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- EMDB-1435: Functional architecture of RNA polymerase I. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1435
タイトルFunctional architecture of RNA polymerase I.
マップデータThis is the final reconstruction of RNA polymerase I in ccp4 format.
試料
  • 試料: S. cerevisiae RNA polymerase I
  • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase I
機能・相同性RNA polymerase I complex
機能・相同性情報
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 11.9 Å
データ登録者Kuhn C-D / Geiger SR / Baumli S / Gartmann M / Gerber J / Jennebach S / Mielke T / Tschochner H / Beckmann R / Cramer P
引用ジャーナル: Cell / 年: 2007
タイトル: Functional architecture of RNA polymerase I.
著者: Claus-D Kuhn / Sebastian R Geiger / Sonja Baumli / Marco Gartmann / Jochen Gerber / Stefan Jennebach / Thorsten Mielke / Herbert Tschochner / Roland Beckmann / Patrick Cramer /
要旨: Synthesis of ribosomal RNA (rRNA) by RNA polymerase (Pol) I is the first step in ribosome biogenesis and a regulatory switch in eukaryotic cell growth. Here we report the 12 A cryo-electron ...Synthesis of ribosomal RNA (rRNA) by RNA polymerase (Pol) I is the first step in ribosome biogenesis and a regulatory switch in eukaryotic cell growth. Here we report the 12 A cryo-electron microscopic structure for the complete 14-subunit yeast Pol I, a homology model for the core enzyme, and the crystal structure of the subcomplex A14/43. In the resulting hybrid structure of Pol I, A14/43, the clamp, and the dock domain contribute to a unique surface interacting with promoter-specific initiation factors. The Pol I-specific subunits A49 and A34.5 form a heterodimer near the enzyme funnel that acts as a built-in elongation factor and is related to the Pol II-associated factor TFIIF. In contrast to Pol II, Pol I has a strong intrinsic 3'-RNA cleavage activity, which requires the C-terminal domain of subunit A12.2 and, apparently, enables ribosomal RNA proofreading and 3'-end trimming.
履歴
登録2007年9月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2007年9月27日-
マップ公開2008年1月8日-
更新2011年5月26日-
現状2011年5月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.22
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.22
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1435.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1435.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is the final reconstruction of RNA polymerase I in ccp4 format.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)X (Row.)Y (Col.)
1.23 Å/pix.
x 120 pix.
= 147.6 Å		1.23 Å/pix.
x 120 pix.
= 147.6 Å		1.23 Å/pix.
x 120 pix.
= 147.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.23 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 0.512 / ムービー #1: 0.22
最小 - 最大-1.60931 - 3.05404
平均 (標準偏差)0.0329902 (±0.252014)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin-60-60-59
サイズ120120120
Spacing120120120
セルA=B=C: 147.6 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.231.231.23
M x/y/z120120120
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z147.600147.600147.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-60-60-59
NX/NY/NZ120120120
MAP C/R/S213
start NC/NR/NS-60-60-59
NC/NR/NS120120120
D min/max/mean-1.6093.0540.033

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : S. cerevisiae RNA polymerase I

全体名称: S. cerevisiae RNA polymerase I
要素
  • 試料: S. cerevisiae RNA polymerase I
  • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase I

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超分子 #1000: S. cerevisiae RNA polymerase I

超分子名称: S. cerevisiae RNA polymerase I / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: monomeric / Number unique components: 1
分子量実験値: 600 KDa / 理論値: 600 KDa

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分子 #1: RNA polymerase I

分子名称: RNA polymerase I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: DNA-dependant RNA polymerase I / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: GPY2 / 別称: Budding yeast / 細胞: Yeast / Organelle: Nucleus / 細胞中の位置: Nucleus
分子量実験値: 600 KDa / 理論値: 600 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 組換プラスミド: pAS22
配列GO: RNA polymerase I complex

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.8
詳細: 60mM ammonium sulfate, 5mM HEPES pH 7.8, 1mM magnesium chloride, 0.1mM zinc chloride
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: Vitrification
グリッド詳細: Carbon holey grids
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
温度平均: 100 K
日付2006年3月20日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: PRIMESCAN / 平均電子線量: 20 e/Å2 / 詳細: Heidelberg Drum Scanner / ビット/ピクセル: 16
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 39000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: OTHER
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Quantifoil
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 11.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER / 使用した粒子像数: 46056

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1wcm

詳細Protocol: rigid body. 1WCM (lacking Rpb4/7 and the foot domain) was fitted by manual docking using program O.
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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