexpected inside-out mechanism for secretion system assembly. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 174.5 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 21.9 KB 21.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 15.6 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 94 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 347.6 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 6.5 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 328.2 MB 323.1 MB 323.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 858.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 857.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 24.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 31.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | BcsHD 'beads-on-a-string' filaments : Unsharpened locally refined map of a BcsH-bound dimer of BcsD octamers | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.839 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: BcsHD 'beads-on-a-string' filaments : Autosharpened locally refined map...
ファイル | emd_15039_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | BcsHD 'beads-on-a-string' filaments : Autosharpened locally refined map of a BcsH-bound dimer of BcsD octamers | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_15039_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: BcsHD 'beads-on-a-string' filaments : half map B
ファイル | emd_15039_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | BcsHD 'beads-on-a-string' filaments : half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : BcsHD 'beads-on-a-string' cis-filaments
全体 | 名称: BcsHD 'beads-on-a-string' cis-filaments |
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要素 |
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-超分子 #1: BcsHD 'beads-on-a-string' cis-filaments
超分子 | 名称: BcsHD 'beads-on-a-string' cis-filaments / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 詳細: G. hansenii BcsHD complex purified after the co-expression of hexahistidine tagged BcsH C-terminal domain and full-length BcsD. IMAC purification via BcsH, tag and linker removed during purification |
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由来(天然) | 生物種: ![]() 株: ATCC 23769 |
-分子 #1: Cellulose biosynthesis protein
分子 | 名称: Cellulose biosynthesis protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: BcsD from Gluconacetobacter hansenii ATCC 23769 expressed recombinantly in BL21 Star DE3 cells コピー数: 18 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 17.532963 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MGSTIFEKKP DFTLFLQTLS WEIDDQVGIE VRNELLREVG RGMGTRIMPP PCQTVDKLQI ELNALLALIG WGTVTLELLS EDQSLRIVH ENLPQVGSAG EPSGTWLAPV LEGLYGRWVT SQAGAFGDYV VTRDVDAEDL NAVPRQTIIM YMRVRSSAT UniProtKB: Cellulose biosynthesis protein |
-分子 #2: BcsH fragment
分子 | 名称: BcsH fragment / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 詳細: BcsH C-terminal domain from G. hansenii expressed from a pProEx-Htb vector with a HRV3c-cleavable hexahistidine tag コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 9.919921 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MSYYHHHHHH DYDIPTTLEV LFQGPMGSTK TDTNSSQASR PGSPVASPDG SPTMAEVFMT LGGRATELLS PRPSLREALL RRRENEEES UniProtKB: Cellulose-complementing protein |
-分子 #3: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 105 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
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試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 20 mM NaCl, 100 mM NaCL |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
詳細 | Filaments of various sizes eluting in the void volume of a Superdex 200 Increase size-exclusion column. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 49.9 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.75 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.48 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |