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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Late assembly intermediate of the proximal proton pumping module of complex I with assembly factor NDUFAF1 | |||||||||
![]() | late assembly intermediate of the proximal proton pumping module of complex I with assemble factor NDUFAF1 | |||||||||
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生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
![]() | Schiller J / Laube E / Vonck J / Zickermann V | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Insights into complex I assembly: Function of NDUFAF1 and a link with cardiolipin remodeling. 著者: Jonathan Schiller / Eike Laube / Ilka Wittig / Werner Kühlbrandt / Janet Vonck / Volker Zickermann / ![]() 要旨: Respiratory complex I is a ~1-MDa proton pump in mitochondria. Its structure has been revealed in great detail, but the structural basis of its assembly, in humans involving at least 15 assembly ...Respiratory complex I is a ~1-MDa proton pump in mitochondria. Its structure has been revealed in great detail, but the structural basis of its assembly, in humans involving at least 15 assembly factors, is essentially unknown. We determined cryo-electron microscopy structures of assembly intermediates associated with assembly factor NDUFAF1 in a yeast model system. Subunits ND2 and NDUFC2 together with assembly factors NDUFAF1 and CIA84 form the nucleation point of the NDUFAF1-dependent assembly pathway. Unexpectedly, the cardiolipin remodeling enzyme tafazzin is an integral component of this core complex. In a later intermediate, all 12 subunits of the proximal proton pump module have assembled. NDUFAF1 locks the central ND3 subunit in an assembly-competent conformation, and major rearrangements of central subunits are required for complex I maturation. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 32.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 20.8 KB 20.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 7.2 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 147.6 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 34.3 MB | ![]() | |
その他 | ![]() ![]() ![]() | 6 MB 31.9 MB 31.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 188.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 187.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 501 B | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 372 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | late assembly intermediate of the proximal proton pumping module of complex I with assemble factor NDUFAF1 | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.20721 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: map after density modification using Phenix
ファイル | emd_14770_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | map after density modification using Phenix | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_14770_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_14770_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : late Pp module assembly intermediate of complex I associated with...
全体 | 名称: late Pp module assembly intermediate of complex I associated with assembly factor NDUFAF1. |
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要素 |
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-超分子 #1: late Pp module assembly intermediate of complex I associated with...
超分子 | 名称: late Pp module assembly intermediate of complex I associated with assembly factor NDUFAF1. タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#14 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 1.2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 276 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
詳細 | The sample was a mixture of assembly intermediates associated with the assembly factor NDUFAF1 |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 30 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6229 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER |