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万見
- EMDB-1433: The three-dimensional structure of genomic RNA in bacteriophage M... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1433
タイトルThe three-dimensional structure of genomic RNA in bacteriophage MS2: implications for assembly.
マップデータCryoEM map of S2-MS2
試料
  • 試料: Recombinant MS2 capsids with S2 RNA
  • タンパク質・ペプチド: MS2 capsid
  • RNA: S2 RNA
生物種Enterobacterio phage MS2 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 17.8 Å
データ登録者Toropova K / Basnak G / Twarock R / Stockley PG / Ranson NA
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2008
タイトル: The three-dimensional structure of genomic RNA in bacteriophage MS2: implications for assembly.
著者: Katerina Toropova / Gabriella Basnak / Reidun Twarock / Peter G Stockley / Neil A Ranson /
要旨: Using cryo-electron microscopy, single particle image processing and three-dimensional reconstruction with icosahedral averaging, we have determined the three-dimensional solution structure of ...Using cryo-electron microscopy, single particle image processing and three-dimensional reconstruction with icosahedral averaging, we have determined the three-dimensional solution structure of bacteriophage MS2 capsids reassembled from recombinant protein in the presence of short oligonucleotides. We have also significantly extended the resolution of the previously reported structure of the wild-type MS2 virion. The structures of recombinant MS2 capsids reveal clear density for bound RNA beneath the coat protein binding sites on the inner surface of the T=3 MS2 capsid, and show that a short extension of the minimal assembly initiation sequence that promotes an increase in the efficiency of assembly, interacts with the protein capsid forming a network of bound RNA. The structure of the wild-type MS2 virion at approximately 9 A resolution reveals icosahedrally ordered density encompassing approximately 90% of the single-stranded RNA genome. The genome in the wild-type virion is arranged as two concentric shells of density, connected along the 5-fold symmetry axes of the particle. This novel RNA fold provides new constraints for models of viral assembly.
履歴
登録2007年9月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2007年9月26日-
マップ公開2008年5月16日-
更新2012年10月24日-
現状2012年10月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1433.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1433.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CryoEM map of S2-MS2
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.97 Å/pix.
x 160 pix.
= 475.2 Å		2.97 Å/pix.
x 160 pix.
= 475.2 Å		2.97 Å/pix.
x 160 pix.
= 475.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.97 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 0.738 / ムービー #1: 0.8
最小 - 最大-3.87388 - 5.0
平均 (標準偏差)0.0134846 (±0.751877)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 475.2 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.972.972.97
M x/y/z160160160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z475.200475.200475.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ10110173
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS160160160
D min/max/mean-3.8745.0000.013

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Recombinant MS2 capsids with S2 RNA

全体名称: Recombinant MS2 capsids with S2 RNA
要素
  • 試料: Recombinant MS2 capsids with S2 RNA
  • タンパク質・ペプチド: MS2 capsid
  • RNA: S2 RNA

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超分子 #1000: Recombinant MS2 capsids with S2 RNA

超分子名称: Recombinant MS2 capsids with S2 RNA / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 2

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分子 #1: MS2 capsid

分子名称: MS2 capsid / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: MS2 Capsid / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Enterobacterio phage MS2 (ファージ) / 別称: Bacteriophage MS2

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分子 #2: S2 RNA

分子名称: S2 RNA / タイプ: rna / ID: 2 / Name.synonym: S2 RNA / 詳細: 31bases / 分類: OTHER / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: Yes
由来(天然)生物種: Enterobacterio phage MS2 (ファージ) / 別称: Bacteriophage MS2

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 50 % / チャンバー内温度: 22 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: Vitrification instrument: double sided pneumatic blotter
手法: 1.4s blot

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影カテゴリ: FILM
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
デジタル化 - スキャナー: OTHER / 平均電子線量: 15 e/Å2
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 50500 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm
試料ステージ試料ホルダー: side entry / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: phase flipping each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 17.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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