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- EMDB-13920: SARS-CoV-2 S protein S:D614G mutant 2-up -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13920
タイトルSARS-CoV-2 S protein S:D614G mutant 2-up
マップデータSARS-CoV-2 S protein S:D614G mutant 2-up
試料
  • 複合体: SARS-CoV-2 S protein S:D614G mutant
    • タンパク質・ペプチド: SARS-CoV-2 S protein S:D614G mutant
キーワードSARS-CoV-2 / S protein / S:A222V + S:D614G mutant / VIRAL PROTEIN
生物種Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.8 Å
データ登録者Ginex T / Marco-Marin C / Wieczor M / Mata CP / Krieger J / Lopez-Redondo ML / Ruiz-Rodriguez P / Melero R / Sanchez-Sorzano CO / Martinez M ...Ginex T / Marco-Marin C / Wieczor M / Mata CP / Krieger J / Lopez-Redondo ML / Ruiz-Rodriguez P / Melero R / Sanchez-Sorzano CO / Martinez M / Gougeard N / Forcada-Nadal A / Zamora-Caballero S / Gozalbo-Rovira R / Sanz-Frasquet C / Bravo J / Rubio V / Marina A / Geller R / Comas I / Gil C / Coscolla M / Orozco M / Llacer JL / Carazo JM
資金援助 スペイン, 8件
OrganizationGrant number国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesPID2019-104757RB-I00 スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesRTI2018-094399-A-I00 スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesGrant SEV 2017-0712 スペイン
H2020 Marie Curie Actions of the European CommissionMSCA IF 2020, Proposal: 101024130 スペイン
European Research Council (ERC)HighResCells, ERC - 2018 - SyG, Proposal: 810057 スペイン
Spanish National Research CouncilCSIC PTI Salud Global Proposal: 202080E110 スペイン
European Research Council (ERC)ERC CoG 101001038 スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesSEJI/2019/011 スペイン
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2022
タイトル: The structural role of SARS-CoV-2 genetic background in the emergence and success of spike mutations: The case of the spike A222V mutation.
著者: Tiziana Ginex / Clara Marco-Marín / Miłosz Wieczór / Carlos P Mata / James Krieger / Paula Ruiz-Rodriguez / Maria Luisa López-Redondo / Clara Francés-Gómez / Roberto Melero / Carlos ...著者: Tiziana Ginex / Clara Marco-Marín / Miłosz Wieczór / Carlos P Mata / James Krieger / Paula Ruiz-Rodriguez / Maria Luisa López-Redondo / Clara Francés-Gómez / Roberto Melero / Carlos Óscar Sánchez-Sorzano / Marta Martínez / Nadine Gougeard / Alicia Forcada-Nadal / Sara Zamora-Caballero / Roberto Gozalbo-Rovira / Carla Sanz-Frasquet / Rocío Arranz / Jeronimo Bravo / Vicente Rubio / Alberto Marina / / Ron Geller / Iñaki Comas / Carmen Gil / Mireia Coscolla / Modesto Orozco / José Luis Llácer / Jose-Maria Carazo /
要旨: The S:A222V point mutation, within the G clade, was characteristic of the 20E (EU1) SARS-CoV-2 variant identified in Spain in early summer 2020. This mutation has since reappeared in the Delta ...The S:A222V point mutation, within the G clade, was characteristic of the 20E (EU1) SARS-CoV-2 variant identified in Spain in early summer 2020. This mutation has since reappeared in the Delta subvariant AY.4.2, raising questions about its specific effect on viral infection. We report combined serological, functional, structural and computational studies characterizing the impact of this mutation. Our results reveal that S:A222V promotes an increased RBD opening and slightly increases ACE2 binding as compared to the parent S:D614G clade. Finally, S:A222V does not reduce sera neutralization capacity, suggesting it does not affect vaccine effectiveness.
履歴
登録2021年11月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年5月25日-
マップ公開2022年5月25日-
更新2023年12月13日-
現状2023年12月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_13920.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13920.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈SARS-CoV-2 S protein S:D614G mutant 2-up
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.4 Å/pix.
x 300 pix.
= 420. Å		1.4 Å/pix.
x 300 pix.
= 420. Å		1.4 Å/pix.
x 300 pix.
= 420. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.4 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.084
最小 - 最大-0.0035506897 - 2.3162985
平均 (標準偏差)0.0015027241 (±0.028394287)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-150-150-150
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 420.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: SARS-CoV-2 S protein S:D614G mutant 2-up unsharpened map

ファイルemd_13920_additional_1.map
注釈SARS-CoV-2 S protein S:D614G mutant 2-up unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: SARS-CoV-2 S protein S:D614G mutant 2-up half map 1

ファイルemd_13920_half_map_1.map
注釈SARS-CoV-2 S protein S:D614G mutant 2-up half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: SARS-CoV-2 S protein S:D614G mutant 2-up half map 2

ファイルemd_13920_half_map_2.map
注釈SARS-CoV-2 S protein S:D614G mutant 2-up half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : SARS-CoV-2 S protein S:D614G mutant

全体名称: SARS-CoV-2 S protein S:D614G mutant
要素
  • 複合体: SARS-CoV-2 S protein S:D614G mutant
    • タンパク質・ペプチド: SARS-CoV-2 S protein S:D614G mutant

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超分子 #1: SARS-CoV-2 S protein S:D614G mutant

超分子名称: SARS-CoV-2 S protein S:D614G mutant / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス)
分子量理論値: 340 KDa

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分子 #1: SARS-CoV-2 S protein S:D614G mutant

分子名称: SARS-CoV-2 S protein S:D614G mutant / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: CVNLTTRTQL PPAYTNSFTR GVYYPDKVFR SSVLHSTQDL FLPFFSNVTW FHAIHVSGTN GTKRFDNPVL PFNDGVYFAS TEKSNIIRGW IFGTTLDSKT QSLLIVNNAT NVVIKVCEFQ FCNDPFLGVY YHKNNKSWME SEFRVYSSAN NCTFEYVSQP FLMDLEGKQG ...文字列:
CVNLTTRTQL PPAYTNSFTR GVYYPDKVFR SSVLHSTQDL FLPFFSNVTW FHAIHVSGTN GTKRFDNPVL PFNDGVYFAS TEKSNIIRGW IFGTTLDSKT QSLLIVNNAT NVVIKVCEFQ FCNDPFLGVY YHKNNKSWME SEFRVYSSAN NCTFEYVSQP FLMDLEGKQG NFKNLREFVF KNIDGYFKIY SKHTPINLVR DLPQGFSALE PLVDLPIGIN ITRFQTLLAL HRSYLTPGDS SSGWTAGAAA YYVGYLQPRT FLLKYNENGT ITDAVDCALD PLSETKCTLK SFTVEKGIYQ TSNFRVQPTE SIVRFPNITN LCPFGEVFNA TRFASVYAWN RKRISNCVAD YSVLYNSASF STFKCYGVSP TKLNDLCFTN VYADSFVIRG DEVRQIAPGQ TGKIADYNYK LPDDFTGCVI AWNSNNLDSK VGGNYNYLYR LFRKSNLKPF ERDISTEIYQ AGSTPCNGVE GFNCYFPLQS YGFQPTNGVG YQPYRVVVLS FELLHAPATV CGPKKSTNLV KNKCVNFNFN GLTGTGVLTE SNKKFLPFQQ FGRDIADTTD AVRDPQTLEI LDITPCSFGG VSVITPGTNT SNQVAVLYQG VNCTEVPVAI HADQLTPTWR VYSTGSNVFQ TRAGCLIGAE HVNNSYECDI PIGAGICASY QTQTNSPASV ASQSIIAYTM SLGAENSVAY SNNSIAIPTN FTISVTTEIL PVSMTKTSVD CTMYICGDST ECSNLLLQYG SFCTQLNRAL TGIAVEQDKN TQEVFAQVKQ IYKTPPIKDF GGFNFSQILP DPSKPSKRSF IEDLLFNKVT LADAGFIKQY GDCLGDIAAR DLICAQKFNG LTVLPPLLTD EMIAQYTSAL LAGTITSGWT FGAGAALQIP FAMQMAYRFN GIGVTQNVLY ENQKLIANQF NSAIGKIQDS LSSTASALGK LQDVVNQNAQ ALNTLVKQLS SNFGAISSVL NDILSRLDPP EAEVQIDRLI TGRLQSLQTY VTQQLIRAAE IRASANLAAT KMSECVLGQS KRVDFCGKGY HLMSFPQSAP HGVVFLHVTY VPAQEKNFTT APAICHDGKA HFPREGVFVS NGTHWFVTQR NFYEPQIITT DNTFVSGNCD VVIGIVNNTV YDPLQPELDS FKEELDKYFK NHTSPDVDLG DISGINASVV NIQKEIDRLN EVAKNLNESL IDLQELGKYE QYIKWPLVPR GSGYIPEAPR DGQAYVRKDG EWVFLSTFLS PHHHHHHHHH EQKLISEEDL

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.7 mg/mL
緩衝液pH: 7.2
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMHepesHepes pH7.2
150.0 mMNaClsodium chloride
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2492 / 平均露光時間: 20.0 sec. / 平均電子線量: 32.4 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.3 µm / 倍率（公称値）: 120000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 268763
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Initial model generation
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 2084
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類ソフトウェア: (名称: RELION, Scipion)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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