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- EMDB-1485: The archaeal DNA Ligase-PCNA-DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1485
タイトルThe archaeal DNA Ligase-PCNA-DNA complex
マップデータThis is a map of DNA ligase-PCNA-DNA complex
試料
  • 試料: Pyrococcus furiosus DNA Ligase bound to PCNA and DNA
  • タンパク質・ペプチド: Pyrococcus furiosus DNA Ligase
  • タンパク質・ペプチド: Proliferating cell nuclear antigen
  • DNA: PCNA-nicked DNA
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 17.0 Å
データ登録者Mayanagi K / Kiyonari S / Ishino Y / Shirai T / Morikawa K
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2009
タイトル: Mechanism of replication machinery assembly as revealed by the DNA ligase-PCNA-DNA complex architecture.
著者: Kouta Mayanagi / Shinichi Kiyonari / Mihoko Saito / Tsuyoshi Shirai / Yoshizumi Ishino / Kosuke Morikawa /
要旨: The 3D structure of the ternary complex, consisting of DNA ligase, the proliferating cell nuclear antigen (PCNA) clamp, and DNA, was investigated by single-particle analysis. This report presents the ...The 3D structure of the ternary complex, consisting of DNA ligase, the proliferating cell nuclear antigen (PCNA) clamp, and DNA, was investigated by single-particle analysis. This report presents the structural view, where the crescent-shaped DNA ligase with 3 distinct domains surrounds the central DNA duplex, encircled by the closed PCNA ring, thus forming a double-layer structure with dual contacts between the 2 proteins. The relative orientations of the DNA ligase domains, which remarkably differ from those of the known crystal structures, suggest that a large domain rearrangement occurs upon ternary complex formation. A second contact was found between the PCNA ring and the middle adenylation domain of the DNA ligase. Notably, the map revealed a substantial DNA tilt from the PCNA ring axis. This structure allows us to propose a switching mechanism for the replication factors operating on the PCNA ring.
履歴
登録2008年2月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2008年2月28日-
マップ公開2010年6月23日-
更新2012年10月31日-
現状2012年10月31日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.19
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 1.19
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1485.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1485.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 670.9 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is a map of DNA ligase-PCNA-DNA complex
ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.1 Å
密度
表面レベルBy EMDB: 1.19 / ムービー #1: 1.19
最小 - 最大-1.62418 - 8.66733
平均 (標準偏差)0.000000000694363 (±0.819917)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-28-28-28
サイズ565656
Spacing565656
セルA=B=C: 170.5 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.13.13.1
M x/y/z555555
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z170.500170.500170.500
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-55-55-55
NX/NY/NZ111111111
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-28-28-28
NC/NR/NS565656
D min/max/mean-1.6248.6670.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Pyrococcus furiosus DNA Ligase bound to PCNA and DNA

全体名称: Pyrococcus furiosus DNA Ligase bound to PCNA and DNA
要素
  • 試料: Pyrococcus furiosus DNA Ligase bound to PCNA and DNA
  • タンパク質・ペプチド: Pyrococcus furiosus DNA Ligase
  • タンパク質・ペプチド: Proliferating cell nuclear antigen
  • DNA: PCNA-nicked DNA

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超分子 #1000: Pyrococcus furiosus DNA Ligase bound to PCNA and DNA

超分子名称: Pyrococcus furiosus DNA Ligase bound to PCNA and DNA
タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was monodisperse / 集合状態: Heteropentamer / Number unique components: 3
分子量理論値: 160 KDa
手法: One DNA Ligase binds to three PCNA and one nicked DNA

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分子 #1: Pyrococcus furiosus DNA Ligase

分子名称: Pyrococcus furiosus DNA Ligase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: DNA Ligase / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus (古細菌)

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分子 #2: Proliferating cell nuclear antigen

分子名称: Proliferating cell nuclear antigen / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: PCNA / コピー数: 3 / 集合状態: Trimeric / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus (古細菌)
分子量理論値: 28 KDa

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分子 #3: PCNA-nicked DNA

分子名称: PCNA-nicked DNA / タイプ: dna / ID: 3 / Name.synonym: DNA / 分類: DNA / Structure: DOUBLE HELIX / Synthetic?: Yes
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.02 mg/mL
緩衝液pH: 6.5 / 詳細: 20 mM MES,50 mM NaCl,10 mM MgCl2,0.1 mM ATP
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: The sample solution was applied to a copper grid supporting a continuous thin-carbon film, left for 1 min, then stained with 3 drops of 2% uranyl acetate, and air dried.
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 1010
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 400,000 times magnification
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN / 実像数: 400
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 100 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 5.6 mm / 倍率（公称値）: 400000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: OTHER

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 17.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN,IMAGIC / 使用した粒子像数: 19544

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1ge8


Chain - Chain ID: A
詳細PDBEntryID_givenInChain.
精密化空間: REAL

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

2pol


Chain - Chain ID: A
詳細PDBEntryID_givenInChain.
精密化空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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