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- EMDB-14149: CryoEM structure of mammalian AAP in complex with Meropenem -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14149
タイトルCryoEM structure of mammalian AAP in complex with Meropenem
マップデータ
試料
  • 複合体: Homotetramer of aclyaminoacyl-peptidase
    • タンパク質・ペプチド: Acylamino-acid-releasing enzyme
  • リガンド: (2S,3R,4S)-4-{[(3S,5S)-5-(dimethylcarbamoyl)pyrrolidin-3-yl]sulfanyl}-2-[(2S,3R)-3-hydroxy-1-oxobutan-2-yl]-3-methyl-3,4-dihydro-2H-pyrrole-5-carboxylic acid
キーワードinhibitor / complex / acylaminoacyl-peptidase / meropenem / carbapenem / acylpeptide hydrolase / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


acylaminoacyl-peptidase / omega peptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Acylamino-acid-releasing enzyme, N-terminal domain / Acylamino-acid-releasing enzyme, N-terminal domain / Prolyl endopeptidase family serine active site. / Peptidase S9, serine active site / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Acylamino-acid-releasing enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa domesticus (ブタ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Kiss-Szeman AJ / Harmat V
資金援助 ハンガリー, 5件
OrganizationGrant number国
European Regional Development FundVEKOP-2.3.2-16-2017-00014 ハンガリー
European Regional Development FundVEKOP-2.3.3-15-2017-00018 ハンガリー
Ministry of Human Capacities2018-1.2.1-NKP-2018-00005 ハンガリー
National Research Development and Innovation Office (NKFIH)Thematic Excellence Program 2019, Synth+ ハンガリー
National Research Development and Innovation Office (NKFIH)K116305 ハンガリー
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2022
タイトル: A carbapenem antibiotic inhibiting a mammalian serine protease: structure of the acylaminoacyl peptidase-meropenem complex.
著者: Anna J Kiss-Szemán / Luca Takács / Zoltán Orgován / Pál Stráner / Imre Jákli / Gitta Schlosser / Simonas Masiulis / Veronika Harmat / Dóra K Menyhárd / András Perczel /
要旨: The structure of porcine AAP (pAAP) in a covalently bound complex with meropenem was determined by cryo-EM to 2.1 Å resolution, showing the mammalian serine-protease inhibited by a carbapenem ...The structure of porcine AAP (pAAP) in a covalently bound complex with meropenem was determined by cryo-EM to 2.1 Å resolution, showing the mammalian serine-protease inhibited by a carbapenem antibiotic. AAP is a modulator of the ubiquitin-proteasome degradation system and the site of a drug-drug interaction between the widely used antipsychotic, valproate and carbapenems. The active form of pAAP - a toroidal tetramer - binds four meropenem molecules covalently linked to the catalytic Ser587 of the serine-protease triad, in an acyl-enzyme state. AAP is hindered from fully processing the antibiotic by the displacement and protonation of His707 of the catalytic triad. We show that AAP is made susceptible to the association by its unusually sheltered active pockets and flexible catalytic triads, while the carbapenems possess sufficiently small substituents on their β-lactam rings to fit into the shallow substrate-specificity pocket of the enzyme.
履歴
登録2022年1月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月16日-
マップ公開2022年11月16日-
更新2024年10月16日-
現状2024年10月16日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14149.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14149.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.96 Å/pix.
x 360 pix.
= 345.6 Å		0.96 Å/pix.
x 360 pix.
= 345.6 Å		0.96 Å/pix.
x 360 pix.
= 345.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.96 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.5
最小 - 最大-1.6614008 - 3.218018
平均 (標準偏差)0.00039692695 (±0.09741245)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 345.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Homotetramer of aclyaminoacyl-peptidase

全体名称: Homotetramer of aclyaminoacyl-peptidase
要素
  • 複合体: Homotetramer of aclyaminoacyl-peptidase
    • タンパク質・ペプチド: Acylamino-acid-releasing enzyme
  • リガンド: (2S,3R,4S)-4-{[(3S,5S)-5-(dimethylcarbamoyl)pyrrolidin-3-yl]sulfanyl}-2-[(2S,3R)-3-hydroxy-1-oxobutan-2-yl]-3-methyl-3,4-dihydro-2H-pyrrole-5-carboxylic acid

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超分子 #1: Homotetramer of aclyaminoacyl-peptidase

超分子名称: Homotetramer of aclyaminoacyl-peptidase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Sus scrofa domesticus (ブタ)

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分子 #1: Acylamino-acid-releasing enzyme

分子名称: Acylamino-acid-releasing enzyme / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa domesticus (ブタ)
分子量理論値: 81.324391 KDa
配列文字列: MERQVLLSEP EEAAALYRGL SRQPALSAAC LGPEVTTQYG GRYRTVHTEW TQRDLERMEN IRFCRQYLVF HDGDSVVFAG PAGNSVETR GELLSRESPS GTMKAVLRKA GGTGTAEEKQ FLEVWEKNRK LKSFNLSALE KHGPVYEDDC FGCLSWSHSE T HLLYVADK ...文字列:
MERQVLLSEP EEAAALYRGL SRQPALSAAC LGPEVTTQYG GRYRTVHTEW TQRDLERMEN IRFCRQYLVF HDGDSVVFAG PAGNSVETR GELLSRESPS GTMKAVLRKA GGTGTAEEKQ FLEVWEKNRK LKSFNLSALE KHGPVYEDDC FGCLSWSHSE T HLLYVADK KRPKAESFFQ TKALDVTGSD DEMARTKKPD QAIKGDQFLF YEDWGENMVS KSTPVLCVLD IESGNISVLE GV PESVSPG QAFWAPGDTG VVFVGWWHEP FRLGIRFCTN RRSALYYVDL TGGKCELLSD ESVAVTSPRL SPDQCRIVYL RFP SLVPHQ QCGQLCLYDW YTRVTSVVVD IVPRQLGEDF SGIYCSLLPL GCWSADSQRV VFDSPQRSRQ DLFAVDTQMG SVTS LTAGG SGGSWKLLTI DRDLMVVQFS TPSVPPSLKV GFLPPAGKEQ AVSWVSLEEA EPFPDISWSI RVLQPPPQQE HVQYA GLDF EAILLQPSNS PEKTQVPMVV MPHGGPHSSF VTAWMLFPAM LCKMGFAVLL VNYRGSTGFG QDSILSLPGN VGHQDV KDV QFAVEQVLQE EHFDAGRVAL MGGSHGGFLS CHLIGQYPET YSACVVRNPV INIASMMGST DIPDWCMVEA GFSYSSD CL PDLSVWAAML DKSPIKYAPQ VKTPLLLMLG QEDRRVPFKQ GMEYYRVLKA RNVPVRLLLY PKSTHALSEV EVESDSFM N AVLWLCTHLG S

UniProtKB: Acylamino-acid-releasing enzyme

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分子 #2: (2S,3R,4S)-4-{[(3S,5S)-5-(dimethylcarbamoyl)pyrrolidin-3-yl]sulfa...

分子名称: (2S,3R,4S)-4-{[(3S,5S)-5-(dimethylcarbamoyl)pyrrolidin-3-yl]sulfanyl}-2-[(2S,3R)-3-hydroxy-1-oxobutan-2-yl]-3-methyl-3,4-dihydro-2H-pyrrole-5-carboxylic acid
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: DWZ
分子量理論値: 385.478 Da
Chemical component information

ChemComp-DWZ:
(2S,3R,4S)-4-{[(3S,5S)-5-(dimethylcarbamoyl)pyrrolidin-3-yl]sulfanyl}-2-[(2S,3R)-3-hydroxy-1-oxobutan-2-yl]-3-methyl-3,4-dihydro-2H-pyrrole-5-carboxylic acid / 抗生剤*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 構成要素 - 濃度: 10.0 mM / 構成要素 - 式: C4H11NO3 / 構成要素 - 名称: TRIS
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 25 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Covalent complex with carbapenem type antibiotic Meropenem

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 11625 / 平均露光時間: 5.93 sec. / 平均電子線量: 41.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 130000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 654863
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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