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万見
- EMDB-1389: Averaging tens to hundreds of icosahedral particle images to reso... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1389
タイトルAveraging tens to hundreds of icosahedral particle images to resolve protein secondary structure elements using a Multi-Path Simulated Annealing optimization algorithm.
マップデータThis is a RDV (Rice Dwarf Virus) map. It was reconstructed from the best 41 particles whch was selected from a pool of 4,865 raw particles.
試料
  • 試料: Rice Dwarf Virus
  • ウイルス: Rice dwarf virus (イネ萎縮ウイルス)
生物種Rice dwarf virus (イネ萎縮ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.8 Å
データ登録者Liu X / Jiang W / Jakana J / Chiu W
引用ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2007
タイトル: Averaging tens to hundreds of icosahedral particle images to resolve protein secondary structure elements using a Multi-Path Simulated Annealing optimization algorithm.
著者: Xiangan Liu / Wen Jiang / Joanita Jakana / Wah Chiu /
要旨: Accurately determining a cryoEM particle's alignment parameters is crucial to high resolution single particle 3-D reconstruction. We developed Multi-Path Simulated Annealing, a Monte-Carlo type of ...Accurately determining a cryoEM particle's alignment parameters is crucial to high resolution single particle 3-D reconstruction. We developed Multi-Path Simulated Annealing, a Monte-Carlo type of optimization algorithm, for globally aligning the center and orientation of a particle simultaneously. A consistency criterion was developed to ensure the alignment parameters are correct and to remove some bad particles from a large pool of images of icosahedral particles. Without using any a priori model, this procedure is able to reconstruct a structure from a random initial model. Combining the procedure above with a new empirical double threshold particle selection method, we are able to pick tens of best quality particles to reconstruct a subnanometer resolution map from scratch. Using the best 62 particles of rice dwarf virus, the reconstruction reached 9.6A resolution at which four helices of the P3A subunit of RDV are resolved. Furthermore, with the 284 best particles, the reconstruction is improved to 7.9A resolution, and 21 of 22 helices and six of seven beta sheets are resolved.
履歴
登録2007年6月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2007年6月25日-
マップ公開2007年6月25日-
更新2011年8月31日-
現状2011年8月31日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1389.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1389.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 238.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is a RDV (Rice Dwarf Virus) map. It was reconstructed from the best 41 particles whch was selected from a pool of 4,865 raw particles.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.38 Å/pix.
x 400 pix.
= 953. Å		2.38 Å/pix.
x 400 pix.
= 953. Å		2.38 Å/pix.
x 400 pix.
= 953. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.3825 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 0.0776 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-0.510309 - 0.502548
平均 (標準偏差)0.00261447 (±0.0440601)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-200-200-200
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 953 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.38252.38252.3825
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z953.000953.000953.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-64-64-64
NX/NY/NZ128128128
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-200-200-200
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.5100.5030.003

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Rice Dwarf Virus

全体名称: Rice Dwarf Virus (イネ萎縮ウイルス)
要素
  • 試料: Rice Dwarf Virus
  • ウイルス: Rice dwarf virus (イネ萎縮ウイルス)

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超分子 #1000: Rice Dwarf Virus

超分子名称: Rice Dwarf Virus / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1
分子量理論値: 50 MDa

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超分子 #1: Rice dwarf virus

超分子名称: Rice dwarf virus / タイプ: virus / ID: 1 / NCBI-ID: 10991 / 生物種: Rice dwarf virus / ウイルスタイプ: OTHER / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主別称: PLANTAE(HIGHER PLANTS)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Outer Shell / 直径: 700 Å / T番号(三角分割数): 13
ウイルス殻Shell ID: 2 / 名称: Inner Shell / 直径: 550 Å / T番号(三角分割数): 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 27 % / チャンバー内温度: 111 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 4000
温度平均: 109 K
詳細Microscope:JEOL 4000
日付1999年1月1日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: OTHER / デジタル化 - サンプリング間隔: 4 µm / 実像数: 100 / 平均電子線量: 13 e/Å2 / ビット/ピクセル: 32
電子線加速電圧: 400 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系倍率（補正後）: 49495 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 4.1 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.3 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Gatan / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Multi-path SA
詳細: The 5 alignment parameters (2 for center and 3 for orientation) were searched simultaneously for each particle image. The search is executed by a new optimizaiton algorithm, multi-path ...詳細: The 5 alignment parameters (2 for center and 3 for orientation) were searched simultaneously for each particle image. The search is executed by a new optimizaiton algorithm, multi-path simulated annealing, based on Cross Common Lines. There were 4200 good particles discriminated from 4865 raw particles by a Consistency Criterion. The best 41 particles were empirically selected by a double threshold method from the 4200 good particles. The map's resolution was measured against the Known X-ray structure (PDB ID: 1UF2).
使用した粒子像数: 41

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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