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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-14089 | |||||||||
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タイトル | Portal protein assembly of the phicrAss001 virion with C12 symmetry imposed | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 virus tail / host cell membrane / virion component / カプシド / symbiont entry into host cell / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Bacteroides phage crAss001 (ファージ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.09 Å | |||||||||
データ登録者 | Bayfield OW / Shkoporov AN / Yutin N / Khokhlova EV / Smith JLR / Hawkins DEDP / Koonin EV / Hill C / Antson AA | |||||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2023 タイトル: Structural atlas of a human gut crassvirus. 著者: Oliver W Bayfield / Andrey N Shkoporov / Natalya Yutin / Ekaterina V Khokhlova / Jake L R Smith / Dorothy E D P Hawkins / Eugene V Koonin / Colin Hill / Alfred A Antson / 要旨: CrAssphage and related viruses of the order Crassvirales (hereafter referred to as crassviruses) were originally discovered by cross-assembly of metagenomic sequences. They are the most abundant ...CrAssphage and related viruses of the order Crassvirales (hereafter referred to as crassviruses) were originally discovered by cross-assembly of metagenomic sequences. They are the most abundant viruses in the human gut, are found in the majority of individual gut viromes, and account for up to 95% of the viral sequences in some individuals. Crassviruses are likely to have major roles in shaping the composition and functionality of the human microbiome, but the structures and roles of most of the virally encoded proteins are unknown, with only generic predictions resulting from bioinformatic analyses. Here we present a cryo-electron microscopy reconstruction of Bacteroides intestinalis virus ΦcrAss001, providing the structural basis for the functional assignment of most of its virion proteins. The muzzle protein forms an assembly about 1 MDa in size at the end of the tail and exhibits a previously unknown fold that we designate the 'crass fold', that is likely to serve as a gatekeeper that controls the ejection of cargos. In addition to packing the approximately 103 kb of virus DNA, the ΦcrAss001 virion has extensive storage space for virally encoded cargo proteins in the capsid and, unusually, within the tail. One of the cargo proteins is present in both the capsid and the tail, suggesting a general mechanism for protein ejection, which involves partial unfolding of proteins during their extrusion through the tail. These findings provide a structural basis for understanding the mechanisms of assembly and infection of these highly abundant crassviruses. #1: ジャーナル: Res Sq / 年: 2023 タイトル: Structural atlas of the most abundant human gut virus 著者: Antson A / Bayfield O / Shkoporov A / Yutin N / Khokhlova E / Smith J / Hawkins D / Koonin E / Hill C | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_14089.map.gz | 52.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-14089-v30.xml emd-14089.xml | 19.5 KB 19.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_14089_fsc.xml | 10.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_14089.png | 107.9 KB | ||
その他 | emd_14089_additional_1.map.gz emd_14089_additional_2.map.gz | 11.2 MB 82.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-14089 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-14089 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7qogMC 7qofC 7qohC 7qoiC 7qojC 7qokC 7qolC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_14089.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 89.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.3941 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: #1
ファイル | emd_14089_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #2
ファイル | emd_14089_additional_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Bacteroides phage crAss001
全体 | 名称: Bacteroides phage crAss001 (ファージ) |
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要素 |
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-超分子 #1: Bacteroides phage crAss001
超分子 | 名称: Bacteroides phage crAss001 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 2301731 / 生物種: Bacteroides phage crAss001 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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-分子 #1: Portal protein gp20
分子 | 名称: Portal protein gp20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Bacteroides phage crAss001 (ファージ) |
分子量 | 理論値: 93.122211 KDa |
配列 | 文字列: MADFLNFPRQ MLPFSKKTKQ WRKDCLLWAN QKTFFNYSLV RKSVIHKKIN YDLLNGRLHM SDLELVLNPD GIKAAYIPDR LQHYPIMNS KLNVLRGEES KRVFDFKVVV TNPNAISEIE DNKKNELLQR LQEMITDTSI SEDEYNIKLE KLNDYYTYEW Q DIREVRAN ...文字列: MADFLNFPRQ MLPFSKKTKQ WRKDCLLWAN QKTFFNYSLV RKSVIHKKIN YDLLNGRLHM SDLELVLNPD GIKAAYIPDR LQHYPIMNS KLNVLRGEES KRVFDFKVVV TNPNAISEIE DNKKNELLQR LQEMITDTSI SEDEYNIKLE KLNDYYTYEW Q DIREVRAN ELLNHYIKEY DIPLIFNNGF MDAMTCGEEI YQCDIVGGEP VIERVNPLKI RIFKSGYSNK VEDADMIILE DY WSPGRVI DTYYDVLSPK DIKYIETMPD YIGQGAVDQM DNIDERYGFV NQNMIGDEIT VRDGTYFFDP ANLFTEGIAN SLL PYDLAG NLRVLRLYWK SKRKILKVKS YDPETGEEEW NFYPENYVVN KEAGEEVQSF WVNEAWEGTM IGNEIFVNMR PRLI QYNRL NNPSRCHFGI VGSIYNLNDS RPFSLVDMMK PYNYLYDAIH DRLNKAIASN WGSILELDLS KVPKGWDVGK WMYYA RVNH IAVIDSFKEG TIGASTGKLA GALNNAGKGM IETNIGNYIQ QQINLLEFIK MEMADVAGIS KQREGQISQR ETVGGV ERA TLQSSHITEW LFTIHDDVKK RALECFLETA KVALKGRNKK FQYILSDTST RVMEIDGDEF AEADYGLVVD NSNGTQE LQ QKLDTLAQAA LQTQTLSFST ITKLYTSSSL AEKQRLIEKD EKQIRERQAQ AQKEQLEAQQ QIAAMQQQQK EAELLQKE E ANIRDNQTKI IIAQIQSEGG PDEEDGIMID DYSPEAKANL AEKIREFDEK LKLDKDKLKL DKKKAETDAS IKRQALRKK SSTTNK |
-分子 #2: Ring protein 1 gp43
分子 | 名称: Ring protein 1 gp43 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Bacteroides phage crAss001 (ファージ) |
分子量 | 理論値: 27.479625 KDa |
配列 | 文字列: MVNNINWVKL PVILDRLLRH PLLTDLNLET AIQYTLDFIS AMGLPNVYVD KIETIDIKEY RGELPCDLIS INQVRLHKNG IALRAMTDN FNAYPTHDHK EGDWYERGEP SFKTQGRVIF TSIKHEKVDI SYKAIMLDDE GLPLIPDNPI FLKTLELYIK K EWFTILFD ...文字列: MVNNINWVKL PVILDRLLRH PLLTDLNLET AIQYTLDFIS AMGLPNVYVD KIETIDIKEY RGELPCDLIS INQVRLHKNG IALRAMTDN FNAYPTHDHK EGDWYERGEP SFKTQGRVIF TSIKHEKVDI SYKAIMLDDE GLPLIPDNPI FLKTLELYIK K EWFTILFD MGKISPAVLN NTQQEYAFKA GQCNNEFVIP SVSEMEAITN MWNQLIPRVT EFRRGFKNLG DKEYIRVH |
-分子 #3: Ring protein 2 gp40
分子 | 名称: Ring protein 2 gp40 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Bacteroides phage crAss001 (ファージ) |
分子量 | 理論値: 26.216832 KDa |
配列 | 文字列: MTYNELIYMV LDELKLSSDD SYYTPDHVIF LLVKYRSFLL KQRYSDIKKQ IPDSDYQSIC LDLIEVPAIS GEPCEGSSYL RSKNKVPTT MMIGNPRVYP MDFYQGEITY ISRDRMRYVG YNKFLRNIIY CSKAPDGYLY FKSWNPQFLH LEKVSFNAIF E DAKEASEM ...文字列: MTYNELIYMV LDELKLSSDD SYYTPDHVIF LLVKYRSFLL KQRYSDIKKQ IPDSDYQSIC LDLIEVPAIS GEPCEGSSYL RSKNKVPTT MMIGNPRVYP MDFYQGEITY ISRDRMRYVG YNKFLRNIIY CSKAPDGYLY FKSWNPQFLH LEKVSFNAIF E DAKEASEM ACPEENGTIC KLEDKEFPIE DALVPPLIEL VVKELRGPEY SPKDEDNNAK DDLPDAR |
-分子 #4: Cargo protein 1 gp45
分子 | 名称: Cargo protein 1 gp45 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Bacteroides phage crAss001 (ファージ) |
分子量 | 理論値: 90.913836 KDa |
配列 | 文字列: MAKKKIKRRG KMPPNIFDTG GQSWGQQSSG QFSNAFKGEN LGNSIGSIGG AVGGIAQAGI SNAQIADTSG IEAQNKAQKN MVVGASSND DLMSEWGSWN KVKDDYSWKD VRGGSTGQRV TNTIGAAGQG AAAGASVGGP IGAIVGGVVG LGSAIGGWLG G NRKAKRKA ...文字列: MAKKKIKRRG KMPPNIFDTG GQSWGQQSSG QFSNAFKGEN LGNSIGSIGG AVGGIAQAGI SNAQIADTSG IEAQNKAQKN MVVGASSND DLMSEWGSWN KVKDDYSWKD VRGGSTGQRV TNTIGAAGQG AAAGASVGGP IGAIVGGVVG LGSAIGGWLG G NRKAKRKA KKLNKEAKEA NERALTSFET RADNIDTQND FNMLANFSAY GGPLEFGSGA IGYEFDNRYL NNQEMSAVAK QR LTSLPNS FQALPEMNTY NAFAEGGGLS REKNYGSKKK PYPSVPSGDF AGPHRSYPIP TKADARDALR LAGLHGNESV RRK VLAKYP SLKAFGGSLF DSVVGNNFNQ SFTQGIQGMF QQEPEQTVQA ANIAKDGGDI KIKEKNKGKF TAYCGGKVTE ACIR KGKNS SNPTTRKRAT FAQNARNWNA FGGWLNTQGG DFTNGVTFIN EGGSHEENPY QGIQIGVDPE GAPNLVEQGE VVYDD YVFS DRMEIPDDIR KEYKLRGKTF AKAAKSAQRE SEERPNDPLS TKGLQAAMER IATAQEEARQ RKEAHREGNE YPSMFA YGG DTNPYGLALE DPMSVEELEA LMVQSGETGE IAPEGNNGNR QTWTRYAPII GSGLASLSDL FSKPDYDSAD LISGVDL GA EAVGYAPIGN YLSYRPLDRD FYINKMNQQA AATRRGLMNT SGGNRLNAQA GILAADYNYG QNMGNLARQA EEYNQQLR E RVEAFNRGTN MFNTETGLKA SMFNAESRNA AKRARLGQAT TVAQLRQGIK DQDAARRSAN ITNFLQGLGD MGWENEQAN WLDTLAKSGV LKMNTKGEYT GGTKKAKGGK VRTKKKKGLT YG |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.3 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 51.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 172 |
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得られたモデル | PDB-7qog: |