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万見
- EMDB-1476: Structure of a bacteriophage N4 mutant lacking gp65 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1476
タイトルStructure of a bacteriophage N4 mutant lacking gp65
マップデータThis is an asymmetric reconstruction of a bacteriophage N4 mutant virus lacking gp65.
試料
  • 試料: Bacteriophage N4 mutant lacking gp65
  • ウイルス: Enterobacteria phage N4 (ファージ)
キーワードBacteriophage N4 / Podoviridae / non-contractile tail sheath / tail tube / appendages
生物種Enterobacteria phage N4 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 30.0 Å
データ登録者Choi KH / McPartland J / Kaganman I / Bowman VD / Rothman-Denes LB / Rossmann MG
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2008
タイトル: Insight into DNA and protein transport in double-stranded DNA viruses: the structure of bacteriophage N4.
著者: Kyung H Choi / Jennifer McPartland / Irene Kaganman / Valorie D Bowman / Lucia B Rothman-Denes / Michael G Rossmann /
要旨: Bacteriophage N4 encapsidates a 3500-aa-long DNA-dependent RNA polymerase (vRNAP), which is injected into the host along with the N4 genome upon infection. The three-dimensional structures of wild- ...Bacteriophage N4 encapsidates a 3500-aa-long DNA-dependent RNA polymerase (vRNAP), which is injected into the host along with the N4 genome upon infection. The three-dimensional structures of wild-type and mutant N4 viruses lacking gp17, gp50, or gp65 were determined by cryoelectron microscopy. The virion has an icosahedral capsid with T=9 quasi-symmetry that encapsidates well-organized double-stranded DNA and vRNAP. The tail, attached at a unique pentameric vertex of the head, consists of a neck, 12 appendages, and six ribbons that constitute a non-contractile sheath around a central tail tube. Comparison of wild-type and mutant virus structures in conjunction with bioinformatics established the identity and virion locations of the major capsid protein (gp56), a decorating protein (gp17), the vRNAP (gp50), the tail sheath (gp65), the appendages (gp66), and the portal protein (gp59). The N4 virion organization provides insight into its assembly and suggests a mechanism for genome and vRNAP transport strategies utilized by this unique system.
履歴
登録2008年2月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2008年2月25日-
マップ公開2009年3月31日-
更新2009年3月31日-
現状2009年3月31日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1476.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1476.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 276 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is an asymmetric reconstruction of a bacteriophage N4 mutant virus lacking gp65.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.54 Å
密度
表面レベル1: 1.62 / ムービー #1: 1.5
最小 - 最大-10.400600000000001 - 14.059699999999999
平均 (標準偏差)-0.000000000370159 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-210-210-210
サイズ420420420
Spacing420420420
セルA=B=C: 1486.8 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.543.543.54
M x/y/z420420420
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1486.8001486.8001486.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-55-55-55
NX/NY/NZ111111111
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-210-210-210
NC/NR/NS420420420
D min/max/mean-10.40114.060-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Bacteriophage N4 mutant lacking gp65

全体名称: Bacteriophage N4 mutant lacking gp65
要素
  • 試料: Bacteriophage N4 mutant lacking gp65
  • ウイルス: Enterobacteria phage N4 (ファージ)

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超分子 #1000: Bacteriophage N4 mutant lacking gp65

超分子名称: Bacteriophage N4 mutant lacking gp65 / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 9

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超分子 #1: Enterobacteria phage N4

超分子名称: Enterobacteria phage N4 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: bacteriophage N4 / NCBI-ID: 10752 / 生物種: Enterobacteria phage N4 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: bacteriophage N4
宿主別称: BACTERIA(EUBACTERIA)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 740 Å / T番号(三角分割数): 9

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

凍結凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM200FEG
撮影デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 14 µm
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.75 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.13 µm / 倍率（公称値）: 39500
試料ステージ試料ホルダー: eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 30.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 2096

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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