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- EMDB-14399: pMMO structure from native membranes by cryoET and STA -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14399
タイトルpMMO structure from native membranes by cryoET and STA
マップデータnative pMMO density map by cryoET and STA
試料
  • 複合体: pMMO
    • タンパク質・ペプチド: Particulate methane monooxygenase beta subunit
    • タンパク質・ペプチド: Methane monooxygenase subunit C2
    • タンパク質・ペプチド: Particulate methane monooxygenase alpha subunit
機能・相同性
機能・相同性情報


methane monooxygenase (particulate) / monooxygenase activity / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ammonia monooxygenase/particulate methane monooxygenase, subunit A / Ammonia monooxygenase/particulate methane monooxygenase, subunit C / Ammonia/methane monooxygenase, subunit B, hairpin domain superfamily / Ammonia/methane monooxygenase, subunit B, C-terminal / Ammonia monooxygenase/particulate methane monooxygenase, subunit C domain superfamily / Ammonia/particulate methane monooxygenase, subunit A superfamily / Ammonia monooxygenase / Ammonia monooxygenase/methane monooxygenase, subunit C / Ammonia monooxygenase/particulate methane monooxygenase, subunit B / Ammonia/methane monooxygenase, subunitB, N-terminal / Monooxygenase subunit B protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Particulate methane monooxygenase alpha subunit / Methane monooxygenase subunit C2 / Particulate methane monooxygenase beta subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Methylococcus capsulatus str. Bath (バクテリア)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.8 Å
データ登録者Zhu Y / Ni T / Zhang P
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust206422/Z/17/Z 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/S003339/1 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structure and activity of particulate methane monooxygenase arrays in methanotrophs.
著者: Yanan Zhu / Christopher W Koo / C Keith Cassidy / Matthew C Spink / Tao Ni / Laura C Zanetti-Domingues / Benji Bateman / Marisa L Martin-Fernandez / Juan Shen / Yuewen Sheng / Yun Song / ...著者: Yanan Zhu / Christopher W Koo / C Keith Cassidy / Matthew C Spink / Tao Ni / Laura C Zanetti-Domingues / Benji Bateman / Marisa L Martin-Fernandez / Juan Shen / Yuewen Sheng / Yun Song / Zhengyi Yang / Amy C Rosenzweig / Peijun Zhang /
要旨: Methane-oxidizing bacteria play a central role in greenhouse gas mitigation and have potential applications in biomanufacturing. Their primary metabolic enzyme, particulate methane monooxygenase ...Methane-oxidizing bacteria play a central role in greenhouse gas mitigation and have potential applications in biomanufacturing. Their primary metabolic enzyme, particulate methane monooxygenase (pMMO), is housed in copper-induced intracytoplasmic membranes (ICMs), of which the function and biogenesis are not known. We show by serial cryo-focused ion beam (cryoFIB) milling/scanning electron microscope (SEM) volume imaging and lamellae-based cellular cryo-electron tomography (cryoET) that these ICMs are derived from the inner cell membrane. The pMMO trimer, resolved by cryoET and subtomogram averaging to 4.8 Å in the ICM, forms higher-order hexagonal arrays in intact cells. Array formation correlates with increased enzymatic activity, highlighting the importance of studying the enzyme in its native environment. These findings also demonstrate the power of cryoET to structurally characterize native membrane enzymes in the cellular context.
履歴
登録2022年2月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月10日-
マップ公開2022年8月10日-
更新2023年2月22日-
現状2023年2月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14399.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14399.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈native pMMO density map by cryoET and STA
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.34 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0109
最小 - 最大-0.033427842 - 0.044732757
平均 (標準偏差)3.6458212e-15 (±0.002794002)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ180180180
Spacing180180180
セルA=B=C: 241.20001 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : pMMO

全体名称: pMMO
要素
  • 複合体: pMMO
    • タンパク質・ペプチド: Particulate methane monooxygenase beta subunit
    • タンパク質・ペプチド: Methane monooxygenase subunit C2
    • タンパク質・ペプチド: Particulate methane monooxygenase alpha subunit

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超分子 #1: pMMO

超分子名称: pMMO / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Methylococcus capsulatus str. Bath (バクテリア)

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分子 #1: Particulate methane monooxygenase beta subunit

分子名称: Particulate methane monooxygenase beta subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: methane monooxygenase (particulate)
由来(天然)生物種: Methylococcus capsulatus str. Bath (バクテリア)
株: ATCC 33009 / NCIMB 11132 / Bath
分子量理論値: 28.445098 KDa
配列文字列: MSAAQSAVRS HAEAVQVSRT IDWMALFVVF FVIVGSYHIH AMLTMGDWDF WSDWKDRRLW VTVTPIVLVT FPAAVQSYLW ERYRLPWGA TVCVLGLLLG EWINRYFNFW GWTYFPINFV FPASLVPGAI ILDTVLMLSG SYLFTAIVGA MGWGLIFYPG N WPIIAPLH ...文字列:
MSAAQSAVRS HAEAVQVSRT IDWMALFVVF FVIVGSYHIH AMLTMGDWDF WSDWKDRRLW VTVTPIVLVT FPAAVQSYLW ERYRLPWGA TVCVLGLLLG EWINRYFNFW GWTYFPINFV FPASLVPGAI ILDTVLMLSG SYLFTAIVGA MGWGLIFYPG N WPIIAPLH VPVEYNGMLM SIADIQGYNY VRTGTPEYIR MVEKGTLRTF GKDVAPVSAF FSAFMSILIY FMWHFIGRWF SN ERFLQST

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分子 #2: Methane monooxygenase subunit C2

分子名称: Methane monooxygenase subunit C2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Methylococcus capsulatus str. Bath (バクテリア)
株: ATCC 33009 / NCIMB 11132 / Bath
分子量理論値: 33.21418 KDa
配列文字列: MHETKQGGEK RFTGAICRCS HRYNSMEVKM AATTIGGAAA AEAPLLDKKW LTFALAIYTV FYLWVRWYEG VYGWSAGLDS FAPEFETYW MNFLYTEIVL EIVTASILWG YLWKTRDRNL AALTPREELR RNFTHLVWLV AYAWAIYWGA SYFTEQDGTW H QTIVRDTD ...文字列:
MHETKQGGEK RFTGAICRCS HRYNSMEVKM AATTIGGAAA AEAPLLDKKW LTFALAIYTV FYLWVRWYEG VYGWSAGLDS FAPEFETYW MNFLYTEIVL EIVTASILWG YLWKTRDRNL AALTPREELR RNFTHLVWLV AYAWAIYWGA SYFTEQDGTW H QTIVRDTD FTPSHIIEFY LSYPIYIITG FAAFIYAKTR LPFFAKGISL PYLVLVVGPF MILPNVGLNE WGHTFWFMEE LF VAPLHYG FVIFGWLALA VMGTLTQTFY SFAQGGLGQS LCEAVDEGLI AK

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分子 #3: Particulate methane monooxygenase alpha subunit

分子名称: Particulate methane monooxygenase alpha subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: methane monooxygenase (particulate)
由来(天然)生物種: Methylococcus capsulatus str. Bath (バクテリア)
株: ATCC 33009 / NCIMB 11132 / Bath
分子量理論値: 46.129746 KDa
配列文字列: MKTIKDRIAK WSAIGLLSAV AATAFYAPSA SAHGEKSQAA FMRMRTIHWY DLSWSKEKVK INETVEIKGK FHVFEGWPET VDEPDVAFL NVGMPGPVFI RKESYIGGQL VPRSVRLEIG KTYDFRVVLK ARRPGDWHVH TMMNVQGGGP IIGPGKWITV E GSMSEFRN ...文字列:
MKTIKDRIAK WSAIGLLSAV AATAFYAPSA SAHGEKSQAA FMRMRTIHWY DLSWSKEKVK INETVEIKGK FHVFEGWPET VDEPDVAFL NVGMPGPVFI RKESYIGGQL VPRSVRLEIG KTYDFRVVLK ARRPGDWHVH TMMNVQGGGP IIGPGKWITV E GSMSEFRN PVTTLTGQTV DLENYNEGNT YFWHAFWFAI GVAWIGYWSR RPIFIPRLLM VDAGRADELV SATDRKVAMG FL AATILIV VMAMSSANSK YPITIPLQAG TMRGMKPLEL PAPTVSVKVE DATYRVPGRA MRMKLTITNH GNSPIRLGEF YTA SVRFLD SDVYKDTTGY PEDLLAEDGL SVSDNSPLAP GETRTVDVTA SDAAWEVYRL SDIIYDPDSR FAGLLFFFDA TGNR QVVQI DAPLIPSFM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6.8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 平均電子線量: 3.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 127417
抽出トモグラム数: 187 / 使用した粒子像数: 127417
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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