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- EMDB-14384: Mammalian Dicer in the dicing state with pre-miR-15a substrate -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14384
タイトルMammalian Dicer in the dicing state with pre-miR-15a substrate
マップデータ
試料
  • 複合体: Dicing state of mouse oocyte dicer with pre-miR-15a
    • 複合体: 59-nt precursor of miR-15a
      • RNA: 59-nt precursor of miR-15a
    • 複合体: Isoform 2 of Endoribonuclease Dicer
      • タンパク質・ペプチド: Isoform 2 of Endoribonuclease Dicer
キーワードendoribonuclease / dsRNA / complex / gene silencing / post-transcriptional / catalytic complex / cytoplasm / RNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of muscle cell apoptotic process / myoblast differentiation involved in skeletal muscle regeneration / MicroRNA (miRNA) biogenesis / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / ganglion development / hair follicle cell proliferation / zygote asymmetric cell division / regulation of oligodendrocyte differentiation / cardiac neural crest cell development involved in outflow tract morphogenesis / positive regulation of endothelial cell-matrix adhesion via fibronectin ...regulation of muscle cell apoptotic process / myoblast differentiation involved in skeletal muscle regeneration / MicroRNA (miRNA) biogenesis / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / ganglion development / hair follicle cell proliferation / zygote asymmetric cell division / regulation of oligodendrocyte differentiation / cardiac neural crest cell development involved in outflow tract morphogenesis / positive regulation of endothelial cell-matrix adhesion via fibronectin / olfactory bulb interneuron differentiation / regulation of RNA metabolic process / regulation of enamel mineralization / positive regulation of establishment of endothelial barrier / positive regulation of hepatic stellate cell proliferation / trophectodermal cell proliferation / regulation of odontogenesis of dentin-containing tooth / epidermis morphogenesis / spermatogonial cell division / regulation of miRNA metabolic process / peripheral nervous system myelin formation / reproductive structure development / regulation of epithelial cell differentiation / global gene silencing by mRNA cleavage / regulation of Notch signaling pathway / spinal cord motor neuron differentiation / regulation of regulatory T cell differentiation / negative regulation of Schwann cell proliferation / apoptotic DNA fragmentation / positive regulation of myelination / inner ear receptor cell development / ribonuclease III / meiotic spindle organization / deoxyribonuclease I activity / positive regulation of Schwann cell differentiation / nerve development / RISC-loading complex / RISC complex assembly / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / intestinal epithelial cell development / ribonuclease III activity / miRNA processing / pericentric heterochromatin formation / pre-miRNA processing / siRNA processing / digestive tract development / regulation of stem cell differentiation / regulation of viral genome replication / RISC complex / mRNA stabilization / embryonic hindlimb morphogenesis / cartilage development / cardiac muscle cell development / embryonic limb morphogenesis / miRNA binding / positive regulation of miRNA metabolic process / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / regulation of neuron differentiation / hair follicle morphogenesis / regulation of myelination / negative regulation of glial cell proliferation / branching morphogenesis of an epithelial tube / stem cell population maintenance / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / regulation of neurogenesis / postsynaptic density, intracellular component / hair follicle development / positive regulation of collagen biosynthetic process / spindle assembly / RNA processing / spleen development / positive regulation of endothelial cell migration / post-embryonic development / neuron projection morphogenesis / helicase activity / lung development / regulation of protein phosphorylation / multicellular organism growth / cerebral cortex development / rRNA processing / regulation of inflammatory response / gene expression / growth cone / regulation of gene expression / defense response to virus / angiogenesis / cell population proliferation / regulation of cell cycle / axon / glutamatergic synapse / dendrite / positive regulation of gene expression / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / ATP binding / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Dicer, double-stranded RNA-binding domain / : / Dicer, partner-binding domain / Dicer, dsRNA-binding domain / Ribonuclease III / : / Dicer, platform domain / Dicer dimerisation domain / Dicer dimerisation domain superfamily / Dicer dimerisation domain ...Dicer, double-stranded RNA-binding domain / : / Dicer, partner-binding domain / Dicer, dsRNA-binding domain / Ribonuclease III / : / Dicer, platform domain / Dicer dimerisation domain / Dicer dimerisation domain superfamily / Dicer dimerisation domain / Dicer double-stranded RNA-binding fold domain profile. / Ribonuclease III family signature. / Ribonuclease III domain / Ribonuclease III family domain profile. / Ribonuclease III family / Ribonuclease III domain / PAZ domain superfamily / PAZ / PAZ domain / PAZ domain profile. / PAZ domain / Helicase/UvrB, N-terminal / Type III restriction enzyme, res subunit / Double-stranded RNA binding motif / Ribonuclease III, endonuclease domain superfamily / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Endoribonuclease Dicer
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.21 Å
データ登録者Zanova M / Zapletal D
資金援助 チェコ, 2件
OrganizationGrant number国
Czech Science FoundationGA22-19896S チェコ
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicLM2018127 チェコ
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2022
タイトル: Structural and functional basis of mammalian microRNA biogenesis by Dicer.
著者: David Zapletal / Eliska Taborska / Josef Pasulka / Radek Malik / Karel Kubicek / Martina Zanova / Christian Much / Marek Sebesta / Valeria Buccheri / Filip Horvat / Irena Jenickova / Michaela ...著者: David Zapletal / Eliska Taborska / Josef Pasulka / Radek Malik / Karel Kubicek / Martina Zanova / Christian Much / Marek Sebesta / Valeria Buccheri / Filip Horvat / Irena Jenickova / Michaela Prochazkova / Jan Prochazka / Matyas Pinkas / Jiri Novacek / Diego F Joseph / Radislav Sedlacek / Carrie Bernecky / Dónal O'Carroll / Richard Stefl / Petr Svoboda /
要旨: MicroRNA (miRNA) and RNA interference (RNAi) pathways rely on small RNAs produced by Dicer endonucleases. Mammalian Dicer primarily supports the essential gene-regulating miRNA pathway, but how it is ...MicroRNA (miRNA) and RNA interference (RNAi) pathways rely on small RNAs produced by Dicer endonucleases. Mammalian Dicer primarily supports the essential gene-regulating miRNA pathway, but how it is specifically adapted to miRNA biogenesis is unknown. We show that the adaptation entails a unique structural role of Dicer's DExD/H helicase domain. Although mice tolerate loss of its putative ATPase function, the complete absence of the domain is lethal because it assures high-fidelity miRNA biogenesis. Structures of murine Dicer•-miRNA precursor complexes revealed that the DExD/H domain has a helicase-unrelated structural function. It locks Dicer in a closed state, which facilitates miRNA precursor selection. Transition to a cleavage-competent open state is stimulated by Dicer-binding protein TARBP2. Absence of the DExD/H domain or its mutations unlocks the closed state, reduces substrate selectivity, and activates RNAi. Thus, the DExD/H domain structurally contributes to mammalian miRNA biogenesis and underlies mechanistical partitioning of miRNA and RNAi pathways.
履歴
登録2022年2月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月16日-
マップ公開2022年11月16日-
更新2024年7月17日-
現状2024年7月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14384.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14384.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 317.952 Å		0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 317.952 Å		0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 317.952 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.828 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.112
最小 - 最大-0.14119336 - 0.29840082
平均 (標準偏差)-0.00051640836 (±0.0085361665)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 317.952 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_14384_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_14384_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Dicing state of mouse oocyte dicer with pre-miR-15a

全体名称: Dicing state of mouse oocyte dicer with pre-miR-15a
要素
  • 複合体: Dicing state of mouse oocyte dicer with pre-miR-15a
    • 複合体: 59-nt precursor of miR-15a
      • RNA: 59-nt precursor of miR-15a
    • 複合体: Isoform 2 of Endoribonuclease Dicer
      • タンパク質・ペプチド: Isoform 2 of Endoribonuclease Dicer

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超分子 #1: Dicing state of mouse oocyte dicer with pre-miR-15a

超分子名称: Dicing state of mouse oocyte dicer with pre-miR-15a / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: 59-nt precursor of miR-15a

超分子名称: 59-nt precursor of miR-15a / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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超分子 #3: Isoform 2 of Endoribonuclease Dicer

超分子名称: Isoform 2 of Endoribonuclease Dicer / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: 59-nt precursor of miR-15a

分子名称: 59-nt precursor of miR-15a / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 19.017279 KDa
配列文字列:
UAGCAGCACA UAAUGGUUUG UGGAUGUUGA AAAGGUGCAG GCCAUACUGU GCUGCCUCA

GENBANK: GENBANK: AC154660.2

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分子 #2: Isoform 2 of Endoribonuclease Dicer

分子名称: Isoform 2 of Endoribonuclease Dicer / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ribonuclease III
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 200.040938 KDa
組換発現生物種: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
配列文字列: MVWSHPQFEK GGGSGGGSGG SAWSHPQFEK GDYPYDVPDY AGTENLYFQG LVDSRDTEVY TSQPCEIVVD CGPFTDRSGL YERLLMELE AALDFINDCN VAVHSKERDS TLISKQILSD CRAVLVVLGP WCADKVAGMM VRELQKYIKH EQEELHRKFL L FTDTLLRK ...文字列:
MVWSHPQFEK GGGSGGGSGG SAWSHPQFEK GDYPYDVPDY AGTENLYFQG LVDSRDTEVY TSQPCEIVVD CGPFTDRSGL YERLLMELE AALDFINDCN VAVHSKERDS TLISKQILSD CRAVLVVLGP WCADKVAGMM VRELQKYIKH EQEELHRKFL L FTDTLLRK IHALCEEYFS PASLDLKYVT PKVMKLLEIL RKYKPYERQQ FESVEWYNNR NQDNYVSWSD SEDDDDDEEI EE KEKPETN FPSPFTNILC GIIFVERRYT AVVLNRLIKE AGKQDPELAY ISSNFITGHG IGKNQPRSKQ MEAEFRKQEE VLR KFRAHE TNLLIATSVV EEGVDIPKCN LVVRFDLPTE YRSYVQSKGR ARAPISNYVM LADTDKIKSF EEDLKTYKAI EKIL RNKCS KSADGAEADV HAGVDDEDAF PPYVLRPDDG GPRVTINTAI GHINRYCARL PSDPFTHLAP KCRTRELPDG TFYST LYLP INSPLRASIV GPPMDSVRLA ERVVALICCE KLHKIGELDE HLMPVGKETV KYEEELDLHD EEETSVPGRP GSTKRR QCY PKAIPECLRE SYPKPDQPCY LYVIGMVLTT PLPDELNFRR RKLYPPEDTT RCFGILTAKP IPQIPHFPVY TRSGEVT IS IELKKSGFTL SQQMLELITR LHQYIFSHIL RLEKPALEFK PTGAESAYCV LPLNVVNDSG TLDIDFKFME DIEKSEAR I GIPSTKYSKE TPFVFKLEDY QDAVIIPRYR NFDQPHRFYV ADVYTDLTPL SKFPSPEYET FAEYYKTKYN LDLTNLNQP LLDVDHTSSR LNLLTPRHLN QKGKALPLSS AEKRKAKWES LQNKQILVPE LCAIHPIPAS LWRKAVCLPS ILYRLHCLLT AEELRAQTA SDAGVGVRSL PVDFRYPNLD FGWKKSIDSK SFISSCNSSL AESDNYCKHS TTVVPEHAAH QGATRPSLEN H DQMSVNCK RLPAESPAKL QSEVSTDLTA INGLSYNKNL ANGSYDLVNR DFCQGNQLNY FKQEIPVQPT TSYPIQNLYN YE NQPKPSN ECPLLSNTYL DGNANTSTSD GSPAVSTMPA MMNAVKALKD RMDSEQSPSV GYSSRTLGPN PGLILQALTL SNA SDGFNL ERLEMLGDSF LKHAITTYLF CTYPDAHEGR LSYMRSKKVS NCNLYRLGKK KGLPSRMVVS IFDPPVNWLP PGYV VNQDK SNSEKWEKDE MTKDCLLANG KLGEACEEEE DLTWRAPKEE AEDEDDFLEY DQEHIQFIDS MLMGSGAFVR KISLS PFSA SDSAYEWKMP KKASLGSMPF ASGLEDFDYS SWDAMCYLDP SKAVEEDDFV VGFWNPSEEN CGVDTGKQSI SYDLHT EQC IADKSIADCV AALLGCYLTS CGERAAQLFL CSLGLKVLPV IKRTSREKAL DPAQENGSSQ QKSLSGSCAS PVGPRSS AG KDLEYGCLKI PPRCMFDHPD AEKTLNHLIS GFETFEKKIN YRFKNKAYLL QAFTHASYHY NTITDCYQRL EFLGDAIL D YLITKHLYED PRQHSPGVLT DLRSALVNNT IFASLAVKYD YHKYFKAVSP ELFHVIDDFV KFQLEKNEMQ GMDSELRRS EEDEEKEEDI EVPKAMGDIF ASLAGAIYMD SGMSLEVVWQ VYYPMMQPLI EKFSANVPRS PVRELLEMEP ETAKFSPAER TYDGKVRVT VEVVGKGKFK GVGRSYRIAK SAAARRALRS LKANQPQVPN SGRGENLYFQ GASDYKDHDG DYKDHDGSHH H HHHHH

UniProtKB: Endoribonuclease Dicer

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.20 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称
50.0 mMTris
100.0 mMSodium Chloride
1.0 mMDithiotreitol
2.0 mMMagnesium Chloride

詳細: The buffer was always fresh in RNAse-free manner
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Described in STAR methods.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 実像数: 9956 / 平均電子線量: 55.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 230362
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 36 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.21 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v3.3.1) / 使用した粒子像数: 84697
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 3次元分類クラス数: 50 / 平均メンバー数/クラス: 3477 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v3.3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

詳細Initial model for mouse oocyte Dicer was calculated using AlphaFold 2.0. Initial rigid body fitting was done using Chimera. Further refinement was done using ISOLDE with distance restrains
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 451.4 / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-7yyn:
Mammalian Dicer in the dicing state with pre-miR-15a substrate

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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