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- EMDB-15009: Structure of SNAPc containing Pol II pre-initiation complex bound... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15009
タイトルStructure of SNAPc containing Pol II pre-initiation complex bound to U1 snRNA promoter (OC)
マップデータ
試料
  • 複合体: General transcription factors and SNAPc bound to U1 promoter
    • 複合体: SNAPc
      • DNA: x 1種
      • タンパク質・ペプチド: x 4種
    • 複合体: TATA-box-binding protein and transcription factors
      • タンパク質・ペプチド: x 2種
      • DNA: x 1種
    • 複合体: Promoter
      • タンパク質・ペプチド: x 2種
  • リガンド: x 1種
キーワードRNA polymerase II / Pol II / PIC / SNAPc / snRNA / U1 promoter / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


snRNA-activating protein complex / snRNA transcription / snRNA transcription by RNA polymerase III / bent DNA binding / positive regulation of core promoter binding / RNA polymerase II core complex assembly / RNA polymerase III type 3 promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase transcription factor SL1 complex / meiotic sister chromatid cohesion / snRNA transcription by RNA polymerase II ...snRNA-activating protein complex / snRNA transcription / snRNA transcription by RNA polymerase III / bent DNA binding / positive regulation of core promoter binding / RNA polymerase II core complex assembly / RNA polymerase III type 3 promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase transcription factor SL1 complex / meiotic sister chromatid cohesion / snRNA transcription by RNA polymerase II / RNA polymerase III general transcription initiation factor activity / transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter / RNA polymerase I core promoter sequence-specific DNA binding / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / transcription factor TFIIA complex / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / female germ cell nucleus / male pronucleus / female pronucleus / germinal vesicle / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / nuclear thyroid hormone receptor binding / RNA Polymerase I Transcription Termination / transcription preinitiation complex / protein acetylation / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / transcription factor TFIID complex / cell division site / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / acetyltransferase activity / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / histone acetyltransferase activity / aryl hydrocarbon receptor binding / viral transcription / RNA polymerase II complex binding / TFIIB-class transcription factor binding / RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / transcription by RNA polymerase III / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / histone acetyltransferase / spindle assembly / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TBP-class protein binding / male germ cell nucleus / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / RNA Polymerase I Promoter Escape / DNA-templated transcription initiation / mRNA transcription by RNA polymerase II / promoter-specific chromatin binding / euchromatin / protein-DNA complex / NoRC negatively regulates rRNA expression / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / kinetochore / RNA polymerase II transcription regulator complex / chromosome / spermatogenesis / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / DNA-binding transcription factor binding / Estrogen-dependent gene expression / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / transcription cis-regulatory region binding / nuclear body / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein heterodimerization activity / chromatin / nucleolus / enzyme binding / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
snRNA-activating protein complex subunit 5 / snRNA-activating protein complex subunit 19, SNAPc subunit 19 / snRNA-activating protein complex subunit 1 / snRNA-activating protein complex, subunit 3 / Small nuclear RNA activating complex (SNAPc), subunit 1 / snRNA-activating protein complex (SNAPc), subunit 3 / : / Myb-like domain profile. / Myb-like DNA-binding domain / Transcription factor IIA, alpha/beta subunit ...snRNA-activating protein complex subunit 5 / snRNA-activating protein complex subunit 19, SNAPc subunit 19 / snRNA-activating protein complex subunit 1 / snRNA-activating protein complex, subunit 3 / Small nuclear RNA activating complex (SNAPc), subunit 1 / snRNA-activating protein complex (SNAPc), subunit 3 / : / Myb-like domain profile. / Myb-like DNA-binding domain / Transcription factor IIA, alpha/beta subunit / Transcription factor IIA, alpha/beta subunit / Transcription factor IIA, alpha/beta subunit / Transcription initiation factor IIA, gamma subunit / Transcription factor IIA, alpha-helical domain / Transcription factor IIA, beta-barrel / Transcription initiation factor IIA, gamma subunit, C-terminal / Transcription initiation factor IIA, gamma subunit, N-terminal / Transcription initiation factor IIA, gamma subunit, helical domain / Transcription initiation factor IIA, gamma subunit / Transcription factor TFIIB, cyclin-like domain / Transcription factor TFIIB, conserved site / Transcription factor TFIIB repeat / Transcription factor TFIIB repeat signature. / Zinc finger TFIIB-type profile. / Transcription factor TFIIB / Zinc finger, TFIIB-type / TFIIB zinc-binding / Myb-type HTH DNA-binding domain profile. / TATA-box binding protein, eukaryotic / TATA-box binding protein / TATA-box binding protein, conserved site / Transcription factor TFIID (or TATA-binding protein, TBP) / Transcription factor TFIID repeat signature. / Myb domain / SANT domain / TBP domain superfamily / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / Cyclin-like superfamily / SANT/Myb domain / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
snRNA-activating protein complex subunit 5 / TATA-box-binding protein / Transcription initiation factor IIA subunit 1 / Transcription initiation factor IIA subunit 2 / Transcription initiation factor IIB / snRNA-activating protein complex subunit 1 / snRNA-activating protein complex subunit 4 / snRNA-activating protein complex subunit 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Rengachari S / Schilbach S / Kaliyappan T / Gouge J / Zumer K / Schwarz J / Urlaub H / Dienemann C / Vannini A / Cramer P
資金援助 ドイツ, 英国, 4件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)SFB860 ドイツ
German Research Foundation (DFG)EXC 2067/1 39072994 ドイツ
Cancer Research UKCR-UK C47547/A21536 英国
Wellcome Trust200818/Z/16/Z 英国
引用
ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2022
タイトル: Structural basis of SNAPc-dependent snRNA transcription initiation by RNA polymerase II.
著者: Srinivasan Rengachari / Sandra Schilbach / Thangavelu Kaliyappan / Jerome Gouge / Kristina Zumer / Juliane Schwarz / Henning Urlaub / Christian Dienemann / Alessandro Vannini / Patrick Cramer /
要旨: RNA polymerase II (Pol II) carries out transcription of both protein-coding and non-coding genes. Whereas Pol II initiation at protein-coding genes has been studied in detail, Pol II initiation at ...RNA polymerase II (Pol II) carries out transcription of both protein-coding and non-coding genes. Whereas Pol II initiation at protein-coding genes has been studied in detail, Pol II initiation at non-coding genes, such as small nuclear RNA (snRNA) genes, is less well understood at the structural level. Here, we study Pol II initiation at snRNA gene promoters and show that the snRNA-activating protein complex (SNAPc) enables DNA opening and transcription initiation independent of TFIIE and TFIIH in vitro. We then resolve cryo-EM structures of the SNAPc-containing Pol IIpre-initiation complex (PIC) assembled on U1 and U5 snRNA promoters. The core of SNAPc binds two turns of DNA and recognizes the snRNA promoter-specific proximal sequence element (PSE), located upstream of the TATA box-binding protein TBP. Two extensions of SNAPc, called wing-1 and wing-2, bind TFIIA and TFIIB, respectively, explaining how SNAPc directs Pol II to snRNA promoters. Comparison of structures of closed and open promoter complexes elucidates TFIIH-independent DNA opening. These results provide the structural basis of Pol II initiation at non-coding RNA gene promoters.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022
タイトル: Structural basis of SNAPc-dependent snRNA transcription initiation by RNA polymerase II
著者: Rengachari S / Schilbach S / Kaliyappan T / Gouge J / Zumer K / Schwarz J / Urlaub H / Dienemann C / Vannini A / Cramer P
履歴
登録2022年5月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月30日-
マップ公開2022年11月30日-
更新2024年7月24日-
現状2024年7月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15009.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15009.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 400 pix.
= 420. Å		1.05 Å/pix.
x 400 pix.
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表面

投影像

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
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ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0205
最小 - 最大-0.04218926 - 0.100573
平均 (標準偏差)0.000014414956 (±0.0024733997)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 419.99997 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_15009_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_15009_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_15009_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

+
全体 : General transcription factors and SNAPc bound to U1 promoter

全体名称: General transcription factors and SNAPc bound to U1 promoter
要素
  • 複合体: General transcription factors and SNAPc bound to U1 promoter
    • 複合体: SNAPc
      • DNA: Non-template strand
      • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor IIA subunit 1
      • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor IIA subunit 2
      • タンパク質・ペプチド: snRNA-activating protein complex subunit 1
      • タンパク質・ペプチド: snRNA-activating protein complex subunit 3
    • 複合体: TATA-box-binding protein and transcription factors
      • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor IIB
      • タンパク質・ペプチド: TATA-box-binding protein
      • DNA: Template strand
    • 複合体: Promoter
      • タンパク質・ペプチド: snRNA-activating protein complex subunit 4
      • タンパク質・ペプチド: snRNA-activating protein complex subunit 5
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: General transcription factors and SNAPc bound to U1 promoter

超分子名称: General transcription factors and SNAPc bound to U1 promoter
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#10

+
超分子 #2: SNAPc

超分子名称: SNAPc / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2, #5-#8
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #3: TATA-box-binding protein and transcription factors

超分子名称: TATA-box-binding protein and transcription factors / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1, #3-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #4: Promoter

超分子名称: Promoter / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #9-#10
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: Transcription initiation factor IIB

分子名称: Transcription initiation factor IIB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: histone acetyltransferase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 34.877949 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MASTSRLDAL PRVTCPNHPD AILVEDYRAG DMICPECGLV VGDRVIDVGS EWRTFSNDKA TKDPSRVGDS QNPLLSDGDL STMIGKGTG AASFDEFGNS KYQNRRTMSS SDRAMMNAFK EITTMADRIN LPRNIVDRTN NLFKQVYEQK SLKGRANDAI A SACLYIAC ...文字列:
MASTSRLDAL PRVTCPNHPD AILVEDYRAG DMICPECGLV VGDRVIDVGS EWRTFSNDKA TKDPSRVGDS QNPLLSDGDL STMIGKGTG AASFDEFGNS KYQNRRTMSS SDRAMMNAFK EITTMADRIN LPRNIVDRTN NLFKQVYEQK SLKGRANDAI A SACLYIAC RQEGVPRTFK EICAVSRISK KEIGRCFKLI LKALETSVDL ITTGDFMSRF CSNLCLPKQV QMAATHIARK AV ELDLVPG RSPISVAAAA IYMASQASAE KRTQKEIGDI AGVADVTIRQ SYRLIYPRAP DLFPTDFKFD TPVDKLPQL

UniProtKB: Transcription initiation factor IIB

+
分子 #3: TATA-box-binding protein

分子名称: TATA-box-binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 37.729938 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MDQNNSLPPY AQGLASPQGA MTPGIPIFSP MMPYGTGLTP QPIQNTNSLS ILEEQQRQQQ QQQQQQQQQQ QQQQQQQQQQ QQQQQQQQQ QQQQQQAVAA AAVQQSTSQQ ATQGTSGQAP QLFHSQTLTT APLPGTTPLY PSPMTPMTPI TPATPASESS G IVPQLQNI ...文字列:
MDQNNSLPPY AQGLASPQGA MTPGIPIFSP MMPYGTGLTP QPIQNTNSLS ILEEQQRQQQ QQQQQQQQQQ QQQQQQQQQQ QQQQQQQQQ QQQQQQAVAA AAVQQSTSQQ ATQGTSGQAP QLFHSQTLTT APLPGTTPLY PSPMTPMTPI TPATPASESS G IVPQLQNI VSTVNLGCKL DLKTIALRAR NAEYNPKRFA AVIMRIREPR TTALIFSSGK MVCTGAKSEE QSRLAARKYA RV VQKLGFP AKFLDFKIQN MVGSCDVKFP IRLEGLVLTH QQFSSYEPEL FPGLIYRMIK PRIVLLIFVS GKVVLTGAKV RAE IYEAFE NIYPILKGFR KTT

UniProtKB: TATA-box-binding protein

+
分子 #5: Transcription initiation factor IIA subunit 1

分子名称: Transcription initiation factor IIA subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 41.544551 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MANSANTNTV PKLYRSVIED VINDVRDIFL DDGVDEQVLM ELKTLWENKL MQSRAVDGFH SEEQQLLLQV QQQHQPQQQQ HHHHHHHQQ AQPQQTVPQQ AQTQQVLIPA SQQATAPQVI VPDSKLIQHM NASNMSAAAT AATLALPAGV TPVQQILTNS G QLLQVVRA ...文字列:
MANSANTNTV PKLYRSVIED VINDVRDIFL DDGVDEQVLM ELKTLWENKL MQSRAVDGFH SEEQQLLLQV QQQHQPQQQQ HHHHHHHQQ AQPQQTVPQQ AQTQQVLIPA SQQATAPQVI VPDSKLIQHM NASNMSAAAT AATLALPAGV TPVQQILTNS G QLLQVVRA ANGAQYIFQP QQSVVLQQQV IPQMQPGGVQ APVIQQVLAP LPGGISPQTG VIIQPQQILF TGNKTQVIPT TV AAPTPAQ AQITATGQQQ PQAQPAQTQA PLVLQVDGTG DTSSEEDEDE EEDYDDDEEE DKEKDGAEDG QVEEEPLNSE DDV SDEEGQ ELFDTENVVV CQYDKIHRSK NKWKFHLKDG IMNLNGRDYI FSKAIGDAEW

UniProtKB: Transcription initiation factor IIA subunit 1

+
分子 #6: Transcription initiation factor IIA subunit 2

分子名称: Transcription initiation factor IIA subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 12.469091 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MAYQLYRNTT LGNSLQESLD ELIQSQQITP QLALQVLLQF DKAINAALAQ RVRNRVNFRG SLNTYRFCDN VWTFVLNDVE FREVTELIK VDKVKIVACD GKNTGSNTTE

UniProtKB: Transcription initiation factor IIA subunit 2

+
分子 #7: snRNA-activating protein complex subunit 1

分子名称: snRNA-activating protein complex subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 43.074473 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MGTPPGLQTD CEALLSRFQE TDSVRFEDFT ELWRNMKFGT IFCGRMRNLE KNMFTKEALA LAWRYFLPPY TFQIRVGALY LLYGLYNTQ LCQPKQKIRV ALKDWDEVLK FQQDLVNAQH FDAAYIFRKL RLDRAFHFTA MPKLLSYRMK KKIHRAEVTE E FKDPSDRV ...文字列:
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UniProtKB: snRNA-activating protein complex subunit 1

+
分子 #8: snRNA-activating protein complex subunit 3

分子名称: snRNA-activating protein complex subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 46.812605 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MAEGSRGGPT CSGVGGRQDP VSGSGGCNFP EYELPELNTR AFHVGAFGEL WRGRLRGAGD LSLREPPASA LPGSQAADSD REDAAVARD LDCSLEAAAE LRAVCGLDKL KCLEDGEDPE VIPENTDLVT LGVRKRFLEH REETITIDRA CRQETFVYEM E SHAIGKKP ...文字列:
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UniProtKB: snRNA-activating protein complex subunit 3

+
分子 #9: snRNA-activating protein complex subunit 4

分子名称: snRNA-activating protein complex subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 159.645172 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MDVDAEREKI TQEIKELERI LDPGSSGSHV EISESSLESD SEADSLPSED LDPADPPISE EERWGEASND EDDPKDKTLP EDPETCLQL NMVYQEVIQE KLAEANLLLA QNREQQEELM RDLAGSKGTK VKDGKSLPPS TYMGHFMKPY FKDKVTGVGP P ANEDTREK ...文字列:
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UniProtKB: snRNA-activating protein complex subunit 4

+
分子 #10: snRNA-activating protein complex subunit 5

分子名称: snRNA-activating protein complex subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.343449 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MLSRLQELRK EEETLLRLKA ALHDQLNRLK VEELALQSMI SSRRGDEMLS SHTVPEQSHD MLVHVDNEAS INQTTLELST KSHVTEEEE EEEEEESDS

UniProtKB: snRNA-activating protein complex subunit 5

+
分子 #2: Non-template strand

分子名称: Non-template strand / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 29.969139 KDa
配列文字列: (DG)(DC)(DA)(DA)(DG)(DT)(DG)(DA)(DC)(DC) (DG)(DT)(DG)(DT)(DG)(DT)(DG)(DT)(DA)(DA) (DA)(DG)(DA)(DG)(DT)(DG)(DA)(DG)(DG) (DC)(DG)(DT)(DA)(DT)(DG)(DA)(DG)(DG)(DC) (DT) (DG)(DT)(DG)(DT)(DC) ...文字列:
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GENBANK: GENBANK: AL137802.7

+
分子 #4: Template strand

分子名称: Template strand / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 29.261691 KDa
配列文字列: (DA)(DT)(DC)(DA)(DT)(DG)(DG)(DT)(DA)(DT) (DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DG)(DC)(DC) (DA)(DG)(DG)(DT)(DA)(DA)(DG)(DT)(DA) (DT)(DG)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DT)(DT)(DG) (DT) (DG)(DC)(DC)(DT)(DC) ...文字列:
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GENBANK: GENBANK: AL137802.7

+
分子 #11: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 54.45 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.3 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 137246
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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