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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Monomeric respiratory complex IV isolated from S. cerevisiae | |||||||||
![]() | Monomeric mitochondrial complex IV (cytochrome c oxidase) isolated from S. cerevisiae. | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() mitochondrial cytochrome c oxidase assembly / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial respiratory chain complex IV / cytochrome-c oxidase / cellular respiration / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / cytochrome-c oxidase activity / electron transport coupled proton transport / ATP synthesis coupled electron transport / proton transmembrane transport ...mitochondrial cytochrome c oxidase assembly / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial respiratory chain complex IV / cytochrome-c oxidase / cellular respiration / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / cytochrome-c oxidase activity / electron transport coupled proton transport / ATP synthesis coupled electron transport / proton transmembrane transport / aerobic respiration / mitochondrial membrane / mitochondrial intermembrane space / mitochondrial inner membrane / oxidoreductase activity / copper ion binding / heme binding / mitochondrion / zinc ion binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.87 Å | |||||||||
![]() | Marechal A / Hartley A / Ing G / Pinotsis N | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of a monomeric yeast S. cerevisiae complex IV isolated with maltosides: Implications in supercomplex formation. 著者: Gabriel Ing / Andrew M Hartley / Nikos Pinotsis / Amandine Maréchal / ![]() 要旨: In mitochondria, complex IV (CIV) can be found as a monomer, a dimer or in association with other respiratory complexes. The atomic structure of the yeast S. cerevisiae CIV in a supercomplex (SC) ...In mitochondria, complex IV (CIV) can be found as a monomer, a dimer or in association with other respiratory complexes. The atomic structure of the yeast S. cerevisiae CIV in a supercomplex (SC) with complex III (CIII) pointed to a region of significant conformational changes compared to the homologous mammalian CIV structures. These changes involved the matrix side domain of Cox5A at the CIII-CIV interface, and it was suggested that it could be required for SC formation. To investigate this, we solved the structure of the isolated monomeric CIV from S. cerevisiae stabilised in amphipol A8-35 at 3.9 Å using cryo-electron microscopy. Only a minor change in flexibility was seen in this Cox5A region, ruling out large CIV conformational shift for interaction with CIII and confirming the different fold of the yeast Cox5A subunit compared to mammalian homologues. Other differences in structure were the absence of two canonical subunits, Cox12 and Cox13, as well as Cox26, which is unique to the yeast CIV. Their absence is most likely due to the protein purification protocol used to isolate CIV from the III-IV SC. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 57.7 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 25.6 KB 25.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 8.9 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 143.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 466.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 466.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7z10MC ![]() 10672 M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Monomeric mitochondrial complex IV (cytochrome c oxidase) isolated from S. cerevisiae. | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.815 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
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試料の構成要素
+全体 : Cytochrome c oxidase
+超分子 #1: Cytochrome c oxidase
+超分子 #2: Cytochrome c oxidase
+分子 #1: Cytochrome c oxidase subunit 1
+分子 #2: Cytochrome c oxidase subunit 2
+分子 #3: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 3; SYNONYM: CYTOCHROME C OXIDASE POL...
+分子 #4: Cytochrome c oxidase subunit 4, mitochondrial
+分子 #5: Cytochrome c oxidase polypeptide 5A, mitochondrial
+分子 #6: Cytochrome c oxidase subunit 6, mitochondrial
+分子 #7: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 7; SYNONYM: CYTOCHROME C OXIDASE POL...
+分子 #8: Cytochrome c oxidase polypeptide VIII, mitochondrial
+分子 #9: CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 7A; SYNONYM: CYTOCHROME C OXIDASE PO...
+分子 #10: COPPER (II) ION
+分子 #11: HEME-A
+分子 #12: MAGNESIUM ION
+分子 #13: DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
+分子 #14: DINUCLEAR COPPER ION
+分子 #15: ZINC ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.2 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: 3 microliters of sample applied to negatively glow discharged grig.. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 48.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm 最小 デフォーカス(公称値): 1.4000000000000001 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |