[日本語] English
万見
- EMDB-14031: Structure of the EIAV CA-SP hexamer (C6), acquired on a Krios 4, ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14031
タイトルStructure of the EIAV CA-SP hexamer (C6), acquired on a Krios 4, Selectris/Falcon4, processed with Relion/M
マップデータEIAV CA hexamer, C6 symmetrized, sharpened and denoised map
試料
  • ウイルス: Equine infectious anemia virus (ウマ伝染性貧血ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: EIAV CASPNC
キーワードRetrovirus / Equine infectious anemia virus / capsid protein / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding via host ESCRT complex / viral nucleocapsid / structural constituent of virion / nucleic acid binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Gag protein p15 / Gag protein p15 / : / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, C-terminal / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger ...Gag protein p15 / Gag protein p15 / : / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, C-terminal / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Equine infectious anemia virus (ウマ伝染性貧血ウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Obr M / Hagen WJH / Dick RA / Yu L / Kotecha A / Schur FKM
資金援助 オーストリア, 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Austrian Science FundP31445 オーストリア
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI147890 米国
引用ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Exploring high-resolution cryo-ET and subtomogram averaging capabilities of contemporary DEDs.
著者: Martin Obr / Wim J H Hagen / Robert A Dick / Lingbo Yu / Abhay Kotecha / Florian K M Schur /
要旨: The potential of energy filtering and direct electron detection for cryo-electron microscopy (cryo-EM) has been well documented. Here, we assess the performance of recently introduced hardware for ...The potential of energy filtering and direct electron detection for cryo-electron microscopy (cryo-EM) has been well documented. Here, we assess the performance of recently introduced hardware for cryo-electron tomography (cryo-ET) and subtomogram averaging (STA), an increasingly popular structural determination method for complex 3D specimens. We acquired cryo-ET datasets of EIAV virus-like particles (VLPs) on two contemporary cryo-EM systems equipped with different energy filters and direct electron detectors (DED), specifically a Krios G4, equipped with a cold field emission gun (CFEG), Thermo Fisher Scientific Selectris X energy filter, and a Falcon 4 DED; and a Krios G3i, with a Schottky field emission gun (XFEG), a Gatan Bioquantum energy filter, and a K3 DED. We performed constrained cross-correlation-based STA on equally sized datasets acquired on the respective systems. The resulting EIAV CA hexamer reconstructions show that both systems perform comparably in the 4-6 Å resolution range based on Fourier-Shell correlation (FSC). In addition, by employing a recently introduced multiparticle refinement approach, we obtained a reconstruction of the EIAV CA hexamer at 2.9 Å. Our results demonstrate the potential of the new generation of energy filters and DEDs for STA, and the effects of using different processing pipelines on their STA outcomes.
履歴
登録2021年12月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年1月12日-
マップ公開2022年1月12日-
更新2023年12月13日-
現状2023年12月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0023
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.0023
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_14031.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14031.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 149.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈EIAV CA hexamer, C6 symmetrized, sharpened and denoised map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.18 Å/pix.
x 340 pix.
= 400.86 Å		1.18 Å/pix.
x 340 pix.
= 400.86 Å		1.18 Å/pix.
x 340 pix.
= 400.86 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.179 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0023 / ムービー #1: 0.0023
最小 - 最大-0.01191001 - 0.018147219
平均 (標準偏差)0.000040937553 (±0.0004668004)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ340340340
Spacing340340340
セルA=B=C: 400.86002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.1791.1791.179
M x/y/z340340340
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z400.860400.860400.860
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ400400400
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS340340340
D min/max/mean-0.0120.0180.000

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_14031_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: EIAV CA hexamer, C6 symmetrized, half map 1

ファイルemd_14031_half_map_1.map
注釈EIAV CA hexamer, C6 symmetrized, half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: EIAV CA hexamer, C6 symmetrized, half map 2

ファイルemd_14031_half_map_2.map
注釈EIAV CA hexamer, C6 symmetrized, half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Equine infectious anemia virus

全体名称: Equine infectious anemia virus (ウマ伝染性貧血ウイルス)
要素
  • ウイルス: Equine infectious anemia virus (ウマ伝染性貧血ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: EIAV CASPNC

-
超分子 #1: Equine infectious anemia virus

超分子名称: Equine infectious anemia virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 11665 / 生物種: Equine infectious anemia virus / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
宿主生物種: Equus caballus (ウマ)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Immature capsid

-
分子 #1: EIAV CASPNC

分子名称: EIAV CASPNC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Equine infectious anemia virus (ウマ伝染性貧血ウイルス)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: SPIMIDGAGN RNFRPLTPRG YTTWVNTIQT NGLLNEASQN LFGILSVDCT SEEMNAFLDV V PGQAGQKQ ILLDAIDKIA DDWDNRHPLP NAPLVAPPQG PIPMTARFIR GLGVPRERQM EP AFDQFRQ TYRQWIIEAM SEGIKVMIGK PKAQNIRQGA KEPYPEFVDR ...文字列:
SPIMIDGAGN RNFRPLTPRG YTTWVNTIQT NGLLNEASQN LFGILSVDCT SEEMNAFLDV V PGQAGQKQ ILLDAIDKIA DDWDNRHPLP NAPLVAPPQG PIPMTARFIR GLGVPRERQM EP AFDQFRQ TYRQWIIEAM SEGIKVMIGK PKAQNIRQGA KEPYPEFVDR LLSQIKSEGH PQE ISKFLT DTLTIQNANE ECRNAMRHLR PEDTLEEKMY ACRDIGTTKQ KMML LAKAL QTGLAGPFK GGALKGGPLK AAQTCYNCGK PGHLSSQCRA PKVCFKCKQP GHFSKQCRSV P KNGKQGAQ GRPQKQTF

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 6.2
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMMES2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid
100.0 mMNaClsodium chloride
2.0 mMTCEPtris(2-carboxyethyl)phosphine
10.0 microMIP6inositol hexakisphosphate
グリッドモデル: C-flat-2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 120 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: LEICA EM GP
詳細: 3.5 seconds blotting time, using back-side blotting.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 1.02 sec. / 平均電子線量: 3.5 e/Å2 / 詳細: Images acquired in the EER format
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.25 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.75 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Warp (ver. nb20201104) / 使用したサブトモグラム数: 77659
抽出トモグラム数: 84 / 使用した粒子像数: 77659 / ソフトウェア - 名称: Warp (ver. nb20201104)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: Warp (ver. nb20201104)
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る