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- EMDB-13898: The structure of Photosystem I tetramer from Chroococcidiopsis TS... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13898
タイトルThe structure of Photosystem I tetramer from Chroococcidiopsis TS-821, a thermophilic, unicellular, non-heterocyst-forming cyanobacterium
マップデータ
試料
  • 複合体: Photosystem I
    • タンパク質・ペプチド: x 11種
  • リガンド: x 5種
機能・相同性
機能・相同性情報


thylakoid membrane / : / photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / membrane => GO:0016020 ...thylakoid membrane / : / photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / membrane => GO:0016020 / electron transfer activity / magnesium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI ...Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaD / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / PsaD / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction center subunit XII / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit VIII / PSI-F / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I reaction center subunit IV / Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I reaction center subunit XI
類似検索 - 構成要素
生物種Chroococcidiopsis sp. TS-821 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Semchonok DA / Mondal J / Cooper JC / Schlum K / Li M / Amin M / Sorzano COS / Ramirez-Aportela E / Kastritis PL / Boekema EJ ...Semchonok DA / Mondal J / Cooper JC / Schlum K / Li M / Amin M / Sorzano COS / Ramirez-Aportela E / Kastritis PL / Boekema EJ / Guskov A / Bruce BD
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, United States)DGE-0801470 米国
National Science Foundation (NSF, United States)EPS-1004083 米国
National Science Foundation (NSF, United States)2017219379 米国
引用ジャーナル: Plant Commun / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structure of a tetrameric photosystem I from TS-821, a thermophilic, unicellular, non-heterocyst-forming cyanobacterium.
著者: Dmitry A Semchonok / Jyotirmoy Mondal / Connor J Cooper / Katrina Schlum / Meng Li / Muhamed Amin / Carlos O S Sorzano / Erney Ramírez-Aportela / Panagiotis L Kastritis / Egbert J Boekema / ...著者: Dmitry A Semchonok / Jyotirmoy Mondal / Connor J Cooper / Katrina Schlum / Meng Li / Muhamed Amin / Carlos O S Sorzano / Erney Ramírez-Aportela / Panagiotis L Kastritis / Egbert J Boekema / Albert Guskov / Barry D Bruce /
要旨: Photosystem I (PSI) is one of two photosystems involved in oxygenic photosynthesis. PSI of cyanobacteria exists in monomeric, trimeric, and tetrameric forms, in contrast to the strictly monomeric ...Photosystem I (PSI) is one of two photosystems involved in oxygenic photosynthesis. PSI of cyanobacteria exists in monomeric, trimeric, and tetrameric forms, in contrast to the strictly monomeric form of PSI in plants and algae. The tetrameric organization raises questions about its structural, physiological, and evolutionary significance. Here we report the ∼3.72 Å resolution cryo-electron microscopy structure of tetrameric PSI from the thermophilic, unicellular cyanobacterium sp. TS-821. The structure resolves 44 subunits and 448 cofactor molecules. We conclude that the tetramer is arranged via two different interfaces resulting from a dimer-of-dimers organization. The localization of chlorophyll molecules permits an excitation energy pathway within and between adjacent monomers. Bioinformatics analysis reveals conserved regions in the PsaL subunit that correlate with the oligomeric state. Tetrameric PSI may function as a key evolutionary step between the trimeric and monomeric forms of PSI organization in photosynthetic organisms.
履歴
登録2021年11月24日-
置き換え2022年4月6日ID: EMD-4659
ヘッダ(付随情報) 公開2022年4月6日-
マップ公開2022年4月6日-
更新2022年4月6日-
現状2022年4月6日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_13898.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13898.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.11 Å/pix.
x 384 pix.
= 425.472 Å		1.11 Å/pix.
x 384 pix.
= 425.472 Å		1.11 Å/pix.
x 384 pix.
= 425.472 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.108 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0125
最小 - 最大-0.028560929 - 0.053150836
平均 (標準偏差)0.00027401146 (±0.0028294416)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 425.47202 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_13898_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_13898_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_13898_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Photosystem I

全体名称: Photosystem I
要素
  • 複合体: Photosystem I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I iron-sulfur center
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IV
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit III
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit VIII
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IX
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit PsaK
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XI
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XII
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: PHYLLOQUINONE
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER

+
超分子 #1: Photosystem I

超分子名称: Photosystem I / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#11
由来(天然)生物種: Chroococcidiopsis sp. TS-821 (バクテリア)
分子量実験値: 1.6 MDa

+
分子 #1: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Chroococcidiopsis sp. TS-821 (バクテリア)
分子量理論値: 83.352641 KDa
配列文字列: MTMSPPEREE KKARVIVDND PVPTSFEKWG QPGHFDRTLA KGPKTTTWIW NLHALAHDFD THTSDLEDIS RKIFAAHFGQ LAVIFLWLS GMEFHGARFS NYEAWLSDPI GIKPSAQVVW PIVGQDILNA DVGGGFHGIQ ITSGLFQVWR AAGFTNSFQL Y VTAIGGLV ...文字列:
MTMSPPEREE KKARVIVDND PVPTSFEKWG QPGHFDRTLA KGPKTTTWIW NLHALAHDFD THTSDLEDIS RKIFAAHFGQ LAVIFLWLS GMEFHGARFS NYEAWLSDPI GIKPSAQVVW PIVGQDILNA DVGGGFHGIQ ITSGLFQVWR AAGFTNSFQL Y VTAIGGLV AAALMLFAGW FHYHKRAPKL EWFQNAESML NHHLAGLLGL GCLSWAGHQI HVALPVNKLL DAGVAPKDIP LP HEFILNN SLMAELYPSF AKGLTPFWTL NWGQYADFLT FKGGLNPVTG GLWLTDTAHH HLALAVLFIV AGHMYRTNWG IGH SIKEIL ENHKGPFTGD GHKGLYENMT TSWHAQLGTN LAMLGSLTII VAHHMYAMPP YPYLATDYAT ALSIFTHHMW IGGF LIVGG AAHATIFMVR DYDPAVNQNN VLDRVIRHRD AIISHLNWVC MFLGFHSFGL YIHNDTMQAL GRPQDMFSDT AIQLQ PVFA QFVQNIHTLA PGSTAPNALE PVSYAFGGGV VAVGGKIAMM PIALGTADFM IHHIHAFQIH VTVLILLKGF LFARNS RLI PDKANLGFRF PCDGPGRGGT CQVSGWDHVF LGLFWMFNTI AIAVYHFSWK MQSDVWGTID PDGTIAHITG GNFAMSA NT INGWLRDYQW AQAAQVIQSY GSALSAYGLL FLGAHFVWAF SLMFLFSGRG YWQELIESIV WAHNKLKVAP TIQPRALS I IQGRAVGVAH YLLGAIVTIW AFFEARIISV G

+
分子 #2: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Chroococcidiopsis sp. TS-821 (バクテリア)
分子量理論値: 82.656156 KDa
配列文字列: MATKFPKFSQ DLAQDPTTRR LWYGIATAHD FETHDGMTEE NLYQKLFATH FGHVAIIFLW TSSLLFHVAW QGNFEQWIKD PLNVRPIAH AIWDPHFGKA AVDAFTQAGA TYPVNIAYSG VYHWWYTIGM RTNNDLYSGA VFLLILAGVF LFAGWLHLQP K FRPSLSWF ...文字列:
MATKFPKFSQ DLAQDPTTRR LWYGIATAHD FETHDGMTEE NLYQKLFATH FGHVAIIFLW TSSLLFHVAW QGNFEQWIKD PLNVRPIAH AIWDPHFGKA AVDAFTQAGA TYPVNIAYSG VYHWWYTIGM RTNNDLYSGA VFLLILAGVF LFAGWLHLQP K FRPSLSWF KSAEPRLNHH LAGLFGVSSL AWTGHLVHVA IPESRGQHVG WDNFLTTLPH PEGLRPFFTG NWGVYAANPD TA NHVFGTS QGAGTAILTF LGGFHPQTQS LWLTDMAHHH LAIAVLFIIA GHMYRTNFGI GHSIKEMLNA KNFFGTKTEG QFN LPHQGL YDTINNSLHF QLSLALAALG TITSLVAQHM YALPPYAFMG QDFTTQAALY THHQYIAVFL MVGAFAHAGI FWVR DYDAE QNKGNVLDRV LQHKEAIISH LSWVSLFLGF HTLGLYVHND VVVAFGTPEK QILIEPVFAQ FIQASHGKVL YGLNT LLSN PDSVASTAGA AWLPGWLDAI NNGTNSLFLT IGPGDFLVHH AFALGIHTTV LVLVKGALDA RGSKLMPDKK DFGYAF PCD GPGRGGTCDI SAWDAFYLAL FWALNTVGWV TFYWHWKHLG IWQGNVAQFN ESSTYLMGWL RDYLWLYSAQ LINGYNP YG MNNLSVWAWM FLFGHLVWAT GFMFLISWRG YWQELIETLV WAHERTPLAS LVRWKDKPVA MSIVQGRLVG LAHFTVGY V LTYAAFVIAS TAGKFG

+
分子 #3: Photosystem I iron-sulfur center

分子名称: Photosystem I iron-sulfur center / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Chroococcidiopsis sp. TS-821 (バクテリア)
分子量理論値: 8.939309 KDa
配列文字列:
MSHSVKIYDT CIGCTQCVRA CPTDVLEMVP WDGCKAGQIA ASPRTEDCVG CKRCETACPT DFLSIRVYLS NAETTRSMGL AY

+
分子 #4: Photosystem I reaction center subunit II

分子名称: Photosystem I reaction center subunit II / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroococcidiopsis sp. TS-821 (バクテリア)
分子量理論値: 18.520025 KDa
配列文字列:
MAEELSGQTP IFGGSTGGLL TKAFREEKYV ITWTSPKEQV FEMPTGGAAI MRQGPNKLEL ARKEYCIALG GQQLRAKFRI TDYKIYRVY PNGEVQYLHP SDGVFPEKVN EGRQKVGYVD RNIGKNPDPA KLKFSGMTTY NAPGPKSSEA GKGSQDTKSG S LPRQGIEM

+
分子 #5: Photosystem I reaction center subunit IV

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IV / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroococcidiopsis sp. TS-821 (バクテリア)
分子量理論値: 13.551099 KDa
配列文字列:
MVERGSKVRI LRKESYWFQD VGVVASVDKS GIRYPVIVRF DKVNYAGVNT NNFAETELVE IEKPTAKAKK ATPAATGGKQ TTIDERTRT TGQGTPLKPE AKTTAAPESG EGSSTVVGDA NQGTESR

+
分子 #6: Photosystem I reaction center subunit III

分子名称: Photosystem I reaction center subunit III / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroococcidiopsis sp. TS-821 (バクテリア)
分子量理論値: 18.131969 KDa
配列文字列:
MRRLFALVLV ISLWFSFAPQ ALAVGAGLVP CSESPEFIQR AASARNTTAD PNSGQKRFER YAQELCGPEG LPHLIVDGRL NHAGDFLIP SILFLYIAGW IGWVGRAYLQ EIKKRDNTEL REVIIDVPTA LPLMLSGFTW PLAAVKELLS GELVAKDDEI P VSPR

+
分子 #7: Photosystem I reaction center subunit VIII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit VIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroococcidiopsis sp. TS-821 (バクテリア)
分子量理論値: 4.194028 KDa
配列文字列:
MFSASFLPSI LVPLTGLVFP AIAMALLLIY VEREDPSGI

+
分子 #8: Photosystem I reaction center subunit IX

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / 詳細: BCR is not the part of the protein sequence / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroococcidiopsis sp. TS-821 (バクテリア)
分子量理論値: 5.760832 KDa
配列文字列:
MQKKGDNQNY LLRYLSLGPV LLFAWLSFTA VLLIVFNYLY PDLLFHPLP

+
分子 #9: Photosystem I reaction center subunit PsaK

分子名称: Photosystem I reaction center subunit PsaK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / 詳細: CLA is not the part of the protein sequence / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroococcidiopsis sp. TS-821 (バクテリア)
分子量理論値: 9.75361 KDa
配列文字列:
MTDLILLAAV QSTVPDTVRW SWTGSAIIIG ASLVILFIAS RTIRFPQVGP KMPLPFPALF NNPSVGTVLG SVSLGHIVGI GIILGLNNL GILK

+
分子 #10: Photosystem I reaction center subunit XI

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroococcidiopsis sp. TS-821 (バクテリア)
分子量理論値: 18.503156 KDa
配列文字列:
MAQAIDASKN RPSDPRNQEV VYPSRRDPQI GNLETPINNS SLVKWFINNL PAYRPGITPL RRGLEVGMAH GYWLLGPFAK LGPLRDTDV ANIAGLLATL GMVVISTLAV SLYAATDPPK PVATVTVPNP PDTFDTTEGW NTFASGFLIG GVGGAVVAYF I LANIELIQ NIFK

+
分子 #11: Photosystem I reaction center subunit XII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroococcidiopsis sp. TS-821 (バクテリア)
分子量理論値: 3.382063 KDa
配列文字列:
MSISDTQVFV ALVIALIPGV LAFRLATELY K

+
分子 #12: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 5 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

+
分子 #13: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 359 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #14: PHYLLOQUINONE

分子名称: PHYLLOQUINONE / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 8 / 式: PQN
分子量理論値: 450.696 Da
Chemical component information

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE / フィロキノン

+
分子 #15: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 78 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / β-カロチン

+
分子 #16: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 12 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.32 mg/mL
緩衝液pH: 6.5
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMC6H13NO4SMES
10.0 mMMgCl2magnesium chloride
5.0 mMCaCl2calcium chloride
0.01 %C24H46O11DDM
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 2.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / 実像数: 4845 / 平均露光時間: 12.0 sec. / 平均電子線量: 4.3 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 3243
詳細: 325648 particles were selected from 4845 micrograph movies
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4) / ソフトウェア - 詳細: grigoriefflab
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: the initial model was obtained de novo
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 66130
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: Scipion (ver. 2.0) / ソフトウェア - 詳細: xmipp3 - ransac
詳細: initial non-linear dimensionality reduction approach
最終 角度割当タイプ: OTHER
ソフトウェア:
名称詳細
Scipion (ver. 2.0)highres
Scipion (ver. 2.0)relion 3.0

詳細: highres is based on a projection matching approach with modifications.
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 50000 / ソフトウェア - 名称: Scipion (ver. 2.0) / ソフトウェア - 詳細: relion - 3D classification
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1jb0

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-7qco:
The structure of Photosystem I tetramer from Chroococcidiopsis TS-821, a thermophilic, unicellular, non-heterocyst-forming cyanobacterium

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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