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万見
- EMDB-1392: A three-dimensional cryo-electron microscopy structure of the bac... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1392
タイトルA three-dimensional cryo-electron microscopy structure of the bacteriophage phiKZ head.
マップデータcryo-EM reconstruction of the bacteriophage phiKZ capsid
試料
  • 試料: Bacteriophage phiKZ capsid
  • ウイルス: Pseudomonas phage phiKZ (ファージ)
生物種Pseudomonas phage phiKZ (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 18.0 Å
データ登録者Fokine A / Kostyuchenko V / Efimov A / Kurochkina L / Sykilinda N / Robben J / Volckaert G / Hoenger A / Chipman P / Battisti A ...Fokine A / Kostyuchenko V / Efimov A / Kurochkina L / Sykilinda N / Robben J / Volckaert G / Hoenger A / Chipman P / Battisti A / Rossmann M / Mesyanzhinov V
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2005
タイトル: A three-dimensional cryo-electron microscopy structure of the bacteriophage phiKZ head.
著者: Andrei Fokine / Victor A Kostyuchenko / Andrey V Efimov / Lidia P Kurochkina / Nina N Sykilinda / Johan Robben / Guido Volckaert / Andreas Hoenger / Paul R Chipman / Anthony J Battisti / ...著者: Andrei Fokine / Victor A Kostyuchenko / Andrey V Efimov / Lidia P Kurochkina / Nina N Sykilinda / Johan Robben / Guido Volckaert / Andreas Hoenger / Paul R Chipman / Anthony J Battisti / Michael G Rossmann / Vadim V Mesyanzhinov /
要旨: The three-dimensional structure of the Pseudomonas aeruginosa bacteriophage phiKZ head has been determined by cryo-electron microscopy and image reconstruction to 18A resolution. The head has ...The three-dimensional structure of the Pseudomonas aeruginosa bacteriophage phiKZ head has been determined by cryo-electron microscopy and image reconstruction to 18A resolution. The head has icosahedral symmetry measuring 1455 A in diameter along 5-fold axes and a unique portal vertex to which is attached an approximately 1800 A-long contractile tail. The 65 kDa major capsid protein, gp120, is organized into a surface lattice of hexamers, with T = 27 triangulation. The shape and size of the hexamers is similar to the hexameric building blocks of the bacteriophages T4, phi29, P22, and HK97. Pentameric vertices of the capsid are occupied by complexes composed of several special vertex proteins. The double-stranded genomic DNA is packaged into a highly condensed series of layers, separated by 24 A, that follow the contour of the inner wall of the capsid.
履歴
登録2007年7月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2007年7月17日-
マップ公開2007年9月6日-
更新2012年10月17日-
現状2012年10月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.054496524
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.054496524
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1392.gif

emd_1392.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1392.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 173.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈cryo-EM reconstruction of the bacteriophage phiKZ capsid
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.24 Å/pix.
x 360 pix.
= 1527.12 Å		4.24 Å/pix.
x 360 pix.
= 1527.12 Å		4.24 Å/pix.
x 360 pix.
= 1527.12 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.242 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 0.0662 / ムービー #1: 0.0544965
最小 - 最大-0.126409 - 0.210199
平均 (標準偏差)0.0141981 (±0.0326387)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 1527.12 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.2424.2424.242
M x/y/z360360360
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1527.1201527.1201527.120
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-64-64-64
NX/NY/NZ128128128
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS360360360
D min/max/mean-0.1260.2100.014

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Bacteriophage phiKZ capsid

全体名称: Bacteriophage phiKZ capsid
要素
  • 試料: Bacteriophage phiKZ capsid
  • ウイルス: Pseudomonas phage phiKZ (ファージ)

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超分子 #1000: Bacteriophage phiKZ capsid

超分子名称: Bacteriophage phiKZ capsid / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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超分子 #1: Pseudomonas phage phiKZ

超分子名称: Pseudomonas phage phiKZ / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: phage phiKZ head, bacteriophage phiKZ / NCBI-ID: 169683 / 生物種: Pseudomonas phage phiKZ / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: phage phiKZ head, bacteriophage phiKZ
宿主生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 別称: BACTERIA(EUBACTERIA)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: gp120 / 直径: 1455 Å / T番号(三角分割数): 27

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 50 mM tris-Acetate-EDTA buffer (pH 7.5)
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 40 % / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: in house manufactured / 手法: hand blot 3 seconds, pluging during blot

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM300FEG/T
アライメント法Legacy - 非点収差: live fft
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 92 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 33200 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm / 倍率（公称値）: 33000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

CTF補正詳細: each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 18.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.33 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER
詳細: reconstruction was performed using the icosahedral symmetry
使用した粒子像数: 2000
最終 角度割当詳細: SPIDER theta 37 degrees phi 72 degrees

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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