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- EMDB-1416: Helical structure of the needle of the type III secretion system ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1416
タイトルHelical structure of the needle of the type III secretion system of Shigella flexneri.
マップデータccp4 map of reconstruction of Shigella flexneri T3SS needle
試料
  • 試料: Shigella flexneri T3SS needle - MxiH polymer
  • タンパク質・ペプチド: MxiH
機能・相同性
機能・相同性情報


type III protein secretion system complex / protein secretion by the type III secretion system / cell surface / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Type III secretion, needle-protein-like / Type III secretion, needle-protein-like superfamily / Type III secretion needle MxiH, YscF, SsaG, EprI, PscF, EscF / Type III secretion system, needle protein / Type III secretion system, needle protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Type 3 secretion system needle filament protein
類似検索 - 構成要素
生物種Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 16.0 Å
データ登録者Cordes FS / Komoriya K / Larquet E / Yang S / Egelman EH / Blocker A / Lea SM
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2003
タイトル: Helical structure of the needle of the type III secretion system of Shigella flexneri.
著者: Frank S Cordes / Kaoru Komoriya / Eric Larquet / Shixin Yang / Edward H Egelman / Ariel Blocker / Susan M Lea /
要旨: Gram-negative bacteria commonly interact with animal and plant hosts using type III secretion systems (TTSSs) for translocation of proteins into eukaryotic cells during infection. 10 of the 25 TTSS- ...Gram-negative bacteria commonly interact with animal and plant hosts using type III secretion systems (TTSSs) for translocation of proteins into eukaryotic cells during infection. 10 of the 25 TTSS-encoding genes are homologous to components of the bacterial flagellar basal body, which the TTSS needle complex morphologically resembles. This indicates a common ancestry, although no TTSS sequence homologues for the genes encoding the flagellum are found. We here present an approximately 16-A structure of the central component, the needle, of the TTSS. Although the needle subunit is significantly smaller and shares no sequence homology with the flagellar hook and filament, it shares a common helical architecture ( approximately 5.6 subunits/turn, 24-A helical pitch). This common architecture implies that there will be further mechanistic analogies in the functioning of these two bacterial systems.
履歴
登録2007年8月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2007年8月31日-
マップ公開2007年8月31日-
更新2011年5月26日-
現状2011年5月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 130
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 130
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-2v6l
  • 表面レベル: 130
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-2v6l
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1416.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1416.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈ccp4 map of reconstruction of Shigella flexneri T3SS needle
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)X (Row.)Y (Col.)
2.65 Å/pix.
x 100 pix.
= 265. Å		2.65 Å/pix.
x 60 pix.
= 159. Å		2.65 Å/pix.
x 60 pix.
= 159. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.65 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 221.0 / ムービー #1: 130
最小 - 最大-66.356999999999999 - 560.347999999999956
平均 (標準偏差)28.020900000000001 (±79.573999999999998)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin-30-30-49
サイズ6060100
Spacing6060100
セルA: 159 Å / B: 159 Å / C: 265 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.652.652.65
M x/y/z6060100
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z159.000159.000265.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-30-30-49
NX/NY/NZ6060100
MAP C/R/S213
start NC/NR/NS-30-30-49
NC/NR/NS6060100
D min/max/mean-66.357560.34828.021

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Shigella flexneri T3SS needle - MxiH polymer

全体名称: Shigella flexneri T3SS needle - MxiH polymer
要素
  • 試料: Shigella flexneri T3SS needle - MxiH polymer
  • タンパク質・ペプチド: MxiH

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超分子 #1000: Shigella flexneri T3SS needle - MxiH polymer

超分子名称: Shigella flexneri T3SS needle - MxiH polymer / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: helical / Number unique components: 1

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分子 #1: MxiH

分子名称: MxiH / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: MxiH / 集合状態: helical polymer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) / 株: M90T / 細胞中の位置: extracellular
分子量実験値: 9265 MDa
組換発現生物種: Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) / 組換プラスミド: pKT001
配列InterPro: Type III secretion system, needle protein

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 10mM Tris pH 7.5
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: 2% uranyl acetate, pH 7.5
グリッド詳細: 200 mesh carbon coated copper
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM120T
温度平均: 293 K
詳細low dose conditions
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: OTHER / 実像数: 18 / 平均電子線量: 10 e/Å2 / 詳細: 1600dpi, 2.65 Angstrom per pixel
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.7 µm / 倍率（公称値）: 60000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: OTHER

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画像解析

詳細the 5-start helix is left handed
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: SPIDER and MRC / 詳細: see paper

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2ca5

ソフトウェア名称: BUSTER-TnT
詳細Protocol: Rigid Body. Fitted by hand and optimised using URO. Helical parameters used.
精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 50
当てはまり具合の基準: Correlation Coefficient and R_factor
得られたモデル

PDB-2v6l:
Molecular Model of a Type III Secretion System Needle

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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