+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1491 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | 2D Arrays of F-actin Cross-linked by Villin | |||||||||
マップデータ | A map of F-actin cross-linked by villin | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | cytoskeleton / actin / electron tomography / microvilli / image processing / lipid monolayer | |||||||||
生物種 | Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Gallus gallus (ニワトリ) | |||||||||
手法 | 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 30.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Hampton CM / Liu J / Taylor DW / DeRosier DJ / Taylor KA | |||||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2008 タイトル: The 3D structure of villin as an unusual F-Actin crosslinker. 著者: Cheri M Hampton / Jun Liu / Dianne W Taylor / David J DeRosier / Kenneth A Taylor / 要旨: Villin is an F-actin nucleating, crosslinking, severing, and capping protein within the gelsolin superfamily. We have used electron tomography of 2D arrays of villin-crosslinked F-actin to generate ...Villin is an F-actin nucleating, crosslinking, severing, and capping protein within the gelsolin superfamily. We have used electron tomography of 2D arrays of villin-crosslinked F-actin to generate 3D images revealing villin's crosslinking structure. In these polar arrays, neighboring filaments are spaced 125.9 +/- 7.1 A apart, offset axially by 17 A, with one villin crosslink per actin crossover. More than 6500 subvolumes containing a single villin crosslink and the neighboring actin filaments were aligned and classified to produce 3D subvolume averages. Placement of a complete villin homology model into the average density reveals that full-length villin binds to different sites on F-actin from those used by other actin-binding proteins and villin's close homolog gelsolin. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1491.map.gz | 380.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-1491-v30.xml emd-1491.xml | 8.7 KB 8.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1491.gif | 75.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1491 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1491 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1491.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 401.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | A map of F-actin cross-linked by villin | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 これらの図は立方格子座標系で作成されたものです | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 5.76 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : rabbit F-actin cross-linked with chicken villin
全体 | 名称: rabbit F-actin cross-linked with chicken villin |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1000: rabbit F-actin cross-linked with chicken villin
超分子 | 名称: rabbit F-actin cross-linked with chicken villin / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: 2D rafts are formed on a lipid monolayer / Number unique components: 2 |
---|
-超分子 #1: F-actin
超分子 | 名称: F-actin / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: No / データベース: NCBI |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 別称: Rabbit |
-超分子 #2: Villin
超分子 | 名称: Villin / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 2 / 集合状態: monomer / 組換発現: No / データベース: NCBI |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Gallus gallus (ニワトリ) / 別称: chicken / 組織: intestinal epithelium / 細胞中の位置: microvillus |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 電子線トモグラフィー法 |
試料の集合状態 | 2D array |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 詳細: Tris-Cl, 0.2 mM Na2ATP, 0.02% beta-mercaptoethanol, 0.2 mM CaCl2, 0.01% NaN3 |
---|---|
染色 | タイプ: NEGATIVE / 詳細: 2% uranyl acetate |
グリッド | 詳細: 200-300 mesh copper grids with a reticulated carbon support film |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: plunge freeze |
詳細 | Arrays were grown on positively charged lipid monolayers |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI/PHILIPS CM300FEG/T |
---|---|
日付 | 2005年5月19日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC CCD (2k x 2k) |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm |
試料ステージ | 試料ホルダー: high tilt / 試料ホルダーモデル: OTHER |
-画像解析
最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 30.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: protomo / 詳細: tomogram id from a single tilt series / 使用した粒子像数: 60 |
---|---|
結晶パラメータ | 面群: P 2 |