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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1448 | |||||||||
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タイトル | Structures of the human pyruvate dehydrogenase complex cores: a highly conserved catalytic center with flexible N-terminal domains. | |||||||||
![]() | This is the half density map for the truncated human dihydrolipoyl acetyltransferase(E2)dodecahedron | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase / dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase activity / acetyl-CoA biosynthetic process from pyruvate / : / pyruvate dehydrogenase complex / Pyruvate metabolism / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex / Signaling by Retinoic Acid / tricarboxylic acid cycle ...dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase / dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase activity / acetyl-CoA biosynthetic process from pyruvate / : / pyruvate dehydrogenase complex / Pyruvate metabolism / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex / Signaling by Retinoic Acid / tricarboxylic acid cycle / glucose metabolic process / mitochondrial matrix / intracellular membrane-bounded organelle / mitochondrion / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.8 Å | |||||||||
![]() | Yu X / Hiromasa Y / Tsen H / Stoops JK / Roche TE / Zhou ZH | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of the human pyruvate dehydrogenase complex cores: a highly conserved catalytic center with flexible N-terminal domains. 著者: Xuekui Yu / Yasuaki Hiromasa / Hua Tsen / James K Stoops / Thomas E Roche / Z Hong Zhou / ![]() 要旨: Dihydrolipoyl acetyltransferase (E2) is the central component of pyruvate dehydrogenase complex (PDC), which converts pyruvate to acetyl-CoA. Structural comparison by cryo-electron microscopy (cryo- ...Dihydrolipoyl acetyltransferase (E2) is the central component of pyruvate dehydrogenase complex (PDC), which converts pyruvate to acetyl-CoA. Structural comparison by cryo-electron microscopy (cryo-EM) of the human full-length and truncated E2 (tE2) cores revealed flexible linkers emanating from the edges of trimers of the internal catalytic domains. Using the secondary structure constraints revealed in our 8 A cryo-EM reconstruction and the prokaryotic tE2 atomic structure as a template, we derived a pseudo atomic model of human tE2. The active sites are conserved between prokaryotic tE2 and human tE2. However, marked structural differences are apparent in the hairpin domain and in the N-terminal helix connected to the flexible linker. These permutations away from the catalytic center likely impart structures needed to integrate a second component into the inner core and provide a sturdy base for the linker that holds the pyruvate dehydrogenase for access by the E2-bound regulatory kinase/phosphatase components in humans. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 29.5 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 9.9 KB 9.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 16.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 377.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 377.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.5 KB | 表示 | |
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-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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注釈 | This is the half density map for the truncated human dihydrolipoyl acetyltransferase(E2)dodecahedron | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.09 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : the truncated human dihydrolipoyl acetyltransferase
全体 | 名称: the truncated human dihydrolipoyl acetyltransferase |
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要素 |
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-超分子 #1000: the truncated human dihydrolipoyl acetyltransferase
超分子 | 名称: the truncated human dihydrolipoyl acetyltransferase / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: dodecahedrial assembly of tE2 / Number unique components: 1 |
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分子量 | 理論値: 1.6 MDa |
-分子 #1: truncated human dihydrolipoyl acetyltransferase
分子 | 名称: truncated human dihydrolipoyl acetyltransferase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: tE2 詳細: Human tE2 was prepared from scE2, which contains a PreScission site in the third linker region. Treatment of scE2 with the PreScission protease (Amersham Biosciences) removed the N-terminal 319 amino acids. コピー数: 60 / 集合状態: Dodecahedron / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 実験値: 1.6 MDa / 理論値: 1.6 MDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.2 / 詳細: PBS |
グリッド | 詳細: 200 mesh holey carbon grid |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: lab-made plunger / 手法: Blot for 1 second before plunging |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 2010F |
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温度 | 最低: 100 K / 最高: 100 K / 平均: 100 K |
日付 | 2003年10月10日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN / 平均電子線量: 12 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 倍率(補正後): 69250 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 1.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.1 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm / 倍率(公称値): 69250 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
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画像解析
CTF補正 | 詳細: each image |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMIRS / 使用した粒子像数: 2432 |