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- EMDB-14001: Specific features and methylation sites of a plant ribosome. 60S ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14001
タイトルSpecific features and methylation sites of a plant ribosome. 60S ribosomal subunit.
マップデータ
試料
  • 複合体: 60S ribosomal subunit
    • タンパク質・ペプチド: x 41種
    • RNA: x 4種
  • リガンド: x 6種
キーワードSolanum lycopersicum / cytosolic ribosome / 80S / plant / rRNA / RIBOSOME
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-RNA complex assembly / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / modification-dependent protein catabolic process / large ribosomal subunit / protein tag activity / ribosome biogenesis / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding ...protein-RNA complex assembly / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / modification-dependent protein catabolic process / large ribosomal subunit / protein tag activity / ribosome biogenesis / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / ribosome / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / RNA binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L6, N-terminal / Ribosomal protein L6, N-terminal domain / Ribosomal protein L30e / Ribosomal protein L28e / Ribosomal protein L23 / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / metallochaperone-like domain / TRASH domain / Ribosomal protein L29e ...Ribosomal protein L6, N-terminal / Ribosomal protein L6, N-terminal domain / Ribosomal protein L30e / Ribosomal protein L28e / Ribosomal protein L23 / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / metallochaperone-like domain / TRASH domain / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L19, eukaryotic / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L19e signature. / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal L40e family / Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Ribosomal protein L30e signature 2. / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal protein L36e signature. / Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein L39e signature. / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein L34e / 60S ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L35Ae, conserved site / Ribosomal protein L35Ae signature. / Ribosomal protein L30/YlxQ / 60S ribosomal protein L35 / Ribosomal Protein L6, KOW domain / Ribosomal protein L13, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L7A/L8 / Ribosomal protein L6e / 60S ribosomal protein L6E / Ribosomal protein L18e / 60S ribosomal protein L4, C-terminal domain / 60S ribosomal protein L4 C-terminal domain / Ribosomal protein L37ae / Ribosomal protein L7, eukaryotic / Ribosomal protein L31e, conserved site / Ribosomal L37ae protein family / Ribosomal protein L31e signature. / Ribosomal_L19e / Ribosomal protein L30, N-terminal / Ribosomal L30 N-terminal domain / Ribosomal protein L19/L19e / Ribosomal protein L19/L19e, domain 1 / Ribosomal protein L19/L19e superfamily / Ribosomal protein L19e / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L36e domain superfamily / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L39e / Ribosomal protein L14e domain / Ribosomal protein L39e domain superfamily / Ribosomal L39 protein / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L5 eukaryotic/L18 archaeal / Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18 / Ribosomal protein L35A / Ribosomal protein L35Ae / Ribosomal protein L35A superfamily / Ribosomal protein L32e, conserved site
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative 60S ribosomal protein L27a-3-like / Ribosomal_L7Ae domain-containing protein / 60S ribosomal protein L32 / KOW domain-containing protein / Uncharacterized protein / 60S ribosomal protein L35a / Ribosomal protein L37 / Ribosomal eL28/Mak16 domain-containing protein / 60S ribosomal protein L34 / 60S ribosomal protein L29 ...Putative 60S ribosomal protein L27a-3-like / Ribosomal_L7Ae domain-containing protein / 60S ribosomal protein L32 / KOW domain-containing protein / Uncharacterized protein / 60S ribosomal protein L35a / Ribosomal protein L37 / Ribosomal eL28/Mak16 domain-containing protein / 60S ribosomal protein L34 / 60S ribosomal protein L29 / Large ribosomal subunit protein uL6 N-terminal domain-containing protein / Ribosomal protein L19 / 60S ribosomal protein L36 / Ribosomal protein eL8/eL30/eS12/Gadd45 domain-containing protein / 60S ribosomal protein L27 / Uncharacterized protein / Large ribosomal subunit protein uL18 C-terminal eukaryotes domain-containing protein / Ribosomal protein L15 / Large ribosomal subunit protein uL4 C-terminal domain-containing protein / Large ribosomal subunit protein uL15/eL18 domain-containing protein / 60S ribosomal protein L22 / 60S ribosomal protein L18a / 60S ribosomal protein L21 / TRASH domain-containing protein / Large ribosomal subunit protein uL23 N-terminal domain-containing protein / Large ribosomal subunit protein eL14 domain-containing protein / 60S ribosomal protein L39 / 60S ribosomal protein L13 / Large ribosomal subunit protein uL6 alpha-beta domain-containing protein / 60S ribosomal protein L31 / Uncharacterized protein / Ubiquitin-like domain-containing protein / 60S ribosomal protein L11 / 60S ribosomal protein L37a / 60S ribosomal protein L23 / Thaliana 60S ribosomal protein L7 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein eL38 / 60S ribosomal protein L10 / Similar to 60S ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L3
類似検索 - 構成要素
生物種Solanum lycopersicum (トマト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Cottilli P / Itoh Y / Amunts A
資金援助European Union, 4件
OrganizationGrant number国
Swedish Research CouncilNT_2015-04107European Union
European Research Council (ERC)ERC-2018-StG-805230European Union
Knut and Alice Wallenberg Foundation2018.0080European Union
European Molecular Biology Organization (EMBO)H2020-MSCA-IF-2017European Union
引用ジャーナル: Plant Commun / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structure and rRNA modification sites of a plant ribosome.
著者: Patrick Cottilli / Yuzuru Itoh / Yuko Nobe / Anton S Petrov / Purificación Lisón / Masato Taoka / Alexey Amunts /
要旨: Protein synthesis in crop plants contributes to the balance of food and fuel on our planet, which influences human metabolic activity and lifespan. Protein synthesis can be regulated with respect to ...Protein synthesis in crop plants contributes to the balance of food and fuel on our planet, which influences human metabolic activity and lifespan. Protein synthesis can be regulated with respect to changing environmental cues via the deposition of chemical modifications into rRNA. Here, we present the structure of a plant ribosome from tomato and a quantitative mass spectrometry analysis of its rRNAs. The study reveals fine features of the ribosomal proteins and 71 plant-specific rRNA modifications, and it re-annotates 30 rRNA residues in the available sequence. At the protein level, isoAsp is found in position 137 of uS11, and a zinc finger previously believed to be universal is missing from eL34, suggesting a lower effect of zinc deficiency on protein synthesis in plants. At the rRNA level, the plant ribosome differs markedly from its human counterpart with respect to the spatial distribution of modifications. Thus, it represents an additional layer of gene expression regulation, highlighting the molecular signature of a plant ribosome. The results provide a reference model of a plant ribosome for structural studies and an accurate marker for molecular ecology.
履歴
登録2021年12月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年7月13日-
マップ公開2022年7月13日-
更新2023年11月15日-
現状2023年11月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14001.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14001.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 600.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 540 pix.
= 448.2 Å		0.83 Å/pix.
x 540 pix.
= 448.2 Å		0.83 Å/pix.
x 540 pix.
= 448.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0328
最小 - 最大-0.310749 - 0.6420937
平均 (標準偏差)-0.00012928087 (±0.01139014)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ540540540
Spacing540540540
セルA=B=C: 448.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_14001_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_14001_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_14001_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : 60S ribosomal subunit

全体名称: 60S ribosomal subunit
要素
  • 複合体: 60S ribosomal subunit
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L8
    • タンパク質・ペプチド: Ribos_L4_asso_C domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L3
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal_L18_c domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal_L6e_N domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Thaliana 60S ribosomal protein L7
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal_L7Ae domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein uL6
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L10
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein uL5
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L13
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal_L14e domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L15
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein uL13
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L22, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal_L18e/L15P domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L19
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L18a
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein eL21
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein eL22
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein uL14
    • タンパク質・ペプチド: TRASH domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal_L23eN domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: KOW domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L27
    • タンパク質・ペプチド: Putative 60S ribosomal protein L27a-3-like
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L29
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal_L7Ae domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein eL31
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein eL32
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein eL33
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein eL34
    • タンパク質・ペプチド: Similar to 60S ribosomal protein L35
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L36
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L37
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L38
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein eL39
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin-like domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein eL42
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein eL43
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal_L28e domain-containing protein
    • RNA: tRNA
    • RNA: 25S rRNA
    • RNA: 5S rRNA
    • RNA: 5.8S rRNA
  • リガンド: POTASSIUM ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: SPERMINE
  • リガンド: SPERMIDINE
  • リガンド: water

+
超分子 #1: 60S ribosomal subunit

超分子名称: 60S ribosomal subunit / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#45
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)

+
分子 #1: 60S ribosomal protein L8

分子名称: 60S ribosomal protein L8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 28.331898 KDa
配列文字列: MGRVIRAQRK GAGSVFKSHT HHRKGPARFR TLDFGERNGY LKGVITEVIH DPGRGAPLAR VTFRHPFRYK HQKELFVAAE GMYTGQFVY CGKKATLMVG NVLPLRSIPE GAVVCNVEHK VGDRGVFARC SGDYAIVISH NPDNGTTRVK LPSGAKKIVP S GCRAMIGQ ...文字列:
MGRVIRAQRK GAGSVFKSHT HHRKGPARFR TLDFGERNGY LKGVITEVIH DPGRGAPLAR VTFRHPFRYK HQKELFVAAE GMYTGQFVY CGKKATLMVG NVLPLRSIPE GAVVCNVEHK VGDRGVFARC SGDYAIVISH NPDNGTTRVK LPSGAKKIVP S GCRAMIGQ VAGGGRTEKP MLKAGNAYHK YRVKRNCWPK VRGVAMNPVE HPHGGGNHQH IGHASTVRRD APPGQKVGLI AA RRTGRLR GQARATAAKA DKA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL2

+
分子 #2: Ribos_L4_asso_C domain-containing protein

分子名称: Ribos_L4_asso_C domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 44.852004 KDa
配列文字列: MATAAAIPTT TVQSLENDMA TDSAAVPLPA VMKAPIRPDV VTYVHSNISK NARQPYAVSR KAGHQTSAES WGTGRAVSRI PRVPGGGTH RAGQGAFGNM CRGGRMFAPT QTWRRWHRKI PVNQKRYAVA SAIAASSVPS LVLARGHRIE SVPELPLVVS D SVEGIEKT ...文字列:
MATAAAIPTT TVQSLENDMA TDSAAVPLPA VMKAPIRPDV VTYVHSNISK NARQPYAVSR KAGHQTSAES WGTGRAVSRI PRVPGGGTH RAGQGAFGNM CRGGRMFAPT QTWRRWHRKI PVNQKRYAVA SAIAASSVPS LVLARGHRIE SVPELPLVVS D SVEGIEKT SNAIKALKQI GAYPDAEKAK DSHAIRPGKG KMRNRRYISR KGPLIVYGTE GAKLVKAFRN IPGVEICHVD RL NLLKLAP GGHLGRFIIW TKCAYEKLDA IYGTFDKPSQ EKKGYLLPRP KMVNADLARI INSDEVQSVV RPIKKDVNKR ATL KKNPLK NLNVLLKLNP YAKTARRMSL LAEAQRVKAK KEKLDKKRHA ITKEEASAIK GASHSWYKTM ISDSDYAEFD NFTK WLGVS Q

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL4 C-terminal domain-containing protein

+
分子 #3: Ribosomal protein L3

分子名称: Ribosomal protein L3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 44.518234 KDa
配列文字列: MSHRKFEHPR HGSLGFLPRK RAARHRGKVK AFPKDDPSKP CKLTAFLGYK AGMTHIVREV EKPGSKLHKK ETCEAVTIVE TPPMVIVGV VGYVKTPRGL RCLNTVWAQH LSEDIKRRFY KNWCKSKKKA FLKYSKKYET DEGKKDIQAQ LEKLKKYACV I RVLAHTQI ...文字列:
MSHRKFEHPR HGSLGFLPRK RAARHRGKVK AFPKDDPSKP CKLTAFLGYK AGMTHIVREV EKPGSKLHKK ETCEAVTIVE TPPMVIVGV VGYVKTPRGL RCLNTVWAQH LSEDIKRRFY KNWCKSKKKA FLKYSKKYET DEGKKDIQAQ LEKLKKYACV I RVLAHTQI RKMKGLKQKK AHLMEIQVNG GSIAQKVDFA YGFFEKQVPV DAVFQKDEMI DIIGVTKGKG YEGVVTRWGV TR LPRKT(HIC)R GLRKVACIGA WHPARVSFTV ARAGQNGYHH RTEMNKKVYK LGKVGQESHT ALTEFDRTEK DITPIGGFP HYGVVKEDYL LIKGCCVGTK KRVVTLRQSL LNQTSRVALE EIKLKFIDTS SKFGHGRFQT TQEKQKFYGR LKA

UniProtKB: Ribosomal protein L3

+
分子 #4: Ribosomal_L18_c domain-containing protein

分子名称: Ribosomal_L18_c domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 34.667316 KDa
配列文字列: MAFIKVQKTR AYFKRFQVKF KRRREGKTDY RARNRLINQD KNKYNTPKYR FVVRFTNKDI IAQIVSASIA GDMILASAYA NELPHYGLE VGLTNYAAAY CTGLLLARRV LKKLEMDEEY EGNLEVNGED YSVEPAESRR PFRALLDVGL LRTTTGNRVF G ALKGALDG ...文字列:
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UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL18 C-terminal eukaryotes domain-containing protein

+
分子 #5: Ribosomal_L6e_N domain-containing protein

分子名称: Ribosomal_L6e_N domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 25.621484 KDa
配列文字列: MAAKKTIRNP ELIRGVGKFS RSKMYHKKGL WAIKKKNGGK LPLHEKKPAV AVAAVKPPKF YPADDVKKPL VNKHKPKPTK LRASITPGT VLIILAGRFK GKRVVFLKQL TSGLLLVTGP FKLNGVPLRR VNQAYVIGTS TKVDVSGVNV EKIDDKYFAK Q VEKKQKKG ...文字列:
MAAKKTIRNP ELIRGVGKFS RSKMYHKKGL WAIKKKNGGK LPLHEKKPAV AVAAVKPPKF YPADDVKKPL VNKHKPKPTK LRASITPGT VLIILAGRFK GKRVVFLKQL TSGLLLVTGP FKLNGVPLRR VNQAYVIGTS TKVDVSGVNV EKIDDKYFAK Q VEKKQKKG EGEFFEDKKE EKNVLPQEKK DEQKTVDSAL LKAIEGIPEL KAYLSARFSL KSGMKPHELV F

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL6 N-terminal domain-containing protein

+
分子 #6: Thaliana 60S ribosomal protein L7

分子名称: Thaliana 60S ribosomal protein L7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 28.057986 KDa
配列文字列: MGEGGVVVPE SVLKKQKRNE EWALVKKQEL AVAKKKSVEN RKLIYNRAKQ YAKEYSEQEK ELIRLKREAR LKGGFYVDPE AKLLFIIRI RGINAMPPQT KKILQLLRLR QIFNGVFLKV NKATVNMLHR VEPYVTYGYP NLKSIKELIY KRGYGKVDKQ R IALTDNAV ...文字列:
MGEGGVVVPE SVLKKQKRNE EWALVKKQEL AVAKKKSVEN RKLIYNRAKQ YAKEYSEQEK ELIRLKREAR LKGGFYVDPE AKLLFIIRI RGINAMPPQT KKILQLLRLR QIFNGVFLKV NKATVNMLHR VEPYVTYGYP NLKSIKELIY KRGYGKVDKQ R IALTDNAV VEQVLGKHGI ICIEDLVHEI ITVGPHFKEA NNFLWPFQLK APLGGLKKKR NHYVEGGDAG NRENFINELI RR MN

UniProtKB: Thaliana 60S ribosomal protein L7

+
分子 #7: Ribosomal_L7Ae domain-containing protein

分子名称: Ribosomal_L7Ae domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 29.362148 KDa
配列文字列: MAPKKGVAVS AKKKPEKAKV LNPLFEKRPK QFGIGGALPP KKDVTRNVRW PRNVTLQRKK RILKMRLKVP PALNQFTKTL DKNLATTLF KMLLKYRPED KAAKKERLVK RAQAEAEGKT PETKKPIIVK YGLKHITYLI EQNKAQLVVI AHDVDPIELV V WLPALCRK ...文字列:
MAPKKGVAVS AKKKPEKAKV LNPLFEKRPK QFGIGGALPP KKDVTRNVRW PRNVTLQRKK RILKMRLKVP PALNQFTKTL DKNLATTLF KMLLKYRPED KAAKKERLVK RAQAEAEGKT PETKKPIIVK YGLKHITYLI EQNKAQLVVI AHDVDPIELV V WLPALCRK MEIPYCIVKG KARLGSIVHK KTASALCLTT VKNEDKMEFS RVLEAIKANF NDKYEENRKK WGGGIMGSKS QA RTKAKER VLAKEAAQRL N

UniProtKB: Ribosomal protein eL8/eL30/eS12/Gadd45 domain-containing protein

+
分子 #8: 60S ribosomal protein uL6

分子名称: 60S ribosomal protein uL6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 22.004582 KDa
配列文字列: MKTILSSETM DIPDGITIKV KAKQIEVEGP RGKLTRNFKH LNLDFQLIKD EETGKKKLKI DAWFGSRKTT AAIRTALSHV ENLITGVTK GYRYKMRFVY AHFPINASIS GGNKSIEIRN FLGEKKVRKV DMLDGVTVVR SEKVKDELVL DGNDIELVSR S AALINQKC ...文字列:
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UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL6 alpha-beta domain-containing protein

+
分子 #9: 60S ribosomal protein L10

分子名称: 60S ribosomal protein L10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 24.913289 KDa
配列文字列: MGRRPARCYR QIKNKPYPKS RFCRGVPDPK IRIYDVGMKK KGVDEFPFCV HLVSWEKENV SSEALEAARI ACNKYMTKSA GKDAFHLRV RVHPFHVLRI NKMLSCAGAD RLQTGMRGAF GKPQGVCARV AIGQVLLSVR CKDGNANHAQ EALRRAKFKF P GRQKIIVS ...文字列:
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UniProtKB: 60S ribosomal protein L10

+
分子 #10: 60S ribosomal protein uL5

分子名称: 60S ribosomal protein uL5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 20.826176 KDa
配列文字列:
MASEKKLSNP MRDIKVQKLV LNISVGESGD RLTRAAKVLE QLSGQSPVFS KARYTVRSFG IRRNEKIACY VTVRGEKAMQ LLESGLKVK EYELLRRNFS ETGCFGFGIQ EHIDLGIKYD PSTGIYGMDF YVVLERPGYR VARRRRCKSR VGIQHRVTKE D SMKWFQVK YEGVILNKSS NIQ

UniProtKB: 60S ribosomal protein L11

+
分子 #11: 60S ribosomal protein L13

分子名称: 60S ribosomal protein L13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 23.620619 KDa
配列文字列: MKHNNVIPNG HFKKHWQNYV RTWFNQPARK TRRRAARQKK AATIFPRPTA GSLRPIVHGQ TLKYNMKVRA GRGFSLEELK AAGIPKKLA PTIGIAVDHR RRNRSLEGLQ TNVQRLKTYK AKLVIFPRRA KKVKAGDSSA EELANATQVQ GPYLPIVRDQ P AIELVKIT ...文字列:
MKHNNVIPNG HFKKHWQNYV RTWFNQPARK TRRRAARQKK AATIFPRPTA GSLRPIVHGQ TLKYNMKVRA GRGFSLEELK AAGIPKKLA PTIGIAVDHR RRNRSLEGLQ TNVQRLKTYK AKLVIFPRRA KKVKAGDSSA EELANATQVQ GPYLPIVRDQ P AIELVKIT DEMKSFKAYG KLRIERTNAR HFGARLKRAA EAEKEEKK

UniProtKB: 60S ribosomal protein L13

+
分子 #12: Ribosomal_L14e domain-containing protein

分子名称: Ribosomal_L14e domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 15.400435 KDa
配列文字列:
MPFKRFVEIG RVALINYGKD YGRLVVIVDV IDQNRALVDA PDMVRSQMNF KRLSLTDIKI DIKRIPKKKT LVEAMEAADV KTKWENSSW GRKLIVQKRR AALNDFDRFK LMLAKIKRAG VVRQELAKLK KIAA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL14 domain-containing protein

+
分子 #13: Ribosomal protein L15

分子名称: Ribosomal protein L15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 24.23327 KDa
配列文字列: MGAYTYVSEL WRKKQSDVMR FLQRVRCWEY RQLPSIVRVT RPTRPDKARR LGYKAKQGYV VYRVRVKRGG RKRPVSKGIV YGKPTNQGV TQLKFQRSKR SVAEERAGRK LGGLKVLNSY WINEDSTYKY FEVILVDQAH AAIRNDPRIN WICNPVHKHR E LRGLTSAG ...文字列:
MGAYTYVSEL WRKKQSDVMR FLQRVRCWEY RQLPSIVRVT RPTRPDKARR LGYKAKQGYV VYRVRVKRGG RKRPVSKGIV YGKPTNQGV TQLKFQRSKR SVAEERAGRK LGGLKVLNSY WINEDSTYKY FEVILVDQAH AAIRNDPRIN WICNPVHKHR E LRGLTSAG KKYRGLRGRG HLHHKARPSR RATWKRNQTL SLRRYR

UniProtKB: Ribosomal protein L15

+
分子 #14: 60S ribosomal protein uL13

分子名称: 60S ribosomal protein uL13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 23.613238 KDa
配列文字列: MVSGSGISAR RIVVDARHHM LGRLSSILAK ELLNGQRVVV VRCEEICLSG GLVRQKMKYL RFLRKRMNTK PSHGPIHFRA PSKILWRTI RGMIPHKTKR GAAALARLKV YEGVPPPYDK IKRMVIPDAL KVLRLQSGHK YCLLGKLSSE VGWNHYDTIK E LENKRKER ...文字列:
MVSGSGISAR RIVVDARHHM LGRLSSILAK ELLNGQRVVV VRCEEICLSG GLVRQKMKYL RFLRKRMNTK PSHGPIHFRA PSKILWRTI RGMIPHKTKR GAAALARLKV YEGVPPPYDK IKRMVIPDAL KVLRLQSGHK YCLLGKLSSE VGWNHYDTIK E LENKRKER AQVAYERRKQ LAKLRVKAEK AAEEKLGPQL AVIEPIKY

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #15: 50S ribosomal protein L22, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L22, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 19.785711 KDa
配列文字列:
MVKYSREPDN PTKSCKSRGS SLRVHFKNTR ETAHALRKMP LDKAKSYLED VLAHKQAIPF TRFCRGVGRT AQAKNRHSNG QGRWPVKSA GFILDLLKNA ESNAEVKGLD VDSLYISHIQ VNEAQKQRRR TYRAHGRINP YMSHPCHIEL ILSEKEESVK K EPETQLAP RKAKA

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #16: Ribosomal_L18e/L15P domain-containing protein

分子名称: Ribosomal_L18e/L15P domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 20.764543 KDa
配列文字列:
MGIDLVAGGK SKKTKRTAPK SDDVYLKLLV KLYRFLARRT GSKFNAVILK RLFMSKINKP PLSLSRLITY ATGKGDNIVV LVGTVTDDV RAYEVPKIKV CALKFTETAR ARIEKAGGEC LTFDQLALRA PLGQNTLLLR GPKNSREAVK HFGPAPGVPH S HTKPYVRA KGRKFERARG KRNSRGYKA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL15/eL18 domain-containing protein

+
分子 #17: Ribosomal protein L19

分子名称: Ribosomal protein L19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 24.786572 KDa
配列文字列: MVSLKLQKRL AASVLKCGRG KVWLDPNEGN EISMANSRQN IRKLVKDGFI IRKPTKIHSR SRARRMKEAK RKGRHSGYGK RKGTREARL PTKVLWMRRL RVLRRLLRKY RESKKIDKHM YHDMYMKVKG NVFKNKRVLM ENIHKTKAEK AREKTLSDQF E ARRAKNKA ...文字列:
MVSLKLQKRL AASVLKCGRG KVWLDPNEGN EISMANSRQN IRKLVKDGFI IRKPTKIHSR SRARRMKEAK RKGRHSGYGK RKGTREARL PTKVLWMRRL RVLRRLLRKY RESKKIDKHM YHDMYMKVKG NVFKNKRVLM ENIHKTKAEK AREKTLSDQF E ARRAKNKA SRERKFARRK KRLAQGPGGE KPVQPAAPAA AAPAQPAQGS KKSKK

UniProtKB: Ribosomal protein L19

+
分子 #18: 60S ribosomal protein L18a

分子名称: 60S ribosomal protein L18a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 21.476303 KDa
配列文字列:
MVTYKFHQYQ VVGRALPSEN DEHPKIYRMK LWATNEVRAK SKFWYFLRKL KKVKKSNGQM LAINEIFEKY PTTIKNYGIW LRYQSRTGY HNMYKEYRDT TLNGAVEQMY TEMASRHRVR HHCIQIIKTA TIPAKLCKRE STKQFHDSKI KFPLVFKKVR P PSRKLKTT YKATKPNLFM

UniProtKB: 60S ribosomal protein L18a

+
分子 #19: 60S ribosomal protein eL21

分子名称: 60S ribosomal protein eL21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 18.715795 KDa
配列文字列:
MPAGHGLRSR TRDSFSRAFR KKGTIALSTY LRIFKIGDYV DIKVNGAIHK GMPHKFYHGR TGRVWNVTKR AVGVEVNKQV RNKILRKRI HVRIEHVQQS RCTEEVRERI KKNDQLKADA KARGEVISTK RQPLGPKPGF MVEGATLETV TPIPYDVVND L KGGY

UniProtKB: 60S ribosomal protein L21

+
分子 #20: 60S ribosomal protein eL22

分子名称: 60S ribosomal protein eL22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 13.996085 KDa
配列文字列:
MSRAAAAVKG GKKKGASFVI DCSKPVEDSI MEIASLDKFL QERIKVGGKA GALGDSVTVT RDKNKITVTC NSTFSKRYLK YLVKKYLKK NNVRDWLRVI ASNKDRNVYE LRYFNIAENE ADEED

UniProtKB: 60S ribosomal protein L22

+
分子 #21: 60S ribosomal protein uL14

分子名称: 60S ribosomal protein uL14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 15.040856 KDa
配列文字列:
MSKRGRGGSA GNKFRMSLGL PVAATVNCAD NTGAKNLYII SVKGIKGRLN RLPSACVGDM VMATVKKGKP DLRKKVMPAV IVRQRKPWR RKDGVFMYFE DNAGVIVNPK GEMKGSAITG PIGKECADLW PRIASAANAI V

UniProtKB: 60S ribosomal protein L23

+
分子 #22: TRASH domain-containing protein

分子名称: TRASH domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 18.712115 KDa
配列文字列:
MMVLKTELCR FSGAKIYPGR GIRFIRSDSQ VFLFVNSKCK HYFHNKLKPS KLTWTAMYRK QHKKDIAQEA AKKRRRTTKK PYSRSIVGA TLEVIQKKRT ERPEVRDAAR EAALREIKER IKKTKDEKKA KKAEVQAKSQ KAGGKGNMSK GGASKGPKLG G GGGKR

UniProtKB: TRASH domain-containing protein

+
分子 #23: Ribosomal_L23eN domain-containing protein

分子名称: Ribosomal_L23eN domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 17.427744 KDa
配列文字列:
MAPAKVDLTK KKDPKAQAVK AAKAVKSGST FKKKSSKIRT KVTFHRPKTL KKDRSPKYPR VSAPGRNRLD QYAILKYPLT TESAMKKIE DNNTLVFIVD IKADKKKIKD AVKKMYDIQI KKVNTLIRPD GTKKAYVRLT PDYDALDVAN KIGII

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL23 N-terminal domain-containing protein

+
分子 #24: KOW domain-containing protein

分子名称: KOW domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24
詳細: MKYNPRVSSSRRKSRKAHFTAPSSLRRVLMSAPLSSELRAKYSVRSMPVRKDDEVQVVRG TYKGREGKVVQVYRKKWVIHIERITREKVNGSTVNVGIHPSKVVISKLRLDKDRRSLLDR KAKGRAAADKDKGTKFTTEEIMQAID
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 16.750533 KDa
配列文字列:
MKYNPRVSSS RRKSRKAHFT APSSVRRVLM SAPLSSELRA KYNVRSMPVR KDDEVQVVRG TYKGREGKVV QVYRKKWVIH IERITREKV NGSTVNVGIN PSKVVVSKLR LDKDRRSLLD RKAKGRAAAD KDKGTKFTTE EIMQAID

UniProtKB: KOW domain-containing protein

+
分子 #25: 60S ribosomal protein L27

分子名称: 60S ribosomal protein L27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 15.698643 KDa
配列文字列:
MVKFLKPNKA VILLQGKYAG RKAVIVRAFD EGTRDRPYGH CLVAGISKYP KKVIRKDSAK KQAKKSRVKA FIKLVNYNHI MPTRYTLDV DLKDVVNADV LQARDKKVTA AKETKARFEE RFKTGKNRWF FTKLRF

UniProtKB: 60S ribosomal protein L27

+
分子 #26: Putative 60S ribosomal protein L27a-3-like

分子名称: Putative 60S ribosomal protein L27a-3-like / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 16.479389 KDa
配列文字列:
MTTRFKKNRK KRGHVSAGHG RIGKHRKHPG GRGNAGGMHH HRILFDKYHP GYFGKVGMRY FHKLRNKFYC PTVNIDTLWS LVPQEVKDK AAANKGTAPL IDVTQFGYFK VLGKGVLPTG QPVVVKAKLI SKNAEKKIKE NGGAVVLTA

UniProtKB: Putative 60S ribosomal protein L27a-3-like

+
分子 #27: 60S ribosomal protein L29

分子名称: 60S ribosomal protein L29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 6.989926 KDa
配列文字列:
MAKSKNHTAH NQSYKAHRNG IKKPKSHRHS STKGMDPKFL RNQRYARKHN KKNGETAAEE

UniProtKB: 60S ribosomal protein L29

+
分子 #28: Ribosomal_L7Ae domain-containing protein

分子名称: Ribosomal_L7Ae domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 12.367472 KDa
配列文字列:
MVAAKKTKKT HESINNRLAL VMKSGKYTLG YKTVLKTIRS SKGKLVIIAN NCPPLRKSEI EYYAMLAKVG VHHYNGNNVD LGTACGKYY RVSCLSIIDP GDSDIIKSLP SDQ

UniProtKB: Ribosomal_L7Ae domain-containing protein

+
分子 #29: 60S ribosomal protein eL31

分子名称: 60S ribosomal protein eL31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 13.890225 KDa
配列文字列:
MVEKTKGRKE EVVSREYTIN LHKRLHGCTF KKKAPTAIKE IRKFAQKAMG TKDVRVDVKL NKQIWSRGIR SVPRRVRVRI ARKRNDDED AKEELYSLVT VAEIPAEGLK GLGTKIIEDE E

UniProtKB: 60S ribosomal protein L31

+
分子 #30: 60S ribosomal protein eL32

分子名称: 60S ribosomal protein eL32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 15.673507 KDa
配列文字列:
MAVPLLNKKV VKKRVKRFIR PQSDRRITVK ESWRRPKGID SRVRRKFKGC VLMPNIGYGS DKKTRHYLPN GFKKFVVHNA SELEILMMH NRTYCAEIAH NVSTRKRKEI VERAAQLDVV ITNKLARLHS QEDE

UniProtKB: 60S ribosomal protein L32

+
分子 #31: 60S ribosomal protein eL33

分子名称: 60S ribosomal protein eL33 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 12.952167 KDa
配列文字列:
MVKGRQGERI RLYVRGTVLG YKRSKSNQYP NTSLIQIEGV NTKEEVDWYL GKRLGYIYKA KTKKNNSHYR CIWGKVCRPH GNSGVVRAK FKSNLPPKSM GAKVRVFMYP SNI

UniProtKB: 60S ribosomal protein L35a

+
分子 #32: 60S ribosomal protein eL34

分子名称: 60S ribosomal protein eL34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 13.815384 KDa
配列文字列:
MVQRLTYRKR HSYATKSNQH RVVKTPGGKL IYQTTKKRAN GPKCPVTGKR IQGIPHLRPA EYKRSRLSRN RRTVNRAYGG VLSGSAVRE RIIRAFLVEE QKIVKKVLKI QKAKEKLASK S

UniProtKB: 60S ribosomal protein L34

+
分子 #33: Similar to 60S ribosomal protein L35

分子名称: Similar to 60S ribosomal protein L35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 14.324415 KDa
配列文字列:
MARIKVHELR NKSKTELLAQ LKDLKAELAL LRVAKVTGGA PNKLSKIKVV RLSIAQVLTV ISQKQKAALR EVYKNKKYLP LDLRPKKTR AIRKRLTKHQ SSLKTEREKK KEMYFPLRKY AIKV

UniProtKB: Similar to 60S ribosomal protein L35

+
分子 #34: 60S ribosomal protein L36

分子名称: 60S ribosomal protein L36 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 12.406898 KDa
配列文字列:
MAPKQPNTGI SVGLNKGHVV TKKELAPRPS DRKGKTSKRI HFVRSLIREV AGFAPYEKRI TELLKVGKDK RALKVAKRKL GTHKRAKKK REEMSSVLRK MRATGGGEKK K

UniProtKB: 60S ribosomal protein L36

+
分子 #35: Ribosomal protein L37

分子名称: Ribosomal protein L37 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 10.809628 KDa
配列文字列:
MGKGTGSFGK RRNKTHTLCV RCGRRSFHLQ KSRCSACAYP AARLRSYNWS VKAIRRKTTG TGRMRYLRNV PRRFKTNFRE GTEAAPRKK GTAASA

UniProtKB: Ribosomal protein L37

+
分子 #36: 60S ribosomal protein L38

分子名称: 60S ribosomal protein L38 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 8.101704 KDa
配列文字列:
MPKQIHEIKD FLLTARRKDA RTVKIKKNKD MVKFKVRCSK YLYTLCVSDF EKADKLKQSL PPGLSVQDL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL38

+
分子 #37: 60S ribosomal protein eL39

分子名称: 60S ribosomal protein eL39 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 6.489813 KDa
配列文字列:
MPSHKSFMIK KKLAKKQRQN RPIPYWIRMR TDNTIRYNAK RRHWRRTKLG F

UniProtKB: 60S ribosomal protein L39

+
分子 #38: Ubiquitin-like domain-containing protein

分子名称: Ubiquitin-like domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 38 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 14.745399 KDa
配列文字列:
MQIFVKTLTG KTITLEVESS DTIDNVKAKI QDKEGIPPDQ QRLIFAGKQL EDGRTLADYN IQKESTLHLV LRLRGGIIEP SLMALARKY NQEKMICRKC YARLHPRAVN CRKRKCGHSN QLRPKKKIK

UniProtKB: Ubiquitin-like domain-containing protein

+
分子 #39: 60S ribosomal protein eL42

分子名称: 60S ribosomal protein eL42 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 39 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 12.037346 KDa
配列文字列:
MVNVPKTKKT YCKSKECKKH TLHKVTQYKK GKDSLAAQGK RRYDRKQSGY GGQTKPVFHK KAKTTKKIVL RLQCQGCKHV SQHPIKRCK HFEIGGDKKG KGTSLF

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #40: 60S ribosomal protein eL43

分子名称: 60S ribosomal protein eL43 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 40 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 10.280108 KDa
配列文字列:
MTKRTKKAGI VGKYGTRYGA SLRKQIKKME VSQHSKYFCE FCGKYAVKRK AVGIWGCKDC GKVKAGGAYT LNTASAVTVR STIRRLREQ TES

UniProtKB: 60S ribosomal protein L37a

+
分子 #41: Ribosomal_L28e domain-containing protein

分子名称: Ribosomal_L28e domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 41 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 16.018641 KDa
配列文字列:
M(THC)TVPGQLVW EIVKKNNSFL VKEFGNGTAG VVFSKEPNNL YNLHSYKHSG LANKKTVTIQ PDGKDKSVLL ATSKTK KQN KPSRLLNKSV MKKEFSRMAK AVTNQVGDNY YRPDLKKAAL ARLSAVHRSL KVTKSGAKKR NRQA

UniProtKB: Ribosomal eL28/Mak16 domain-containing protein

+
分子 #42: tRNA

分子名称: tRNA / タイプ: rna / ID: 42 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 589.43 Da
配列文字列:
CA

+
分子 #43: 25S rRNA

分子名称: 25S rRNA / タイプ: rna / ID: 43 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 1.098453 MDa
配列文字列: GCGACCCCAG GUCAGGCGGG AUUACCCGCU GAGU(PSU)UAAGC AUA(OMU)CAA(OMU)AA GCGGAGGAAA AGAAACU (PSU)A CAAGGAUUCC CCUAGUAACG GCGAGCGAAC CGGGAACAGC CCAGCCUUAG AAUCGGGCGG CUCCGUCGUC CGAA (OMU)UGUA ...文字列:
GCGACCCCAG GUCAGGCGGG AUUACCCGCU GAGU(PSU)UAAGC AUA(OMU)CAA(OMU)AA GCGGAGGAAA AGAAACU (PSU)A CAAGGAUUCC CCUAGUAACG GCGAGCGAAC CGGGAACAGC CCAGCCUUAG AAUCGGGCGG CUCCGUCGUC CGAA (OMU)UGUA GUCUGGAGAA GCGUCCUCAG CGGCGGACCG GGCCCAAGUC CCCUGGAAGG GGGCGCCGGA GAGGGUGAGA G CCCCGUCG UGCCCGGACC CUGUCGCACC ACGAGGCGCU GUCUACGAGU CGGGUUGUUU GGGAAUGCAG CCCAAAUCGG GC GGUGAAU UCCGUCCAAG GCUAAAUACU GGCGAGAGAC CGAUAGCGAA CAAGUACCGC GAGGGAAAGA UG(A2M)AAAGGA CU(PSU)UGAAAAG AGAGUCAAAG AGU(OMG)CUUGAA AUUGUCGGGA GGGAAGCGGA UGGGGGCCGG CGAUGCGCCC CG GUCGGAU GUGGAACGGC GACGAGCCGG UCCGCCGAUC GACUCGGGGC GUGGACCAGC GUGGAUUGGG GGGGCGGCCA AAG CCCGGG CUCUCGAUAC GCCCGUGGAA CGCCGUCUCC CCGAUUGUGG AAGGCAGCGC GCGCCUCCGG CGUGCUUCGG CAUC UGCGC GCUCCGGACG CUGGCCUGUG GGCUCCCCAU UCGACCCGUC UUG(1MA)AAC(A2M)CG GACCAAGGAG U(OMC) (OMU)GACAUG UGUGCGAGUC AACGGGCGAG UAAACCCGUA AGGCGUAAGG AAGCUGAUUG GUGGGAUCCC CCUGAGGGG UGCACCGCCG ACCGACCUUG AUCUUCUGAG AAGGGUUCGA GUGUGAGCAU ACC(OMU)GUCGGG ACCC(OMG)A(A2M)A G AUGGUGA(A2M)C(PSU) AUGCCUGAGC GGGGCGAAGC CAGAGGAAAC UCUGGUGGAG GCCCGCAGCG AUACUG(A2M) CG UGCAAA(PSU)CGU UCGUCUGACU UGGGUAUAG(OMG) GGCGAAAGAC UAAUCGAACC GUCUAGU(A2M)GC UGGUUC CCU CCGAAGUUUC CC(PSU)CAGGAUA GCUGGAGCUC GCGUGCGAGU UCUA(PSU)CGGGU AAAGCCAA(PSU)G AUUAG AGGC CUCGGGGGCG CAACGCCCUC GACCUAU(PSU)CU CAAACUU(PSU)AA A(OMU)AGGUAGGA CGGCGCGGCU GCUU UGUUG AGCCGCGCCA CGGAAUCAAG AGCUCCAAGU GGGCCAU(PSU)(PSU)(PSU) UGGUAAGC(A2M)G AACUGGCGA UGCGGGAUGA ACCGGAAGCC GGGUUACGGU GCCAAACUGC GCGCUAACCU AGAUCCCACA AAGGGUGUUG GUCGA(PSU) UAA GACAGCAGGA CGGUGGUCAU GGAAGUCGAA AUCCGCUAAG GAGUGUGUAA CAACUCACCU GCCGAAUCAA CUAGCCC CG AAAAUGGAUG GCGCUUAAGC GCGCGACCUA CACCCGGCCG UCGGGGCAAG UGCCAGGCCC CGAUG(A2M)GUAG GAGG GCGCG GCGGUCGCUG CAAAACCUUG GGCGCGAGCC UGGGCGGAGC GGCCGUCGGU GCAGAU(OMC)UUG GUGGUAGU (A2M) (OMG)CAAAUAUUC AAA(PSU)GAGAA(OMC) U(PSU)UGAAGGCC GAAGAGGGGA AAGGUUCCAU GUGAACGGC ACUUGCACAU GGGUUAG(OMU)CG AUCCUAAGGG UCGGGGGAAC CCCGACAGAU AGCGCGUUUC GCGCGUACUC CGAAAG GGA AUCGGGUUAA AAUUCCUGAA CCGGGACGUG GCGGUUGACG GCAACGUUAG GAAGUCCGGA GACGUCGGCG GGAGCCU CG GGAAGAGUUA UCUUUUCUGU UUAACAGCCU GCCCACCCUG GAAUCGGCUC AGCCGGAGGU AGGGUCCAGC GGCUGGAA G AGCACCGCAC GUCGCGUGGU GUCCGGUGCG CUCCCGGCGG CCCUUGAAAA UCCGGAGGAC CGAAUGCCGU CCACGCCCG GUCGUACUCA UAA(OMC)CG(OMC)AUC A(OMG)GUCU(OMC)CAA GGUGAACAGC CUCUGGUCGA UGGAACAA(OMU)G UAGGCAAGG GAAG(PSU)CGGCA AAAUGGAUCC GUAACUUCGG GAAAAGGAUU GGCUCUGAGG GCUGGGCACG GGGGUCC CA GUCCCGAACC CGUCGGCUGU CGGUGGACUG CUCGAGCUGC UCCCGCGGCG AGAGCGGGUC GCCGCGUGCC GGCCGGGG G ACGGACUGGG AACGGUUCCU UCGGGGGCCU UCCCCGGGCG UCGAACAGCC AACUCAGAAC UGG(OMU)ACGGAC AAG (OMG)(OMG)G(A2M)AU CCGAC(PSU)G(PSU)UU AAUUAAAACA AAGCAUUGCG AUGGUCCCAA CGGAUGUUUA CGCA AUGUG AUU(PSU)CUGCC(OMC) AGUGCUCUGA AUG(PSU)CAAAGU GA(A2M)GAAA(PSU)UC AACCAAGC(OMG)C G GGUAAACG GCGGGAG(PSU)A(A2M) C(PSU)A(PSU)GAC(PSU)C(PSU) CUUAAGGUAG C(5MC)AA(A2M)UGCCU C(OMG)UCAU(OMC)UA AUUAGUGACG CGCAUGAA(PSU)G GA(PSU)UA(A2M)CGAG (A2M)UUCCCACUG U(OMC)C CUGUCU AC(OMU)A(PSU)CCAGC GAAACCACAG (OMC)CAAGGGAAC GGGCUUGGCA GAAUCA(OMG)CGG (OMG)GAA AGAAG ACCCU(OMG)(OMU)UGA GC(PSU)UGAC(OMU)CU AGUCCGAC(PSU)U UGUGAAAUGA CUUGAGAGGU GUAGU AUAA GUGGGAGCCG AAAGGCGAAA GUGAAAUACC ACUACUUUUA ACGUUAUUUU ACUUA(PSU)UCCG UGAAUCGGAA GC GGGGCAC UGCCCCUCUU UUUGGACCCA AGGCUCGCUU CGCGGGCCGA UCCGGGCGGA AGACAUUGUC AGGUGGGGAG UU (PSU)GGCUG(OMG) GGCGGCACAU CUGUUAAAAG (A2M)UAACGCAGG (OMU)(OMG)UCCUAAGA UGAGCUCAAC GAG AACAGA AAU(OMC)UCGUGU GGAACAGAAG GGUAAAAGCU CGU(PSU)UGAU(OMU)C UGAUUUCCAG (OMU)ACGAA (OMU)AC GAACCG(PSU)GAA AGCGUGGCCU AACGAUCCUU UAGACCUUCG GAAUUCGAAG CUA(OMG)A(OMG)GUGU C AGAAAAGU UACCACAG(OMG)G AUAACUGGC(PSU) UGUGGCAGC(OMC) AAGCGU(PSU)CAU AGCGACG(PSU)UG CU UUUUGA(PSU) CCUU(5MC)GAUGU CGG(OMC)(PSU)CU(OMU)CC UAUCAUUG(PSU)G AAGCAGAAUU CACCA (A2M)GUG UU(OMG)GAU(OMU)(OMG)(PSU)U CACCCACCAA UAGGGAACG(PSU) G(A2M)G(OMC)UGGG(UR3)U (PSU)AGA(OMC)CGUC GUGAGACAGG U(PSU)AGUUUUAC CCUACUGA(PSU)G ACAGUGUCGC AAUAGUAAUU CAACC UAGU ACGAGAGGAA CCGUUGAUUC ACACAAUUGG CCAUCGCGCU UGGUUGAAAA GCCAGUGGCG CGAAGCUACC GUGUGC UGG AUUAUGAC(PSU)G AACGCCUCUA AGUCAGAAUC CGGGCUAGAA GCGACGCAUG CGCCCGCCGU CCGCUUGCCG ACC CGCAGU AGGGGCCUUU GGCCCCCAAG GGCACGUGUC GUUGGCUAAG UCGCCGCGAC GGAAGCGUCG CGGUGACCGC CUUG AAGUA CAAUUUCCAU CGAGCGGCGG GUAGAAUCCU UUGCAGACGA C(OMU)UAAAUACG CGACGGGGUA UUGUAAGUGG C AGAGUGGC CUUGCUGCCA CGAUCCACUG AGAUUCAGCC CUUUGUCGCU CCGAUUCGU

GENBANK: GENBANK: OK073662.1

+
分子 #44: 5S rRNA

分子名称: 5S rRNA / タイプ: rna / ID: 44 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 38.634941 KDa
配列文字列:
GGAUGCGAUC AUACCAGCAC UAACGCACCG GAUCCCAUCA GAACUCCGAA GUUAAGCGUG CUUGGGCGAG AGUAGUACUA GGAUGGGUG ACCCCCUGGG AAGUCCUCGU GUUGCAUCCC U

GENBANK: GENBANK: X55697.1

+
分子 #45: 5.8S rRNA

分子名称: 5.8S rRNA / タイプ: rna / ID: 45 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 53.173613 KDa
配列文字列:
ACAAACGACU CUCGGCAACG GA(PSU)AUCUCGG CUCUCGCAUC GAUGAAG(A2M)AC GUAGCGAAAU GCGAUACUUG GU GUGAAU(PSU) (OMG)CAGAAUCCC GUGAACCAUC GAGUCUUUGA ACGCAAGUUG CGCCCGAAGC CAUUUGGCCG AGGGC ACGU CUGCCUGGGC GUCACGC

GENBANK: GENBANK: MH573911.1

+
分子 #46: POTASSIUM ION

分子名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 46 / コピー数: 90 / 式: K
分子量理論値: 39.098 Da

+
分子 #47: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 47 / コピー数: 276 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #48: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 48 / コピー数: 4 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #49: SPERMINE

分子名称: SPERMINE / タイプ: ligand / ID: 49 / コピー数: 3 / 式: SPM
分子量理論値: 202.34 Da
Chemical component information

ChemComp-SPM:
SPERMINE / スペルミン

+
分子 #50: SPERMIDINE

分子名称: SPERMIDINE / タイプ: ligand / ID: 50 / コピー数: 1 / 式: SPD
分子量理論値: 145.246 Da
Chemical component information

ChemComp-SPD:
SPERMIDINE / スペルミジン

+
分子 #51: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 51 / コピー数: 3935 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 30.2 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 2.8000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

3883

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.35 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 335806
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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