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- EMDB-1498: Vertex reconstruction of SH1 spike -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1498
タイトルVertex reconstruction of SH1 spike
マップデータspike
試料
  • 試料: SH1 virus, reconstruction of the non-icosahedrally symmetric spikes on the vertices
  • ウイルス: Haloarcula phage SH1 (ウイルス)
キーワードarchaea / virus / SH1 / spike / infection / adsorption
生物種Haloarcula phage SH1 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 34.0 Å
データ登録者Jaalinoja HT / Roine E / Laurinmaki P / Kivela HM / Bamford DH / Butcher SJ
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2008
タイトル: Structure and host-cell interaction of SH1, a membrane-containing, halophilic euryarchaeal virus.
著者: Harri T Jäälinoja / Elina Roine / Pasi Laurinmäki / Hanna M Kivelä / Dennis H Bamford / Sarah J Butcher /
要旨: The Archaea, and the viruses that infect them, are the least well understood of all of the three domains of life. They often grow in extreme conditions such as hypersaline lakes and sulfuric hot ...The Archaea, and the viruses that infect them, are the least well understood of all of the three domains of life. They often grow in extreme conditions such as hypersaline lakes and sulfuric hot springs. Only rare glimpses have been gained into the structures of archaeal viruses. Here, we report the subnanometer resolution structure of a recently isolated, hypersalinic, membrane-containing, euryarchaeal virus, SH1, in which different viral proteins can be localized. The results indicate that SH1 has a complex capsid formed from single beta-barrels, an important missing link in hypotheses on viral capsid protein evolution. Unusual, symmetry-mismatched spikes seem to play a role in host adsorption. They are connected to highly organized membrane proteins providing a platform for capsid assembly and potential machinery for host infection.
履歴
登録2008年3月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2008年3月18日-
マップ公開2009年3月31日-
更新2012年10月24日-
現状2012年10月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1000
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1000
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1498.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1498.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 12.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈spike
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.8 Å/pix.
x 150 pix.
= 420. Å		2.8 Å/pix.
x 150 pix.
= 420. Å		2.8 Å/pix.
x 150 pix.
= 420. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ
XYZ
EMDB情報2.82.82.8
CCP4マップ ヘッダ情報2.82.82.8
EM Navigator ムービー #1222
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 526.0 / ムービー #1: 1000
最小 - 最大-1553.509999999999991 - 6843.880000000000109
平均 (標準偏差)83.340900000000005 (±443.437999999999988)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ150150150
Spacing150150150
セルA=B=C: 420 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.82.82.8
M x/y/z150150150
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z420.000420.000420.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-55-55-55
NX/NY/NZ111111111
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS150150150
D min/max/mean-1553.5086843.88383.341

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : SH1 virus, reconstruction of the non-icosahedrally symmetric spik...

全体名称: SH1 virus, reconstruction of the non-icosahedrally symmetric spikes on the vertices
要素
  • 試料: SH1 virus, reconstruction of the non-icosahedrally symmetric spikes on the vertices
  • ウイルス: Haloarcula phage SH1 (ウイルス)

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超分子 #1000: SH1 virus, reconstruction of the non-icosahedrally symmetric spik...

超分子名称: SH1 virus, reconstruction of the non-icosahedrally symmetric spikes on the vertices
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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超分子 #1: Haloarcula phage SH1

超分子名称: Haloarcula phage SH1 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: SH1 / NCBI-ID: 326574 / 生物種: Haloarcula phage SH1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: SH1
宿主生物種: Haloarcula hispanica (好塩性) / 別称: ARCHAEA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.2
詳細: 150-500 mM NaCl, 10mM MgCl2, 10 M MgSO4, 5 mM KCl, 3 mM CaCl2, 40 mM Tris-HCl pH 7.2
グリッド詳細: 400 mesh copper grid, Quantifoil R2/2 holey
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 90 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: EMBL design
手法: A small vial of ethane is placed inside a larger liquid nitrogen reservoir. The grid holding 3 microliters of the sample is held in place at the bottom of a plunger by the means of fine ...手法: A small vial of ethane is placed inside a larger liquid nitrogen reservoir. The grid holding 3 microliters of the sample is held in place at the bottom of a plunger by the means of fine tweezers. When the liquid ethane is ready, a piece of filter paper is then pressed against the sample to blot off excess buffer, sufficient to leave a thin layer on the grid. The filter paper is removed, and the plunger is allowed to drop into the liquid ethane. Once the grid enters the liquid ethane, the sample is rapidly frozen, and the grid is transferred under liquid nitrogen to a storage box immersed in liquid nitrogen for later use in the microscope.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
温度最低: 90 K / 最高: 94 K / 平均: 93 K
詳細Low dose conditions.
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 169
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 49300 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.7 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder
試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Each micrograph
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 34.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMAGIC, EMAN, BSoft / 詳細: Vertex reconstruction. / 使用した粒子像数: 10196
最終 2次元分類クラス数: 548

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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