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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-15017 | ||||||||||||
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タイトル | 3.15 Angstrom cryo-EM structure of the dimeric cytochrome b6f complex from Synechocystis sp. PCC 6803 with natively bound plastoquinone and lipid molecules. | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 cytochrome b6f complex / plastoquinol-plastocyanin reductase / plastoquinol--plastocyanin reductase activity / electron transporter, transferring electrons within cytochrome b6/f complex of photosystem II activity / cytochrome complex assembly / photosynthetic electron transport chain / plasma membrane-derived thylakoid membrane / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthesis / respiratory electron transport chain ...cytochrome b6f complex / plastoquinol-plastocyanin reductase / plastoquinol--plastocyanin reductase activity / electron transporter, transferring electrons within cytochrome b6/f complex of photosystem II activity / cytochrome complex assembly / photosynthetic electron transport chain / plasma membrane-derived thylakoid membrane / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthesis / respiratory electron transport chain / proton transmembrane transport / membrane => GO:0016020 / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / iron ion binding / heme binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.15 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Malone LA / Procter MS / Farmer DF / Swainsbury DJK / Hawkings FR / Pastorelli F / Emrich-Mills TZ / Siebert A / Hunter CN / Hitchcock A / Johnson MP | ||||||||||||
資金援助 | 英国, 3件
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引用 | ジャーナル: Biochem J / 年: 2022 タイトル: Cryo-EM structures of the Synechocystis sp. PCC 6803 cytochrome b6f complex with and without the regulatory PetP subunit. 著者: Matthew S Proctor / Lorna A Malone / David A Farmer / David J K Swainsbury / Frederick R Hawkings / Federica Pastorelli / Thomas Z Emrich-Mills / C Alistair Siebert / C Neil Hunter / Matthew ...著者: Matthew S Proctor / Lorna A Malone / David A Farmer / David J K Swainsbury / Frederick R Hawkings / Federica Pastorelli / Thomas Z Emrich-Mills / C Alistair Siebert / C Neil Hunter / Matthew P Johnson / Andrew Hitchcock / 要旨: In oxygenic photosynthesis, the cytochrome b6f (cytb6f) complex links the linear electron transfer (LET) reactions occurring at photosystems I and II and generates a transmembrane proton gradient via ...In oxygenic photosynthesis, the cytochrome b6f (cytb6f) complex links the linear electron transfer (LET) reactions occurring at photosystems I and II and generates a transmembrane proton gradient via the Q-cycle. In addition to this central role in LET, cytb6f also participates in a range of processes including cyclic electron transfer (CET), state transitions and photosynthetic control. Many of the regulatory roles of cytb6f are facilitated by auxiliary proteins that differ depending upon the species, yet because of their weak and transient nature the structural details of these interactions remain unknown. An apparent key player in the regulatory balance between LET and CET in cyanobacteria is PetP, a ∼10 kDa protein that is also found in red algae but not in green algae and plants. Here, we used cryogenic electron microscopy to determine the structure of the Synechocystis sp. PCC 6803 cytb6f complex in the presence and absence of PetP. Our structures show that PetP interacts with the cytoplasmic side of cytb6f, displacing the C-terminus of the PetG subunit and shielding the C-terminus of cytochrome b6, which binds the heme cn cofactor that is suggested to mediate CET. The structures also highlight key differences in the mode of plastoquinone binding between cyanobacterial and plant cytb6f complexes, which we suggest may reflect the unique combination of photosynthetic and respiratory electron transfer in cyanobacterial thylakoid membranes. The structure of cytb6f from a model cyanobacterial species amenable to genetic engineering will enhance future site-directed mutagenesis studies of structure-function relationships in this crucial ET complex. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_15017.map.gz | 4.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-15017-v30.xml emd-15017.xml | 23.6 KB 23.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_15017_fsc.xml | 7.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_15017.png | 111.7 KB | ||
その他 | emd_15017_half_map_1.map.gz emd_15017_half_map_2.map.gz | 31.3 MB 31.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15017 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15017 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_15017_validation.pdf.gz | 600.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_15017_full_validation.pdf.gz | 599.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_15017_validation.xml.gz | 13.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_15017_validation.cif.gz | 18.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15017 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15017 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7zxyMC 7r0wC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_15017.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_15017_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_15017_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Cytochrome b6f with natively associated lipids and plastoquinone
+超分子 #1: Cytochrome b6f with natively associated lipids and plastoquinone
+分子 #1: Cytochrome b6
+分子 #2: Cytochrome b6-f complex subunit 4
+分子 #3: Cytochrome f
+分子 #4: Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit 2
+分子 #5: Cytochrome B6
+分子 #6: Cytochrome b6-f complex subunit 7
+分子 #7: Cytochrome b6-f complex subunit 5
+分子 #8: Cytochrome b6-f complex subunit 8
+分子 #9: beta,beta-caroten-4-one
+分子 #10: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
+分子 #11: HEME C
+分子 #12: CHLOROPHYLL A
+分子 #13: (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-...
+分子 #14: EICOSANE
+分子 #15: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 45.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |