EMDB-15026: Avidin + Biotin-Tempo

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-15026

タイトル

Avidin + Biotin-Tempo

マップデータ

試料

複合体: Avidin
- タンパク質・ペプチド: Avidin
リガンド: 6-[(3~{a}~{S},4~{S},6~{a}~{R})-2-oxidanylidene-1,3,3~{a},4,6,6~{a}-hexahydrothieno[3,4-d]imidazol-4-yl]-~{N}-(2,2,6,6-tetramethyl-1-oxidanyl-piperidin-4-yl)hexanamide

キーワード

Avidin / Biotin / TEMPO free radical / PROTEIN BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

biotin binding / antibacterial humoral response / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.08 Å

データ登録者

Milani J / Myasnikov A / Beckert B / Nazarov S / Ansermet JP / Saenz F

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Avidin + Biotin-Tempo
著者: Milani J / Myasnikov A / Beckert B / Nazarov S / Ansermet JP / Saenz F

履歴

登録	2022年5月25日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2023年6月14日	-
マップ公開	2023年6月14日	-
更新	2025年7月9日	-
現状	2025年7月9日	処理サイト: PDBe / 状態: 公開

添付画像	emd_15026.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_15026.map.gz	107.6 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-15026-v30.xml emd-15026.xml	24.9 KB 24.9 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_15026_fsc.xml emd_15026_fsc_2.xml	12.7 KB 12.7 KB	表示表示	FSCデータファイル
画像	emd_15026.png	113.2 KB
マスクデータ	emd_15026_msk_1.map	216 MB		マスクマップ
Filedesc metadata	emd-15026.cif.gz	6.6 KB
その他	emd_15026_additional_1.map.gz emd_15026_additional_2.map.gz emd_15026_half_map_1.map.gz emd_15026_half_map_2.map.gz	203.3 MB 7.3 MB 200.3 MB 200.3 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15026 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15026	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_15026_validation.pdf.gz	1 MB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_15026_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	emd_15026_validation.xml.gz	21.8 KB	表示
CIF形式データ	emd_15026_validation.cif.gz	28.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15026 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15026	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7zylMC 7zn1C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_15026.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	0.45 Å/pix. x 384 pix. = 172.8 Å	0.45 Å/pix. x 384 pix. = 172.8 Å	0.45 Å/pix. x 384 pix. = 172.8 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 0.45 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.05
最小 - 最大	-0.0823641 - 0.18457036
平均 (標準偏差)	0.00015028667 (±0.005281436)

対称性

空間群: 1

詳細

-
マスク #1

ファイル

emd_15026_msk_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: #2

ファイル

emd_15026_additional_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: #1

ファイル

emd_15026_additional_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_15026_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_15026_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : Avidin

全体	名称: Avidin
要素	複合体: Avidin タンパク質・ペプチド: Avidin リガンド: 6-[(3~{a}~{S},4~{S},6~{a}~{R})-2-oxidanylidene-1,3,3~{a},4,6,6~{a}-hexahydrothieno[3,4-d]imidazol-4-yl]-~{N}-(2,2,6,6-tetramethyl-1-oxidanyl-piperidin-4-yl)hexanamide

-
超分子 #1: Avidin

超分子	名称: Avidin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)	生物種: Gallus gallus (ニワトリ)
分子量	理論値: 100 KDa

-
分子 #1: Avidin

分子	名称: Avidin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)	生物種: Gallus gallus (ニワトリ)
分子量	理論値: 16.787193 KDa
配列	文字列: MVHATSPLLL LLLLSLALVA PGLSARKCSL TGKWTNDLGS NMTIGAVNSR GEFTGTYITA VTATSNEIKE SPLHGTQNTI NKRTQPTFG FTVNWKFSES TTVFTGQCFI DRNGKEVLKT MWLLRSSVND IGDDWKATRV GINIFTRLRT QKE UniProtKB: Avidin

-
分子 #3: 6-[(3~{a}~{S},4~{S},6~{a}~{R})-2-oxidanylidene-1,3,3~{a},4,6,6~{a...

分子	名称: 6-[(3~{a}~{S},4~{S},6~{a}~{R})-2-oxidanylidene-1,3,3~{a},4,6,6~{a}-hexahydrothieno[3,4-d]imidazol-4-yl]-~{N}-(2,2,6,6-tetramethyl-1-oxidanyl-piperidin-4-yl)hexanamide タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: KFL
分子量	理論値: 412.59 Da
Chemical component information	ChemComp-KFL: 6-[(3~{a}~{S},4~{S},6~{a}~{R})-2-oxidanylidene-1,3,3~{a},4,6,6~{a}-hexahydrothieno[3,4-d]imidazol-4-yl]-~{N}-(2,2,6,6-tetramethyl-1-oxidanyl-piperidin-4-yl)hexanamide

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

濃度	4 mg/mL
緩衝液	pH: 7
グリッド	モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 101.325 kPa
凍結	凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 10 K / 装置: LEICA EM GP

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
温度	最低: 86.0 K / 最高: 100.0 K
特殊光学系	エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影	フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 平均電子線量: 60.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大デフォーカス（補正後）: 1.5 µm / 最小デフォーカス（補正後）: 0.9 µm / 倍率（補正後）: 311110 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 0.9 µm / 倍率（公称値）: 270000
試料ステージ	試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択	選択した数: 1421399
CTF補正	ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデル	モデルのタイプ: OTHER
最終再構成	使用したクラス数: 2 想定した対称性 - 点群: D₂ (2回x2回 2面回転対称) アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.08 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2) / 使用した粒子像数: 623000
初期角度割当	タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
最終角度割当	タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
最終 3次元分類	クラス数: 5 / 平均メンバー数/クラス: 200000 / 詳細: 2 classes was selected for final refinement
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化	プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル	PDB-7zyl: Avidin + Biotin-Tempo

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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-超分子 #1: Avidin

-分子 #1: Avidin

-分子 #3: 6-[(3~{a}~{S},4~{S},6~{a}~{R})-2-oxidanylidene-1,3,3~{a},4,6,6~{a...

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