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- EMDB-14527: Structure of DNA-bound human RAD17-RFC clamp loader and 9-1-1 che... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14527
タイトルStructure of DNA-bound human RAD17-RFC clamp loader and 9-1-1 checkpoint clamp
マップデータMap
試料
  • 複合体: DNA-bound human RAD17-RFC clamp loader and 9-1-1 checkpoint clamp
    • タンパク質・ペプチド: Cell cycle checkpoint control protein RAD9A
    • タンパク質・ペプチド: Cell cycle checkpoint protein RAD1,Cell cycle checkpoint protein RAD17
    • タンパク質・ペプチド: Checkpoint protein HUS1
    • タンパク質・ペプチド: Replication factor C subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: Replication factor C subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: Replication factor C subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Replication factor C subunit 5
    • DNA: Hairpin DNA
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
機能・相同性
機能・相同性情報


meiotic DNA integrity checkpoint signaling / checkpoint clamp complex / meiotic recombination checkpoint signaling / Rad17 RFC-like complex / response to organophosphorus / Ctf18 RFC-like complex / DNA clamp loader activity / DNA replication factor C complex / Elg1 RFC-like complex / positive regulation of DNA-directed DNA polymerase activity ...meiotic DNA integrity checkpoint signaling / checkpoint clamp complex / meiotic recombination checkpoint signaling / Rad17 RFC-like complex / response to organophosphorus / Ctf18 RFC-like complex / DNA clamp loader activity / DNA replication factor C complex / Elg1 RFC-like complex / positive regulation of DNA-directed DNA polymerase activity / double-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / Polymerase switching / exodeoxyribonuclease III / DNA replication checkpoint signaling / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / regulation of phosphorylation / Polymerase switching on the C-strand of the telomere / mitotic DNA replication checkpoint signaling / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / embryo development ending in birth or egg hatching / Activation of ATR in response to replication stress / DNA duplex unwinding / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / Impaired BRCA2 binding to RAD51 / DNA strand elongation involved in DNA replication / DNA synthesis involved in DNA repair / negative regulation of DNA replication / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / ATP-dependent activity, acting on DNA / response to UV / substantia nigra development / 3'-5' exonuclease activity / telomere maintenance / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / DNA damage checkpoint signaling / cellular response to ionizing radiation / nucleotide-excision repair / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / Termination of translesion DNA synthesis / regulation of protein phosphorylation / G2/M DNA damage checkpoint / Translesion Synthesis by POLH / double-strand break repair via homologous recombination / HDR through Homologous Recombination (HRR) / Dual Incision in GG-NER / DNA-templated DNA replication / histone deacetylase binding / SH3 domain binding / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / chromosome / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / Processing of DNA double-strand break ends / site of double-strand break / DNA replication / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / damaged DNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / DNA repair / chromatin binding / DNA damage response / nucleolus / protein kinase binding / enzyme binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cell cycle checkpoint protein, Rad1 / Cell cycle checkpoint, Hus1 / Rad9 / Rad9 / Checkpoint protein Hus1/Mec3 / Hus1-like protein / Checkpoint protein Rad17/Rad24 / Checkpoint protein Rad17/Rad24, fungi/metazoa / Rad1/Rec1/Rad17 / Rad9/Ddc1 ...Cell cycle checkpoint protein, Rad1 / Cell cycle checkpoint, Hus1 / Rad9 / Rad9 / Checkpoint protein Hus1/Mec3 / Hus1-like protein / Checkpoint protein Rad17/Rad24 / Checkpoint protein Rad17/Rad24, fungi/metazoa / Rad1/Rec1/Rad17 / Rad9/Ddc1 / Repair protein Rad1/Rec1/Rad17 / Replication factor C, C-terminal / Replication factor C C-terminal domain / : / DNA polymerase III, delta subunit / : / DNA polymerase III, clamp loader complex, gamma/delta/delta subunit, C-terminal / : / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell cycle checkpoint protein RAD1 / Checkpoint protein HUS1 / Cell cycle checkpoint protein RAD17 / Replication factor C subunit 4 / Replication factor C subunit 2 / Replication factor C subunit 5 / Replication factor C subunit 3 / Cell cycle checkpoint control protein RAD9A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.59 Å
データ登録者Day M / Oliver AW / Pearl LH
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Cancer Research UKC302/A14532 英国
Cancer Research UKC302/A24386 英国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2022
タイトル: Structure of the human RAD17-RFC clamp loader and 9-1-1 checkpoint clamp bound to a dsDNA-ssDNA junction.
著者: Matthew Day / Antony W Oliver / Laurence H Pearl /
要旨: The RAD9-RAD1-HUS1 (9-1-1) clamp forms one half of the DNA damage checkpoint system that signals the presence of substantial regions of single-stranded DNA arising from replication fork collapse or ...The RAD9-RAD1-HUS1 (9-1-1) clamp forms one half of the DNA damage checkpoint system that signals the presence of substantial regions of single-stranded DNA arising from replication fork collapse or resection of DNA double strand breaks. Loaded at the 5'-recessed end of a dsDNA-ssDNA junction by the RAD17-RFC clamp loader complex, the phosphorylated C-terminal tail of the RAD9 subunit of 9-1-1 engages with the mediator scaffold TOPBP1 which in turn activates the ATR kinase, localised through the interaction of its constitutive partner ATRIP with RPA-coated ssDNA. Using cryogenic electron microscopy (cryoEM) we have determined the structure of a complex of the human RAD17-RFC clamp loader bound to human 9-1-1, engaged with a dsDNA-ssDNA junction. The structure answers the key questions of how RAD17 confers specificity for 9-1-1 over PCNA, and how the clamp loader specifically recognises the recessed 5' DNA end and fixes the orientation of 9-1-1 on the ssDNA.
履歴
登録2022年3月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年5月4日-
マップ公開2022年5月4日-
更新2022年8月31日-
現状2022年8月31日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14527.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14527.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 98.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.035
最小 - 最大-0.0019020431 - 2.0835643
平均 (標準偏差)0.0029825892 (±0.038953133)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ296296296
Spacing296296296
セルA=B=C: 254.56 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half-map 1

ファイルemd_14527_half_map_1.map
注釈Half-map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map 2

ファイルemd_14527_half_map_2.map
注釈Half-map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : DNA-bound human RAD17-RFC clamp loader and 9-1-1 checkpoint clamp

全体名称: DNA-bound human RAD17-RFC clamp loader and 9-1-1 checkpoint clamp
要素
  • 複合体: DNA-bound human RAD17-RFC clamp loader and 9-1-1 checkpoint clamp
    • タンパク質・ペプチド: Cell cycle checkpoint control protein RAD9A
    • タンパク質・ペプチド: Cell cycle checkpoint protein RAD1,Cell cycle checkpoint protein RAD17
    • タンパク質・ペプチド: Checkpoint protein HUS1
    • タンパク質・ペプチド: Replication factor C subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: Replication factor C subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: Replication factor C subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Replication factor C subunit 5
    • DNA: Hairpin DNA
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER

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超分子 #1: DNA-bound human RAD17-RFC clamp loader and 9-1-1 checkpoint clamp

超分子名称: DNA-bound human RAD17-RFC clamp loader and 9-1-1 checkpoint clamp
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
分子量理論値: 350 KDa

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分子 #1: Cell cycle checkpoint control protein RAD9A

分子名称: Cell cycle checkpoint control protein RAD9A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: exodeoxyribonuclease III
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 44.260023 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MKCLVTGGNV KVLGKAVHSL SRIGDELYLE PLEDGLSLRT VNSSRSAYAC FLFAPLFFQQ YQAATPGQDL LRCKILMKSF LSVFRSLAM LEKTVEKCCI SLNGRSSRLV VQLHCKFGVR KTHNLSFQDC ESLQAVFDPA SCPHMLRAPA RVLGEAVLPF S PALAEVTL ...文字列:
MKCLVTGGNV KVLGKAVHSL SRIGDELYLE PLEDGLSLRT VNSSRSAYAC FLFAPLFFQQ YQAATPGQDL LRCKILMKSF LSVFRSLAM LEKTVEKCCI SLNGRSSRLV VQLHCKFGVR KTHNLSFQDC ESLQAVFDPA SCPHMLRAPA RVLGEAVLPF S PALAEVTL GIGRGRRVIL RSYHEEEADS TAKAMVTEMC LGEEDFQQLQ AQEGVAITFC LKEFRGLLSF AESANLNLSI HF DAPGRPA IFTIKDSLLD GHFVLATLSD TDSHSQDLGS PERHQPVPQL QAHSTPHPDD FANDDIDSYM IAMETTIGNE GSR VLPSIS LSPGPQPPKS PGPHSEEEDE AEPSTVPGTP PPKKFRSLFF GSILAPVRSP QGPSPVLAED SEGEGTSAGS RHHH HHHHH

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分子 #2: Cell cycle checkpoint protein RAD1,Cell cycle checkpoint protein RAD17

分子名称: Cell cycle checkpoint protein RAD1,Cell cycle checkpoint protein RAD17
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: exodeoxyribonuclease III
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 115.195578 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MPLLTQQIQD EDDQYSLVAS LDNVRNLSTI LKAIHFREHA TCFATKNGIK VTVENAKCVQ ANAFIQAGIF QEFKVQEESV TFRINLTVL LDCLSIFGSS PMPGTLTALR MCYQGYGYPL MLFLEEGGVV TVCKINTQEP EETLDFDFCS TNVINKIILQ S EGLREAFS ...文字列:
MPLLTQQIQD EDDQYSLVAS LDNVRNLSTI LKAIHFREHA TCFATKNGIK VTVENAKCVQ ANAFIQAGIF QEFKVQEESV TFRINLTVL LDCLSIFGSS PMPGTLTALR MCYQGYGYPL MLFLEEGGVV TVCKINTQEP EETLDFDFCS TNVINKIILQ S EGLREAFS ELDMTSEVLQ ITMSPDKPYF RLSTFGNAGS SHLDYPKDSD LMEAFHCNQT QVNRYKISLL KPSTKALVLS CK VSIRTDN RGFLSLQYMI RNEDGQICFV EYYCCPDEEV PESESGRGSM SAWSHPQFEK GSAGSAAGSG AGWSHPQFEK LEV LFQGPG HMSKTFLRPK VSSTKVTDWV DPSFDDFLEC SGVSTITATS LGVNNSSHRR KNGPSTLESS RFPARKRGNL SSLE QIYGL ENSKEYLSEN EPWVDKYKPE TQHELAVHKK KIEEVETWLK AQVLERQPKQ GGSILLITGP PGCGKTTTLK ILSKE HGIQ VQEWINPVLP DFQKDDFKGM FNTESSFHMF PYQSQIAVFK EFLLRATKYN KLQMLGDDLR TDKKIILVED LPNQFY RDS HTLHEVLRKY VRIGRCPLIF IISDSLSGDN NQRLLFPKEI QEECSISNIS FNPVAPTIMM KFLNRIVTIE ANKNGGK IT VPDKTSLELL CQGCSGDIRS AINSLQFSSS KGENNLRPRK KGMSLKSDAV LSKSKRRKKP DRVFENQEVQ AIGGKDVS L FLFRALGKIL YCKRASLTEL DSPRLPSHLS EYERDTLLVE PEEVVEMSHM PGDLFNLYLH QNYIDFFMEI DDIVRASEF LSFADILSGD WNTRSLLREY STSIATRGVM HSNKARGYAH CQGGGSSFRP LHKPQWFLIN KKYRENCLAA KALFPDFCLP ALCLQTQLL PYLALLTIPM RNQAQISFIQ DIGRLPLKRH FGRLKMEALT DREHGMIDPD SGDEAQLNGG HSAEESLGEP T QATVPETW SLPLSQNSAS ELPASQPQPF SAQGDMEENI IIEDYESDGT LEGASHHHHH HHH

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分子 #3: Checkpoint protein HUS1

分子名称: Checkpoint protein HUS1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 31.731854 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MKFRAKIVDG ACLNHFTRIS NMIAKLAKTC TLRISPDKLN FILCDKLANG GVSMWCELEQ ENFFNEFQME GVSAENNEIY LELTSENLS RALKTAQNAR ALKIKLTNKH FPCLTVSVEL LSMSSSSRIV THDIPIKVIP RKLWKDLQEP VVPDPDVSIY L PVLKTMKS ...文字列:
MKFRAKIVDG ACLNHFTRIS NMIAKLAKTC TLRISPDKLN FILCDKLANG GVSMWCELEQ ENFFNEFQME GVSAENNEIY LELTSENLS RALKTAQNAR ALKIKLTNKH FPCLTVSVEL LSMSSSSRIV THDIPIKVIP RKLWKDLQEP VVPDPDVSIY L PVLKTMKS VVEKMKNISN HLVIEANLDG ELNLKIETEL VCVTTHFKDL GNPPLASEST HEDRNVEHMA EVHIDIRKLL QF LAGQQVN PTKALCNIVN NKMVHFDLLH EDVSLQYFIP ALS

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分子 #4: Replication factor C subunit 4

分子名称: Replication factor C subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 39.719648 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MQAFLKGTSI STKPPLTKDR GVAASAGSSG ENKKAKPVPW VEKYRPKCVD EVAFQEEVVA VLKKSLEGAD LPNLLFYGPP GTGKTSTIL AAARELFGPE LFRLRVLELN ASDERGIQVV REKVKNFAQL TVSGSRSDGK PCPPFKIVIL DEADSMTSAA Q AALRRTME ...文字列:
MQAFLKGTSI STKPPLTKDR GVAASAGSSG ENKKAKPVPW VEKYRPKCVD EVAFQEEVVA VLKKSLEGAD LPNLLFYGPP GTGKTSTIL AAARELFGPE LFRLRVLELN ASDERGIQVV REKVKNFAQL TVSGSRSDGK PCPPFKIVIL DEADSMTSAA Q AALRRTME KESKTTRFCL ICNYVSRIIE PLTSRCSKFR FKPLSDKIQQ QRLLDIAKKE NVKISDEGIA YLVKVSEGDL RK AITFLQS ATRLTGGKEI TEKVITDIAG VIPAEKIDGV FAACQSGSFD KLEAVVKDLI DEGHAATQLV NQLHDVVVEN NLS DKQKSI ITEKLAEVDK CLADGADEHL QLISLCATVM QQLSQNS

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分子 #5: Replication factor C subunit 3

分子名称: Replication factor C subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 40.614332 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSLWVDKYRP CSLGRLDYHK EQAAQLRNLV QCGDFPHLLV YGPSGAGKKT RIMCILRELY GVGVEKLRIE HQTITTPSKK KIEISTIAS NYHLEVNPSD AGNSDRVVIQ EMLKTVAQSQ QLETNSQRDF KVVLLTEVDK LTKDAQHALR RTMEKYMSTC R LILCCNST ...文字列:
MSLWVDKYRP CSLGRLDYHK EQAAQLRNLV QCGDFPHLLV YGPSGAGKKT RIMCILRELY GVGVEKLRIE HQTITTPSKK KIEISTIAS NYHLEVNPSD AGNSDRVVIQ EMLKTVAQSQ QLETNSQRDF KVVLLTEVDK LTKDAQHALR RTMEKYMSTC R LILCCNST SKVIPPIRSR CLAVRVPAPS IEDICHVLST VCKKEGLNLP SQLAHRLAEK SCRNLRKALL MCEACRVQQY PF TADQEIP ETDWEVYLRE TANAIVSQQT PQRLLEVRGR LYELLTHCIP PEIIMKGLLS ELLHNCDGQL KGEVAQMAAY YEH RLQLGS KAIYHLEAFV AKFMALYKKF MEDGLEGMMF

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分子 #6: Replication factor C subunit 2

分子名称: Replication factor C subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 39.203207 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MEVEAVCGGA GEVEAQDSDP APAFSKAPGS AGHYELPWVE KYRPVKLNEI VGNEDTVSRL EVFAREGNVP NIIIAGPPGT GKTTSILCL ARALLGPALK DAMLELNASN DRGIDVVRNK IKMFAQQKVT LPKGRHKIII LDEADSMTDG AQQALRRTME I YSKTTRFA ...文字列:
MEVEAVCGGA GEVEAQDSDP APAFSKAPGS AGHYELPWVE KYRPVKLNEI VGNEDTVSRL EVFAREGNVP NIIIAGPPGT GKTTSILCL ARALLGPALK DAMLELNASN DRGIDVVRNK IKMFAQQKVT LPKGRHKIII LDEADSMTDG AQQALRRTME I YSKTTRFA LACNASDKII EPIQSRCAVL RYTKLTDAQI LTRLMNVIEK ERVPYTDDGL EAIIFTAQGD MRQALNNLQS TF SGFGFIN SENVFKVCDE PHPLLVKEMI QHCVNANIDE AYKILAHLWH LGYSPEDIIG NIFRVCKTFQ MAEYLKLEFI KEI GYTHMK IAEGVNSLLQ MAGLLARLCQ KTMAPVAS

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分子 #7: Replication factor C subunit 5

分子名称: Replication factor C subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 40.688816 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGSHHHHHHS AALEVLFQGP GETSALKQQE QPAATKIRNL PWVEKYRPQT LNDLISHQDI LSTIQKFINE DRLPHLLLYG PPGTGKTST ILACAKQLYK DKEFGSMVLE LNASDDRGID IIRGPILSFA STRTIFKKGF KLVILDEADA MTQDAQNALR R VIEKFTEN ...文字列:
MGSHHHHHHS AALEVLFQGP GETSALKQQE QPAATKIRNL PWVEKYRPQT LNDLISHQDI LSTIQKFINE DRLPHLLLYG PPGTGKTST ILACAKQLYK DKEFGSMVLE LNASDDRGID IIRGPILSFA STRTIFKKGF KLVILDEADA MTQDAQNALR R VIEKFTEN TRFCLICNYL SKIIPALQSR CTRFRFGPLT PELMVPRLEH VVEEEKVDIS EDGMKALVTL SSGDMRRALN IL QSTNMAF GKVTEETVYT CTGHPLKSDI ANILDWMLNQ DFTTAYRNIT ELKTLKGLAL HDILTEIHLF VHRVDFPSSV RIH LLTKMA DIEYRLSVGT NEKIQLSSLI AAFQVTRDLI VAEA

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分子 #8: Hairpin DNA

分子名称: Hairpin DNA / タイプ: dna / ID: 8
詳細: DNA with the sequence CCCGTATATTCTCCTACAGCACTAAATAATAGTGCTGTAGGAGAATATACGGGCTGCTCGTGTTGACAAGTACTGAT which forms a hairpin DNA molecule with 24 base-pairs of fully-complementary dsDNA capped ...詳細: DNA with the sequence CCCGTATATTCTCCTACAGCACTAAATAATAGTGCTGTAGGAGAATATACGGGCTGCTCGTGTTGACAAGTACTGAT which forms a hairpin DNA molecule with 24 base-pairs of fully-complementary dsDNA capped with a tetraloop at one end, and with a 24 nucleotide 3' overhang
コピー数: 2 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 23.761232 KDa
配列文字列: (DC)(DC)(DC)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DT) (DC)(DT)(DC)(DC)(DT)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC) (DA)(DC)(DT)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DA) (DT)(DA)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DA) (DG) (DG)(DA)(DG)(DA)(DA) ...文字列:
(DC)(DC)(DC)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DT) (DC)(DT)(DC)(DC)(DT)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC) (DA)(DC)(DT)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DA) (DT)(DA)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DA) (DG) (DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DC)(DG)(DG)(DG)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT) (DC)(DG) (DT)(DG)(DT)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DA)(DG)(DT)(DA)(DC)(DT)(DG)(DA)(DT)

+
分子 #9: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 5 / 式: AGS
分子量理論値: 523.247 Da
Chemical component information

ChemComp-AGS:
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-γ-S / ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.21 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 34.9 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.59 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 150626
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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