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- EMDB-14964: HOPS tethering complex from yeast, composite map -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14964
タイトルHOPS tethering complex from yeast, composite map
マップデータTethering complex HOPS, composite map
試料
  • 複合体: Tethering complex HOPS
    • タンパク質・ペプチド: E3 ubiquitin-protein ligase PEP5
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar protein sorting-associated protein 16
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar membrane protein PEP3
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar protein sorting-associated protein 33
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar morphogenesis protein 6
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar protein sorting-associated protein 41
キーワードHOPS / tethering complex / lysosome / membrane fusion / Rab GTPase / cryo-EM / CYTOSOLIC PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


histone catabolic process / organelle fusion / regulation of SNARE complex assembly / CORVET complex / HOPS complex / endosomal vesicle fusion / vesicle tethering / vacuole-mitochondrion membrane contact site / regulation of vacuole fusion, non-autophagic / vacuolar protein processing ...histone catabolic process / organelle fusion / regulation of SNARE complex assembly / CORVET complex / HOPS complex / endosomal vesicle fusion / vesicle tethering / vacuole-mitochondrion membrane contact site / regulation of vacuole fusion, non-autophagic / vacuolar protein processing / vacuole fusion, non-autophagic / vesicle fusion with vacuole / Golgi to endosome transport / Golgi to vacuole transport / cytoplasm to vacuole targeting by the Cvt pathway / vesicle docking / protein targeting to vacuole / endosome organization / vacuole organization / late endosome to vacuole transport / piecemeal microautophagy of the nucleus / fungal-type vacuole / vesicle docking involved in exocytosis / endosomal transport / fungal-type vacuole membrane / vesicle-mediated transport / positive regulation of TORC1 signaling / cellular response to starvation / guanyl-nucleotide exchange factor activity / macroautophagy / intracellular protein transport / RING-type E3 ubiquitin transferase / small GTPase binding / autophagy / endocytosis / ubiquitin protein ligase activity / protein transport / late endosome / protein-macromolecule adaptor activity / actin binding / early endosome membrane / endosome / ATP binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Vacuolar protein sorting-associated protein 41 / Vacuolar sorting protein 39/Transforming growth factor beta receptor-associated domain 2 / Vacuolar sorting protein 39 domain 2 / Vacuolar sorting protein 39/Transforming growth factor beta receptor-associated domain 1 / Vacuolar protein sorting-associated protein Vps41/Vps8 / Vacuolar sorting protein 39 domain 1 / Pep3/Vps18/deep orange / Vacuolar protein sorting-associated protein 11 / Vacuolar protein sorting protein 11, C-terminal / Pep3/Vps18/deep orange beta-propeller domain ...Vacuolar protein sorting-associated protein 41 / Vacuolar sorting protein 39/Transforming growth factor beta receptor-associated domain 2 / Vacuolar sorting protein 39 domain 2 / Vacuolar sorting protein 39/Transforming growth factor beta receptor-associated domain 1 / Vacuolar protein sorting-associated protein Vps41/Vps8 / Vacuolar sorting protein 39 domain 1 / Pep3/Vps18/deep orange / Vacuolar protein sorting-associated protein 11 / Vacuolar protein sorting protein 11, C-terminal / Pep3/Vps18/deep orange beta-propeller domain / Vacuolar protein sorting protein 11 C terminal / Vam6/VPS39/TRAP1 family / Vps16, C-terminal / Vps16, N-terminal / Vacuolar protein sorting-associated protein 16 / Vps16, C-terminal domain superfamily / Vps16, C-terminal region / Vps16, N-terminal region / Vacuolar protein sorting-associated protein 33, domain 3b / Sec1-like, domain 2 / Sec1-like, domain 3a / Sec1-like protein / Sec1-like superfamily / Sec1 family / Region in Clathrin and VPS / Clathrin heavy chain repeat homology / Clathrin, heavy chain/VPS, 7-fold repeat / Clathrin heavy-chain (CHCR) repeat profile. / Ring finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase PEP5 / Vacuolar protein sorting-associated protein 33 / Vacuolar membrane protein PEP3 / Vacuolar protein sorting-associated protein 41 / Vacuolar protein sorting-associated protein 16 / Vacuolar morphogenesis protein 6
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Shvarev D / Schoppe J / Koenig C / Perz A / Fuellbrunn N / Kiontke S / Langemeyer L / Januliene D / Schnelle K / Kuemmel D ...Shvarev D / Schoppe J / Koenig C / Perz A / Fuellbrunn N / Kiontke S / Langemeyer L / Januliene D / Schnelle K / Kuemmel D / Froehlich F / Moeller A / Ungermann C
資金援助 ドイツ, 3件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)SFB 944 ドイツ
German Research Foundation (DFG)INST190/196-1 FUGG ドイツ
German Federal Ministry for Education and ResearchDLR 01ED2010 ドイツ
引用ジャーナル: Elife / 年: 2022
タイトル: Structure of the HOPS tethering complex, a lysosomal membrane fusion machinery.
著者: Dmitry Shvarev / Jannis Schoppe / Caroline König / Angela Perz / Nadia Füllbrunn / Stephan Kiontke / Lars Langemeyer / Dovile Januliene / Kilian Schnelle / Daniel Kümmel / Florian ...著者: Dmitry Shvarev / Jannis Schoppe / Caroline König / Angela Perz / Nadia Füllbrunn / Stephan Kiontke / Lars Langemeyer / Dovile Januliene / Kilian Schnelle / Daniel Kümmel / Florian Fröhlich / Arne Moeller / Christian Ungermann /
要旨: Lysosomes are essential for cellular recycling, nutrient signaling, autophagy, and pathogenic bacteria and viruses invasion. Lysosomal fusion is fundamental to cell survival and requires HOPS, a ...Lysosomes are essential for cellular recycling, nutrient signaling, autophagy, and pathogenic bacteria and viruses invasion. Lysosomal fusion is fundamental to cell survival and requires HOPS, a conserved heterohexameric tethering complex. On the membranes to be fused, HOPS binds small membrane-associated GTPases and assembles SNAREs for fusion, but how the complex fulfills its function remained speculative. Here, we used cryo-electron microscopy to reveal the structure of HOPS. Unlike previously reported, significant flexibility of HOPS is confined to its extremities, where GTPase binding occurs. The SNARE-binding module is firmly attached to the core, therefore, ideally positioned between the membranes to catalyze fusion. Our data suggest a model for how HOPS fulfills its dual functionality of tethering and fusion and indicate why it is an essential part of the membrane fusion machinery.
履歴
登録2022年5月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年9月28日-
マップ公開2022年9月28日-
更新2024年7月24日-
現状2024年7月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14964.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14964.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.1 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Tethering complex HOPS, composite map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.92 Å/pix.
x 672 pix.
= 620.928 Å		0.92 Å/pix.
x 672 pix.
= 620.928 Å		0.92 Å/pix.
x 672 pix.
= 620.928 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.924 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.35
最小 - 最大-0.8176876 - 1.8933338
平均 (標準偏差)-0.00139341 (±0.0270787)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ672672672
Spacing672672672
セルA=B=C: 620.92804 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Tethering complex HOPS

全体名称: Tethering complex HOPS
要素
  • 複合体: Tethering complex HOPS
    • タンパク質・ペプチド: E3 ubiquitin-protein ligase PEP5
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar protein sorting-associated protein 16
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar membrane protein PEP3
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar protein sorting-associated protein 33
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar morphogenesis protein 6
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar protein sorting-associated protein 41

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超分子 #1: Tethering complex HOPS

超分子名称: Tethering complex HOPS / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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分子 #1: E3 ubiquitin-protein ligase PEP5

分子名称: E3 ubiquitin-protein ligase PEP5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RING-type E3 ubiquitin transferase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 117.617219 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSLSSWRQFQ LFENIPIRDP NFGGDSLLYS DPTLCAATIV DPQTLIIAVN SNIIKVVKLN QSQVIHEFQS FPHDFQITFL KVINGEFLV ALAESIGKPS LIRVYKLEKL PNREQLYHSQ VELKNGNNTY PISVVSISND LSCIVVGFIN GKIILIRGDI S RDRGSQQR ...文字列:
MSLSSWRQFQ LFENIPIRDP NFGGDSLLYS DPTLCAATIV DPQTLIIAVN SNIIKVVKLN QSQVIHEFQS FPHDFQITFL KVINGEFLV ALAESIGKPS LIRVYKLEKL PNREQLYHSQ VELKNGNNTY PISVVSISND LSCIVVGFIN GKIILIRGDI S RDRGSQQR IIYEDPSKEP ITALFLNNDA TACFAATTSR ILLFNTTGRN RGRPSLVLNS KNGLDLNCGS FNPATNEFIC CL SNFIEFF SSSGKKHQFA FDLSLRKRIF CVDKDHILIV TEETGVPTTS ISVNELSPTI INRIFIIDAK NKIISLNFVV SSA IIDIFS TSQSGKNITY LLTSEGVMHR ITPKSLENQI NIIIQKELYP FALQLAKQHS LSPLDVQEIH KKYGDYLFKK GLRK EATDQ YIQCLDVVET SEIISKFGVK EVPDPESMRN LADYLWSLIK NSISQRDHVT LLLIVLIKLK DVEGIDTFIQ HFDRK GIWN EGVVMDDMDD VTFFYSDNDF FDLDLILELM KESDFKRLSY RLAKKYSKDS LIIVDILLNL LHNPVKAIKY IKSLPI DET LRCLVTYSKK LLEESPNETN ALLIEVFTGK FKPSTFEVDL DRRDTTGDFS ENIRTVFYSY KTFFNYMNSN GTSDAMS ES SEASHEHEEP TYHPPKPSIV FSSFVTKPFE FVVFLEACLA CYQQYEGFDE DRQVILTTLY DLYLNLAQND VPERIDDW R SRATGVLRES NKLVYSAASN NTSKRVDNSI MLLISHMDQS SASAKDKTKI DIASFANDNP EMDLLSTFRA MTLNEEPST CLKFLEKYGT EEPKLLQVAL SYFVSNKLIF KEMGGNEVLK EKVLRPIIEG ERMPLLDIIK ALSRTNVAHF GLIQDIIIDH VKTEDTEIK RNEKLIESYD KELKEKNKKL KNTINSDQPL HVPLKNQTCF MCRLTLDIPV VFFKCGHIYH QHCLNEEEDT L ESERKLFK CPKCLVDLET SNKLFEAQHE VVEKNDLLNF ALNSEEGSRD RFKVITEFLG RGAISYSDIT I

UniProtKB: E3 ubiquitin-protein ligase PEP5

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分子 #2: Vacuolar protein sorting-associated protein 16

分子名称: Vacuolar protein sorting-associated protein 16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 92.857 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MKNPSFDWER LKDVFYRSRA IGELKWPTQY EEFKCALSLT VIAVEIQDFI QVYNYFGQLL GKINLQRIHE DIIKFEFDKD EKLILVTKS SIKIVKGWSP LTIESVPLQD PTIDTIWDYH NGIMLLAKSR DIYKLNGNEW ELLYENKDKK YNLLTKNHWS C NDDSIILL ...文字列:
MKNPSFDWER LKDVFYRSRA IGELKWPTQY EEFKCALSLT VIAVEIQDFI QVYNYFGQLL GKINLQRIHE DIIKFEFDKD EKLILVTKS SIKIVKGWSP LTIESVPLQD PTIDTIWDYH NGIMLLAKSR DIYKLNGNEW ELLYENKDKK YNLLTKNHWS C NDDSIILL DVDHVYQVST SNGALLKLIT DSSWHKVTIS SRGFICLYNM KDNKLQIFRD PARILMEHNL DSTPDDICWC GN DTVACSF EDEIKLYGPD GLYVTFWYPF TVTNLRAEVD GLKVITTEKI YFLSRVQPQT SNIFRIGSTE PGAMLVDSFS LLE DHAPKA IEILKNFVLE KGVLDCIAAA IDEFEPKLQK MLLNAASYGK ASLQYKSFDA SIFVNACNTI KLLNCFRSFG IFLT VEEYR CISLKGVIDR LLKYHRYYEC IQICKLANER FLLGYVFTEW AKDKIKGSPD MEDDELLDKI KSRLSVIDMT DTLQM VAVA KVAYLEGRFQ LSRNLALLEK NEEARIEQLY NLDDDSIALK ECIKVQNYSL TISLLIALSK KLTNSQLTKL LIIDMF NNP LYLYYMRMDK AYLYDFYRQT DRFIDLAHVL LQQGKEQQSL HSFLPQIKDL YSQVQNSEVV NNTIEQLQRQ EKLWIYQ ES LGKRFAISFT NMTLDQTLSK LIETGQDKQV KEIVKKFKIS EKKLYHLKCK TLVEAKKFDE LLQFAQSRKS PIGYMPFY T YLKSRGHMDK ASPYVNMIPG LSYQEKKKLY VECRGFRDAI QLAGKEKDIP GLKEIYNIIP PNEPELKALA NETMSRI

UniProtKB: Vacuolar protein sorting-associated protein 16

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分子 #3: Vacuolar membrane protein PEP3

分子名称: Vacuolar membrane protein PEP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 107.531047 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MIKTRIEEVQ LQFLTGNTEL THLKVSNDQL IVTTQRTIYR INLQDPAIVN HFDCPLSKEL ETIMNVHVSP MGSVILIRTN FGRYMLLKD GEFTQLNKIK NLDLSSLHWI NETTFLMGIK KTPKLYRVEL TGKDITTKLW YENKKLSGGI DGIAYWEGSL L LTIKDNIL ...文字列:
MIKTRIEEVQ LQFLTGNTEL THLKVSNDQL IVTTQRTIYR INLQDPAIVN HFDCPLSKEL ETIMNVHVSP MGSVILIRTN FGRYMLLKD GEFTQLNKIK NLDLSSLHWI NETTFLMGIK KTPKLYRVEL TGKDITTKLW YENKKLSGGI DGIAYWEGSL L LTIKDNIL YWRDVTNMKF PLVLPDESEQ FERLKHHAIK KFDSYNGLFA WVTSNGIVFG DLKEKQMEKD PASNNFGKFL SS SKVLLNF ELPDYQNDKD HLIKDIVLTA FHILLLRKNT VTMVSQLNND VVFHETIPRH QLTGSNTDSN EKFLGLVRDS VKE TFWCFS NINVFEIIIE NEPNSVWNLL VRDNKFDKAL SLKGLTVREI ESVKLSKAMY LFHTAKDFHS AAQTLGSMKD LSHF GEIAL NFLQIKDYND LNVILIKQLD NVPWKSTQVV LSSWIIWNFM KQLNDIELKI NTTKPASTDE DNLLNWNLNL KEKSN ELTK FLESHLEKLD NETVYQIMSK QNRQNELLIF ASLINDMKFL LSFWIDQGNW YESLKILLTI NNHDLVYKYS LILLLN SPE ATVSTWMKIK DLDPNKLIPT ILKFFTNWQN NSKLITNISE YPENYSLTYL KWCVREVPKM CNPIVYNSIL YMMITDP RN DMILENDIIK FMKSNENKYD LNFQLRLSLK FKKTKTSIFL LTRLNLFEDA IDLALKNNLI DDCKVIVNDE ILIEDYKL R KRLWLKIAKH LLLSMKDIDI KQLIRTILND SNEILTIKDL LPFFNEYTTI ANLKEELIKF LENHNMKMNE ISEDIINSK NLKVEINTEI SKFNEIYRIL EPGKSCDECG KFLQIKKFIV FPCGHCFHWN CIIRVILNSN DYNLRQKTEN FLKAKSKHNL NDLENIIVE KCGLCSDINI NKIDQPISID ETELAKWNE

UniProtKB: Vacuolar membrane protein PEP3

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分子 #4: Vacuolar protein sorting-associated protein 33

分子名称: Vacuolar protein sorting-associated protein 33 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 79.354977 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MNRFWNTKKF SLTNADGLCA TLNEISQNDE VLVVQPSVLP VLNSLLTFQD LTQSTPVRKI TLLDDQLSDD LPSALGSVPQ MDLIFLIDV RTSLRLPPQL LDAAQKHNLS SLHIIYCRWK PSFQNTLEDT EQWQKDGFDL NSKKTHFPNV IESQLKELSN E YTLYPWDL ...文字列:
MNRFWNTKKF SLTNADGLCA TLNEISQNDE VLVVQPSVLP VLNSLLTFQD LTQSTPVRKI TLLDDQLSDD LPSALGSVPQ MDLIFLIDV RTSLRLPPQL LDAAQKHNLS SLHIIYCRWK PSFQNTLEDT EQWQKDGFDL NSKKTHFPNV IESQLKELSN E YTLYPWDL LPFPQIDENV LLTHSLYNME NVNMYYPNLR SLQSATESIL VDDMVNSLQS LIFETNSIIT NVVSIGNLSK RC SHLLKKR IDEHQTENDL FIKGTLYGER TNCGLEMDLI ILERNTDPIT PLLTQLTYAG ILDDLYEFNS GIKIKEKDMN FNY KEDKIW NDLKFLNFGS IGPQLNKLAK ELQTQYDTRH KAESVHEIKE FVDSLGSLQQ RQAFLKNHTT LSSDVLKVVE TEEY GSFNK ILELELEILM GNTLNNDIED IILELQYQYE VDQKKILRLI CLLSLCKNSL REKDYEYLRT FMIDSWGIEK CFQLE SLAE LGFFTSKTGK TDLHITTSKS TRLQKEYRYI SQWFNTVPIE DEHAADKITN ENDDFSEATF AYSGVVPLTM RLVQML YDR SILFHNYSSQ QPFILSREPR VSQTEDLIEQ LYGDSHAIEE SIWVPGTITK KINASIKSNN RRSIDGSNGT FHAAEDI AL VVFLGGVTMG EIAIMKHLQK ILGKKGINKR FIIIADGLIN GTRIMNSIS

UniProtKB: Vacuolar protein sorting-associated protein 33

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分子 #5: Vacuolar morphogenesis protein 6

分子名称: Vacuolar morphogenesis protein 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 123.049414 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MLRAQKLHSL KSSDITAILP TEQSQKLVLA KKNGDVEVYS RDGNTLKLFQ VYPDLLQNAK NDPLPPVIEN FYFANELSTI FAQCKETLI LLSTTNLHEY DRIIDRRGIN HCWLFERSHK NKEEKNTYLI YSTINTAKMR VLIWEGRTYK NMMEASLSYR K ETIRSIYP ...文字列:
MLRAQKLHSL KSSDITAILP TEQSQKLVLA KKNGDVEVYS RDGNTLKLFQ VYPDLLQNAK NDPLPPVIEN FYFANELSTI FAQCKETLI LLSTTNLHEY DRIIDRRGIN HCWLFERSHK NKEEKNTYLI YSTINTAKMR VLIWEGRTYK NMMEASLSYR K ETIRSIYP GETGITLATD LGIYHWPYNK PSLIRIEKTV KNKFPKDMIS ALTELKEQAE KVIEKKPKKN SHFDAQSFSS MD RMSRKSS MSSLWYRTIR NERGNKIRYT FELDGNDATP MIIDGATKKI FKVELMHNNE EPFLIATDHA TFSESNSEFD HMQ YLSSNL LMLYNSSTIK FVDYENGFTF LQQKIPEGIK WVKNLSGTYF LVWTSNDEVQ LFSYHVDDGS EDDDQESICG DIND PDFYQ LWRKVLFYKF FIDSPHSKEL CVSDNPEESL DICAMKLRDL TVMWCLRIFD KFQNYMVQLE RSRNSRMIRS KCEEM IIKS IFDLFIKFWA PPQLVILKVF PSAISSLVLE ITGQEHHCLL KEAEEVKETY DIPPHLLNRW CLPYLTDTRR HLQNLL SKE NDDESRITWC YRDREIKQSF DFFLISNHDD VDLNTMLTLI DTVLFKCYLY YNPPMVGPFI RVENHCDSHV IVTELKI RH MFKDLIDFYY KRGNHEEALK FLTDLVDELE NDNTDQKQRQ KIDHGVKILV IYYLKKLSNP QLDVIFTYTD WLLNRHND S IKEILSSIFF YDSQACSSRD HLKVYGYIKK FDKLLAIQYL EFAISTFRLE GNKLHTVLIK LYLENLDIPS TRIKLKSLL ETTSVYEPRT ILKLLNDAIE SGSDQLPTNQ LNFVKYLKIF PLSKLENHKE AVHILLDEID DYKAATSYCN DVYQSDSTKG EELLLYLYS KLVSIYDSNR NSKLILNFLQ DHGSKLNSAE IYKNLPQDIS LYDIGRVVSQ LLKKHTSKMD ETRLEKALLQ V ELVATTYK LNERMSSYGV LSDSHKCPIC KKVISNFGTD SISWFTREGR NIITHYNCGK VLQERFNAKN EKSSRIKQKT LG EVINELN NK

UniProtKB: Vacuolar morphogenesis protein 6

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分子 #6: Vacuolar protein sorting-associated protein 41

分子名称: Vacuolar protein sorting-associated protein 41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 116.530555 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MTTDNHQNDS VLDQQSGERT IDESNSISDE NNVDNKREDV NVTSPTKSVS CISQAENGVA SRTDESTITG SATDAETGDD DDDDDDDDD EDEDDEDEPP LLKYTRISQL PKNFFQRDSI SSCLFGDTFF AFGTHSGILH LTTCAFEPIK TIKCHRSSIL C INTDGKYF ...文字列:
MTTDNHQNDS VLDQQSGERT IDESNSISDE NNVDNKREDV NVTSPTKSVS CISQAENGVA SRTDESTITG SATDAETGDD DDDDDDDDD EDEDDEDEPP LLKYTRISQL PKNFFQRDSI SSCLFGDTFF AFGTHSGILH LTTCAFEPIK TIKCHRSSIL C INTDGKYF ATGSIDGTVI IGSMDDPQNI TQYDFKRPIN SVALHSNFQA SRMFVSGGMA GDVVLSQRNW LGNRIDIVLN KK KKKKTRK DDLSSDMKGP IMGIYTMGDL ILWMDDDGIT FCDVPTRSQL LNIPFPSRIF NVQDVRPDLF RPHVHFLESD RVV IGWGSN IWLFKVSFTK DSNSIKSGDS NSQSNNMSHF NPTTNIGSLL SSAASSFRGT PDKKVELECH FTVSMLITGL ASFK DDQLL CLGFDIDIEE EATIDEDMKE GKNFSKRPEN LLAKGNAPEL KIVDLFNGDE IYNDEVIMKN YEKLSINDYH LGKHI DKTT PEYYLISSND AIRVQELSLK DHFDWFMERK QYYKAWKIGK YVIGSEERFS IGLKFLNSLV TKKDWGTLVD HLNIIF EET LNSLDSNSYD VTQNVLKEWA DIIEILITSG NIVEIAPLIP KKPALRKSVY DDVLHYFLAN DMINKFHEYI TKWDLKL FS VEDFEEELET RIEAASEPTA SSKEEGSNIT YRTELVHLYL KENKYTKAIP HLLKAKDLRA LTIIKIQNLL PQYLDQIV D IILLPYKGEI SHISKLSIFE IQTIFNKPID LLFENRHTIS VARIYEIFEH DCPKSFKKIL FCYLIKFLDT DDSFMISPY ENQLIELYSE YDRQSLLPFL QKHNNYNVES AIEVCSSKLG LYNELIYLWG KIGETKKALS LIIDELKNPQ LAIDFVKNWG DSELWEFMI NYSLDKPNFT KAILTCSDET SEIYLKVIRG MSDDLQIDNL QDIIKHIVQE NSLSLEVRDN ILVIINDETK K FANEFLKI RSQGKLFQVD ESDIEINDDL NGVLDYKDDD DKDYKDDDDK DYKDDDDK

UniProtKB: Vacuolar protein sorting-associated protein 41

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 2.8000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: OTHER
詳細: Resolution of the consensus map of the lower part of the complex is used here
使用した粒子像数: 244661
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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