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- EMDB-13754: Human TRiC complex in open state with nanobody bound (map-only) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13754
タイトルHuman TRiC complex in open state with nanobody bound (map-only)
マップデータ
試料
  • 複合体: Human type II chaperonin TRiC/CCT complex with nanobody bound
    • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit epsilon
    • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit eta
    • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit theta
    • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit zeta
    • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit gamma
    • タンパク質・ペプチド: T-complex 1 subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: T-complex 1 subunit delta
    • タンパク質・ペプチド: T-complex 1 subunit beta
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Kelly JJ / Chi G / Bulawa C / Paavilainen VO / Bountra C / Huiskonen JT / Yue W
資金援助 フィンランド, 2件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust092809/Z/10/Z フィンランド
Academy of Finland314669 フィンランド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Human TRiC complex in open state with nanobody bound (map-only)
著者: Kelly JJ / Chi G / Bulawa C / Paavilainen VO / Bountra C / Huiskonen JT / Yue W
履歴
登録2021年10月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年3月2日-
マップ公開2022年3月2日-
更新2022年3月2日-
現状2022年3月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_13754.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13754.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.015 / ムービー #1: 0.015
最小 - 最大-0.06598981 - 0.11321748
平均 (標準偏差)1.1999409e-05 (±0.0031802303)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 423.99997 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.061.061.06
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z424.000424.000424.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ512512512
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.0660.1130.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_13754_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_13754_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_13754_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human type II chaperonin TRiC/CCT complex with nanobody bound

全体名称: Human type II chaperonin TRiC/CCT complex with nanobody bound
要素
  • 複合体: Human type II chaperonin TRiC/CCT complex with nanobody bound
    • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit epsilon
    • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit eta
    • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit theta
    • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit zeta
    • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit gamma
    • タンパク質・ペプチド: T-complex 1 subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: T-complex 1 subunit delta
    • タンパク質・ペプチド: T-complex 1 subunit beta

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超分子 #1: Human type II chaperonin TRiC/CCT complex with nanobody bound

超分子名称: Human type II chaperonin TRiC/CCT complex with nanobody bound
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: T-complex protein 1 subunit epsilon

分子名称: T-complex protein 1 subunit epsilon / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MASMGTLAFD EYGRPFLIIK DQDRKSRLMG LEALKSHIMA AKAVANTMRT SLGPNGLDKM MVDKDGDVT VTNDGATILS MMDVDHQIAK LMVELSKSQD DEIGDGTTGV VVLAGALLEE A EQLLDRGI HPIRIADGYE QAARVAIEHL DKISDSVLVD IKDTEPLIQT ...文字列:
MASMGTLAFD EYGRPFLIIK DQDRKSRLMG LEALKSHIMA AKAVANTMRT SLGPNGLDKM MVDKDGDVT VTNDGATILS MMDVDHQIAK LMVELSKSQD DEIGDGTTGV VVLAGALLEE A EQLLDRGI HPIRIADGYE QAARVAIEHL DKISDSVLVD IKDTEPLIQT AKTTLGSKVV NS CHRQMAE IAVNAVLTVA DMERRDVDFE LIKVEGKVGG RLEDTKLIKG VIVDKDFSHP QMP KKVEDA KIAILTCPFE PPKPKTKHKL DVTSVEDYKA LQKYEKEKFE EMIQQIKETG ANLA ICQWG FDDEANHLLL QNNLPAVRWV GGPEIELIAI ATGGRIVPRF SELTAEKLGF AGLVQ EISF GTTKDKMLVI EQCKNSRAVT IFIRGGNKMI IEEAKRSLHD ALCVIRNLIR DNRVVY GGG AAEISCALAV SQEADKCPTL EQYAMRAFAD ALEVIPMALS ENSGMNPIQT MTEVRAR QV KEMNPALGID CLHKGTNDMK QQHVIETLIG KKQQISLATQ MVRMILKIDD IRKPGESE E

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分子 #2: T-complex protein 1 subunit eta

分子名称: T-complex protein 1 subunit eta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MMPTPVILLK EGTDSSQGIP QLVSNISACQ VIAEAVRTTL GPRGMDKLIV DGRGKATISN DGATILKLL DVVHPAAKTL VDIAKSQDAE VGDGTTSVTL LAAEFLKQVK PYVEEGLHPQ I IIRAFRTA TQLAVNKIKE IAVTVKKADK VEQRKLLEKC AMTALSSKLI ...文字列:
MMPTPVILLK EGTDSSQGIP QLVSNISACQ VIAEAVRTTL GPRGMDKLIV DGRGKATISN DGATILKLL DVVHPAAKTL VDIAKSQDAE VGDGTTSVTL LAAEFLKQVK PYVEEGLHPQ I IIRAFRTA TQLAVNKIKE IAVTVKKADK VEQRKLLEKC AMTALSSKLI SQQKAFFAKM VV DAVMMLD DLLQLKMIGI KKVQGGALED SQLVAGVAFK KTFSYAGFEM QPKKYHNPKI ALL NVELEL KAEKDNAEIR VHTVEDYQAI VDAEWNILYD KLEKIHHSGA KVVLSKLPIG DVAT QYFAD RDMFCAGRVP EEDLKRTMMA CGGSIQTSVN ALSADVLGRC QVFEETQIGG ERYNF FTGC PKAKTCTFIL RGGAEQFMEE TERSLHDAIM IVRRAIKNDS VVAGGGAIEM ELSKYL RDY SRTIPGKQQL LIGAYAKALE IIPRQLCDNA GFDATNILNK LRARHAQGGT WYGVDIN NE DIADNFEAFV WEPAMVRINA LTAASEAACL IVSVDETIKN PRSTVDAPTA AGRGRGRG R PH

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分子 #3: T-complex protein 1 subunit theta

分子名称: T-complex protein 1 subunit theta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MALHVPKAPG FAQMLKEGAK HFSGLEEAVY RNIQACKELA QTTRTAYGPN GMNKMVINHL EKLFVTNDA ATILRELEVQ HPAAKMIVMA SHMQEQEVGD GTNFVLVFAG ALLELAEELL R IGLSVSEV IEGYEIACRK AHEILPNLVC CSAKNLRDID EVSSLLRTSI ...文字列:
MALHVPKAPG FAQMLKEGAK HFSGLEEAVY RNIQACKELA QTTRTAYGPN GMNKMVINHL EKLFVTNDA ATILRELEVQ HPAAKMIVMA SHMQEQEVGD GTNFVLVFAG ALLELAEELL R IGLSVSEV IEGYEIACRK AHEILPNLVC CSAKNLRDID EVSSLLRTSI MSKQYGNEVF LA KLIAQAC VSIFPDSGHF NVDNIRVCKI LGSGISSSSV LHGMVFKKET EGDVTSVKDA KIA VYSCPF DGMITETKGT VLIKTAEELM NFSKGEENLM DAQVKAIADT GANVVVTGGK VADM ALHYA NKYNIMLVRL NSKWDLRRLC KTVGATALPR LTPPVLEEMG HCDSVYLSEV GDTQV VVFK HEKEDGAIST IVLRGSTDNL MDDIERAVDD GVNTFKVLTR DKRLVPGGGA TEIELA KQI TSYGETCPGL EQYAIKKFAE AFEAIPRALA ENSGVKANEV ISKLYAVHQE GNKNVGL DI EAEVPAVKDM LEAGILDTYL GKYWAIKLAT NAAVTVLRVD QIIMAKPAGG PKPPSGKK D WDDDQND

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分子 #4: T-complex protein 1 subunit zeta

分子名称: T-complex protein 1 subunit zeta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAAVKTLNPK AEVARAQAAL AVNISAARGL QDVLRTNLGP KGTMKMLVSG AGDIKLTKDG NVLLHEMQI QHPTASLIAK VATAQDDITG DGTTSNVLII GELLKQADLY ISEGLHPRII T EGFEAAKE KALQFLEEVK VSREMDRETL IDVARTSLRT KVHAELADVL ...文字列:
MAAVKTLNPK AEVARAQAAL AVNISAARGL QDVLRTNLGP KGTMKMLVSG AGDIKLTKDG NVLLHEMQI QHPTASLIAK VATAQDDITG DGTTSNVLII GELLKQADLY ISEGLHPRII T EGFEAAKE KALQFLEEVK VSREMDRETL IDVARTSLRT KVHAELADVL TEAVVDSILA IK KQDEPID LFMIEIMEMK HKSETDTSLI RGLVLDHGAR HPDMKKRVED AYILTCNVSL EYE KTEVNS GFFYKSAEER EKLVKAERKF IEDRVKKIIE LKRKVCGDSD KGFVVINQKG IDPF SLDAL SKEGIVALRR AKRRNMERLT LACGGVALNS FDDLSPDCLG HAGLVYEYTL GEEKF TFIE KCNNPRSVTL LIKGPNKHTL TQIKDAVRDG LRAVKNAIDD GCVVPGAGAV EVAMAE ALI KHKPSVKGRA QLGVQAFADA LLIIPKVLAQ NSGFDLQETL VKIQAEHSES GQLVGVD LN TGEPMVAAEV GVWDNYCVKK QLLHSCTVIA TNILLVDEIM RAGMSSLKG

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分子 #5: T-complex protein 1 subunit gamma

分子名称: T-complex protein 1 subunit gamma / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MMGHRPVLVL SQNTKRESGR KVQSGNINAA KTIADIIRTC LGPKSMMKML LDPMGGIVMT NDGNAILRE IQVQHPAAKS MIEISRTQDE EVGDGTTSVI ILAGEMLSVA EHFLEQQMHP T VVISAYRK ALDDMISTLK KISIPVDISD SDMMLNIINS SITTKAISRW ...文字列:
MMGHRPVLVL SQNTKRESGR KVQSGNINAA KTIADIIRTC LGPKSMMKML LDPMGGIVMT NDGNAILRE IQVQHPAAKS MIEISRTQDE EVGDGTTSVI ILAGEMLSVA EHFLEQQMHP T VVISAYRK ALDDMISTLK KISIPVDISD SDMMLNIINS SITTKAISRW SSLACNIALD AV KMVQFEE NGRKEIDIKK YARVEKIPGG IIEDSCVLRG VMINKDVTHP RMRRYIKNPR IVL LDSSLE YKKGESQTDI EITREEDFTR ILQMEEEYIQ QLCEDIIQLK PDVVITEKGI SDLA QHYLM RANITAIRRV RKTDNNRIAR ACGARIVSRP EELREDDVGT GAGLLEIKKI GDEYF TFIT DCKDPKACTI LLRGASKEIL SEVERNLQDA MQVCRNVLLD PQLVPGGGAS EMAVAH ALT EKSKAMTGVE QWPYRAVAQA LEVIPRTLIQ NCGASTIRLL TSLRAKHTQE NCETWGV NG ETGTLVDMKE LGIWEPLAVK LQTYKTAVET AVLLLRIDDI VSGHKKKGDD QSRQGGAP D AGQE

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分子 #6: T-complex 1 subunit alpha

分子名称: T-complex 1 subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MEGPLSVFGD RSTGETIRSQ NVMAAASIAN IVKSSLGPVG LDKMLVDDIG DVTITNDGAT ILKLLEVEH PAAKVLCELA DLQDKEVGDG TTSVVIIAAE LLKNADELVK QKIHPTSVIS G YRLACKEA VRYINENLIV NTDELGRDCL INAAKTSMSS KIIGINGDFF ...文字列:
MEGPLSVFGD RSTGETIRSQ NVMAAASIAN IVKSSLGPVG LDKMLVDDIG DVTITNDGAT ILKLLEVEH PAAKVLCELA DLQDKEVGDG TTSVVIIAAE LLKNADELVK QKIHPTSVIS G YRLACKEA VRYINENLIV NTDELGRDCL INAAKTSMSS KIIGINGDFF ANMVVDAVLA IK YTDIRGQ PRYPVNSVNI LKAHGRSQME SMLISGYALN CVVGSQGMPK RIVNAKIACL DFS LQKTKM KLGVQVVITD PEKLDQIRQR ESDITKERIQ KILATGANVI LTTGGIDDMC LKYF VEAGA MAVRRVLKRD LKRIAKASGA TILSTLANLE GEETFEAAML GQAEEVVQER ICDDE LILI KNTKARTSAS IILRGANDFM CDEMERSLHD ALCVVKRVLE SKSVVPGGGA VEAALS IYL ENYATSMGSR EQLAIAEFAR SLLVIPNTLA VNAAQDSTDL VAKLRAFHNE AQVNPER KN LKWIGLDLSN GKPRDNKQAG VFEPTIVKVK SLKFATEAAI TILRIDDLIK LHPESKDD K HGSYEDAVHS GALND

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分子 #7: T-complex 1 subunit delta

分子名称: T-complex 1 subunit delta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MPENVAPRSG ATAGAAGGRG KGAYQDRDKP AQIRFSNISA AKAVADAIRT SLGPKGMDKM IQDGKGDVT ITNDGATILK QMQVLHPAAR MLVELSKAQD IEAGDGTTSV VIIAGSLLDS C TKLLQKGI HPTIISESFQ KALEKGIEIL TDMSRPVELS DRETLLNSAT ...文字列:
MPENVAPRSG ATAGAAGGRG KGAYQDRDKP AQIRFSNISA AKAVADAIRT SLGPKGMDKM IQDGKGDVT ITNDGATILK QMQVLHPAAR MLVELSKAQD IEAGDGTTSV VIIAGSLLDS C TKLLQKGI HPTIISESFQ KALEKGIEIL TDMSRPVELS DRETLLNSAT TSLNSKVVSQ YS SLLSPMS VNAVMKVIDP ATATSVDLRD IKIVKKLGGT IDDCELVEGL VLTQKVSNSG ITR VEKAKI GLIQFCLSAP KTDMDNQIVV SDYAQMDRVL REERAYILNL VKQIKKTGCN VLLI QKSIL RDALSDLALH FLNKMKIMVI KDIEREDIEF ICKTIGTKPV AHIDQFTADM LGSAE LAEE VNLNGSGKLL KITGCASPGK TVTIVVRGSN KLVIEEAERS IHDALCVIRC LVKKRA LIA GGGAPEIELA LRLTEYSRTL SGMESYCVRA FADAMEVIPS TLAENAGLNP ISTVTEL RN RHAQGEKTAG INVRKGGISN ILEELVVQPL LVSVSALTLA TETVRSILKI DDVVNTR

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分子 #8: T-complex 1 subunit beta

分子名称: T-complex 1 subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MASLSLAPVN IFKAGADEER AETARLTSFI GAIAIGDLVK STLGPKGMDK ILLSSGRDAS LMVTNDGAT ILKNIGVDNP AAKVLVDMSR VQDDEVGDGT TSVTVLAAEL LREAESLIAK K IHPQTIIA GWREATKAAR EALLSSAVDH GSDEVKFRQD LMNIAGTTLS ...文字列:
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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 43.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 144903
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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