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- EMDB-1464: Adenovirus serotype 5 hexon mediates liver gene transfer. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1464
タイトルAdenovirus serotype 5 hexon mediates liver gene transfer.
マップデータThree-dimensional reconstruction of Adenovirus type 5 bound to Factor X
試料
  • 試料: Adenovirus type 5 bound to Factor X
  • ウイルス: Human adenovirus 5 (ヒトアデノウイルス)
  • リガンド: Factor X
生物種Human adenovirus 5 (ヒトアデノウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 23.0 Å
データ登録者Waddington SN / McVey JH / Bhella D / Parker AL / Barker K / Atoda H / Pink R / Buckley SM / Greig JA / Denby L ...Waddington SN / McVey JH / Bhella D / Parker AL / Barker K / Atoda H / Pink R / Buckley SM / Greig JA / Denby L / Custers J / Morita T / Francischetti IM / Monteiro RQ / Barouch DH / van Rooijen N / Napoli C / Havenga MJ / Nicklin SA / Baker AH
引用ジャーナル: Cell / 年: 2008
タイトル: Adenovirus serotype 5 hexon mediates liver gene transfer.
著者: Simon N Waddington / John H McVey / David Bhella / Alan L Parker / Kristeen Barker / Hideko Atoda / Rebecca Pink / Suzanne M K Buckley / Jenny A Greig / Laura Denby / Jerome Custers / Takashi ...著者: Simon N Waddington / John H McVey / David Bhella / Alan L Parker / Kristeen Barker / Hideko Atoda / Rebecca Pink / Suzanne M K Buckley / Jenny A Greig / Laura Denby / Jerome Custers / Takashi Morita / Ivo M B Francischetti / Robson Q Monteiro / Dan H Barouch / Nico van Rooijen / Claudio Napoli / Menzo J E Havenga / Stuart A Nicklin / Andrew H Baker /
要旨: Adenoviruses are used extensively as gene transfer agents, both experimentally and clinically. However, targeting of liver cells by adenoviruses compromises their potential efficacy. In cell culture, ...Adenoviruses are used extensively as gene transfer agents, both experimentally and clinically. However, targeting of liver cells by adenoviruses compromises their potential efficacy. In cell culture, the adenovirus serotype 5 fiber protein engages the coxsackievirus and adenovirus receptor (CAR) to bind cells. Paradoxically, following intravascular delivery, CAR is not used for liver transduction, implicating alternate pathways. Recently, we demonstrated that coagulation factor (F)X directly binds adenovirus leading to liver infection. Here, we show that FX binds to the Ad5 hexon, not fiber, via an interaction between the FX Gla domain and hypervariable regions of the hexon surface. Binding occurs in multiple human adenovirus serotypes. Liver infection by the FX-Ad5 complex is mediated through a heparin-binding exosite in the FX serine protease domain. This study reveals an unanticipated function for hexon in mediating liver gene transfer in vivo.
履歴
登録2008年1月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2008年1月10日-
マップ公開2008年2月22日-
更新2011年5月26日-
現状2011年5月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 262.697161173
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 262.697161173
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1464.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1464.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 42.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Three-dimensional reconstruction of Adenovirus type 5 bound to Factor X
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
6.54 Å/pix.
x 225 pix.
= 1471.5 Å		6.54 Å/pix.
x 225 pix.
= 1471.5 Å		6.54 Å/pix.
x 225 pix.
= 1471.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 6.54 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 293.0 / ムービー #1: 262.6971612
最小 - 最大-963.807999999999993 - 1253.8900000000001
平均 (標準偏差)25.505600000000001 (±124.706999999999994)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-112-112-112
サイズ225225225
Spacing225225225
セルA=B=C: 1471.5 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z6.546.546.54
M x/y/z225225225
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1471.5001471.5001471.500
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ29-50166
NX/NY/NZ106122134
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-112-112-112
NC/NR/NS225225225
D min/max/mean-963.8081253.89225.506

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Adenovirus type 5 bound to Factor X

全体名称: Adenovirus type 5 bound to Factor X
要素
  • 試料: Adenovirus type 5 bound to Factor X
  • ウイルス: Human adenovirus 5 (ヒトアデノウイルス)
  • リガンド: Factor X

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超分子 #1000: Adenovirus type 5 bound to Factor X

超分子名称: Adenovirus type 5 bound to Factor X / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 2

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超分子 #1: Human adenovirus 5

超分子名称: Human adenovirus 5 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: Ad5 / NCBI-ID: 28285 / 生物種: Human adenovirus 5 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: Ad5
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Ad5 / 直径: 900 Å / T番号(三角分割数): 25

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分子 #1: Factor X

分子名称: Factor X / タイプ: ligand / ID: 1 / Name.synonym: FX
詳細: Commercially purified Factor X from Haematologic Technologies Inc.
コピー数: 240 / 集合状態: monomer / 組換発現: No
由来(天然)組織: blood/liver

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 10 nM Tris 100 mM NaCl 5 mM CaCl
グリッド詳細: 400 mesh copper R2/2 quantifoils
凍結凍結剤: ETHANE
手法: 5 ul of virus-ligand complex was loaded onto a freshly glow-discharged grid and blotted until the filter paper detached.

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 1200EXII
温度平均: 108 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Astigmatism corrected at 100,000 times magnification
詳細Defocus Pairs were recorded
日付2007年6月1日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: OTHER / デジタル化 - サンプリング間隔: 6.35 µm / 実像数: 21 / 平均電子線量: 10 e/Å2 / 詳細: Images were binned by a factor of 3 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系倍率（補正後）: 29128 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 3.4 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.9 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.668 µm / 倍率（公称値）: 30000
試料ステージ試料ホルダー: side entry, liquid nitrogen cooled / 試料ホルダーモデル: OTHER

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画像解析

CTF補正詳細: each particle was corrected and defocus paired particles merged
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 23.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: PFT3DR2, MRC / 使用した粒子像数: 305

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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