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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-14216 | |||||||||
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タイトル | Cryo-electron tomography of in vitro assembled Bruno oskar 3'UTR RNA condensates aged for 30 minutes followed by addition of more oskar 3'UTR RNA | |||||||||
マップデータ | tomogram of in vitro assembled Bruno oskar 3'UTR RNA condensates that were aged for 30 minutes followed by addition of more oskar 3'UTR RNA. | |||||||||
試料 |
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生物種 | Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) | |||||||||
手法 | 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 | |||||||||
データ登録者 | Bose M / Mahamid J | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2022 タイトル: Liquid-to-solid phase transition of oskar ribonucleoprotein granules is essential for their function in Drosophila embryonic development. 著者: Mainak Bose / Marko Lampe / Julia Mahamid / Anne Ephrussi / 要旨: Asymmetric localization of oskar ribonucleoprotein (RNP) granules to the oocyte posterior is crucial for abdominal patterning and germline formation in the Drosophila embryo. We show that oskar RNP ...Asymmetric localization of oskar ribonucleoprotein (RNP) granules to the oocyte posterior is crucial for abdominal patterning and germline formation in the Drosophila embryo. We show that oskar RNP granules in the oocyte are condensates with solid-like physical properties. Using purified oskar RNA and scaffold proteins Bruno and Hrp48, we confirm in vitro that oskar granules undergo a liquid-to-solid phase transition. Whereas the liquid phase allows RNA incorporation, the solid phase precludes incorporation of additional RNA while allowing RNA-dependent partitioning of client proteins. Genetic modification of scaffold granule proteins or tethering the intrinsically disordered region of human fused in sarcoma (FUS) to oskar mRNA allowed modulation of granule material properties in vivo. The resulting liquid-like properties impaired oskar localization and translation with severe consequences on embryonic development. Our study reflects how physiological phase transitions shape RNA-protein condensates to regulate the localization and expression of a maternal RNA that instructs germline formation. | |||||||||
履歴 |
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添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_14216.map.gz | 2.3 GB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-14216-v30.xml emd-14216.xml | 10.4 KB 10.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_14216.png | 213.2 KB | ||
その他 | emd_14216_additional_1.map.gz | 2.3 GB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-14216 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-14216 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_14216_validation.pdf.gz | 343.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_14216_full_validation.pdf.gz | 343.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_14216_validation.xml.gz | 4.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_14216_validation.cif.gz | 5.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-14216 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-14216 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_14216.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.5 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | tomogram of in vitro assembled Bruno oskar 3'UTR RNA condensates that were aged for 30 minutes followed by addition of more oskar 3'UTR RNA. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 これらの図は立方格子座標系で作成されたものです | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 8.51 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: tomogram of in vitro assembled Bruno oskar 3'UTR...
ファイル | emd_14216_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | tomogram of in vitro assembled Bruno oskar 3'UTR RNA condensates that were aged for 30 minutes followed by addition of more oskar 3'UTR RNA. Tomogram was gaussian filtered with a kernel size 3. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Condensates assembled using 10 micro molar Bruno-EGFP with 100 na...
全体 | 名称: Condensates assembled using 10 micro molar Bruno-EGFP with 100 nano molar oskar 3'UTR RNA, aged for 30min followed by addition of 400 nano molar oskar 3'UTR RNA |
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要素 |
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-超分子 #1: Condensates assembled using 10 micro molar Bruno-EGFP with 100 na...
超分子 | 名称: Condensates assembled using 10 micro molar Bruno-EGFP with 100 nano molar oskar 3'UTR RNA, aged for 30min followed by addition of 400 nano molar oskar 3'UTR RNA タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
組換発現 | 生物種: Spodoptera (蝶・蛾) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 電子線トモグラフィー法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
詳細 | Condensates assembled using 10 micro molar Bruno-EGFP with 100 nano molar oskar 3'UTR RNA, aged for 30min followed by addition of 400 nano molar oskar 3'UTR RNA |
切片作成 | その他: NO SECTIONING |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | 位相板: VOLTA PHASE PLATE |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 2.1 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 3.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用した粒子像数: 61 |
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