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万見
- PDB-7qdh: SARS-CoV-2 S protein S:D614G mutant 1-up -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qdh
タイトルSARS-CoV-2 S protein S:D614G mutant 1-up
要素Spike glycoprotein,Fibritin
キーワードVIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 / S protein / S:D614G mutant
機能・相同性
機能・相同性情報


virion component / Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / viral translation / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion ...virion component / Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / viral translation / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / membrane fusion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / Attachment and Entry / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / receptor ligand activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Fibritin C-terminal / Fibritin C-terminal region / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. ...Fibritin C-terminal / Fibritin C-terminal region / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein / Fibritin
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
Escherichia virus T4 (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Ginex, T. / Marco-Marin, C. / Wieczor, M. / Mata, C.P. / Krieger, J. / Lopez-Redondo, M.L. / Frances-Gomez, C. / Ruiz-Rodriguez, P. / Melero, R. / Sanchez-Sorzano, C.O. ...Ginex, T. / Marco-Marin, C. / Wieczor, M. / Mata, C.P. / Krieger, J. / Lopez-Redondo, M.L. / Frances-Gomez, C. / Ruiz-Rodriguez, P. / Melero, R. / Sanchez-Sorzano, C.O. / Martinez, M. / Gougeard, N. / Forcada-Nadal, A. / Zamora-Caballero, S. / Gozalbo-Rovira, R. / Sanz-Frasquet, C. / Bravo, J. / Rubio, V. / Marina, A. / Geller, R. / Comas, I. / Gil, C. / Coscolla, M. / Orozco, M. / LLacer, J.L. / Carazo, J.M.
資金援助 スペイン, 8件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesPID2019-104757RB-I00 スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesRTI2018-094399-A-I00 スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesGrant SEV 2017-0712 スペイン
H2020 Marie Curie Actions of the European CommissionMSCA IF 2020, Proposal: 101024130 スペイン
European Research Council (ERC)HighResCells, ERC - 2018 - SyG, Proposal: 810057 スペイン
Spanish National Research CouncilCSIC PTI Salud Global Proposal: 202080E110 スペイン
European Research Council (ERC)ERC CoG 101001038 スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesSEJI/2019/011 スペイン
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2022
タイトル: The structural role of SARS-CoV-2 genetic background in the emergence and success of spike mutations: The case of the spike A222V mutation.
著者: Tiziana Ginex / Clara Marco-Marín / Miłosz Wieczór / Carlos P Mata / James Krieger / Paula Ruiz-Rodriguez / Maria Luisa López-Redondo / Clara Francés-Gómez / Roberto Melero / Carlos ...著者: Tiziana Ginex / Clara Marco-Marín / Miłosz Wieczór / Carlos P Mata / James Krieger / Paula Ruiz-Rodriguez / Maria Luisa López-Redondo / Clara Francés-Gómez / Roberto Melero / Carlos Óscar Sánchez-Sorzano / Marta Martínez / Nadine Gougeard / Alicia Forcada-Nadal / Sara Zamora-Caballero / Roberto Gozalbo-Rovira / Carla Sanz-Frasquet / Rocío Arranz / Jeronimo Bravo / Vicente Rubio / Alberto Marina / / Ron Geller / Iñaki Comas / Carmen Gil / Mireia Coscolla / Modesto Orozco / José Luis Llácer / Jose-Maria Carazo /
要旨: The S:A222V point mutation, within the G clade, was characteristic of the 20E (EU1) SARS-CoV-2 variant identified in Spain in early summer 2020. This mutation has since reappeared in the Delta ...The S:A222V point mutation, within the G clade, was characteristic of the 20E (EU1) SARS-CoV-2 variant identified in Spain in early summer 2020. This mutation has since reappeared in the Delta subvariant AY.4.2, raising questions about its specific effect on viral infection. We report combined serological, functional, structural and computational studies characterizing the impact of this mutation. Our results reveal that S:A222V promotes an increased RBD opening and slightly increases ACE2 binding as compared to the parent S:D614G clade. Finally, S:A222V does not reduce sera neutralization capacity, suggesting it does not affect vaccine effectiveness.
履歴
登録2021年11月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spike glycoprotein,Fibritin
B: Spike glycoprotein,Fibritin
C: Spike glycoprotein,Fibritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)426,26137
ポリマ－416,7083
非ポリマー9,55334
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Spike glycoprotein,Fibritin / S glycoprotein / E2 / Peplomer protein / Collar protein / Whisker antigen control protein


分子量: 138902.688 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス), (組換発現) Escherichia virus T4 (ウイルス)
遺伝子: S, 2, wac
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P0DTC2, UniProt: P10104
#2: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖...
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: SARS-CoV-2 S protein S:D614G mutant / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.34 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス)694009
31Escherichia virus T4 (ウイルス)10665
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
ウイルスについての詳細中空か: YES
緩衝液pH: 7.2
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
110 mMHepes pH7.2Hepes1
2150 mMsodium chlorideNaCl1
試料濃度: 0.7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 283 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: OTHER / 倍率（公称値）: 120000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 300 nm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 20 sec. / 電子線照射量: 32.4 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2492

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0158 / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2crYOLO粒子像選択
3Scipion粒子像選択
4EPU画像取得
6CTFFINDCTF補正
7GctfCTF補正
8cryoSPARCCTF補正
11UCSF Chimeraモデルフィッティング
12Cootモデルフィッティング
14cryoSPARC初期オイラー角割当
15cryoSPARC最終オイラー角割当
16RELION分類
17Scipion分類
18cryoSPARC３次元再構成
19REFMACモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 268763
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 82102 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: RECIPROCAL
精密化解像度: 4.2→420 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.542 / SU B: 42.445 / SU ML: 0.547 / ESU R: 0.265
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rwork0.55593 --
obs0.55593 2093892 100 %
溶媒の処理溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION
原子変位パラメータBiso mean: 196.469 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7 Å2-3.31 Å20.12 Å2
2--1.98 Å2-0.6 Å2
3---5.01 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 25703
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.010.0226367
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d0.0050.0223445
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.5581.97235988
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg1.396354586
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg4.04653203
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg28.3124.6951180
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg15.598154041
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg14.39415104
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.0850.24150
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0070.02129196
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0050.025360
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it3.29720.07412850
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other3.29720.07412850
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it6.1830.10516032
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other6.1830.10616033
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it1.59620.84313517
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other1.59520.84413518
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other3.49231.17119957
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined22.04105597
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other22.04105598
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 4.2→4.309 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rwork0.561 154585 -
Rfree-0 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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