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- EMDB-14171: CryoEM structure of bacterial transcription intermediate complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14171
タイトルCryoEM structure of bacterial transcription intermediate complex mediated by activator PspF
マップデータLocal filtered map
試料
  • 複合体: Bacterial transcription intermediate complex mediated by PspF activator protein
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
    • DNA: Non-template promoter DNA
    • DNA: Template promoter DNA
    • タンパク質・ペプチド: Transcription activator PspF
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase sigma-54 factor
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: ALUMINUM FLUORIDE
キーワードRNA polymerase / AAA protein / transcription regulation / cryoEM / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cellular response to stress / RNA polymerase complex / DNA-binding transcription activator activity / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / phosphorelay signal transduction system / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding ...regulation of cellular response to stress / RNA polymerase complex / DNA-binding transcription activator activity / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / phosphorelay signal transduction system / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / nucleotidyltransferase activity / DNA-directed RNA polymerase complex / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription initiation / cell motility / protein-DNA complex / ribonucleoside binding / : / : / : / : / : / : / DNA-directed RNA polymerase / response to heat / protein-containing complex assembly / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / intracellular iron ion homeostasis / protein dimerization activity / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transcription activator PspF / Sigma-54 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor 54, core-binding domain / RNA polymerase sigma factor 54, DNA-binding / RNA polymerase sigma-54 factor, core-binding domain superfamily / Sigma-54 factor, Activator interacting domain (AID) / Sigma-54, DNA binding domain / Sigma-54 factor, core binding domain / Sigma-54 factors family signature 2. / Sigma-54 factors family profile. ...Transcription activator PspF / Sigma-54 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor 54, core-binding domain / RNA polymerase sigma factor 54, DNA-binding / RNA polymerase sigma-54 factor, core-binding domain superfamily / Sigma-54 factor, Activator interacting domain (AID) / Sigma-54, DNA binding domain / Sigma-54 factor, core binding domain / Sigma-54 factors family signature 2. / Sigma-54 factors family profile. / RNA polymerase sigma factor 54 / Sigma-54 interaction domain, conserved site / Sigma-54 interaction domain C-terminal part signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 2 / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region B signature. / Sigma-54 interaction domain profile. / Sigma-54 interaction domain / RNA polymerase sigma factor 54 interaction domain / DNA binding HTH domain, Fis-type / Bacterial regulatory protein, Fis family / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / Homeobox-like domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA polymerase sigma-54 factor / RNA polymerase sigma-54 factor / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / Psp operon transcriptional activator
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Ye FZ / Zhang XD
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/N007816/1 英国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Mechanisms of DNA opening revealed in AAA+ transcription complex structures.
著者: Fuzhou Ye / Forson Gao / Xiaojiao Liu / Martin Buck / Xiaodong Zhang /
要旨: Gene transcription is carried out by RNA polymerase (RNAP) and requires the conversion of the initial closed promoter complex, where DNA is double stranded, to a transcription-competent open promoter ...Gene transcription is carried out by RNA polymerase (RNAP) and requires the conversion of the initial closed promoter complex, where DNA is double stranded, to a transcription-competent open promoter complex, where DNA is opened up. In bacteria, RNAP relies on σ factors for its promoter specificities. Using a special form of sigma factor (σ), which forms a stable closed complex and requires its activator that belongs to the AAA+ ATPases (ATPases associated with diverse cellular activities), we obtained cryo-electron microscopy structures of transcription initiation complexes that reveal a previously unidentified process of DNA melting opening. The σ amino terminus threads through the locally opened up DNA and then becomes enclosed by the AAA+ hexameric ring in the activator-bound intermediate complex. Our structures suggest how ATP hydrolysis by the AAA+ activator could remove the σ inhibition while helping to open up DNA, using σ amino-terminal peptide as a pry bar.
履歴
登録2022年1月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月9日-
マップ公開2022年11月9日-
更新2024年7月17日-
現状2024年7月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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添付画像

emd_14171.png

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14171.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
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表面レベル登録者による: 0.012
最小 - 最大-0.1523337 - 0.3024772
平均 (標準偏差)0.00018231539 (±0.006326003)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 308.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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注釈Focus refinement map
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追加マップ: Focus refinement map

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注釈Focus refinement map
投影像・断面図
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密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Bacterial transcription intermediate complex mediated by PspF act...

全体名称: Bacterial transcription intermediate complex mediated by PspF activator protein
要素
  • 複合体: Bacterial transcription intermediate complex mediated by PspF activator protein
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
    • DNA: Non-template promoter DNA
    • DNA: Template promoter DNA
    • タンパク質・ペプチド: Transcription activator PspF
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase sigma-54 factor
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: ALUMINUM FLUORIDE

+
超分子 #1: Bacterial transcription intermediate complex mediated by PspF act...

超分子名称: Bacterial transcription intermediate complex mediated by PspF activator protein
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8
分子量理論値: 710 KDa

+
分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 36.55868 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MQGSVTEFLK PRLVDIEQVS STHAKVTLEP LERGFGHTLG NALRRILLSS MPGCAVTEVE IDGVLHEYST KEGVQEDILE ILLNLKGLA VRVQGKDEVI LTLNKSGIGP VTAADITHDG DVEIVKPQHV ICHLTDENAS ISMRIKVQRG RGYVPASTRI H SEEDERPI ...文字列:
MQGSVTEFLK PRLVDIEQVS STHAKVTLEP LERGFGHTLG NALRRILLSS MPGCAVTEVE IDGVLHEYST KEGVQEDILE ILLNLKGLA VRVQGKDEVI LTLNKSGIGP VTAADITHDG DVEIVKPQHV ICHLTDENAS ISMRIKVQRG RGYVPASTRI H SEEDERPI GRLLVDACYS PVERIAYNVE AARVEQRTDL DKLVIEMETN GTIDPEEAIR RAATILAEQL EAFVDLRDVR QP EVKEEKP EFDPILLRPV DDLELTVRSA NCLKAEAIHY IGDLVQRTEV ELLKTPNLGK KSLTEIKDVL ASRGLSLGMR LEN WPPASI ADE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

+
分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 150.820875 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MVYSYTEKKR IRKDFGKRPQ VLDVPYLLSI QLDSFQKFIE QDPEGQYGLE AAFRSVFPIQ SYSGNSELQY VSYRLGEPVF DVQECQIRG VTYSAPLRVK LRLVIYEREA PEGTVKDIKE QEVYMGEIPL MTDNGTFVIN GTERVIVSQL HRSPGVFFDS D KGKTHSSG ...文字列:
MVYSYTEKKR IRKDFGKRPQ VLDVPYLLSI QLDSFQKFIE QDPEGQYGLE AAFRSVFPIQ SYSGNSELQY VSYRLGEPVF DVQECQIRG VTYSAPLRVK LRLVIYEREA PEGTVKDIKE QEVYMGEIPL MTDNGTFVIN GTERVIVSQL HRSPGVFFDS D KGKTHSSG KVLYNARIIP YRGSWLDFEF DPKDNLFVRI DRRRKLPATI ILRALNYTTE QILDLFFEKV IFEIRDNKLQ ME LVPERLR GETASFDIEA NGKVYVEKGR RITARHIRQL EKDDVKLIEV PVEYIAGKVV AKDYIDESTG ELICAANMEL SLD LLAKLS QSGHKRIETL FTNDLDHGPY ISETLRVDPT NDRLSALVEI YRMMRPGEPP TREAAESLFE NLFFSEDRYD LSAV GRMKF NRSLLREEIE GSGILSKDDI IDVMKKLIDI RNGKGEVDDI DHLGNRRIRS VGEMAENQFR VGLVRVERAV KERLS LGDL DTLMPQDMIN AKPISAAVKE FFGSSQLSQF MDQNNPLSEI THKRRISALG PGGLTRERAG FEVRDVHPTH YGRVCP IET PEGPNIGLIN SLSVYAQTNE YGFLETPYRK VTDGVVTDEI HYLSAIEEGN YVIAQANSNL DEEGHFVEDL VTCRSKG ES SLFSRDQVDY MDVSTQQVVS VGASLIPFLE HDDANRALMG ANMQRQAVPT LRADKPLVGT GMERAVAVDS GVTAVAKR G GVVQYVDASR IVIKVNEDEM YPGEAGIDIY NLTKYTRSNQ NTCINQMPCV SLGEPVERGD VLADGPSTDL GELALGQNM RVAFMPWNGY NFEDSILVSE RVVQEDRFTT IHIQELACVS RDTKLGPEEI TADIPNVGEA ALSKLDESGI VYIGAEVTGG DILVGKVTP KGETQLTPEE KLLRAIFGEK ASDVKDSSLR VPNGVSGTVI DVQVFTRDGV EKDKRALEIE EMQLKQAKKD L SEELQILE AGLFSRIRAV LVAGGVEAEK LDKLPRDRWL ELGLTDEEKQ NQLEQLAEQY DELKHEFEKK LEAKRRKITQ GD DLAPGVL KIVKVYLAVK RRIQPGDKMA GRHGNKGVIS KINPIEDMPY DENGTPVDIV LNPLGVPSRM NIGQILETHL GMA AKGIGD KINAMLKQQQ EVAKLREFIQ RAYDLGADVR QKVDLSTFSD EEVMRLAENL RKGMPIATPV FDGAKEAEIK ELLK LGDLP TSGQIRLYDG RTGEQFERPV TVGYMYMLKL NHLVDDKMHA RSTGSYSLVT QQPLGGKAQF GGQRFGEMEV WALEA YGAA YTLQEMLTVK SDDVNGRTKM YKNIVDGNHQ MEPGMPESFN VLLKEIRSLG INIELEDE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

+
分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 155.366781 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MKDLLKFLKA QTKTEEFDAI KIALASPDMI RSWSFGEVKK PETINYRTFK PERDGLFCAR IFGPVKDYEC LCGKYKRLKH RGVICEKCG VEVTQTKVRR ERMGHIELAS PTAHIWFLKS LPSRIGLLLD MPLRDIERVL YFESYVVIEG GMTNLERQQI L TEEQYLDA ...文字列:
MKDLLKFLKA QTKTEEFDAI KIALASPDMI RSWSFGEVKK PETINYRTFK PERDGLFCAR IFGPVKDYEC LCGKYKRLKH RGVICEKCG VEVTQTKVRR ERMGHIELAS PTAHIWFLKS LPSRIGLLLD MPLRDIERVL YFESYVVIEG GMTNLERQQI L TEEQYLDA LEEFGDEFDA KMGAEAIQAL LKSMDLEQEC EQLREELNET NSETKRKKLT KRIKLLEAFV QSGNKPEWMI LT VLPVLPP DLRPLVPLDG GRFATSDLND LYRRVINRNN RLKRLLDLAA PDIIVRNEKR MLQEAVDALL DNGRRGRAIT GSN KRPLKS LADMIKGKQG RFRQNLLGKR VDYSGRSVIT VGPYLRLHQC GLPKKMALEL FKPFIYGKLE LRGLATTIKA AKKM VEREE AVVWDILDEV IREHPVLLNR APTLHRLGIQ AFEPVLIEGK AIQLHPLVCA AYNADFDGDQ MAVHVPLTLE AQLEA RALM MSTNNILSPA NGEPIIVPSQ DVVLGLYYMT RDCVNAKGEG MVLTGPKEAE RLYRSGLASL HARVKVRITE YEKDAN GEL VAKTSLKDTT VGRAILWMIV PKGLPYSIVN QALGKKAISK MLNTCYRILG LKPTVIFADQ IMYTGFAYAA RSGASVG ID DMVIPEKKHE IISEAEAEVA EIQEQFQSGL VTAGERYNKV IDIWAAANDR VSKAMMDNLQ TETVINRDGQ EEKQVSFN S IYMMADSGAR GSAAQIRQLA GMRGLMAKPD GSIIETPITA NFREGLNVLQ YFISTHGARK GLADTALKTA NSGYLTRRL VDVAQDLVVT EDDCGTHEGI MMTPVIEGGD VKEPLRDRVL GRVTAEDVLK PGTADILVPR NTLLHEQWCD LLEENSVDAV KVRSVVSCD TDFGVCAHCY GRDLARGHII NKGEAIGVIA AQSIGEPGTQ LTMRTFHIGG AASRAAAESS IQVKNKGSIK L SNVKSVVN SSGKLVITSR NTELKLIDEF GRTKESYKVP YGAVLAKGDG EQVAGGETVA NWDPHTMPVI TEVSGFVRFT DM IDGQTIT RQTDELTGLS SLVVLDSAER TAGGKDLRPA LKIVDAQGND VLIPGTDMPA QYFLPGKAIV QLEDGVQISS GDT LARIPQ ESGGTKDITG GLPRVADLFE ARRPKEPAIL AEISGIVSFG KETKGKRRLV ITPVDGSDPY EEMIPKWRQL NVFE GERVE RGDVISDGPE APHDILRLRG VHAVTRYIVN EVQDVYRLQG VKINDKHIEV IVRQMLRKAT IVNAGSSDFL EGEQV EYSR VKIANRELEA NGKVGATYSR DLLGITKASL ATESFISAAS FQETTRVLTE AAVAGKRDEL RGLKENVIVG RLIPAG TGY AYHQDRMRRR AAGEAPAAPQ VTAEDASASL AELLNAGLGG SDNE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

+
分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit omega / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 10.249547 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MARVTVQDAV EKIGNRFDLV LVAARRARQM QVGGKDPLVP EENDKTTVIA LREIEEGLIN NQILDVRERQ EQQEQEAAEL QAVTAIAEG RR

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

+
分子 #7: Transcription activator PspF

分子名称: Transcription activator PspF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 33.187777 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MAEYKDNLLG EANSFLEVLE QVSHLAPLDK PVLIIGERGT GKELIASRLH YLSSRWQGPF ISLNCAALN ENLLDSELFG HEAGAFTGAQ KRHPGRFERA DGGTLFLDEL ATAPMMVQEK LLRVIEYGEL ERVGGSQPLQ V NVRLVCAT ...文字列:
MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MAEYKDNLLG EANSFLEVLE QVSHLAPLDK PVLIIGERGT GKELIASRLH YLSSRWQGPF ISLNCAALN ENLLDSELFG HEAGAFTGAQ KRHPGRFERA DGGTLFLDEL ATAPMMVQEK LLRVIEYGEL ERVGGSQPLQ V NVRLVCAT NADLPAMVNE GTFRADLLDR LAFDVVQLPP LRERESDIML MAEYFAIQMC REIKLPLFPG FTERARETLL NY RWPGNIR ELKNVVERSV YRHGTSDYPL DDIIIDPFKR RPPEDAIAVS ETTSLPTL

+
分子 #8: RNA polymerase sigma-54 factor

分子名称: RNA polymerase sigma-54 factor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8
詳細: MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMKQGLQLRLSQQLAMTPQLQQAIRLLQLSTLELQQELQQALESNPLLEQTDLHDEVEAKEVEDRESLDTVDALEQKEMPD ELPLDASWDEIYTAGTPSGNGVDYQDDELPVYQGETTQTLQDYLMWQVELTPFTDTDRAIATSIVDAVDDTGYLTIQIED ...詳細: MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMKQGLQLRLSQQLAMTPQLQQAIRLLQLSTLELQQELQQALESNPLLEQTDLHDEVEAKEVEDRESLDTVDALEQKEMPD ELPLDASWDEIYTAGTPSGNGVDYQDDELPVYQGETTQTLQDYLMWQVELTPFTDTDRAIATSIVDAVDDTGYLTIQIED IVDSIGDDEIGLEEVEAVLKRIQRFDPVGVAAKDLRDCLLIQLSQFAKETPWLEEARLIISDHLDLLANHDFRTLMRVTR LKEEVLKEAVNLIQSLDPRPGQSIQTSEPEYVIPDVLVRKVSGRWTVELNADSIPRLKINQQYAAMGNSARNDADGQFIR SNLQEARWLIKSLESRNDTLLRVSRCIVEQQQAFFEQGEEYMKPMVLADIAQAVEMHESTISRVTTQKYLHSPRGIFELK YFFSSHVNTEGGGEASSTAIRALVKKLIAAENPAKPLSDSKLTSMLSEQGIMVARRTVAKYRESLSIPPSNQRKQLV
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
分子量理論値: 53.978656 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MKQGLQLRLS QQLAMTPQLQ QAIRLLQLST LELQQELQQA LESNPLLEQT DLHDEVEAKE VEDRESLDTV DALEQKEMPD ELPLDASWD EIYTAGTPSG NGVDYQDDEL PVYQGETTQT LQDYLMWQVE LTPFTDTDRA IATSIVDAVD DTGYLTIQIE D IVDSIGDD ...文字列:
MKQGLQLRLS QQLAMTPQLQ QAIRLLQLST LELQQELQQA LESNPLLEQT DLHDEVEAKE VEDRESLDTV DALEQKEMPD ELPLDASWD EIYTAGTPSG NGVDYQDDEL PVYQGETTQT LQDYLMWQVE LTPFTDTDRA IATSIVDAVD DTGYLTIQIE D IVDSIGDD EIGLEEVEAV LKRIQRFDPV GVAAKDLRDC LLIQLSQFAK ETPWLEEARL IISDHLDLLA NHDFRTLMRV TR LKEEVLK EAVNLIQSLD PRPGQSIQTS EPEYVIPDVL VRKVSGRWTV ELNADSIPRL KINQQYAAMG NSARNDADGQ FIR SNLQEA RWLIKSLESR NDTLLRVSRC IVEQQQAFFE QGEEYMKPMV LADIAQAVEM HESTISRVTT QKYLHSPRGI FELK YFFSS HVNTEGGGEA SSTAIRALVK KLIAAENPAK PLSDSKLTSM LSEQGIMVAR RTVAKYRESL SIPPSNQRKQ LV

UniProtKB: RNA polymerase sigma-54 factor

+
分子 #5: Non-template promoter DNA

分子名称: Non-template promoter DNA / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
分子量理論値: 19.439387 KDa
配列文字列: (DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DG)(DG)(DC)(DT)(DG) (DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DT)(DT)(DT) (DT)(DG)(DC)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DC) (DA)(DG)(DC)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DG)(DC) (DG) (DC)(DG)(DC)(DA)(DT) ...文字列:
(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DG)(DG)(DC)(DT)(DG) (DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DT)(DT)(DT) (DT)(DG)(DC)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DC) (DA)(DG)(DC)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DG)(DC) (DG) (DC)(DG)(DC)(DA)(DT)(DG)(DC)(DT) (DG)(DT)(DT)(DG)(DC)(DG)(DC)(DA)(DT)(DT) (DC)(DA) (DT)(DG)(DT)

+
分子 #6: Template promoter DNA

分子名称: Template promoter DNA / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
分子量理論値: 19.40441 KDa
配列文字列: (DA)(DC)(DA)(DT)(DG)(DA)(DA)(DT)(DG)(DC) (DG)(DC)(DA)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DA)(DT) (DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DC)(DC)(DA) (DG)(DG)(DG)(DC)(DT)(DG)(DA)(DT)(DC)(DG) (DT) (DG)(DC)(DA)(DA)(DA) ...文字列:
(DA)(DC)(DA)(DT)(DG)(DA)(DA)(DT)(DG)(DC) (DG)(DC)(DA)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DA)(DT) (DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DC)(DC)(DA) (DG)(DG)(DG)(DC)(DT)(DG)(DA)(DT)(DC)(DG) (DT) (DG)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DT) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DA)(DG)(DC)(DC) (DG)(DT) (DC)(DT)(DC)

+
分子 #9: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 5 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #10: ALUMINUM FLUORIDE

分子名称: ALUMINUM FLUORIDE / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 4 / 式: AF3
分子量理論値: 83.977 Da
Chemical component information

ChemComp-AF3:
ALUMINUM FLUORIDE / トリフルオロアルミニウム

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度3.5 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC4H11NO3Tris
150.0 mMKCLPotassium Chloride
10.0 mMMgCL2Magisum chloride
8.0 mMC32H58N2O7SCHAPSO
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 14780 / 平均露光時間: 4.1 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2000000
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

3696

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. RELION 3.1) / 使用した粒子像数: 33285
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. RELION 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. RELION 3.1)
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. RELION 3.1)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5nss


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7qv9:
CryoEM structure of bacterial transcription intermediate complex mediated by activator PspF

PDB-9q90:
CryoEM structure of bacterial transcription intermediate complex mediated by activator PspF

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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