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万見
- EMDB-14312: phospho-STING binding to adaptor protein complex-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14312
タイトルphospho-STING binding to adaptor protein complex-1
マップデータ
試料
  • 複合体: phospho-STING binding to adaptor protein complex-1
    • タンパク質・ペプチド: AP-1 complex subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: ADP-ribosylation factor 1
    • タンパク質・ペプチド: AP-1 complex subunit gamma-1
    • タンパク質・ペプチド: Stimulator of interferon genes protein
    • タンパク質・ペプチド: AP-1 complex subunit mu-1
    • タンパク質・ペプチド: AP-1 complex subunit sigma-3
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードSTING / innate immunity / TGN / AP-1 / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


basolateral protein secretion / AP-1 adaptor complex / endosome to melanosome transport / Lysosome Vesicle Biogenesis / mitotic cleavage furrow ingression / trans-Golgi Network Vesicle Budding / platelet dense granule organization / Glycosphingolipid transport / regulation of receptor internalization / melanosome assembly ...basolateral protein secretion / AP-1 adaptor complex / endosome to melanosome transport / Lysosome Vesicle Biogenesis / mitotic cleavage furrow ingression / trans-Golgi Network Vesicle Budding / platelet dense granule organization / Glycosphingolipid transport / regulation of receptor internalization / melanosome assembly / STING complex / Intra-Golgi traffic / regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / STAT6-mediated induction of chemokines / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / protein localization to endoplasmic reticulum / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / clathrin adaptor activity / cyclic-di-GMP binding / STING mediated induction of host immune responses / MHC class II antigen presentation / serine/threonine protein kinase complex / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / Nef Mediated CD4 Down-regulation / dendritic spine organization / IRF3-mediated induction of type I IFN / proton channel activity / cGAS/STING signaling pathway / determination of left/right symmetry / long-term synaptic depression / clathrin-coated vesicle / reticulophagy / pattern recognition receptor signaling pathway / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / clathrin binding / Lysosome Vesicle Biogenesis / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / cellular response to exogenous dsRNA / cell leading edge / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / protein complex oligomerization / positive regulation of macroautophagy / autophagosome membrane / autophagosome assembly / intracellular copper ion homeostasis / positive regulation of type I interferon production / protein targeting / cellular response to interferon-beta / COPI-mediated anterograde transport / vesicle-mediated transport / clathrin-coated pit / signaling adaptor activity / positive regulation of defense response to virus by host / antiviral innate immune response / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / MHC class II antigen presentation / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / activation of innate immune response / cytoplasmic vesicle membrane / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / autophagosome / positive regulation of interferon-beta production / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / secretory granule membrane / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / sarcomere / small monomeric GTPase / trans-Golgi network membrane / kidney development / intracellular protein transport / trans-Golgi network / cellular response to virus / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / positive regulation of protein binding / synaptic vesicle / peroxisome / presynapse / heart development / regulation of inflammatory response / defense response to virus / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / mitochondrial outer membrane / early endosome / neuron projection / postsynaptic density / endosome / ciliary basal body / cilium / protein domain specific binding / Golgi membrane / lysosomal membrane / innate immune response / focal adhesion / GTPase activity / intracellular membrane-bounded organelle / synapse / ubiquitin protein ligase binding
類似検索 - 分子機能
AP-1 complex subunit sigma / Adaptor protein complex AP-1, gamma subunit / Gamma-adaptin ear (GAE) domain / Gamma-adaptin ear (GAE) domain profile. / Clathrin adaptor, beta-adaptin, appendage, Ig-like subdomain / Beta2-adaptin appendage, C-terminal sub-domain / AP-1/2/4 complex subunit beta / Adaptor protein complex, sigma subunit / : / Beta-adaptin appendage, C-terminal subdomain ...AP-1 complex subunit sigma / Adaptor protein complex AP-1, gamma subunit / Gamma-adaptin ear (GAE) domain / Gamma-adaptin ear (GAE) domain profile. / Clathrin adaptor, beta-adaptin, appendage, Ig-like subdomain / Beta2-adaptin appendage, C-terminal sub-domain / AP-1/2/4 complex subunit beta / Adaptor protein complex, sigma subunit / : / Beta-adaptin appendage, C-terminal subdomain / Beta2-adaptin appendage, C-terminal sub-domain / ADP-ribosylation factor 1-5 / AP complex subunit beta / Clathrin adaptor complex, small chain / Clathrin adaptor complexes small chain signature. / Clathrin adaptor complexes medium chain signature 1. / Clathrin adaptor, mu subunit / Clathrin adaptor, mu subunit, conserved site / Clathrin adaptor complexes medium chain signature 2. / : / Coatomer/calthrin adaptor appendage, C-terminal subdomain / : / STING transmembrane domain / Clathrin adaptor, alpha/beta/gamma-adaptin, appendage, Ig-like subdomain / : / Adaptin C-terminal domain / Adaptin C-terminal domain / : / Stimulator of interferon genes protein / Stimulator of interferon genes protein, C-terminal domain superfamily / STING ligand-binding domain / AP complex, mu/sigma subunit / Clathrin adaptor complex small chain / Adaptor complexes medium subunit family / AP-2 complex subunit mu, C-terminal superfamily / Clathrin/coatomer adaptor, adaptin-like, N-terminal / Adaptin N terminal region / Mu homology domain / Mu homology domain (MHD) profile. / Clathrin adaptor, appendage, Ig-like subdomain superfamily / Small GTPase superfamily, ARF type / small GTPase Arf family profile. / Sar1p-like members of the Ras-family of small GTPases / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type / ADP-ribosylation factor family / Longin-like domain superfamily / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / TBP domain superfamily / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Rab subfamily of small GTPases / Armadillo-like helical / Small GTP-binding protein domain / Armadillo-type fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
AP-1 complex subunit gamma-1 / AP-1 complex subunit mu-1 / ADP-ribosylation factor 1 / AP-1 complex subunit beta-1 / Stimulator of interferon genes protein / AP-1 complex subunit sigma-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.34 Å
データ登録者Xu P / Ablasser A
資金援助European Union, 1件
OrganizationGrant number国
European Molecular Biology Organization (EMBO)ALTF-184European Union
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Clathrin-associated AP-1 controls termination of STING signalling.
著者: Ying Liu / Pengbiao Xu / Sophie Rivara / Chong Liu / Jonathan Ricci / Xuefeng Ren / James H Hurley / Andrea Ablasser /
要旨: Stimulator of interferon genes (STING) functions downstream of cyclic GMP-AMP synthase in DNA sensing or as a direct receptor for bacterial cyclic dinucleotides and small molecules to activate ...Stimulator of interferon genes (STING) functions downstream of cyclic GMP-AMP synthase in DNA sensing or as a direct receptor for bacterial cyclic dinucleotides and small molecules to activate immunity during infection, cancer and immunotherapy. Precise regulation of STING is essential to ensure balanced immune responses and prevent detrimental autoinflammation. After activation, STING, a transmembrane protein, traffics from the endoplasmic reticulum to the Golgi, where its phosphorylation by the protein kinase TBK1 enables signal transduction. The mechanism that ends STING signalling at the Golgi remains unknown. Here we show that adaptor protein complex 1 (AP-1) controls the termination of STING-dependent immune activation. We find that AP-1 sorts phosphorylated STING into clathrin-coated transport vesicles for delivery to the endolysosomal system, where STING is degraded. We identify a highly conserved dileucine motif in the cytosolic C-terminal tail (CTT) of STING that, together with TBK1-dependent CTT phosphorylation, dictates the AP-1 engagement of STING. A cryo-electron microscopy structure of AP-1 in complex with phosphorylated STING explains the enhanced recognition of TBK1-activated STING. We show that suppression of AP-1 exacerbates STING-induced immune responses. Our results reveal a structural mechanism of negative regulation of STING and establish that the initiation of signalling is inextricably associated with its termination to enable transient activation of immunity.
履歴
登録2022年2月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年9月14日-
マップ公開2022年9月14日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14312.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14312.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.9 Å/pix.
x 300 pix.
= 270. Å		0.9 Å/pix.
x 300 pix.
= 270. Å		0.9 Å/pix.
x 300 pix.
= 270. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.9 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.055
最小 - 最大-0.18775003 - 0.4890242
平均 (標準偏差)0.0012783447 (±0.013376495)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 270.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_14312_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_14312_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : phospho-STING binding to adaptor protein complex-1

全体名称: phospho-STING binding to adaptor protein complex-1
要素
  • 複合体: phospho-STING binding to adaptor protein complex-1
    • タンパク質・ペプチド: AP-1 complex subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: ADP-ribosylation factor 1
    • タンパク質・ペプチド: AP-1 complex subunit gamma-1
    • タンパク質・ペプチド: Stimulator of interferon genes protein
    • タンパク質・ペプチド: AP-1 complex subunit mu-1
    • タンパク質・ペプチド: AP-1 complex subunit sigma-3
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: phospho-STING binding to adaptor protein complex-1

超分子名称: phospho-STING binding to adaptor protein complex-1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: AP-1 complex subunit beta-1

分子名称: AP-1 complex subunit beta-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 66.008422 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MTDSKYFTTT KKGEIFELKA ELNSDKKEKK KEAVKKVIAS MTVGKDVSAL FPDVVNCMQT DNLELKKLVY LYLMNYAKSQ PDMAIMAVN TFVKDCEDPN PLIRALAVRT MGCIRVDKIT EYLCEPLRKC LKDEDPYVRK TAAVCVAKLH DINAQLVEDQ G FLDTLKDL ...文字列:
MTDSKYFTTT KKGEIFELKA ELNSDKKEKK KEAVKKVIAS MTVGKDVSAL FPDVVNCMQT DNLELKKLVY LYLMNYAKSQ PDMAIMAVN TFVKDCEDPN PLIRALAVRT MGCIRVDKIT EYLCEPLRKC LKDEDPYVRK TAAVCVAKLH DINAQLVEDQ G FLDTLKDL ISDSNPMVVA NAVAALSEIA ESHPSSNLLD LNPQSINKLL TALNECTEWG QIFILDCLAN YMPKDDREAQ SI CERVTPR LSHANSAVVL SAVKVLMKFM EMLSKDLDYY GTLLKKLAPP LVTLLSAEPE LQYVALRNIN LIVQKRPEIL KHE MKVFFV KYNDPIYVKL EKLDIMIRLA SQANIAQVLA ELREYATEVD VDFVRKAVRA IGRCAIKVEQ SAERCVSTLL DLIQ TKVNY VVQEAIVVIK DIFRKYPNKY ESVIATLCEN LDSLDEPEAR AAMIWIVGEY AERIDNADEL LESFLEGFHD KSTQV QLQL LTAIVKLFLK KPTETQELVQ QVLSLATQDS DNPDLRDRGY IYWRLLSTDP VAAKEVVLAE KPLISEETDL IEPTLL DEL ICYIGTLASV YHKPPSAFVE G

UniProtKB: AP-1 complex subunit beta-1

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分子 #2: ADP-ribosylation factor 1

分子名称: ADP-ribosylation factor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 18.9366 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
EMRILMVGLD AAGKTTILYK LKLGEIVTTI PTIGFNVETV EYKNISFTVW DVGGLDKIRP LWRHYFQNTQ GLIFVVDSND RERVNEARE ELMRMLAEDE LRDAVLLVFA NKQDLPNAMN AAEITDKLGL HSLRHRNWYI QATCATSGDG LYEGLDWLSN Q LRNQK

UniProtKB: ADP-ribosylation factor 1

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分子 #3: AP-1 complex subunit gamma-1

分子名称: AP-1 complex subunit gamma-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 67.399242 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MPAPIRLREL IRTIRTARTQ AEEREMIQKE CAAIRSSFRE EDNTYRCRNV AKLLYMHMLG YPAHFGQLEC LKLIASQKFT DKRIGYLGA MLLLDERQDV HLLMTNCIKN DLNHSTQFVQ GLALCTLGCM GSSEMCRDLA GEVEKLLKTS NSYLRKKAAL C AVHVIRKV ...文字列:
MPAPIRLREL IRTIRTARTQ AEEREMIQKE CAAIRSSFRE EDNTYRCRNV AKLLYMHMLG YPAHFGQLEC LKLIASQKFT DKRIGYLGA MLLLDERQDV HLLMTNCIKN DLNHSTQFVQ GLALCTLGCM GSSEMCRDLA GEVEKLLKTS NSYLRKKAAL C AVHVIRKV PELMEMFLPA TKNLLNEKNH GVLHTSVVLL TEMCERSPDM LAHFRKLVPQ LVRILKNLIM SGYSPEHDVS GI SDPFLQV RILRLLRILG RNDDDSSEAM NDILAQVATN TETSKNVGNA ILYETVLTIM DIKSESGLRV LAINILGRFL LNN DKNIRY VALTSLLKTV QTDHNAVQRH RSTIVDCLKD LDVSIKRRAM ELSFALVNGN NIRGMMKELL YFLDSCEPEF KADC ASGIF LAAEKYAPSK RWHIDTIMRV LTTAGSYVRD DAVPNLIQLI TNSVEMHAYT VQRLYKAILG DYSQQPLVQV AAWCI GEYG DLLVSGQCEE EEPIQVTEDE VLDILESVLI SNMSTSVTRG YALTAIMKLS TRFTCTVNRI KKVVSIYGSS IDVELQ QRA VEYNALFKKY DHMRSALLER MPVMEKVTTN GP

UniProtKB: AP-1 complex subunit gamma-1

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分子 #4: Stimulator of interferon genes protein

分子名称: Stimulator of interferon genes protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 詳細: phospho-STING tail / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 1.065068 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
QEPELLI(SEP)G

UniProtKB: Stimulator of interferon genes protein

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分子 #5: AP-1 complex subunit mu-1

分子名称: AP-1 complex subunit mu-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 48.60673 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MSASAVYVLD LKGKVLICRN YRGDVDMSEV EHFMPILMEK EEEGMLSPIL AHGGVRFMWI KHNNLYLVAT SKKNACVSLV FSFLYKVVQ VFSEYFKELE EESIRDNFVI IYELLDELMD FGYPQTTDSK ILQEYITQEG HKLETGAPRP PATVTNAVSW R SEGIKYRK ...文字列:
MSASAVYVLD LKGKVLICRN YRGDVDMSEV EHFMPILMEK EEEGMLSPIL AHGGVRFMWI KHNNLYLVAT SKKNACVSLV FSFLYKVVQ VFSEYFKELE EESIRDNFVI IYELLDELMD FGYPQTTDSK ILQEYITQEG HKLETGAPRP PATVTNAVSW R SEGIKYRK NEVFLDVIEA VNLLVSANGN VLRSEIVGSI KMRVFLSGMP ELRLGLNDKV LFDNTGRGKS KSVELEDVKF HQ CVRLSRF ENDRTISFIP PDGEFELMSY RLNTHVKPLI WIESVIEKHS HSRIEYMVKA KSQFKRRSTA NNVEIHIPVP NDA DSPKFK TTVGSVKWVP ENSEIVWSVK SFPGGKEYLM RAHFGLPSVE AEDKEGKPPI SVKFEIPYFT TSGIQVRYLK IIEK SGYQA LPWVRYITQN GDYQLRTQ

UniProtKB: AP-1 complex subunit mu-1

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分子 #6: AP-1 complex subunit sigma-3

分子名称: AP-1 complex subunit sigma-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 18.321338 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MIHFILLFSR QGKLRLQKWY ITLPDKERKK ITREIVQIIL SRGHRTSSFV DWKELKLVYK RYASLYFCCA IENQDNELLT LEIVHRYVE LLDKYFGNVC ELDIIFNFEK AYFILDEFII GGEIQETSKK IAVKAIEDSD MLQEVSTVCQ TMGER

UniProtKB: AP-1 complex subunit sigma-3

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分子 #7: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: GTP
分子量理論値: 523.18 Da
Chemical component information

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #8: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.8 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
137.0 mMNaClsodium chloride
2.7 mMKClpotassium chloride
10.0 mMNa2HPO4Sodium phosphate dibasic
1.8 mMKH2PO4Potassium Phosphate, Monobasic

詳細: PBS buffer
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab-initio in cryosparc
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.34 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 322238
初期 角度割当タイプ: OTHER / 詳細: Ab-initio in cryosparc
最終 角度割当タイプ: OTHER / 詳細: Cryosparc non-uniform reconstruction
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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