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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1435 | |||||||||
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タイトル | Functional architecture of RNA polymerase I. | |||||||||
マップデータ | This is the final reconstruction of RNA polymerase I in ccp4 format. | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | RNA polymerase I complex 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 11.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Kuhn C-D / Geiger SR / Baumli S / Gartmann M / Gerber J / Jennebach S / Mielke T / Tschochner H / Beckmann R / Cramer P | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2007 タイトル: Functional architecture of RNA polymerase I. 著者: Claus-D Kuhn / Sebastian R Geiger / Sonja Baumli / Marco Gartmann / Jochen Gerber / Stefan Jennebach / Thorsten Mielke / Herbert Tschochner / Roland Beckmann / Patrick Cramer / 要旨: Synthesis of ribosomal RNA (rRNA) by RNA polymerase (Pol) I is the first step in ribosome biogenesis and a regulatory switch in eukaryotic cell growth. Here we report the 12 A cryo-electron ...Synthesis of ribosomal RNA (rRNA) by RNA polymerase (Pol) I is the first step in ribosome biogenesis and a regulatory switch in eukaryotic cell growth. Here we report the 12 A cryo-electron microscopic structure for the complete 14-subunit yeast Pol I, a homology model for the core enzyme, and the crystal structure of the subcomplex A14/43. In the resulting hybrid structure of Pol I, A14/43, the clamp, and the dock domain contribute to a unique surface interacting with promoter-specific initiation factors. The Pol I-specific subunits A49 and A34.5 form a heterodimer near the enzyme funnel that acts as a built-in elongation factor and is related to the Pol II-associated factor TFIIF. In contrast to Pol II, Pol I has a strong intrinsic 3'-RNA cleavage activity, which requires the C-terminal domain of subunit A12.2 and, apparently, enables ribosomal RNA proofreading and 3'-end trimming. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1435.map.gz | 710.6 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1435-v30.xml emd-1435.xml | 9.7 KB 9.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1435.gif | 20.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1435 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1435 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1435_validation.pdf.gz | 212.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_1435_full_validation.pdf.gz | 211.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1435_validation.xml.gz | 5.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1435 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1435 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1435.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | This is the final reconstruction of RNA polymerase I in ccp4 format. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.23 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : S. cerevisiae RNA polymerase I
全体 | 名称: S. cerevisiae RNA polymerase I |
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要素 |
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-超分子 #1000: S. cerevisiae RNA polymerase I
超分子 | 名称: S. cerevisiae RNA polymerase I / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: monomeric / Number unique components: 1 |
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分子量 | 実験値: 600 KDa / 理論値: 600 KDa |
-分子 #1: RNA polymerase I
分子 | 名称: RNA polymerase I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: DNA-dependant RNA polymerase I / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: GPY2 / 別称: Budding yeast / 細胞: Yeast / Organelle: Nucleus / 細胞中の位置: Nucleus |
分子量 | 実験値: 600 KDa / 理論値: 600 KDa |
組換発現 | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 組換プラスミド: pAS22 |
配列 | GO: RNA polymerase I complex |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.8 詳細: 60mM ammonium sulfate, 5mM HEPES pH 7.8, 1mM magnesium chloride, 0.1mM zinc chloride |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 詳細: Vitrification |
グリッド | 詳細: Carbon holey grids |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F30 |
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温度 | 平均: 100 K |
日付 | 2006年3月20日 |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: PRIMESCAN / 平均電子線量: 20 e/Å2 / 詳細: Heidelberg Drum Scanner / ビット/ピクセル: 16 |
Tilt angle min | 0 |
Tilt angle max | 0 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 39000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: OTHER |
実験機器 | モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | Quantifoil |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 11.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER / 使用した粒子像数: 46056 |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
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詳細 | Protocol: rigid body. 1WCM (lacking Rpb4/7 and the foot domain) was fitted by manual docking using program O. |
精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT |