[日本語] English
万見
- EMDB-14763: Cryo-EM structure of aIF1A:aIF5B:Met-tRNAiMet complex from a Pyro... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14763
タイトルCryo-EM structure of aIF1A:aIF5B:Met-tRNAiMet complex from a Pyrococcus abyssi 30S initiation complex
マップデータ
試料
  • 複合体: tRNA-aIF5B-aIF1A moiety of a Pyrococcus abyssi translation initiation complex with 30S ribosomal subunit,tRNA, mRNA and initiation factors 1A and 5B.
    • 複合体: tRNA-Met
      • RNA: Met-tRNAiMet
    • 複合体: Translation initiation factor 1A and Probable translation initiation factor IF-2
      • タンパク質・ペプチド: Translation initiation factor 1A
      • タンパク質・ペプチド: Translation initiation factor 5B
  • リガンド: METHIONINE
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside diphosphate phosphatase activity / intein-mediated protein splicing / intron homing / translation initiation factor activity / endonuclease activity / GTPase activity / calcium ion binding / GTP binding / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Apyrase / Apyrase superfamily / Translation initiation factor aIF-2, archaea / Elongation factor Tu-type domain / Elongation factor Tu domain 4 / Translation initiation factor 1A (eIF-1A), conserved site / Eukaryotic initiation factor 1A signature. / eukaryotic translation initiation factor 1A / Translation initiation factor 1A (eIF-1A) / Translation initiation factor IF- 2, domain 3 ...Apyrase / Apyrase superfamily / Translation initiation factor aIF-2, archaea / Elongation factor Tu-type domain / Elongation factor Tu domain 4 / Translation initiation factor 1A (eIF-1A), conserved site / Eukaryotic initiation factor 1A signature. / eukaryotic translation initiation factor 1A / Translation initiation factor 1A (eIF-1A) / Translation initiation factor IF- 2, domain 3 / Translation-initiation factor 2 / Translation initiation factor IF- 2 / Translation initiation factor IF-2, domain 3 superfamily / Intein splicing domain / RNA-binding domain, S1, IF1 type / Translation initiation factor 1A / IF-1 / S1 domain IF1 type profile. / Intein DOD homing endonuclease / Intein DOD-type homing endonuclease domain profile. / Intein C-terminal splicing region / Intein C-terminal splicing motif profile. / Hint domain C-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain C-terminal region / Intein N-terminal splicing region / Intein N-terminal splicing motif profile. / Hint domain N-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain N-terminal region / Homing endonuclease / Hint domain superfamily / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Elongation factor Tu domain 2 / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Small GTP-binding protein domain / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein / Probable translation initiation factor IF-2 / Translation initiation factor 1A
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌) / Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Coureux PD / Bourgeois G / Mechulam Y / Schmitt E / Kazan R
資金援助 フランス, 1件
OrganizationGrant number国
Agence Nationale de la Recherche (ANR) フランス
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2022
タイトル: Role of aIF5B in archaeal translation initiation.
著者: Ramy Kazan / Gabrielle Bourgeois / Christine Lazennec-Schurdevin / Eric Larquet / Yves Mechulam / Pierre-Damien Coureux / Emmanuelle Schmitt /
要旨: In eukaryotes and in archaea late steps of translation initiation involve the two initiation factors e/aIF5B and e/aIF1A. In eukaryotes, the role of eIF5B in ribosomal subunit joining is established ...In eukaryotes and in archaea late steps of translation initiation involve the two initiation factors e/aIF5B and e/aIF1A. In eukaryotes, the role of eIF5B in ribosomal subunit joining is established and structural data showing eIF5B bound to the full ribosome were obtained. To achieve its function, eIF5B collaborates with eIF1A. However, structural data illustrating how these two factors interact on the small ribosomal subunit have long been awaited. The role of the archaeal counterparts, aIF5B and aIF1A, remains to be extensively addressed. Here, we study the late steps of Pyrococcus abyssi translation initiation. Using in vitro reconstituted initiation complexes and light scattering, we show that aIF5B bound to GTP accelerates subunit joining without the need for GTP hydrolysis. We report the crystallographic structures of aIF5B bound to GDP and GTP and analyze domain movements associated to these two nucleotide states. Finally, we present the cryo-EM structure of an initiation complex containing 30S bound to mRNA, Met-tRNAiMet, aIF5B and aIF1A at 2.7 Å resolution. Structural data shows how archaeal 5B and 1A factors cooperate to induce a conformation of the initiator tRNA favorable to subunit joining. Archaeal and eukaryotic features of late steps of translation initiation are discussed.
履歴
登録2022年4月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年7月20日-
マップ公開2022年7月20日-
更新2022年8月31日-
現状2022年8月31日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_14763.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14763.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 307.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.012
最小 - 最大-0.02421813 - 0.07090903
平均 (標準偏差)-9.843442e-05 (±0.0018164722)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ432432432
Spacing432432432
セルA=B=C: 371.52002 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
追加マップ: Not sharpened map

ファイルemd_14763_additional_1.map
注釈Not sharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_14763_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_14763_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : tRNA-aIF5B-aIF1A moiety of a Pyrococcus abyssi translation initia...

全体名称: tRNA-aIF5B-aIF1A moiety of a Pyrococcus abyssi translation initiation complex with 30S ribosomal subunit,tRNA, mRNA and initiation factors 1A and 5B.
要素
  • 複合体: tRNA-aIF5B-aIF1A moiety of a Pyrococcus abyssi translation initiation complex with 30S ribosomal subunit,tRNA, mRNA and initiation factors 1A and 5B.
    • 複合体: tRNA-Met
      • RNA: Met-tRNAiMet
    • 複合体: Translation initiation factor 1A and Probable translation initiation factor IF-2
      • タンパク質・ペプチド: Translation initiation factor 1A
      • タンパク質・ペプチド: Translation initiation factor 5B
  • リガンド: METHIONINE
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION

-
超分子 #1: tRNA-aIF5B-aIF1A moiety of a Pyrococcus abyssi translation initia...

超分子名称: tRNA-aIF5B-aIF1A moiety of a Pyrococcus abyssi translation initiation complex with 30S ribosomal subunit,tRNA, mRNA and initiation factors 1A and 5B.
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3

-
超分子 #2: tRNA-Met

超分子名称: tRNA-Met / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

-
超分子 #3: Translation initiation factor 1A and Probable translation initiat...

超分子名称: Translation initiation factor 1A and Probable translation initiation factor IF-2
タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

-
分子 #1: Met-tRNAiMet

分子名称: Met-tRNAiMet / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 24.833904 KDa
配列文字列:
AGCGGGG(4SU)GG AGCAGCCUGG (H2U)AGCUCGUCG GG(OMC)UCAUAAC CCGAAGAUCG UCGG(5MU)(PSU)CAAA UCCGGCCCC CGCUACCA

-
分子 #2: Translation initiation factor 1A

分子名称: Translation initiation factor 1A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 株: GE5 / Orsay
分子量理論値: 15.336709 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MGSSSHHHHH HSSGLVPRGS HMPKKERKVE GDEVIRVPLP EGNQLFGVVE QALGAGWMDV RCEDGKIRRC RIPGKLRRRV WIRVGDLVI VQPWPVQSDK RGDIVYRYTQ TQVDWLLRKG KITQEFLTGG SLLVE

-
分子 #3: Translation initiation factor 5B

分子名称: Translation initiation factor 5B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 株: GE5 / Orsay
分子量理論値: 69.122945 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MMTKRIRQPI IAVLGHVDHG KTTLLDRIRK TNVAAKEAGG ITQHIGATEV PIEVVKKIAG PLIKLWKAE IKLPGLLFID TPGHEAFTSL RARGGSLADL AVLVVDINEG FQPQTIESIE ILRKYRTPFV VAANKIDRIK G WVIEEDEP ...文字列:
MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MMTKRIRQPI IAVLGHVDHG KTTLLDRIRK TNVAAKEAGG ITQHIGATEV PIEVVKKIAG PLIKLWKAE IKLPGLLFID TPGHEAFTSL RARGGSLADL AVLVVDINEG FQPQTIESIE ILRKYRTPFV VAANKIDRIK G WVIEEDEP FLMNIKKQDQ RAVQELETKL WELIGKFYEF GFQANRFDRV QNFTRELAIV PISAKYGIGI AELLVLIAGL SQ RYLEEKL KIEVEGPARG TILEVREEPG LGHTIDVIIY DGTLHKDDTI VVGGKDKAIV TKIRALLKPK PLDEIRDPRF RFD YVDEVT AAAGVKIAAP GLEEALAGSP VIAAPTPEDV EKAKQEILEQ IERVVISTDK VGVIVKADTL GSLEALSKEL QEKE IPIRK ADVGNVSKTD VMEALSVKEE EPKYGVILGF NVKVNEDAEE VAKAKDVKIF VGNVIYKLIE DYEEWVKEEE EKKKR ELLS KVTFPGVIRL YPDERYVFRR SNPAIVGIEV IEGRIKPGVT LIKQNGQKVG VIRSIKSRDE FLQEAKKGQA VAIAIE GAI VGRHIHPGET LYVDLSRDDA ITLLKHLRDT LEDTDIKALK MIAKVKAKED PFWRAI

-
分子 #4: METHIONINE

分子名称: METHIONINE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: MET
分子量理論値: 149.211 Da
Chemical component information

ChemComp-MET:
METHIONINE / メチオニン

-
分子 #5: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: GNP
分子量理論値: 522.196 Da
Chemical component information

ChemComp-GNP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p / GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

-
分子 #6: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 6.7
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2.0 nm
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 39.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 2000000
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7yzn

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
詳細: Resolution calculated by the post-processing procedure in Relion.
使用した粒子像数: 37000
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る