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- EMDB-14634: Cryo-EM structure of GMPCPP-microtubules in complex with VASH2-SVBP -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14634
タイトルCryo-EM structure of GMPCPP-microtubules in complex with VASH2-SVBP
マップデータ
試料
  • 複合体: VASH2-SVBP complex bound to the microtubule
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin alpha-1B chain
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin beta-2B chain
    • タンパク質・ペプチド: Tubulinyl-Tyr carboxypeptidase 2
    • タンパク質・ペプチド: Small vasohibin-binding protein
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER
キーワードMicrotubule / Enzyme / Complex / Detyrosination / PROTEIN BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


cell-cell fusion / regulation of metallopeptidase activity / tubulinyl-Tyr carboxypeptidase / tubulin-tyrosine carboxypeptidase / syncytium formation by plasma membrane fusion / Post-chaperonin tubulin folding pathway / Cilium Assembly / cytoskeleton-dependent intracellular transport / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin ...cell-cell fusion / regulation of metallopeptidase activity / tubulinyl-Tyr carboxypeptidase / tubulin-tyrosine carboxypeptidase / syncytium formation by plasma membrane fusion / Post-chaperonin tubulin folding pathway / Cilium Assembly / cytoskeleton-dependent intracellular transport / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / peptidase activator activity / Intraflagellar transport / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Formation of tubulin folding intermediates by CCT/TriC / embryonic brain development / Gap junction assembly / Prefoldin mediated transfer of substrate to CCT/TriC / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / Kinesins / positive regulation of axon guidance / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / labyrinthine layer blood vessel development / negative regulation of endothelial cell migration / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / axon development / Recycling pathway of L1 / protein secretion / RHOH GTPase cycle / regulation of angiogenesis / RHO GTPases activate IQGAPs / microtubule-based process / intercellular bridge / Hedgehog 'off' state / Activation of AMPK downstream of NMDARs / cytoplasmic microtubule / COPI-mediated anterograde transport / metallocarboxypeptidase activity / positive regulation of endothelial cell proliferation / Mitotic Prometaphase / negative regulation of protein ubiquitination / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / MHC class II antigen presentation / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / cellular response to interleukin-4 / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / RHO GTPases Activate Formins / modulation of chemical synaptic transmission / PKR-mediated signaling / Schaffer collateral - CA1 synapse / cerebral cortex development / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / HCMV Early Events / neuron migration / positive regulation of angiogenesis / Aggrephagy / mitotic spindle / Separation of Sister Chromatids / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / apical part of cell / mitotic cell cycle / double-stranded RNA binding / actin binding / microtubule cytoskeleton / microtubule binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / microtubule / cytoskeleton / cilium / protein heterodimerization activity / cell division / GTPase activity / ubiquitin protein ligase binding / GTP binding / structural molecule activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tubulinyl-Tyr carboxypeptidase / Small vasohibin-binding protein / Vasohibin / Coiled-coil domain-containing protein 23 / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal ...Tubulinyl-Tyr carboxypeptidase / Small vasohibin-binding protein / Vasohibin / Coiled-coil domain-containing protein 23 / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Tubulin alpha-1B chain / Tubulinyl-Tyr carboxypeptidase 2 / Small vasohibin-binding protein / Tubulin beta-2B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Choi SR / Blum T / Steinmetz MO
資金援助 スイス, 1件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation310030_192566 スイス
引用ジャーナル: J Cell Biol / 年: 2023
タイトル: VASH1-SVBP and VASH2-SVBP generate different detyrosination profiles on microtubules.
著者: Sacnicte Ramirez-Rios / Sung Ryul Choi / Chadni Sanyal / Thorsten B Blum / Christophe Bosc / Fatma Krichen / Eric Denarier / Jean-Marc Soleilhac / Béatrice Blot / Carsten Janke / Virginie ...著者: Sacnicte Ramirez-Rios / Sung Ryul Choi / Chadni Sanyal / Thorsten B Blum / Christophe Bosc / Fatma Krichen / Eric Denarier / Jean-Marc Soleilhac / Béatrice Blot / Carsten Janke / Virginie Stoppin-Mellet / Maria M Magiera / Isabelle Arnal / Michel O Steinmetz / Marie-Jo Moutin /
要旨: The detyrosination/tyrosination cycle of α-tubulin is critical for proper cell functioning. VASH1-SVBP and VASH2-SVBP are ubiquitous enzymes involved in microtubule detyrosination, whose mode of ...The detyrosination/tyrosination cycle of α-tubulin is critical for proper cell functioning. VASH1-SVBP and VASH2-SVBP are ubiquitous enzymes involved in microtubule detyrosination, whose mode of action is little known. Here, we show in reconstituted systems and cells that VASH1-SVBP and VASH2-SVBP drive the global and local detyrosination of microtubules, respectively. We solved the cryo-electron microscopy structure of VASH2-SVBP bound to microtubules, revealing a different microtubule-binding configuration of its central catalytic region compared to VASH1-SVBP. We show that the divergent mode of detyrosination between the two enzymes is correlated with the microtubule-binding properties of their disordered N- and C-terminal regions. Specifically, the N-terminal region is responsible for a significantly longer residence time of VASH2-SVBP on microtubules compared to VASH1-SVBP. We suggest that this VASH region is critical for microtubule detachment and diffusion of VASH-SVBP enzymes on lattices. Our results suggest a mechanism by which VASH1-SVBP and VASH2-SVBP could generate distinct microtubule subpopulations and confined areas of detyrosinated lattices to drive various microtubule-based cellular functions.
履歴
登録2022年3月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年12月14日-
マップ公開2022年12月14日-
更新2024年7月24日-
現状2024年7月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14634.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14634.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 160 pix.
= 169.28 Å		1.06 Å/pix.
x 160 pix.
= 169.28 Å		1.06 Å/pix.
x 160 pix.
= 169.28 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.058 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.008
最小 - 最大-0.059908353 - 0.09423978
平均 (標準偏差)-0.00023937626 (±0.006015211)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 169.28 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_14634_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_14634_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : VASH2-SVBP complex bound to the microtubule

全体名称: VASH2-SVBP complex bound to the microtubule
要素
  • 複合体: VASH2-SVBP complex bound to the microtubule
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin alpha-1B chain
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin beta-2B chain
    • タンパク質・ペプチド: Tubulinyl-Tyr carboxypeptidase 2
    • タンパク質・ペプチド: Small vasohibin-binding protein
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER

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超分子 #1: VASH2-SVBP complex bound to the microtubule

超分子名称: VASH2-SVBP complex bound to the microtubule / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 380 KDa

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分子 #1: Tubulin alpha-1B chain

分子名称: Tubulin alpha-1B chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 50.204445 KDa
配列文字列: MRECISIHVG QAGVQIGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDSFN TFFSETGAGK HVPRAVFVDL EPTVIDEVRT GTYRQLFHP EQLITGKEDA ANNYARGHYT IGKEIIDLVL DRIRKLADQC TGLQGFLVFH SFGGGTGSGF TSLLMERLSV D YGKKSKLE ...文字列:
MRECISIHVG QAGVQIGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDSFN TFFSETGAGK HVPRAVFVDL EPTVIDEVRT GTYRQLFHP EQLITGKEDA ANNYARGHYT IGKEIIDLVL DRIRKLADQC TGLQGFLVFH SFGGGTGSGF TSLLMERLSV D YGKKSKLE FSIYPAPQVS TAVVEPYNSI LTTHTTLEHS DCAFMVDNEA IYDICRRNLD IERPTYTNLN RLISQIVSSI TA SLRFDGA LNVDLTEFQT NLVPYPRIHF PLATYAPVIS AEKAYHEQLS VAEITNACFE PANQMVKCDP RHGKYMACCL LYR GDVVPK DVNAAIATIK TKRSIQFVDW CPTGFKVGIN YQPPTVVPGG DLAKVQRAVC MLSNTTAIAE AWARLDHKFD LMYA KRAFV HWYVGEGMEE GEFSEAREDM AALEKDYEEV GVDSVEGEGE EEGEEY

UniProtKB: Tubulin alpha-1B chain

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分子 #2: Tubulin beta-2B chain

分子名称: Tubulin beta-2B chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 49.90777 KDa
配列文字列: MREIVHIQAG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPTGSYHGDS DLQLERINVY YNEAAGNKYV PRAILVDLEP GTMDSVRSGP FGQIFRPDN FVFGQSGAGN NWAKGHYTEG AELVDSVLDV VRKESESCDC LQGFQLTHSL GGGTGSGMGT LLISKIREEY P DRIMNTFS ...文字列:
MREIVHIQAG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPTGSYHGDS DLQLERINVY YNEAAGNKYV PRAILVDLEP GTMDSVRSGP FGQIFRPDN FVFGQSGAGN NWAKGHYTEG AELVDSVLDV VRKESESCDC LQGFQLTHSL GGGTGSGMGT LLISKIREEY P DRIMNTFS VVPSPKVSDT VVEPYNATLS VHQLVENTDE TYCIDNEALY DICFRTLKLT TPTYGDLNHL VSATMSGVTT CL RFPGQLN ADLRKLAVNM VPFPRLHFFM PGFAPLTSRG SQQYRALTVP ELTQQMFDAK NMMAACDPRH GRYLTVAAVF RGR MSMKEV DEQMLNVQNK NSSYFVEWIP NNVKTAVCDI PPRGLKMSAT FIGNSTAIQE LFKRISEQFT AMFRRKAFLH WYTG EGMDE MEFTEAESNM NDLVSEYQQY QDATADEQGE FEEEEGEDEA

UniProtKB: Tubulin beta-2B chain

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分子 #3: Tubulinyl-Tyr carboxypeptidase 2

分子名称: Tubulinyl-Tyr carboxypeptidase 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: tubulinyl-Tyr carboxypeptidase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 40.488914 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTGSAADTHR CPHPKGAKGT RSRSSHARPV SLATSGGSEE EDKDGGVLFH VNKSGFPIDS HTWERMWMHV AKVHPKGGEM VGAIRNAAF LAKPSIPQVP NYRLSMTIPD WLQAIQNYMK TLQYNHTGTQ FFEIRKMRPL SGLMETAKEM TRESLPIKAL E AVILGIYL ...文字列:
MTGSAADTHR CPHPKGAKGT RSRSSHARPV SLATSGGSEE EDKDGGVLFH VNKSGFPIDS HTWERMWMHV AKVHPKGGEM VGAIRNAAF LAKPSIPQVP NYRLSMTIPD WLQAIQNYMK TLQYNHTGTQ FFEIRKMRPL SGLMETAKEM TRESLPIKAL E AVILGIYL TNGQPSIERF PISFKTYFSG NYFHHVVLGI YCNGRYGSLG MSRRAELMDK PLTFRTLSDL IFDFEDSYKK YL HTVKKVK IGLYVPHEPH SFQPIEWKQL VLNVSKMLRA DIRKELEKYA RDMRMKILKP ASAHSPTQVR SRGKSLSPRR RQA SPPRRL GRREKSPALP EKKVADLSTL NEVGYQIRI

UniProtKB: Tubulinyl-Tyr carboxypeptidase 2

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分子 #4: Small vasohibin-binding protein

分子名称: Small vasohibin-binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 詳細: Recombinant C-terminal his6-tag / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 8.78 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MDPPARKEKT KVKESVSRVE KAKQKSAQQE LKQRQRAEIY ALNRVMTELE QQQFDEFCKQ MQPPGEKHHH HHH

UniProtKB: Small vasohibin-binding protein

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分子 #5: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: GTP
分子量理論値: 523.18 Da
Chemical component information

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #6: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 6 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #7: PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 4 / 式: G2P
分子量理論値: 521.208 Da
Chemical component information

ChemComp-G2P:
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / GMPCPP / GMP-CPP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態helical array

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClSodium Chloride
20.0 mMC4H11NO3Tris buffer
1.0 mMC14H9Cl5Dichlorodiphenyltrichloroethane
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 12 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 90 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III
詳細Mixture of VASH2-SVBP and microtubules

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3345 / 平均露光時間: 0.2 sec. / 平均電子線量: 1.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 153041
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6qby


詳細: 6QBY used for VASH2-SVBP complex 3JAL used for microtubules
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8) / 使用した粒子像数: 96922
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

6qby

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

3jal

chain_id: H, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

3jal

chain_id: G, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

3jal

chain_id: A, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

3jal

chain_id: E, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

3jal

chain_id: B, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

3jal

chain_id: F, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 54.76
得られたモデル

PDB-7zcw:
Cryo-EM structure of GMPCPP-microtubules in complex with VASH2-SVBP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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