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- EMDB-14781: Cryo-EM structure of C-mannosyltransferase CeDPY19, in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14781
タイトルCryo-EM structure of C-mannosyltransferase CeDPY19, in complex with Dol25-P-Man and bound to CMT2-Fab and anti-Fab nanobody
マップデータ
試料
  • 複合体: C-mannosyltransferase CeDPY19, in complex with Dol25-P-Man and bound to CMT2-Fab and anti-Fab nanobody
    • タンパク質・ペプチド: CMT2-Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Anti-Fab nanobody
    • タンパク質・ペプチド: CMT2-Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: C-mannosyltransferase dpy-19
  • リガンド: Dolichol monophosphate beta-D-Mannose
  • リガンド: water
キーワードC-mannosyltransferase / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


: / mannosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / nervous system development / carbohydrate metabolic process / cell differentiation / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Dpy-19/Dpy-19-like / : / Q-cell neuroblast polarisation / Glycoside hydrolase/deacetylase, beta/alpha-barrel / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin ...Dpy-19/Dpy-19-like / : / Q-cell neuroblast polarisation / Glycoside hydrolase/deacetylase, beta/alpha-barrel / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
C-mannosyltransferase dpy-19 / Ig-like domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.99 Å
データ登録者Bloch JS / Mukherjee S / Boilevin J / Irobalieva R / Darbre T / Reymond JL / Kossiakoff AA / Goddard-Borger ED / Locher KP
資金援助 スイス, 1件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation スイス
引用ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2023
タイトル: Structure, sequon recognition and mechanism of tryptophan C-mannosyltransferase.
著者: Joël S Bloch / Alan John / Runyu Mao / Somnath Mukherjee / Jérémy Boilevin / Rossitza N Irobalieva / Tamis Darbre / Nichollas E Scott / Jean-Louis Reymond / Anthony A Kossiakoff / Ethan D ...著者: Joël S Bloch / Alan John / Runyu Mao / Somnath Mukherjee / Jérémy Boilevin / Rossitza N Irobalieva / Tamis Darbre / Nichollas E Scott / Jean-Louis Reymond / Anthony A Kossiakoff / Ethan D Goddard-Borger / Kaspar P Locher /
要旨: C-linked glycosylation is essential for the trafficking, folding and function of secretory and transmembrane proteins involved in cellular communication processes. The tryptophan C- ...C-linked glycosylation is essential for the trafficking, folding and function of secretory and transmembrane proteins involved in cellular communication processes. The tryptophan C-mannosyltransferase (CMT) enzymes that install the modification attach a mannose to the first tryptophan of WxxW/C sequons in nascent polypeptide chains by an unknown mechanism. Here, we report cryogenic-electron microscopy structures of Caenorhabditis elegans CMT in four key states: apo, acceptor peptide-bound, donor-substrate analog-bound and as a trapped ternary complex with both peptide and a donor-substrate mimic bound. The structures indicate how the C-mannosylation sequon is recognized by this CMT and its paralogs, and how sequon binding triggers conformational activation of the donor substrate: a process relevant to all glycosyltransferase C superfamily enzymes. Our structural data further indicate that the CMTs adopt an unprecedented electrophilic aromatic substitution mechanism to enable the C-glycosylation of proteins. These results afford opportunities for understanding human disease and therapeutic targeting of specific CMT paralogs.
履歴
登録2022年4月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年1月11日-
マップ公開2023年1月11日-
更新2025年7月30日-
現状2025年7月30日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14781.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14781.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.66 Å/pix.
x 400 pix.
= 264. Å		0.66 Å/pix.
x 400 pix.
= 264. Å		0.66 Å/pix.
x 400 pix.
= 264. Å

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.66 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.7
最小 - 最大-2.4657803 - 3.3668907
平均 (標準偏差)0.0010567126 (±0.06415242)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 264.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_14781_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_14781_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_14781_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

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断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : C-mannosyltransferase CeDPY19, in complex with Dol25-P-Man and bo...

全体名称: C-mannosyltransferase CeDPY19, in complex with Dol25-P-Man and bound to CMT2-Fab and anti-Fab nanobody
要素
  • 複合体: C-mannosyltransferase CeDPY19, in complex with Dol25-P-Man and bound to CMT2-Fab and anti-Fab nanobody
    • タンパク質・ペプチド: CMT2-Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Anti-Fab nanobody
    • タンパク質・ペプチド: CMT2-Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: C-mannosyltransferase dpy-19
  • リガンド: Dolichol monophosphate beta-D-Mannose
  • リガンド: water

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超分子 #1: C-mannosyltransferase CeDPY19, in complex with Dol25-P-Man and bo...

超分子名称: C-mannosyltransferase CeDPY19, in complex with Dol25-P-Man and bound to CMT2-Fab and anti-Fab nanobody
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)

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分子 #1: CMT2-Fab heavy chain

分子名称: CMT2-Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 25.000723 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF NISSSSIHWV RQAPGKGLEW VASISSSYGY TSYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSL RAEDTAVYYC ARSSSVYWSW WGYSAFDYWG QGTLVTVSSA STKGPSVFPL APSSKSTSGG TAALGCLVKD Y FPEPVTVS ...文字列:
EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF NISSSSIHWV RQAPGKGLEW VASISSSYGY TSYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSL RAEDTAVYYC ARSSSVYWSW WGYSAFDYWG QGTLVTVSSA STKGPSVFPL APSSKSTSGG TAALGCLVKD Y FPEPVTVS WNSGALTSGV HTFPAVLQSS GLYSLSSVVT VPSSSLGTQT YICNVNHKPS NTKVDKKVEP KSCDKTHT

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分子 #2: Anti-Fab nanobody

分子名称: Anti-Fab nanobody / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 13.390644 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GSQVQLQESG GGLVQPGGSL RLSCAASGRT ISRYAMSWFR QAPGKEREFV AVARRSGDGA FYADSVQGRF TVSRDDAKNT VYLQMNSLK PEDTAVYYCA IDSDTFYSGS YDYWGQGTQV TVSS

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分子 #3: CMT2-Fab light chain

分子名称: CMT2-Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 23.23875 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: SDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSV SSAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASSLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQGASEPITF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDSQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD ...文字列:
SDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSV SSAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASSLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQGASEPITF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDSQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNRGEC

UniProtKB: Ig-like domain-containing protein

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分子 #4: C-mannosyltransferase dpy-19

分子名称: C-mannosyltransferase dpy-19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)
分子量理論値: 80.892602 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MAKKPKNSPE KSKYSSDTSS SLYSQTWLAS VVIIGLLVGY INYQHVYTLF ENDKHFSHLA DFEREMAYRT EMGLYYSYYK TIINAPSFL EGVQEITHDT VTEHGHEINT LNRFNLYPEV ILAFLYRPFR AFAKSANWQI ELCWQVNRGE LRPVESCEGI G NPHYFYIT ...文字列:
MAKKPKNSPE KSKYSSDTSS SLYSQTWLAS VVIIGLLVGY INYQHVYTLF ENDKHFSHLA DFEREMAYRT EMGLYYSYYK TIINAPSFL EGVQEITHDT VTEHGHEINT LNRFNLYPEV ILAFLYRPFR AFAKSANWQI ELCWQVNRGE LRPVESCEGI G NPHYFYIT GVFIVAGTVA SSIFYLGVLV SDSIFGGFLS VLCFAFNHGE ATRVQWTPPL RESFAFPFII GHIAILTFVI KY KKSGHSM ILLLTSMAVP ALLFWQFTQF AFFTQICSIF LAFSLDLIPF STAKTVIHSH IISFLIGFLL LFGNEMMITA LYF PSILAL GMIIYISPLL SNLKFRPAYV LFLAIIFASI TLGLKIGLSK GLGIEDDAHI FDILRSKFTS FANFHTRLYT CSAE FDFIQ YSTIEKLCGT LLIPLALISL VTFVFNFVKN TNLLWRNSEE IGENGEILYN VVQLCCSTVM AFLIMRLKLF MTPHL CIVA ALFANSKLLG GDRISKTIRV SALVGVIAIL FYRGIPNIRQ QLNVKGEYSN PDQEMLFDWI QHNTKQDAVF AGTMPV MAN VKLTTLRPIV NHPHYEHVGI RERTLKVYSM FSKKPIAEVH KIMKEMGVNY FVFQLMNCSN DERRPECVYR GMWDEED PK NSGRTALCDL WILAANSKDN SRIAPFKIVY NANRNYIVLK ILEDYKDHDG DYKDHDIDYK DDDDK

UniProtKB: C-mannosyltransferase dpy-19

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分子 #5: Dolichol monophosphate beta-D-Mannose

分子名称: Dolichol monophosphate beta-D-Mannose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: IZY
分子量理論値: 602.737 Da

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分子 #6: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 13 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態3D array

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 48.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.99 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 301020
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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