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- EMDB-14134: Bovine complex I in lipid nanodisc, Deactive-ligand (composite) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14134
タイトルBovine complex I in lipid nanodisc, Deactive-ligand (composite)
マップデータComposite of 3 globally sharpened focus-refined maps generated using Phenix Combine Focused Maps
試料
  • 複合体: Mitochondrial complex I in the deactive state with a ligand bound
    • タンパク質・ペプチド: x 44種
  • リガンド: x 17種
機能・相同性
機能・相同性情報


Complex I biogenesis / Mitochondrial protein import / RHOG GTPase cycle / ubiquinone-6 biosynthetic process / Respiratory electron transport / cellular response to oxygen levels / mitochondrial large ribosomal subunit binding / gliogenesis / neural precursor cell proliferation / [2Fe-2S] cluster assembly ...Complex I biogenesis / Mitochondrial protein import / RHOG GTPase cycle / ubiquinone-6 biosynthetic process / Respiratory electron transport / cellular response to oxygen levels / mitochondrial large ribosomal subunit binding / gliogenesis / neural precursor cell proliferation / [2Fe-2S] cluster assembly / oxygen sensor activity / cellular respiration / Neutrophil degranulation / ubiquinone binding / Mitochondrial protein degradation / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / apoptotic mitochondrial changes / NADH dehydrogenase activity / mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / respiratory chain complex I / : / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / electron transport coupled proton transport / acyl binding / acyl carrier activity / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / ATP synthesis coupled electron transport / quinone binding / ATP metabolic process / response to cAMP / aerobic respiration / neurogenesis / respiratory electron transport chain / reactive oxygen species metabolic process / regulation of mitochondrial membrane potential / fatty acid binding / mitochondrial membrane / electron transport chain / brain development / regulation of protein phosphorylation / mitochondrial intermembrane space / fatty acid biosynthetic process / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / positive regulation of fibroblast proliferation / NAD binding / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / response to oxidative stress / mitochondrial inner membrane / oxidoreductase activity / mitochondrial matrix / negative regulation of DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding / protein-containing complex binding / apoptotic process / mitochondrion / nucleoplasm / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Complex1_LYR-like / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit NDUFB4 / : / NADH-ubiquinone oxidoreductase 1 subunit C1 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial / NADH:ubiquinone oxidoreductase, ESSS subunit / ESSS subunit of NADH:ubiquinone oxidoreductase (complex I) / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1, NDUB1 / MNLL subunit / NADH-ubiquinone oxidoreductase B15 subunit (NDUFB4) ...Complex1_LYR-like / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit NDUFB4 / : / NADH-ubiquinone oxidoreductase 1 subunit C1 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial / NADH:ubiquinone oxidoreductase, ESSS subunit / ESSS subunit of NADH:ubiquinone oxidoreductase (complex I) / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1, NDUB1 / MNLL subunit / NADH-ubiquinone oxidoreductase B15 subunit (NDUFB4) / NADH-ubiquinone oxidoreductase flavoprotein 3 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial / Tim17/Tim22/Tim23/Pmp24 family / NADH-ubiquinone oxidoreductase, subunit 10 / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit 10 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, metazoa / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, animal type / NADH dehydrogenase 1 beta subcomplex subunit 2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2, NDUC2 / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit b14.5b (NDUFC2) / NADH dehydrogenase 1, beta subcomplex, subunit 6 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFB6/B17 subunit / : / NADH:ubiquinone oxidoreductase chain 4, N-terminal / NADH:ubiquinone oxidoreductase, chain 2 / NADH dehydrogenase subunit 2, C-terminal / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFB5/SGDH subunit / : / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4, amino terminus / NADH dehydrogenase subunit 2 C-terminus / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFB5/SGDH subunit / : / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex subunit 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase MWFE subunit / NADH-ubiquinone oxidoreductase NDSU1/NuoG-like, 4Fe-4S domain / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8 / NADH-ubiquinone oxidoreductase ASHI subunit (CI-ASHI or NDUFB8) / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7 / NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B14.5a (Complex I-B14.5a) / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3 / NADH dehydrogenase 1 alpha subcomplex subunit 3 / Zinc finger, CHCC-type / Zinc-finger domain / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11 / NADH dehydrogenase subunit 5, C-terminal / NADH dehydrogenase subunit 5 C-terminus / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B12 subunit family / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFS5-15kDa / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7, NDUB7 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B18 subunit (NDUFB7) / GRIM-19 / GRIM-19 protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / NDUFB9, LYR domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase, iron-sulphur subunit 5 / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6, subunit NuoJ / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 6 / NDUFA6, LYR domain / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4-like superfamily / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 2 / Deoxynucleoside kinase domain / Deoxynucleoside kinase / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5 / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4, mitochondrial / ETC complex I subunit conserved region / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / NADH ubiquinone oxidoreductase subunit NDUFA12 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 6 / NADH-quinone oxidoreductase, chain G, C-terminal / : / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit G, C-terminal / NADH-quinone oxidoreductase subunit 3, ferredoxin-like domain / SLBB domain / : / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 8 / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6 / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 20 Kd subunit signature. / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / NADH-quinone oxidoreductase, chain I / NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5 subgroup / NADH-quinone oxidoreductase, chain M/4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/K / Complex 1 LYR protein domain / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminal / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminus / Complex 1 protein (LYR family) / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit D/H / NADH-quinone oxidoreductase, chain 5-like / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 49kDa subunit, conserved site / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/Mnh complex subunit C1-like / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 4L / Respiratory chain NADH dehydrogenase 49 Kd subunit signature. / : / NADH-quinone oxidoreductase, subunit D / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G
類似検索 - ドメイン・相同性
NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2, mitochondrial ...NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 4 / Acyl carrier protein, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 6 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 5, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 11, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ) / cattle (ウシ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Chung I / Bridges HR / Hirst J
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UU_00015/2 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structures define ubiquinone-10 binding to mitochondrial complex I and conformational transitions accompanying Q-site occupancy.
著者: Injae Chung / John J Wright / Hannah R Bridges / Bozhidar S Ivanov / Olivier Biner / Caroline S Pereira / Guilherme M Arantes / Judy Hirst /
要旨: Mitochondrial complex I is a central metabolic enzyme that uses the reducing potential of NADH to reduce ubiquinone-10 (Q) and drive four protons across the inner mitochondrial membrane, powering ...Mitochondrial complex I is a central metabolic enzyme that uses the reducing potential of NADH to reduce ubiquinone-10 (Q) and drive four protons across the inner mitochondrial membrane, powering oxidative phosphorylation. Although many complex I structures are now available, the mechanisms of Q reduction and energy transduction remain controversial. Here, we reconstitute mammalian complex I into phospholipid nanodiscs with exogenous Q. Using cryo-EM, we reveal a Q molecule occupying the full length of the Q-binding site in the 'active' (ready-to-go) resting state together with a matching substrate-free structure, and apply molecular dynamics simulations to propose how the charge states of key residues influence the Q binding pose. By comparing ligand-bound and ligand-free forms of the 'deactive' resting state (that require reactivating to catalyse), we begin to define how substrate binding restructures the deactive Q-binding site, providing insights into its physiological and mechanistic relevance.
履歴
登録2022年1月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年5月25日-
マップ公開2022年5月25日-
更新2022年9月28日-
現状2022年9月28日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14134.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14134.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1000 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Composite of 3 globally sharpened focus-refined maps generated using Phenix Combine Focused Maps
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.75 Å/pix.
x 640 pix.
= 479.744 Å		0.75 Å/pix.
x 640 pix.
= 479.744 Å		0.75 Å/pix.
x 640 pix.
= 479.744 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.7496 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 5.5
最小 - 最大-19.322933 - 47.074524
平均 (標準偏差)0.008298433 (±1.0859311)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ640640640
Spacing640640640
セルA=B=C: 479.744 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Mitochondrial complex I in the deactive state with a ligand bound

全体名称: Mitochondrial complex I in the deactive state with a ligand bound
要素
  • 複合体: Mitochondrial complex I in the deactive state with a ligand bound
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Acyl carrier protein, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 11, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 5, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 6
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial
  • リガンド: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
  • リガンド: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
  • リガンド: FLAVIN MONONUCLEOTIDE
  • リガンド: POTASSIUM ION
  • リガンド: GLYCEROL
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: CARDIOLIPIN
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: ~{S}-[2-[3-[[(2~{R})-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-4-phosphonooxy-butanoyl]amino]propanoylamino]ethyl] (3~{S})-3-oxidanyltetradecanethioate
  • リガンド: CHOLIC ACID
  • リガンド: MYRISTIC ACID
  • リガンド: water

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超分子 #1: Mitochondrial complex I in the deactive state with a ligand bound

超分子名称: Mitochondrial complex I in the deactive state with a ligand bound
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#44
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 組織: Heart / Organelle: Mitochondria
分子量実験値: 1 MDa

+
分子 #1: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: cattle (ウシ) / 組織: HEART
分子量理論値: 13.086531 KDa
配列文字列:
(FME)NLMLALLTN FTLATLLVII AFWLPQLNVY SEKTSPYECG FDPMGSARLP FSMKFFLVAI TFLLFDLEIA LLLPLP WAS QTANLNTMLT MALFLIILLA VSLAYEWTQK GLEWTE

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分子 #2: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: cattle (ウシ) / 組織: HEART
分子量理論値: 23.802926 KDa
配列文字列: MAALAALRLL HPILAVRSGV GAALQVRGVH SSMAADSPSS TQPAVSQARA VVPKPAALPS SRGEYVVAKL DDLINWARRS SLWPMTFGL ACCAVEMMHM AAPRYDMDRF GVVFRASPRQ SDVMIVAGTL TNKMAPALRK VYDQMPEPRY VVSMGSCANG G GYYHYSYS ...文字列:
MAALAALRLL HPILAVRSGV GAALQVRGVH SSMAADSPSS TQPAVSQARA VVPKPAALPS SRGEYVVAKL DDLINWARRS SLWPMTFGL ACCAVEMMHM AAPRYDMDRF GVVFRASPRQ SDVMIVAGTL TNKMAPALRK VYDQMPEPRY VVSMGSCANG G GYYHYSYS VVRGCDRIVP VDIYVPGCPP TAEALLYGIL QLQKKIKREK RLRIWYRR

+
分子 #3: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3, mitochondrial

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: cattle (ウシ) / 組織: HEART
分子量理論値: 30.323445 KDa
配列文字列: MAAAVAAAAR GCWQRLVGSA APARVAGRPS VLLLPVRRES SAADTRPTVR PRNDVAHKQL SAFGEYVAEI LPKYVQQVQV SCFNELEIC IHPDGVIPVL TFLRDHSNAQ FKSLADLTAV DIPTRQNRFE IVYNLLSLRF NSRIRVKTYT DELTPIESSV P VYKAANWY ...文字列:
MAAAVAAAAR GCWQRLVGSA APARVAGRPS VLLLPVRRES SAADTRPTVR PRNDVAHKQL SAFGEYVAEI LPKYVQQVQV SCFNELEIC IHPDGVIPVL TFLRDHSNAQ FKSLADLTAV DIPTRQNRFE IVYNLLSLRF NSRIRVKTYT DELTPIESSV P VYKAANWY EREIWDMFGV FFANHPDLRR ILTDYGFEGH PFRKDFPLSG YVELRYDDEV KRVVAEPVEL AQEFRKFDLN SP WEAFPAY RQPPESLKLE AGDTKPEAK

+
分子 #4: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2, mitochondrial

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: cattle (ウシ) / 組織: HEART
分子量理論値: 52.678547 KDa
配列文字列: MAALRALCRL RGAAAQVLRP GAGVRLPIQP SRGARQWQPD VEWAEQYGGA VMYPTKETAH WKPPPWNDVD PPKDTLVSNL TLNFGPQHP AAHGVLRLVM ELSGEMVRKC DPHIGLLH(2MR)G TEKLIEYKTY LQALPYFDRL DYVSMMCNEQ AYSLAVE KL ...文字列:
MAALRALCRL RGAAAQVLRP GAGVRLPIQP SRGARQWQPD VEWAEQYGGA VMYPTKETAH WKPPPWNDVD PPKDTLVSNL TLNFGPQHP AAHGVLRLVM ELSGEMVRKC DPHIGLLH(2MR)G TEKLIEYKTY LQALPYFDRL DYVSMMCNEQ AYSLAVE KL LNIRPPPRAQ WIRVLFGEIT RLLNHIMAVT THALDIGAMT PFFWMFEERE KMFEFYERVS GARMHAAYVR PGGVHQDL P LGLMDDIYEF SKNFSLRIDE LEEMLTNNRI WRNRTVDIGI VTAEDALNYG FSGVMLRGSG IQWDLRKTQP YDVYDQVEF DVPIGSRGDC YDRYLCRVEE MRQSIRIISQ CLNKMPPGEI KVDDAKVSPP KRAEMKTSME SLIHHFKLYT EGYQVPPGAT YTAIEAPKG EFGVYLVSDG SSRPYRCKIK APGFAHLAGL DKMSKGHMLA DVVAIIGTQD IVFGEVDR

+
分子 #5: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: cattle (ウシ) / 組織: HEART
分子量理論値: 27.341496 KDa
配列文字列: MFLSAALRAR AAGLAAHWGK HIRNLHKTAV QNGAGGALFV HRDTPENNPE TPFDFTPENY KRIEAIVKNY PEGHKAAAVL PVLDLAQRQ NGWLPISAMN KVAEILQVPP MRVYEVATFY TMYNRKPVGK YHIQVCTTTP CMLRNSDSIL EAIQKKLGIK V GETTPDKL ...文字列:
MFLSAALRAR AAGLAAHWGK HIRNLHKTAV QNGAGGALFV HRDTPENNPE TPFDFTPENY KRIEAIVKNY PEGHKAAAVL PVLDLAQRQ NGWLPISAMN KVAEILQVPP MRVYEVATFY TMYNRKPVGK YHIQVCTTTP CMLRNSDSIL EAIQKKLGIK V GETTPDKL FTLIEVECLG ACVNAPMVQI NDNYYEDLTP KDIEEIIDEL KAGKIPKPGP RSGRFSCEPA GGLTSLTEPP KG PGFGVQA GL

+
分子 #6: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: cattle (ウシ) / 組織: HEART
分子量理論値: 50.718777 KDa
配列文字列: MLAARRLLGG SLPARVSVRF SGDTTAPKKT SFGSLKDEDR IFTNLYGRHD WRLKGAQSRG DWYKTKEILL KGPDWILGEV KTSGLRGRG GAGFPTGLKW SFMNKPSDGR PKYLVVNADE GEPGTCKDRE IIRHDPHKLV EGCLVGGRAM GARAAYIYIR G EFYNEASN ...文字列:
MLAARRLLGG SLPARVSVRF SGDTTAPKKT SFGSLKDEDR IFTNLYGRHD WRLKGAQSRG DWYKTKEILL KGPDWILGEV KTSGLRGRG GAGFPTGLKW SFMNKPSDGR PKYLVVNADE GEPGTCKDRE IIRHDPHKLV EGCLVGGRAM GARAAYIYIR G EFYNEASN LQVAIREAYE AGLIGKNACG SGYDFDVFVV RGAGAYICGE ETALIESIEG KQGKPRLKPP FPADVGVFGC PT TVANVET VAVSPTICRR GGAWFASFGR ERNSGTKLFN ISGHVNNPCT VEEEMSVPLK ELIEKHAGGV TGGWDNLLAV IPG GSSTPL IPKSVCETVL MDFDALIQAQ TGLGTAAVIV MDRSTDIVKA IARLIEFYKH ESCGQCTPCR EGVDWMNKVM ARFV RGDAR PAEIDSLWEI SKQIEGHTIC ALGDGAAWPV QGLIRHFRPE LEERMQQFAQ QHQARQAAF

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分子 #7: NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: cattle (ウシ) / 組織: HEART
分子量理論値: 79.532219 KDa
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MLRIPVRKAL VGLSKSSKGC VRTTATAASN LIEVFVDGQS VMVEPGTTVL QACEKVGMQI PRFCYHERLS VAGNCRMCLV EIEKAPKVV AACAMPVMKG WNILTNSEKT KKAREGVMEF LLANHPLDCP ICDQGGECDL QDQSMMFGSD RSRFLEGKRA V EDKNIGPL VKTIMTRCIQ CTRCIRFASE IAGVDDLGTT GRGNDMQVGT YIEKMFMSEL SGNIIDICPV GALTSKPYAF TA RPWETRK TESIDVMDAV GSNIVVSTRT GEVMRILPRM HEDINEEWIS DKTRFAYDGL KRQRLTEPMV RNEKGLLTHT TWE DALSRV AGMLQSFQGN DVAAIAGGLV DAEALIALKD LLNRVDSDTL CTEEVFPTAG AGTDLRSNYL LNTTIAGVEE ADVV LLVGT NPRFEAPLFN ARIRKSWLHN DLKVALIGSP VDLTYRYDHL GDSPKILQDI ASGSHPFSQV LQEAKKPMVI LGSSA LQRN DGAAILAAVS NIAQKIRTSS GVTGDWKVMN ILHRIASQVA ALDLGYKPGV EAIQKNPPKM LFLLGADGGC ITRQDL PKD CFIVYQGHHG DVGAPIADVI LPGAAYTEKS ATYVNTEGRA QQTKVAVTPP GLAREDWKII RALSEIAGMT LPYDTLD QV RNRLEEVSPN LVRYDDVEGA NYFQQASELS KLVNQQLLAD PLVPPQLTIK DFYMTDSISR ASQTMAKCVK AVTEGAHA V EEPSIC

+
分子 #8: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / 詳細: Uniprot accession code: P03887 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: cattle (ウシ) / 組織: HEART
分子量理論値: 35.716785 KDa
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(FME)FMINILMLI IPILLAVAFL TLVERKVLGY MQLRKGPNVV GPYGLLQPIA DAIKLFIKEP LRPATSSASM FILAPI MAL GLALTMWIPL PMPYPLINMN LGVLFMLAMS SLAVYSILWS GWASNSKYAL IGALRAVAQT ISYEVTLAII LLSVLLM SG SFTLSTLITT QEQMWLILPA WPLAMMWFIS TLAETNRAPF DLTEGESELV SGFNVEYAAG PFALFFMAEY ANIIMMNI F TAILFLGTSH NPHMPELYTI NFTIKSLLLT MSFLWIRASY PRFRYDQLMH LLWKNFLPLT LALCMWHVSL PILTSGIPP QT

+
分子 #9: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8, mitochondrial

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / 詳細: Uniprot accession code: P42028 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: cattle (ウシ) / 組織: HEART
分子量理論値: 23.9264 KDa
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MRCLTMPMLL RALAQAQAAR AGHASVRGLH SSAVAATYKY VNLREPSMDM KSVTDRAAQT LLWTELIRGL GMTLSYLFRE PATINYPFE KGPLSPRFRG EHALRRYPSG EERCIACKLC EAVCPAQAIT IEAEPRADGS RRTTRYDIDM TKCIYCGFCQ E ACPVDAIV EGPNFEFSTE THEELLYNKE KLLNNGDKWE AEIAANIQAD YLYR

+
分子 #10: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / 詳細: Uniprot accession code: P03924 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: cattle (ウシ) / 組織: HEART
分子量理論値: 19.110488 KDa
配列文字列:
(FME)MLYIVFILS VIFVMGFVGF SSKPSPIYGG LGLIVSGGVG CGIVLNFGGS FLGLMVFLIY LGGMMVVFGY TTAMAT EQY PEIWLSNKAV LGAFVTGLLM EFFMVYYVLK DKEVEVVFEF NGLGDWVIYD TGDSGFFSEE AMGIAALYSY GTWLVIV TG WSLLIGVVVI MEITRGN

+
分子 #11: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / 詳細: Uniprot accession code: P03902 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: cattle (ウシ) / 組織: HEART
分子量理論値: 10.828195 KDa
配列文字列:
(FME)SMVYMNIMM AFTVSLVGLL MYRSHLMSSL LCLEGMMLSL FVMAALTILN SHFTLASMMP IILLVFAACE AALGLS LLV MVSNTYGTDY VQNLNLLQC

+
分子 #12: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / 詳細: Uniprot accession code: P03920 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: cattle (ウシ) / 組織: HEART
分子量理論値: 68.35593 KDa
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(FME)NMFSSLSLV TLLLLTMPIM MMSFNTYKPS NYPLYVKTAI SYAFITSMIP TMMFIHSGQE LIISNWHWLT IQTLKL SLS FKMDYFSMMF IPVALFVTWS IMEFSMWYMY SDPNINKFFK YLLLFLITML ILVTANNLFQ LFIGWEGVGI MSFLLIG WW YGRADANTAA LQAILYNRIG DIGFILAMAW FLTNLNTWDL QQIFMLNPSD SNMPLIGLAL AATGKSAQFG LHPWLPSA M EGPTPVSALL HSSTMVVAGI FLLIRFYPLT ENNKYIQSIT LCLGAITTLF TAMCALTQND IKKIIAFSTS SQLGLMMVT IGINQPYLAF LHICTHAFFK AMLFMCSGSI IHSLNDEQDI RKMGGLFKAM PFTTTALIVG SLALTGMPFL TGFYSKDLII EAANTSYTN AWALLMTLIA TSFTAIYSTR IIFFALLGQP RFPTLVNINE NNPLLINSIK RLLIGSLFAG YIISNNIPPT T IPQMTMPY YLKTTALIVT ILGFILALEI SNMTKNLKYH YPSNAFKFST LLGYFPTIMH RLAPYMNLSM SQKSASSLLD LI WLEAILP KTISLAQMKA STLVTNQKGL IKLYFLSFLI TILISMILFN FHE

+
分子 #13: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / 詳細: Uniprot accession code: P03910 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: cattle (ウシ) / 組織: HEART
分子量理論値: 52.158758 KDa
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(FME)LKYIIPTIM LMPLTWLSKN NMIWVNSTAH SLLISFTSLL LMNQFGDNSL NFSLLFFSDS LSTPLLILTM WLLPLM LMA SQHHLSKENL TRKKLFITML ISLQLFLIMT FTAMELILFY ILFEATLVPT LIIITRWGNQ TERLNAGLYF LFYTLAG SL PLLVALIYIQ NTVGSLNFLM LQYWVQPVHN SWSNVFMWLA CMMAFMVKMP LYGLHLWLPK AHVEAPIAGS MVLAAVLL K LGGYGMLRIT LILNPMTDFM AYPFIMLSLW GMIMTSSICL RQTDLKSLIA YSSVSHMALV IVAILIQTPW SYMGATALM IAHGLTSSML FCLANSNYER IHSRTMILAR GLQTLLPLMA TWWLLASLTN LALPPTINLI GELFVVMSTF SWSNITIILM GVNMVITAL YSLYMLIMTQ RGKYTYHINN ISPSFTRENA LMSLHILPLL LLTLNPKIIL GPLY

+
分子 #14: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / 詳細: Uniprot accession code: P03892 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: cattle (ウシ) / 組織: HEART
分子量理論値: 39.302941 KDa
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(FME)NPIIFIIIL LTIMLGTIIV MISSHWLLVW IGFEMNMLAI IPIMMKNHNP RATEASTKYF LTQSTASMLL MMAVII NLM FSGQWTVMKL FNPMASMLMT MALAMKLGMA PFHFWVPEVT QGIPLSSGLI LLTWQKLAPM SVLYQIFPSI NLNLILT LS VLSILIGGWG GLNQTQLRKI MAYSSIAHMG WMTAVLPYNP TMTLLNLIIY IIMTSTMFTM FMANSTTTTL SLSHTWNK T PIMTVLILAT LLSMGGLPPL SGFMPKWMII QEMTKNNSII LPTFMAITAL LNLYFYMRLT YSTTLTMFPS TNNMKMKWQ FPLMKKMTFL PTMVVLSTMM LPLTPMLSVL E

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分子 #15: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mi...

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / 詳細: Uniprot accession code: P34942 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: cattle (ウシ) / 組織: HEART
分子量理論値: 39.330984 KDa
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MALRLLRLVP PRVGGIHTSV QFKLQYGPLA YILGEKATKK MTEKSKLITV DGNICSGKSK LAKEIAEKLG LKHFPEAGIH YVDSTTGDG KPLPVQFSGN CSLEKFYDDP KSNDGNSYRL QAWLYASRLL QYADALEHLL STGQGVVLER SIYSDFVFLE A MYRQGFIR KQCVDHYNQV KKVTICEYLP PHVVVYVDVP VPEVQSRIQK KGNPHEMKIT SAYLQDIENA YKGTFLPEMS EK CEVLQYS AWEAQDAEKV VEDIEYLKYD KGPWLDQNDR KLHKLRMLVQ DKLEVLNYTS IPVFLPEVTV GAHQSDQVFQ EFT ELPGRK YRAGYNEDVG DKWIWLK

+
分子 #16: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mit...

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / 詳細: Uniprot accession code: P34943 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: cattle (ウシ) / 組織: HEART
分子量理論値: 42.91343 KDa
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MAAAVHPRVV RVLPMSRSSV PALAASVFHS PPQRQLHHAV IPHGKGGRSS VSGIVATVFG ATGFLGRYVV NHLGRMGSQV IVPHRCEPY DTMHLRPMGD LGQIIFMDWN GRDKDSIRRA VEHSSVVINL VGREWETQNF DFEDVFVKIP QAIAQVSKEA G VEKFIHIS HLNADIKSSS KYLRSKAVGE KEVRETFPEA TIIKPAEIFG REDRFLNYFA NIRWFGGVPL ISLGKKTVKQ PV YIVDVTK GIINAIKDPD ARGKTFAFVG PSRYLLFDLV QYVFAVAHRP FLPYPLPHFA YRWIGRLFEI SPFEPWTTRD KVE RIHTTD KILPHLPGLE DLGVEATPLE LKAIEVLRRH RTYRWLSSEI EDVQPAKTIP TSGP

+
分子 #17: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / 詳細: Uniprot accession code: Q02375 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: cattle (ウシ) / 組織: HEART
分子量理論値: 19.841555 KDa
配列文字列:
MAAVSMSVAL RQALWGRRVA TVAAVSVSKV STRSLSTSTW RLAQDQTRDT QLITVDEKLD ITTITGVPEE HIKTRKARIF VPARNNMQS GVNNTKKWKM EFDTRERWEN PLMGWASTAD PLSNLVLTFS TKEDAVAFAE KNGWSYDVEE RKVPKPKSKS Y GANFSWNK RTRVSTK

+
分子 #18: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / 詳細: Uniprot accession code: P23934 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: cattle (ウシ) / 組織: HEART
分子量理論値: 13.433194 KDa
配列文字列:
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+
分子 #19: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / 詳細: Uniprot accession code: Q02370 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: cattle (ウシ) / 組織: HEART
分子量理論値: 11.097824 KDa
配列文字列:
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+
分子 #20: Acyl carrier protein, mitochondrial

分子名称: Acyl carrier protein, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / 詳細: Uniprot accession code: P52505 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: cattle (ウシ) / 組織: HEART
分子量理論値: 17.42134 KDa
配列文字列:
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+
分子 #21: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5
タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / 詳細: Uniprot accession code: P23935 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: cattle (ウシ) / 組織: HEART
分子量理論値: 13.334608 KDa
配列文字列:
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+
分子 #22: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6
タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / 詳細: Uniprot accession code: Q02366 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: cattle (ウシ) / 組織: HEART
分子量理論値: 15.083544 KDa
配列文字列:
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+
分子 #23: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8
タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / 詳細: Uniprot accession code: P42029 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: cattle (ウシ) / 組織: HEART
分子量理論値: 20.124133 KDa
配列文字列:
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+
分子 #24: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11
タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / 詳細: Uniprot accession code: Q8HXG6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: cattle (ウシ) / 組織: HEART
分子量理論値: 14.814058 KDa
配列文字列:
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+
分子 #25: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13
タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / 詳細: Uniprot accession code: Q95KV7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: cattle (ウシ) / 組織: HEART
分子量理論値: 16.694395 KDa
配列文字列:
MAASKVKQDM PPVGGYGPID YKRNLPRRGL SGYSMFAVGI GALLFGYWSM MKWNRERRRL QIEDFEARIA LMPLLQAEKD RRVLQMLRE NLEEEATVMK DVPGWKVGES VFHTTRWVTP MMGELYGLRA SEEVLSATYG FIWYT

+
分子 #26: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / 詳細: Uniprot accession code: Q02377 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: cattle (ウシ) / 組織: HEART
分子量理論値: 8.117445 KDa
配列文字列:
MWFEVLPGIA VMGVCLFIPG MATARIHRFS NGGKEKRVAH YPYQWYLMER DRRVSGVNRS YVSKGLENID

+
分子 #27: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / 詳細: Uniprot accession code: Q02371 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: cattle (ウシ) / 組織: HEART
分子量理論値: 9.35785 KDa
配列文字列:
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+
分子 #28: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / 詳細: Uniprot accession code: Q02376 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: cattle (ウシ) / 組織: HEART
分子量理論値: 8.796211 KDa
配列文字列:
MAPSALLRPF WKLLAPARFP SVSSSRSKFY IQEPPHGSPN WLKVGLTLGT SVFLWIYLIK QHNEDVLEYK RRNGLE

+
分子 #29: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / 詳細: Uniprot accession code: Q02827 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: cattle (ウシ) / 組織: HEART
分子量理論値: 14.159332 KDa
配列文字列:
(AME)MTGRQGRAT FQFLPDEARS LPPPKLTDPR LAFVGFLGYC SGLIDNAIRR RPVLLAGLHR QLLYITSFVF VGYYLL KRQ DYMYAVRDHD MFSYIKSHPE DFPEKDKKTY GEVFEEFHPV R

+
分子 #30: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5
タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / 詳細: Uniprot accession code: Q02379 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: cattle (ウシ) / 組織: HEART
分子量理論値: 12.694671 KDa
配列文字列:
MPFFDVQKRL GVDLDRWMTI QSAEQPHKIP SRCHAFEKEW IECAHGIGSI RAEKECKIEF EDFRECLLRQ KTMKRLHAIR RQREKLIKE GKYTPPPHHS GQEEPRS

+
分子 #31: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / 詳細: Uniprot accession code: Q02378 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: cattle (ウシ) / 組織: HEART
分子量理論値: 6.978148 KDa
配列文字列:
MNLLQVVRDH WVHVLVPMGF VFGYYLDRKN DEKLTAFRNK SLLYKRELKP NEEVTWK

+
分子 #32: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 11, mit...

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 11, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / 詳細: Uniprot accession code: Q8HXG5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: cattle (ウシ) / 組織: HEART
分子量理論値: 17.594945 KDa
配列文字列:
MAARMLGLCG RRLLAVAATR GLPAARVRWE SSSSRAVIAP STLAGKRPSE PTLRWQEDPE PEDENLYEKN PDSHGYDKDP AVDIWNMRV VFFFGFSIVL VLGSTFVAYL PDYRMQEWAR REAERLVKYR EAHGLPIMES NCFDPSKIQL PEDED

+
分子 #33: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 5, mito...

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 5, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / 詳細: Uniprot accession code: Q02380 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: cattle (ウシ) / 組織: HEART
分子量理論値: 21.624135 KDa
配列文字列: MAAMSLLHRA SVSAVAALSG RRLGTRLGFG GFLTRDFPKT VAPVRHSGDH GKRLFIIKPS GFYDKRFLKL LRFYILLTGI PVAIGITLI NVFIGEAELA EIPEGYVPEH WEYFKHPISR WIARTFFDGP EKNYERTMAI LQIEAEKAEL RLKELEVRRL M RARGDGPW ...文字列:
MAAMSLLHRA SVSAVAALSG RRLGTRLGFG GFLTRDFPKT VAPVRHSGDH GKRLFIIKPS GFYDKRFLKL LRFYILLTGI PVAIGITLI NVFIGEAELA EIPEGYVPEH WEYFKHPISR WIARTFFDGP EKNYERTMAI LQIEAEKAEL RLKELEVRRL M RARGDGPW FHYPTIDKEL IDHSPKATPD N

+
分子 #34: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 6

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 6
タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / 詳細: Uniprot accession code: Q02367 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: cattle (ウシ) / 組織: HEART
分子量理論値: 15.460927 KDa
配列文字列:
(SAC)GYTPEEKLR LQQLRELRRR WLKDQELSPR EPVLPPQRVS PVERFWNKFL QDGALWKNVI YKTYRHSIFA FTHVLI PVW IIHYYLKYHV TTKPYTIVEK KPRIFPGDTI LETGEVIPPM KEFPDQHH

+
分子 #35: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, mito...

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / 詳細: Uniprot accession code: Q02374 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: cattle (ウシ) / 組織: HEART
分子量理論値: 12.298858 KDa
配列文字列:
MAGMSALKRL APFAHVGGHL FRGRCARAAG ARGVRRAGGG AHIEPRYRQF PQLTRSQVIQ AEFFSATMWF WILWRFWHDS DAVLGHFPY PDPSQWTDEE LGIPPDDED

+
分子 #36: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / 詳細: Uniprot accession code: Q02365 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: cattle (ウシ) / 組織: HEART
分子量理論値: 11.160705 KDa
配列文字列:
MAHGHGHEHG PSKMELPDYK QWKIEGTPLE TVQEKLAARG LRDPWGRNEA WRYMGGFANN VSFVGALLKG FKWGFAAFVV AIGAEYYLE SQKKDKKHH

+
分子 #37: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mito...

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / 詳細: Uniprot accession code: Q02372 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: cattle (ウシ) / 組織: HEART
分子量理論値: 21.678459 KDa
配列文字列:
MAAARAGVLG VRWLQKAARN VVPLGARTAS HITKDMLPGP YPKTPEERAA AAKKYNMRVE DYEPYPDDGT GYGDYPKLPD RSQQERDPW YDWDHPDLRL NWGEPMHWDL DMYIRNRVDT SPTPVNWNLM CKHLFGFVAF MLFMFWVGET YPAYQPVGPK Q YPYNNLYL ERGGDPNKEP EPVVHYEI

+
分子 #38: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 4

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 4
タイプ: protein_or_peptide / ID: 38 / 詳細: Uniprot accession code: P48305 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: cattle (ウシ) / 組織: HEART
分子量理論値: 15.20626 KDa
配列文字列:
MSFPKYEASR LSSLPTTLDP AEYDISSETR KAQAERLAIR SRLKREYQLQ YYDPSRRGVI EDPALVRWTY ARSANIYPNF RPNTKTSLL GALFGIGPLV FWYYVFKTDR DRKEKLIQEG KLDRTFNISY

+
分子 #39: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9
タイプ: protein_or_peptide / ID: 39 / 詳細: Uniprot accession code: Q02369 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: cattle (ウシ) / 組織: HEART
分子量理論値: 21.827889 KDa
配列文字列:
MAFLSSGAYL THQQKVLRLY KRALRHLESW CIHRDKYRYF ACLLRARFDE HKNEKDMVKA TQLLREAEEE FWHGQHPQPY IFPESPGGT SYERYECYKV PEWCLDDWHP SEKAMYPDYF AKREQWKKLR RESWEREVKQ LQEETPVGGP RTEALPPARK Q GDLPPLWW HIVTRPRERP M

+
分子 #40: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7
タイプ: protein_or_peptide / ID: 40 / 詳細: Uniprot accession code: Q02368 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: cattle (ウシ) / 組織: HEART
分子量理論値: 16.428846 KDa
配列文字列:
MGAHLARRYL GDASVEPDPL RMPTFPPDYG FPERKEREMV ATQQEMNDAQ LVLQQRDYCA HYLIRFLKCK RDSFPNFLAC KHERHDWDY CEHLDYVKRM KEFERERRLL QRKKRREQRE ADMAKGLGPG EVAPEVAL

+
分子 #41: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10
タイプ: protein_or_peptide / ID: 41 / 詳細: Uniprot accession code: Q02373 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: cattle (ウシ) / 組織: HEART
分子量理論値: 21.0009 KDa
配列文字列:
MPDSWDKDVY PEPPRRTPAP SPQTSLPNPI TYLTKAFDLL VDRPVTLVRE FIERQHAKNK YYYYHREFRR VPDITECQEK DVLCMFEAE MQWRRDYKVD QEIVNIIQER LKACQQREGE SHRQNCAKEL EQFTQVVKAY QDRYHDLGAH YSARKCLAKQ K QRMLAERK AAKEAAAA

+
分子 #42: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12
タイプ: protein_or_peptide / ID: 42 / 詳細: Uniprot accession code: O97725 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: cattle (ウシ) / 組織: HEART
分子量理論値: 17.115508 KDa
配列文字列:
MELLQVLKRG LQQVSGHGGL RGYLRVLFRA NDVRVGTLVG EDKYGNKYYE DNKQFFGRHR WVIYTTEMNG KNTFWDVDGS MVPPEWHRW LHCMTDDPPT VKPPTARKFI WTNHKFNLSG TPQQYVPYST TRKKIQEWVP PSTPYK

+
分子 #43: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7
タイプ: protein_or_peptide / ID: 43 / 詳細: Uniprot accession code: Q05752 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: cattle (ウシ) / 組織: HEART
分子量理論値: 12.73762 KDa
配列文字列:
M(AYA)SATRFIQW LRNWASGRDL QAKLQLRYQE ISKRTQPPPK LPVGPSHKLS NNYYCTRDGR REAMPPSIVM SSQKVL VAG KPAESSAVAA SEKKAVSPAP PIKRWELSQD EPYL

+
分子 #44: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 44 / 詳細: Uniprot accession code: P25712 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: cattle (ウシ) / 組織: HEART
分子量理論値: 11.874492 KDa
配列文字列:
MAASLLLRQG RAGALKTVLL EAGVFRGVAP AVSLSAESGK NEKGLPPNPK KQSPPKKPVS AAPTEPFDNT TYKNLQHHDY STYTFLDLN LDLSKFRMPQ PSSGRESPRH

+
分子 #45: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine

分子名称: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 45 / コピー数: 29 / 式: 3PE
分子量理論値: 748.065 Da
Chemical component information

ChemComp-3PE:
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / DSPE / リン脂質*YM

+
分子 #46: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 46 / コピー数: 7 / 式: PC1
分子量理論値: 790.145 Da
Chemical component information

ChemComp-PC1:
1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / リン脂質*YM

+
分子 #47: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 47 / コピー数: 6 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

+
分子 #48: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

分子名称: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 48 / コピー数: 2 / 式: FES
分子量理論値: 175.82 Da
Chemical component information

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

+
分子 #49: FLAVIN MONONUCLEOTIDE

分子名称: FLAVIN MONONUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 49 / コピー数: 1 / 式: FMN
分子量理論値: 456.344 Da
Chemical component information

ChemComp-FMN:
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / FMN

+
分子 #50: POTASSIUM ION

分子名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 50 / コピー数: 1 / 式: K
分子量理論値: 39.098 Da

+
分子 #51: GLYCEROL

分子名称: GLYCEROL / タイプ: ligand / ID: 51 / コピー数: 1 / 式: GOL
分子量理論値: 92.094 Da
Chemical component information

ChemComp-GOL:
GLYCEROL / グリセロ-ル

+
分子 #52: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 52 / コピー数: 1 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

+
分子 #53: CARDIOLIPIN

分子名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 53 / コピー数: 6 / 式: CDL
分子量理論値: 1.464043 KDa
Chemical component information

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

+
分子 #54: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 54 / コピー数: 1 / 式: GTP
分子量理論値: 523.18 Da
Chemical component information

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #55: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 55 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #56: NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE

分子名称: NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
タイプ: ligand / ID: 56 / コピー数: 1 / 式: NDP
分子量理論値: 745.421 Da
Chemical component information

ChemComp-NDP:
NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH

+
分子 #57: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 57 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #58: ~{S}-[2-[3-[[(2~{R})-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-4-phosphonooxy-butan...

分子名称: ~{S}-[2-[3-[[(2~{R})-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-4-phosphonooxy-butanoyl]amino]propanoylamino]ethyl] (3~{S})-3-oxidanyltetradecanethioate
タイプ: ligand / ID: 58 / コピー数: 2 / 式: EHZ
分子量理論値: 584.703 Da
Chemical component information

ChemComp-EHZ:
~{S}-[2-[3-[[(2~{R})-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-4-phosphonooxy-butanoyl]amino]propanoylamino]ethyl] (3~{S})-3-oxidanyltetradecanethioate

+
分子 #59: CHOLIC ACID

分子名称: CHOLIC ACID / タイプ: ligand / ID: 59 / コピー数: 1 / 式: CHD
分子量理論値: 408.571 Da
Chemical component information

ChemComp-CHD:
CHOLIC ACID / コ-ル酸

+
分子 #60: MYRISTIC ACID

分子名称: MYRISTIC ACID / タイプ: ligand / ID: 60 / コピー数: 1 / 式: MYR
分子量理論値: 228.371 Da
Chemical component information

ChemComp-MYR:
MYRISTIC ACID / ミリスチン酸

+
分子 #61: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 61 / コピー数: 2774 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度4.78 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMMOPS3-(N-morpholino)propanesulfonic acid
50.0 mMKClpotassium chloride
グリッドモデル: UltrAuFoil R0.6/1 / 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
詳細: Following glow discharge for 90 s at 20 mA, the grid was treated for 48 hours in an anaerobic glovebox in ethanol containing 5 mM 11-mercaptoundecyl hexaethyleneglycol, washed three times in ...詳細: Following glow discharge for 90 s at 20 mA, the grid was treated for 48 hours in an anaerobic glovebox in ethanol containing 5 mM 11-mercaptoundecyl hexaethyleneglycol, washed three times in ethanol and dried prior to blotting
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot for 10 seconds before plunging.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 6780 / 平均露光時間: 2.4 sec. / 平均電子線量: 40.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 1078933
CTF補正ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.0)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.0)
詳細: Composite of 3 globally sharpened focus-refined maps generated using Phenix Combine Focused Maps. Resolution refers to the consensus map resolution.
使用した粒子像数: 235957
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.0)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.0)

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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