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- EMDB-14726: Cryo-EM structure of ex vivo AA amyloid from renal tissue of a sh... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14726
タイトルCryo-EM structure of ex vivo AA amyloid from renal tissue of a short hair cat deceased in a shelter
マップデータautosharpened map
試料
  • 細胞器官・細胞要素: AA amyloid extracted from kidney of deceased cat
    • タンパク質・ペプチド: Serum amyloid A protein
機能・相同性Serum amyloid A protein / Serum amyloid A protein / Serum amyloid A proteins signature. / Serum amyloid A proteins / high-density lipoprotein particle / acute-phase response / Serum amyloid A protein
機能・相同性情報
生物種Felis catus (イエネコ) / domestic cat (イエネコ)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Schulte T / Chaves-Sanjuan A / Ricagno S
資金援助 イタリア, 1件
OrganizationGrant number国
Italian Ministry of Health イタリア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structure of ex vivo fibrils associated with extreme AA amyloidosis prevalence in a cat shelter.
著者: Tim Schulte / Antonio Chaves-Sanjuan / Giulia Mazzini / Valentina Speranzini / Francesca Lavatelli / Filippo Ferri / Carlo Palizzotto / Maria Mazza / Paolo Milani / Mario Nuvolone / Anne- ...著者: Tim Schulte / Antonio Chaves-Sanjuan / Giulia Mazzini / Valentina Speranzini / Francesca Lavatelli / Filippo Ferri / Carlo Palizzotto / Maria Mazza / Paolo Milani / Mario Nuvolone / Anne-Cathrine Vogt / Monique Vogel / Giovanni Palladini / Giampaolo Merlini / Martino Bolognesi / Silvia Ferro / Eric Zini / Stefano Ricagno /
要旨: AA amyloidosis is a systemic disease characterized by deposition of misfolded serum amyloid A protein (SAA) into cross-β amyloid in multiple organs in humans and animals. AA amyloidosis occurs at ...AA amyloidosis is a systemic disease characterized by deposition of misfolded serum amyloid A protein (SAA) into cross-β amyloid in multiple organs in humans and animals. AA amyloidosis occurs at high SAA serum levels during chronic inflammation. Prion-like transmission was reported as possible cause of extreme AA amyloidosis prevalence in captive animals, e.g. 70% in cheetah and 57-73% in domestic short hair (DSH) cats kept in zoos and shelters, respectively. Herein, we present the 3.3 Å cryo-EM structure of AA amyloid extracted post-mortem from the kidney of a DSH cat with renal failure, deceased in a shelter with extreme disease prevalence. The structure reveals a cross-β architecture assembled from two 76-residue long proto-filaments. Despite >70% sequence homology to mouse and human SAA, the cat SAA variant adopts a distinct amyloid fold. Inclusion of an eight-residue insert unique to feline SAA contributes to increased amyloid stability. The presented feline AA amyloid structure is fully compatible with the 99% identical amino acid sequence of amyloid fragments of captive cheetah.
履歴
登録2022年4月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月30日-
マップ公開2022年11月30日-
更新2022年11月30日-
現状2022年11月30日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14726.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14726.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 59.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈autosharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.89 Å/pix.
x 250 pix.
= 222.25 Å		0.89 Å/pix.
x 250 pix.
= 222.25 Å		0.89 Å/pix.
x 250 pix.
= 222.25 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.889 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.0
最小 - 最大-13.81175 - 15.306102
平均 (標準偏差)3.7594588e-13 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ250250250
Spacing250250250
セルA=B=C: 222.25 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_14726_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: map after 3D autorefine with gold-standard solvent-flattened fsc

ファイルemd_14726_additional_1.map
注釈map after 3D autorefine with gold-standard solvent-flattened fsc
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 2

ファイルemd_14726_half_map_1.map
注釈half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 1

ファイルemd_14726_half_map_2.map
注釈half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : AA amyloid extracted from kidney of deceased cat

全体名称: AA amyloid extracted from kidney of deceased cat
要素
  • 細胞器官・細胞要素: AA amyloid extracted from kidney of deceased cat
    • タンパク質・ペプチド: Serum amyloid A protein

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超分子 #1: AA amyloid extracted from kidney of deceased cat

超分子名称: AA amyloid extracted from kidney of deceased cat / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Felis catus (イエネコ) / 器官: kidney

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分子 #1: Serum amyloid A protein

分子名称: Serum amyloid A protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: domestic cat (イエネコ)
分子量理論値: 14.449766 KDa
配列文字列:
MKLFTGLVFC SLVLGVSSEW YSFLGEAAQG AWDMWRAYSD MREANYIGAD KYFHARGNYD AAQRGPGGAW AAKVISDARE NSQRVTDFF RHGNSGHGAE DSKADQEANE WGRSGKDPNH YRPEGLPDKY

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態helical array

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試料調製

緩衝液pH: 7
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
詳細: glow discharged for 30s at 30mA using a GloQube system
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2652 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 / 詳細: images takes for analysis
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 120000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 4.9043 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -1.29627 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C2 (2回回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 65000
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4)
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 76.7
得られたモデル

PDB-7zh7:
Cryo-EM structure of ex vivo AA amyloid from renal tissue of a short hair cat deceased in a shelter

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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